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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00021203 ID=TCONS_00021203|Name=TCONS_00021203|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3475bp
TGTCATCTGTCAAGTCGAGTTTAGTCAAGTCGAGTTTCAGTCaataaaaa
agacttttgtCGTCAGTCAAGTCAAGTTTAGTCAGAGTAATGGACTTTTT
TCATCAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAGGTCAGGTCAGGTCAGAGGT
CTCATTTAATGTAAGAGTTTTTTATTGTCAACCAATTCATTATTATAAAT
TTTGTCGTACTAAAGTTTAAGTTCATGTAAAATAGTTTTGTCATCAGTCA
AGTCGAGTTTAGTCAAGTCGAGTTTCAGTCAATGAAAAAGACTTTTGTCG
TCAGTCAAGTCAAGTTTAGTCAGAGTAATGGACTTTTTTCATCAGTCAAG
TCAAGTCAAGTCAGGTCAGGTCAGAAGTCTCATTTAATGTAAGAGTTTTT
TATTGTCAACCAATTCATTGTTAGAAATTTTGTCGTGATAAAGTATAAGT
TCATCTAAAATAGTTTTGTCGTCTGTCAAGTCGAGTTTAGTCAATGTAAA
AGAATATTCTCGTCAGTCAAGTCGAGTTCAGTCAATTCGAGTTTCAGTCA
ATGTAAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCACTTAACGTAAT
AGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTAGTCAGATTAAGGGAGTTTTG
TCATCAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAATCTCATTTAATGTAAAGGTTTTTT
CTTGTCAACCAATTCATTGTTAGAAATTTTGTCGTAATAAAGTTTAAGTT
CATGTAAAATAGTTTTGTCGTCTGTCAAGATGTTTATTTGATGTAAGATT
TGAATATCAAGTTTCAGTCAGTGGCAGACTCTTTACTGGCAGTCAAATCA
AGTTTCAGTCATAGTCAATTTCAAATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAG
TCAAGTTTCAGTCATAGTCAAGTTTCAGTCATAGTCAATTTCAAATAGTT
TTGTCATCGGTCAAGTCAAGTTTCAGTCATAGTCAATTTCAAATAGTTTT
GTCATCGGTCAAGTCAAGCTTAGGATTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTT
CAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATG
TAAACGATATTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTAAGTCAATGTCAAATAGT
TTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGT
CAGACAAGTCAAGTTTAAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCAAGTTTCAGT
CAACGTCAAATAGTTTTGTCGTAAGTCAAGTTTCAGTTAATGTAAAAGAG
CTTTGTCGTCAGTCAAATCAAGTTTCAATCAatataaaagttttttgttg
tcagtcaagtcaagtcaagtttcagttaaaatccgggtcataatatttga
gaaaaaaaggaaaattcccaTGAAATCTTATAGTCACAAACAATTTCGAA
GCGCtctggaagggtagagttttaacattagacttaagaccttaggtagg
atctgaggatccaaaagtacaagaatggtccaatagcgCTTAGAATATat
cctggaagtctataaactcctcccgaattgaaatattcgattaaatttaa
caaatagcccaaaagcgactttctcgcccgaactttaaatttaGTAAACA
AGGTAATAccgaaattctcaatatattttgaccgagagtGTAGAGTAAAA
GAGTTTTGTCGTCAGTAAGTTTGAAATTGTTTAATCATCAGTCAAGCCAA
GTTTAGTCAATTTCaaatagttttttcaaaattcagtcaAGTCAAGTTTT
CAGTTAATGTAAAAGAGTCTATTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTAA
AGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAATTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAAT
AGTTTTCTCGTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACTACTTTTTTC
GTCAGACAAGTAAAGTTTCAGTTATTGTAAAAGAGTTTTGTCATCAGTCA
AGTCGATTTTCAGTTAATGTAAAAGAGTCTTGTCGTCAGTCAAGCCAAGT
TAAGTTTCAGTCAGAGTGGGAGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTTTC
AATCAATATAAATGAGTCTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTTAAA
GTAAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTTAGTCAATGTAAAAT
AGTTTTTTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTG
TCGTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACGACTTTTTTCGTCAGAC
AAGTCAAGTTTCAGTTATTGTAAAAGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCGAA
TTTCAGTTAATGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGT
TAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGACAAGTCAAGTTTCAGTCAATTTCA
AATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTcaaagtaaaataattt
tgtcgTCAGTCAAGTCAGGTTTCAGTCAAAGTAAAGCAGTTTTGTCGTCA
GTCAAGTCAAACTTCAGTcaaagtaaaataattttgtcgTCAGTCAAGTC
AGGTTTCAGTCAAAGTAAAGCAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAACTTCA
GTcaaagtaaaataattttgtcgTCAGTCAAGTCAGGTTTCAGTCAAAGT
AAAGCAGTTTTGTTGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGT
TTTTTCGTCAATCAAGTCAAGTTTCAGTCAAAAGTAAAAGAGTTTTGTCG
TCAGTCAATTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAA
GTCAAGTTTTCAGTCAATGTAAAATAGTTTTTTCGTCAGTCAAGTCAATT
TTTCAGTCAATGTAAAATAGTTTTGTCGTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCA
ATGTAAACGACTTTTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTCAGTTAAAGTAAAA
GAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCCAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTG
TCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTCAATGTAAAATGGTTTTTTCGTCAG
TCAAGTCAAGTTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTC
AAGCTTAGTCAATGTAAACGACTTTTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTCAG
TTAAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGT
AAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAG
TTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTC
GTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTC
AAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAA
GCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000379:259598..265002- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00021203 ID=TCONS_00021203|Name=TCONS_00021203|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5405bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000379:259598..265002- (Clytia hemisphaerica)
TGTCATCTGTCAAGTCGAGTTTAGTCAAGTCGAGTTTCAGTCAATAAAAA
AGACTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTAGTCAGAGTAATGGACTTTTT
TCATCAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAGGTCAGGTCAGAGGTCTCAT
TTAATGTAAGAGTTTTTTATTGTCAACCAATTCATTGTTATAAATTTTGT
CGTACTAAAGTTTAAGTTCATGTAAAATAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCG
AGTTTAGTCAAGTCGAGTTTCAGTCAATGAAAAAGACTTTTGTCGTCAGT
CAAGTCAAGTTTAGTCAGAGTAATGGACTTTTTTCATCAGTCAAGTTAAG
TCAAGTCAAGTCAGGTCAGGTCAGAGGTCTCATTTAATGTAAGAGTTTTT
TATTGTCAACCAATTCATTATTATAAATTTTGTCGTACTAAAGTTTAAGT
TCATGTAAAATAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCGAGTTTAGTCAAGTCGAG
TTTCAGTCAATGAAAAAGACTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTAGTCA
GAGTAATGGACTTTTTTCATCAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAGGTCAGGTC
AGAAGTCTCATTTAATGTAAGAGTTTTTTATTGTCAACCAATTCATTGTT
AGAAATTTTGTCGTGATAAAGTATAAGTTCATCTAAAATAGTTTTGTCGT
CTGTCAAGTCGAGTTTAGTCAATGTAAAAGAATATTCTCGTCAGTCAAGT
CGAGTTCAGTCAATTCGAGTTTCAGTCAATGTAAAATAGTTTTGTCGTCA
GTCAAGTCAAGCTTTCACTTAACGTAATAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGT
CAAGCTTAGTCAGATTAAGGGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTCAAG
TCAAGTCAGTCTCATTTAATGTAAAGGTTTTTTCTTGTCAACCAATTCAT
TGTTAGAAATTTTGTCGTAATAAAGTTTAATTTCATGTAAAATAGTTTTG
TCGTCTGTCAAGTCGAGTTTAGTCAAAGTAAAAGAATATTGTCGTCAGTC
AAGTCGAGTTCAGTCAATTCGAGTTTCAGTCAATGTAAAATAGTTTTGTC
GTCAGTCAAGTCAAGCTCTCACTTAATGTAATAGAGTTTTGTCGTCAGTC
AAGTCAAGCTTAGTCAGAGTAAGGGATTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTC
AGTCTCATTTAATGTAAAGGTTTTTTCTTGTCAACCAATTCATTGTTAGA
AATTTTGTCGTAATAAAGTTTAAGTTCATGTAAAATAGTTTTGTCGTCTG
TCAAGATGTTTATTTGATGTAAGATTTGAATATCAAGTTTCAGTCAGTGG
CAGACTCTTTACTGGCAGTCAAATCAAGTTTCAGTCATAGTCAATTTCAA
ATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCATAGTCAAGTT
TCAGTCATAGTCAATTTCAAATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGTTTC
AGTCATAGTCAATTTCAAATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGCTTAGG
ATTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTC
GTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACGATATTTTCGTCAGACAAG
TCAAGTTTAAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTT
CAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGACAAGTCAAGTTTAAGTCAAT
GTCAAATAGTTTTGTCAAGTTTCAGTCAACGTCAAATAGTTTTGTCGTAA
GTCAAGTTTCAGTTAATGTAAAAGAGCTTTGTCGTCAGTCAAATCAAGTT
TCAATCAATATAAAAGTTTTTTGTTGTCAGTCAAGTCAAGTCAAGTTTCA
GTTAAAATCCGGGTCATAATATTTGAGAAAAAAAGGAAAATTCCCATGAA
ATCTTATAGTCACAAACAATTTCGAAGCGCTCTGGAAGGGTAGAGTTTTA
ACATTAGACTTAAGACCTTAGGTAGGATCTGAGGATCCAAAAGTACAAGA
ATGGTCCAATAGCGCTTAGAATATATCCTGGAAGTCTATAAACTCCTCCC
GAATTGAAATATTCGATTAAATTTAACAAATAGCCCAAAAGCGACTTTCT
CGCCCGAACTTTAAATTTAGTAAACAAGGTAATACCGAAATTCTCAATAT
ATTTTGACCGAGAGTGTAGAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTAAGTTTGA
AATTGTTTAATCATCAGTCAAGCCAAGTTTAGTCAATTTCAAATAGTTTT
TTCAAAATTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTTAATGTAAAAGAGTCTATTC
GTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTAAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTC
AATTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTCTCGTCGGTCAAGTCAAG
CTTAGTCAATGTAAACTACTTTTTTCGTCAGACAAGTAAAGTTTCAGTTA
TTGTAAAAGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCGAGTTTCAGTCAAGTCAAGT
TTTCAGTTAATGTAAAAGAGTCTTGTCGTCAGTCAAGCCAAGTTAAGTTT
CAGTCAGAGTGGGAGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTTTCAATCAAT
ATAAATGAGTCTATTCGTCAGTCGAGTCAAGTTTTCAGTTAAAGTAAAAG
AGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCCAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTAT
CGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTCAATGTAAAATAGTTTTTTCGTCAGT
CAAGTCAAGTTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCGGTCAAGTCA
AGCTTAGTCAATGTAAACGATATTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTAAGTC
AATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAA
ATAGTTTTGTTGTCAGTCAAGTCAAGTTTAAGTCAATGTCAAATAGTTTT
GTCAAGTTTCACTCAACGTCAAATAGTTTTGTCGTAAGTCAAGTTTCAGT
TAATGTAAAAGAGCTTTGTCGTCAGTAAATTCAATTTTCAGTCAGAGTAA
AAGAGCTTTGTCGTCAGTCAAATCAAGTTTCAATCAATATAAAAGGTTTT
TGTTGTCAGTCAAGTCAAGTCAAGTTTCAGTTAAAATCCGGGTCATAATA
TTTGAGAAAAAAAGGAAAATTCCCATGAAATCTTATAGTCACAAACAATT
TCGAAGCGCTCTGGAAGGGTAGAGTTTTAACATTAGACTTAAGACCTTAG
GTAGGATCTGAGGATCCAAAAGTACAAGAATGGTCCAATAGCGCTTAGAA
TATATCCTGGAAGTCTATAAACTCCTCCCGAATTGAAATATTCGATTAAA
TTTAACAAATAGCCCAAAAGCGACTTTCTCGCCCGAACTTTAAATTTAGT
AAGCAAGGTAATACCGAAATTCCCAATATATTTTGACCGAGAGTGTAGAG
TAAAAGAGTTTTGTCGTCTTTAAGTTTGAAATTGTTTAATCATCAGTCAA
GCCAAGAGTTTAGTCAATTTCAAACAGTTTTTTCAAAATTCAGTCAAGTC
AAGTTTTCAGTTAATGTAAAAGAGTCTATTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTT
CAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAAT
GTCAAATAGTTTTCTCGTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACTAC
TTTTTTCGTCAGACAAGTAAAGTTTCAGCTATTGTAAAATAGTTTTGTCA
TCAGTCAAGTCGAGTTTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAAGTCAAGTTTT
CAGTTAATGTAAAAGAGTCTTGTCGTCAGTCAAGCCAAGTTAAGTTTCAG
TCAGAGTGGGAGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTTAATGT
AAAAGAGTCTTGTCGTCAGTCAAGCCAAGTTAAGTTTCAGTCAGAGTGGG
AGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTTTCAATCAATATAAATGAGTCTT
GTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTTAAAGTAAAATAGTTTTGTCGTCA
GTCAAGTCAAGTTTTTAGTCAATGTAAAATAGTTTTTTCGTCAGTCAAGT
CAAGTTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCGGTCAAGTCAAGCTT
AGTCAATGTAAACGACTTTTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTCAGTTATTG
TAAAAGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCGAATTTCAGTTAATGTAAAAGAG
TTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTTAATGTCAAATAGTTTTGTC
GTCAGACAAGTCAAGTTTCAGTCAATTTCAAATAGTTTTGTCGTCAGTCA
AGTCAAGTTTCAGTCAAAGTAAAATAATTTTGTCGTCAGTCAAGTCAGGT
TTCAGTCAAAGTAAAGCAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAACTTCAGTCA
AAGTAAAATAATTTTGTCGTCAGTCAAGTCAGGTTTCAGTCAAAGTAAAG
CAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAACTTCAGTCAAAGTAAAATAATTTTG
TCGTCAGTCAAGTCAGGTTTCAGTCAAAGTAAAGCAGTTTTGTTGTCAGT
CAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTTTCGTCAATCAAGTCAA
GTTTCAGTCAAAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAATTCAAGTTTCAG
TCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTCAATGT
AAAATAGTTTTTTCGTCAGTCAAGTCAATTTTTCAGTCAATGTAAAATAG
TTTTGTCGTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACGACTTTTTTCGT
CAGACAAGTCAAGTTTCAGTTAAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAG
TCCAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTT
TCAGTCAATGTAAAATGGTTTTTTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTCA
ATGTCAAATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACG
ACTTTTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTCAGTTAAAGTAAAAGAGTTTTGT
CGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGT
CAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCA
AGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTC
AGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAA
GTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAG
AGTTT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00021203-exon-sc0000379-1575043694:264867..265002 | TCONS_00021203-exon-sc0000379-1575043694:264867..265002 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021203-exon-sc0000379-1575043694:264099..264638 | TCONS_00021203-exon-sc0000379-1575043694:264099..264638 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021203-exon-sc0000379-1575043694:262471..263800 | TCONS_00021203-exon-sc0000379-1575043694:262471..263800 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021203-exon-sc0000379-1575043694:259598..261066 | TCONS_00021203-exon-sc0000379-1575043694:259598..261066 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021203-exon-sc0000379-1510915933:264867..265002 | TCONS_00021203-exon-sc0000379-1510915933:264867..265002 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021203-exon-sc0000379-1510915933:264099..264638 | TCONS_00021203-exon-sc0000379-1510915933:264099..264638 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021203-exon-sc0000379-1510915933:262471..263800 | TCONS_00021203-exon-sc0000379-1510915933:262471..263800 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021203-exon-sc0000379-1510915933:259598..261066 | TCONS_00021203-exon-sc0000379-1510915933:259598..261066 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021203-exon-sc0000379-1491911889:264867..265002 | TCONS_00021203-exon-sc0000379-1491911889:264867..265002 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021203-exon-sc0000379-1491911889:264099..264638 | TCONS_00021203-exon-sc0000379-1491911889:264099..264638 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021203-exon-sc0000379-1491911889:262471..263800 | TCONS_00021203-exon-sc0000379-1491911889:262471..263800 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021203-exon-sc0000379-1491911889:259598..261066 | TCONS_00021203-exon-sc0000379-1491911889:259598..261066 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000379 | supercontig | sc0000379:259598..265002 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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