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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00021204 ID=TCONS_00021204|Name=TCONS_00021204|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3863bp
TGTCATCTGTCAAGTCGAGTTTAGTCAAGTCGAGTTTCAGTCaataaaaa
agacttttgtCGTCAGTCAAGTCAAGTTTAGTCAGAGTAATGGACTTTTT
TCATCAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAGGTCAGGTCAGGTCAGAGGT
CTCATTTAATGTAAGAGTTTTTTATTGTCAACCAATTCATTATTATAAAT
TTTGTCGTACTAAAGTTTAAGTTCATGTAAAATAGTTTTGTCATCAGTCA
AGTCGAGTTTAGTCAAGTCGAGTTTCAGTCAATGAAAAAGACTTTTGTCG
TCAGTCAAGTCAAGTTTAGTCAGAGTAATGGACTTTTTTCATCAGTCAAG
TCAAGTCAAGTCAGGTCAGGTCAGAAGTCTCATTTAATGTAAGAGTTTTT
TATTGTCAACCAATTCATTGTTAGAAATTTTGTCGTGATAAAGTATAAGT
TCATCTAAAATAGTTTTGTCGTCTGTCAAGTCGAGTTTAGTCAATGTAAA
AGAATATTCTCGTCAGTCAAGTCGAGTTCAGTCAATTCGAGTTTCAGTCA
ATGTAAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCACTTAACGTAAT
AGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTAGTCAGATTAAGGGAGTTTTG
TCATCAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAGTCTCATTTAATGTAAAGGT
TTTTTCTTGTCAACCAATTCATTGTTAGAAATTTTGTCGTAATAAAGTTT
AATTTCATGTAAAATAGTTTTGTCGTCTGTCAAGTCGAGTTTAGTCAAAG
TAAAAGAATATTGTCGTCAGTCAAGTCGAGTTCAGTCAATTCGAGTTTCA
GTCAATGTAAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTCTCACTTAATG
TAATAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTAGTCAGAGTAAGGGATT
TTGTCATCAGTCAAGTCAAGTCAGTCTCATTTAATGTAAAGGTTTTTTCT
TGTCAACCAATTCATTGTTAGAAATTTTGTCGTAATAAAGTTTAAGTTCA
TGTAAAATAGTTTTGTCGTCTGTCAAGATGTTTATTTGATGTAAGATTTG
AATATCAAGTTTCAGTCAGTGGCAGACTCTTTACTGGCAGTCAAATCAAG
TTTCAGTCATAGTCAATTTCAAATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGTC
AAGTTTCAGTCATAGTCAAGTTTCAGTCATAGTCAATTTCAAATAGTTTT
GTCATCGGTCAAGTCAAGTTTCAGTCATAGTCAATTTCAAATAGTTTTGT
CATCGGTCAAGTCAAGCTTAGGATTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCA
GTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTA
AACGATATTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTAAGTCAATGTCAAATAGTTT
TGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCA
GACAAGTCAAGTTTAAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCAAGTTTCAGTCA
ACGTCAAATAGTTTTGTCGTAAGTCAAGTTTCAGTTAATGTAAAAGAGCT
TTGTCGTCAGTCAAATCAAGTTTCAATCAatataaaagttttttgttgtc
agtcaagtcaagtcaagtttcagttaaaatccgggtcataatatttgaga
aaaaaaggaaaattcccaTGAAATCTTATAGTCACAAACAATTTCGAAGC
GCtctggaagggtagagttttaacattagacttaagaccttaggtaggat
ctgaggatccaaaagtacaagaatggtccaatagcgCTTAGAATATatcc
tggaagtctataaactcctcccgaattgaaatattcgattaaatttaaca
aatagcccaaaagcgactttctcgcccgaactttaaatttaGTAAACAAG
GTAATAccgaaattctcaatatattttgaccgagagtGTAGAGTAAAAGA
GTTTTGTCGTCAGTAAGTTTGAAATTGTTTAATCATCAGTCAAGCCAAGT
TTAGTCAATTTCaaatagttttttcaaaattcagtcaAGTCAAGTTTTCA
GTTAATGTAAAAGAGTCTATTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTAAAG
TAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAATTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAG
TTTTCTCGTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACTACTTTTTTCGT
CAGACAAGTAAAGTTTCAGTTATTGTAAAAGAGTTTTGTCATCAGTCAAG
TCGATTTTCAGTTAATGTAAAAGAGTCTTGTCGTCAGTCAAGCCAAGTTA
AGTTTCAGTCAGAGTGGGAGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTTTTCA
GTTAATGTAAAAGAGTCTTGTCGTCAGTCAAGCCAAGTTAAGTTTCAGTC
AGAGTGGGAGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTTTCAATCAATATAAA
TGAGTCTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTTAAAGTAAAATAGTTT
TGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTTAGTCAATGTAAAATAGTTTTTTCGTC
AGTCAAGTCAAGTTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCGGTCAAG
TCAAGCTTAGTCAATGTAAACGACTTTTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTC
AGTTATTGTAAAAGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCGAATTTCAGTTAATG
TAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTTAATGTCAAATA
GTTTTGTCGTCAGACAAGTCAAGTTTCAGTCAATTTCAAATAGTTTTGTC
GTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTcaaagtaaaataattttgtcgTCAGTCA
AGTCAGGTTTCAGTCAAAGTAAAGCAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAAC
TTCAGTcaaagtaaaataattttgtcgTCAGTCAAGTCAGGTTTCAGTCA
AAGTAAAGCAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAACTTCAGTcaaagtaaaa
taattttgtcgTCAGTCAAGTCAGGTTTCAGTCAAAGTAAAGCAGTTTTG
TTGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTTTCGTCAAT
CAAGTCAAGTTTCAGTCAAAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAATTCA
AGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCA
GTCAATGTAAAATAGTTTTTTCGTCAGTCAAGTCAATTTTTCAGTCAATG
TAAAATAGTTTTGTCGTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACGACT
TTTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTCAGTTAAAGTAAAAGAGTTTTGTCGT
CAGTCAAGTCCAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAG
TCAAGTTTTCAGTCAATGTAAAATGGTTTTTTCGTCAGTCAAGTCAAGTT
TTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAA
TGTAAACGACTTTTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTCAGTTAAAGTAAAAG
AGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTG
TCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAG
TCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTC
AAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTT
CAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTA
AGTAAAAGAGTTT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000379:259598..265002- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00021204 ID=TCONS_00021204|Name=TCONS_00021204|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5405bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000379:259598..265002- (Clytia hemisphaerica)
TGTCATCTGTCAAGTCGAGTTTAGTCAAGTCGAGTTTCAGTCAATAAAAA
AGACTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTAGTCAGAGTAATGGACTTTTT
TCATCAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAGGTCAGGTCAGAGGTCTCAT
TTAATGTAAGAGTTTTTTATTGTCAACCAATTCATTGTTATAAATTTTGT
CGTACTAAAGTTTAAGTTCATGTAAAATAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCG
AGTTTAGTCAAGTCGAGTTTCAGTCAATGAAAAAGACTTTTGTCGTCAGT
CAAGTCAAGTTTAGTCAGAGTAATGGACTTTTTTCATCAGTCAAGTTAAG
TCAAGTCAAGTCAGGTCAGGTCAGAGGTCTCATTTAATGTAAGAGTTTTT
TATTGTCAACCAATTCATTATTATAAATTTTGTCGTACTAAAGTTTAAGT
TCATGTAAAATAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCGAGTTTAGTCAAGTCGAG
TTTCAGTCAATGAAAAAGACTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTAGTCA
GAGTAATGGACTTTTTTCATCAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAGGTCAGGTC
AGAAGTCTCATTTAATGTAAGAGTTTTTTATTGTCAACCAATTCATTGTT
AGAAATTTTGTCGTGATAAAGTATAAGTTCATCTAAAATAGTTTTGTCGT
CTGTCAAGTCGAGTTTAGTCAATGTAAAAGAATATTCTCGTCAGTCAAGT
CGAGTTCAGTCAATTCGAGTTTCAGTCAATGTAAAATAGTTTTGTCGTCA
GTCAAGTCAAGCTTTCACTTAACGTAATAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGT
CAAGCTTAGTCAGATTAAGGGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTCAAG
TCAAGTCAGTCTCATTTAATGTAAAGGTTTTTTCTTGTCAACCAATTCAT
TGTTAGAAATTTTGTCGTAATAAAGTTTAATTTCATGTAAAATAGTTTTG
TCGTCTGTCAAGTCGAGTTTAGTCAAAGTAAAAGAATATTGTCGTCAGTC
AAGTCGAGTTCAGTCAATTCGAGTTTCAGTCAATGTAAAATAGTTTTGTC
GTCAGTCAAGTCAAGCTCTCACTTAATGTAATAGAGTTTTGTCGTCAGTC
AAGTCAAGCTTAGTCAGAGTAAGGGATTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTC
AGTCTCATTTAATGTAAAGGTTTTTTCTTGTCAACCAATTCATTGTTAGA
AATTTTGTCGTAATAAAGTTTAAGTTCATGTAAAATAGTTTTGTCGTCTG
TCAAGATGTTTATTTGATGTAAGATTTGAATATCAAGTTTCAGTCAGTGG
CAGACTCTTTACTGGCAGTCAAATCAAGTTTCAGTCATAGTCAATTTCAA
ATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCATAGTCAAGTT
TCAGTCATAGTCAATTTCAAATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGTTTC
AGTCATAGTCAATTTCAAATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGCTTAGG
ATTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTC
GTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACGATATTTTCGTCAGACAAG
TCAAGTTTAAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTT
CAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGACAAGTCAAGTTTAAGTCAAT
GTCAAATAGTTTTGTCAAGTTTCAGTCAACGTCAAATAGTTTTGTCGTAA
GTCAAGTTTCAGTTAATGTAAAAGAGCTTTGTCGTCAGTCAAATCAAGTT
TCAATCAATATAAAAGTTTTTTGTTGTCAGTCAAGTCAAGTCAAGTTTCA
GTTAAAATCCGGGTCATAATATTTGAGAAAAAAAGGAAAATTCCCATGAA
ATCTTATAGTCACAAACAATTTCGAAGCGCTCTGGAAGGGTAGAGTTTTA
ACATTAGACTTAAGACCTTAGGTAGGATCTGAGGATCCAAAAGTACAAGA
ATGGTCCAATAGCGCTTAGAATATATCCTGGAAGTCTATAAACTCCTCCC
GAATTGAAATATTCGATTAAATTTAACAAATAGCCCAAAAGCGACTTTCT
CGCCCGAACTTTAAATTTAGTAAACAAGGTAATACCGAAATTCTCAATAT
ATTTTGACCGAGAGTGTAGAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTAAGTTTGA
AATTGTTTAATCATCAGTCAAGCCAAGTTTAGTCAATTTCAAATAGTTTT
TTCAAAATTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTTAATGTAAAAGAGTCTATTC
GTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTAAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTC
AATTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTCTCGTCGGTCAAGTCAAG
CTTAGTCAATGTAAACTACTTTTTTCGTCAGACAAGTAAAGTTTCAGTTA
TTGTAAAAGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCGAGTTTCAGTCAAGTCAAGT
TTTCAGTTAATGTAAAAGAGTCTTGTCGTCAGTCAAGCCAAGTTAAGTTT
CAGTCAGAGTGGGAGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTTTCAATCAAT
ATAAATGAGTCTATTCGTCAGTCGAGTCAAGTTTTCAGTTAAAGTAAAAG
AGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCCAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTAT
CGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTCAATGTAAAATAGTTTTTTCGTCAGT
CAAGTCAAGTTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCGGTCAAGTCA
AGCTTAGTCAATGTAAACGATATTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTAAGTC
AATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAA
ATAGTTTTGTTGTCAGTCAAGTCAAGTTTAAGTCAATGTCAAATAGTTTT
GTCAAGTTTCACTCAACGTCAAATAGTTTTGTCGTAAGTCAAGTTTCAGT
TAATGTAAAAGAGCTTTGTCGTCAGTAAATTCAATTTTCAGTCAGAGTAA
AAGAGCTTTGTCGTCAGTCAAATCAAGTTTCAATCAATATAAAAGGTTTT
TGTTGTCAGTCAAGTCAAGTCAAGTTTCAGTTAAAATCCGGGTCATAATA
TTTGAGAAAAAAAGGAAAATTCCCATGAAATCTTATAGTCACAAACAATT
TCGAAGCGCTCTGGAAGGGTAGAGTTTTAACATTAGACTTAAGACCTTAG
GTAGGATCTGAGGATCCAAAAGTACAAGAATGGTCCAATAGCGCTTAGAA
TATATCCTGGAAGTCTATAAACTCCTCCCGAATTGAAATATTCGATTAAA
TTTAACAAATAGCCCAAAAGCGACTTTCTCGCCCGAACTTTAAATTTAGT
AAGCAAGGTAATACCGAAATTCCCAATATATTTTGACCGAGAGTGTAGAG
TAAAAGAGTTTTGTCGTCTTTAAGTTTGAAATTGTTTAATCATCAGTCAA
GCCAAGAGTTTAGTCAATTTCAAACAGTTTTTTCAAAATTCAGTCAAGTC
AAGTTTTCAGTTAATGTAAAAGAGTCTATTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTT
CAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAAT
GTCAAATAGTTTTCTCGTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACTAC
TTTTTTCGTCAGACAAGTAAAGTTTCAGCTATTGTAAAATAGTTTTGTCA
TCAGTCAAGTCGAGTTTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAAGTCAAGTTTT
CAGTTAATGTAAAAGAGTCTTGTCGTCAGTCAAGCCAAGTTAAGTTTCAG
TCAGAGTGGGAGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTTAATGT
AAAAGAGTCTTGTCGTCAGTCAAGCCAAGTTAAGTTTCAGTCAGAGTGGG
AGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTTTCAATCAATATAAATGAGTCTT
GTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTTAAAGTAAAATAGTTTTGTCGTCA
GTCAAGTCAAGTTTTTAGTCAATGTAAAATAGTTTTTTCGTCAGTCAAGT
CAAGTTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCGGTCAAGTCAAGCTT
AGTCAATGTAAACGACTTTTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTCAGTTATTG
TAAAAGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCGAATTTCAGTTAATGTAAAAGAG
TTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTTAATGTCAAATAGTTTTGTC
GTCAGACAAGTCAAGTTTCAGTCAATTTCAAATAGTTTTGTCGTCAGTCA
AGTCAAGTTTCAGTCAAAGTAAAATAATTTTGTCGTCAGTCAAGTCAGGT
TTCAGTCAAAGTAAAGCAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAACTTCAGTCA
AAGTAAAATAATTTTGTCGTCAGTCAAGTCAGGTTTCAGTCAAAGTAAAG
CAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAACTTCAGTCAAAGTAAAATAATTTTG
TCGTCAGTCAAGTCAGGTTTCAGTCAAAGTAAAGCAGTTTTGTTGTCAGT
CAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTTTCGTCAATCAAGTCAA
GTTTCAGTCAAAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAATTCAAGTTTCAG
TCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTCAATGT
AAAATAGTTTTTTCGTCAGTCAAGTCAATTTTTCAGTCAATGTAAAATAG
TTTTGTCGTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACGACTTTTTTCGT
CAGACAAGTCAAGTTTCAGTTAAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAG
TCCAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTT
TCAGTCAATGTAAAATGGTTTTTTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTCA
ATGTCAAATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACG
ACTTTTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTCAGTTAAAGTAAAAGAGTTTTGT
CGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGT
CAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCA
AGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTC
AGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAA
GTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAG
AGTTT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00021204-exon-sc0000379-1575043694:264867..265002 | TCONS_00021204-exon-sc0000379-1575043694:264867..265002 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021204-exon-sc0000379-1575043694:262471..264638 | TCONS_00021204-exon-sc0000379-1575043694:262471..264638 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021204-exon-sc0000379-1575043694:259598..261156 | TCONS_00021204-exon-sc0000379-1575043694:259598..261156 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021204-exon-sc0000379-1510915933:264867..265002 | TCONS_00021204-exon-sc0000379-1510915933:264867..265002 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021204-exon-sc0000379-1510915933:262471..264638 | TCONS_00021204-exon-sc0000379-1510915933:262471..264638 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021204-exon-sc0000379-1510915933:259598..261156 | TCONS_00021204-exon-sc0000379-1510915933:259598..261156 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021204-exon-sc0000379-1491911889:264867..265002 | TCONS_00021204-exon-sc0000379-1491911889:264867..265002 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021204-exon-sc0000379-1491911889:262471..264638 | TCONS_00021204-exon-sc0000379-1491911889:262471..264638 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021204-exon-sc0000379-1491911889:259598..261156 | TCONS_00021204-exon-sc0000379-1491911889:259598..261156 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000379 | supercontig | sc0000379:259598..265002 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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