TCONS_00021104 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00021104
Unique NameTCONS_00021104
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1347

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00021104 ID=TCONS_00021104|Name=TCONS_00021104|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1347bp
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AACTAATTCCAGTAATGGTTGGGTCGGATGGGcacaaaataacaaatttg
acaaaatgGTAGGAGCAAAAGGAGTCGTTTGTGTGTACAATGGCTCCTTA
GTTCaattgcaaagtttcaaaacaGACTCTAACACACGTCCAACTTTTAT
TCCATTGGCAAAAGGATACACTTTACAAAGTGCTCACAAAACAAGTAAAA
ACAGTATTGTTTGTCAATTTACTCGACCAGTAGCTGTTCCAAGTGGAAGt
gaaaatttaatgtatgatgcAAGTGAACCTTTATACATGCTTCATGCTCA
CGCAACTTATGCCAATAACAAATTGACTTATCATTTTGGTGACGCTTGGA
TTGACCAACAGGCTGTTGACTTAACTCCGACAAAAGCAAGTCAGTCTCGT
ATCGCTATTCCGTCTGATTGCAAAGACGATTCAAATTGCGACGCAGTGGT
AGAATTCCAGTACGACGAGCCTCGTCAAATGATGGTCTTCACTTTACAAA
CAAGACACGCTTGGGTTGCCAGTGCTCAAAGACCTCAAGCTGGAGGTGCT
AAAATGATTAACATCAAAGGTCAATATTGTGTGAAAGACGGAGGTTTTGG
TAGTTTGGATGGAAGCAAACTGAATGGAAACGGTGCACCTGAGTTTTCTA
GTGGTGCTgtGGTGGATGTGACgttgaaatcaacaaaaactgaGAACGGT
GTCACGACTTGTATCTATGAGCGAACGATCAAACCATCGCAAGGAAATGT
ATATTTACACGATTTGAGTAATCCCTTGATGATGGTTGTGGCTTTCGGAA
AATCTGGATCAGGCAATAGAATAAGTCGACATGGACTTGGTGATTATGCA
ACAACTGCTGCTTTTGACTTGCTGAAAGCTTCTGGTGAAATTATCACCAC
TACTGGACGAATGCTGCAAGACAAAGAAGTAGCTCACGGTATCCTTATGG
TAATTGCGTGGATAATTTGTTCAACTATCGGCATTTTCATGGCTCGTTAC
ATGAAGCAAgctacaaaagaaaagaaaatcaccGGTAAACCGGCTTGGTT
CCCTCTTCATCAAGGTTTGATGATGTCATGTGTTGTTGTTTTCTTCATCG
CTTTCATCGTCATCTTGGTGGAAAAACAAGGATGGGCTGAGAGTGCAGGA
ACTCATGGTATTCTGGGATTAATTGCTATCATTCTTGGCTTAATTCAGGT
AACAACAGAGCTCTTTAATATCAtgtacatttttttcaagtctTAACAGa
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000378:20715..29645-

Legend: exon
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>TCONS_00021104 ID=TCONS_00021104|Name=TCONS_00021104|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8931bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000378:20715..29645- (Clytia hemisphaerica)
GTTCAACATAAATTTGATTCCGACACAAAAACCATTCATGTGACATTGGC
AACTAATTCCAGTAATGGTTGGGTCGGATGGGCACAAAATAACAAATTTG
ACAAAATGGTAATGTTTTAAACACTTTTATGGAATTGTATAATATTTAAC
TTGGGCACAAAATAACTAATTCACAAAATGGTATTGTTTTAATCCCTTTT
ATGAAATGATATAATCTTTAAATTAATGGCTCTGGTTAGGGCTTTGTTTT
ATAATATTTCAAAAAATGTTTAATAGCTATAAATCCTTTCATCTTTCAGG
TAGGAGCAAAAGGAGTCGTTTGTGTGTACAATGGCTCCTTAGTTCAATTG
CAAAGTTTCAAAACAGACTCTAACACACGTCCAACTTTTATTCCATTGGC
AAAAGGATACACTTTACAAAGTGCTCACAAAACAAGTAAAAACAGTATTG
TTTGTCAATTTACTCGACCAGTAGCTGTTCCAAGTGGAAGTGAAAATTTA
ATGTATGATGCAAGTGAACCTTTATACATGCTTCATGCTCACGCAACTTA
TGCCAATAACAAATTGACTTATCATTTTGGTGACGCTTGGATTGACCAAC
AGGCTGTTGACTTAACTCCACAAGGGGTAAGTTATTCGATTAGTTTTTAT
CTAAATGGGATTTAGTAAAAAAAAACAAAGGACTTTTTTAGGTAAAATTA
CTCAGACAAAACGATATAAGAGGATTTTCCGCAGTAAACAGGGTTGTAAA
AAGAAGTTTTCAAATGGTGCACACATAATTTCTATTGTAACTCTCATTTA
TTAGTTTTTGCTTGGTTAATCTGTTGCCATATCAATTTCCATTCTTATCA
TTCCAGGAAGTTTCAACGGACGAGTGTGGCAAATCACTGACATGTTATAA
ACAACCAAAATCGTGTACTTCAAGTCTTGATTGTCATGTTCTTGTTCAAC
ATAAATTTGATTCCGACACAAAAACCATTCATGTGACATTGGCAACTAAT
TCCAGTAATGGTTGGATCGGATGGGCGCAAAATAACAAGTTTGACAAAAT
GGTAATGTTTTAAAAAACACTTTTGTAGAATGGTATAACTTTTCACTTGG
GCACAAAATAACCAATTTCACAAAATGGTATTGTTTTAATCCCTTTTCCT
GTGAAATGATATAATCTTTAAATTATTGGCTCTGGTTAGGGCTTTGTTCT
ATAATTTCTCAAAAAGTTTTGAATAGCTAAACCTTTCATCTTTCAGGTAG
GAGCGAAAGGAGTCGTTTGTGTGTACAATGGTTCCTTAGTTCAATTGCAA
AGTTTCAAAACAGATTCTAACACACGTCCAACTTTTATTCCAATGGCAAA
AGGATACACTTTACAAAGTGCTCACAAAACAAGTAAAAACAGTATTGTTT
GTCAATTTACTCGACCAGTAGCTGTTCCAAGTGGAAGTGAAAATTTAATG
TATGATGCAAGTGAACCTTTATACATGCTTCATGCTCACGCAACTTATGC
CAATAACAAATTGACTTATCATTTTGGTGACGCTTGGATTGACCAACAGG
CTGTTGACTTAACTCCACAAGGGGTAAGTTATTCGATTAGTTTTTATCTA
AATGGGATTTAGTAAAAAAAAACAAAGGACTTTTTTAGGTAAAATTACTC
AGACAAAACGATATAAGAGGATTTTCCGCAGTAAACAGGGTTGTAAAAAG
AAGTTTTCAAATGGTGCACACATAATTTCTATTGTAACTCTCATTTATTA
GTTTTTGCTTGGTTAATCTGTTGCCATATCAATTTCCATTCTTATCATTC
CAGGAAGTTTCAACGGACGAGTGTGGCAAATCACTGACATGTTATAAACA
ACCAAAATCGTGTACTTCAAGTCTTGATTGTCATGTTCTTGTTCAACATA
AATTTGATTCCGACACAAAAACCATTCATGTGACATTGGCAACTAATTCC
AGTAATGGTTGGATCGGATGGGCGCAAAATAACAAGTTTGACAAAATGGT
AATGTTTTAAAAAACACTTTTGTAGAATGGTATAACTTTTCACTTGGGCA
CAAAATAACCAATTTCACAAAATGGTATTGTTTTAATCCCTTTTCCTGTG
AAATGATATAATCTTTAAATTATTGGCTCTGGTTAGGGCTTTGTTCTATA
ATTTCTCAAAAAGTTTTGAATAGCTAAACCTTTCATCTTTCAGGTAGGAG
CGAAAGGAGTCGTTTGTGTGTACAATGGTTCCTTAGTTCAATTGCAAAGT
TTCAAAACAGATTCTAACACACGTCCAACTTTTATTCCAATGGCAAAAGG
ATACACTTTACAAAGTGCTCACAAAACAAGTAAAAACAGTATTGTTTGTC
AATTTACTCGACCAGTAGCTGTTCCAAGTGGAAGTGAAAATTTAATGTAC
GATGCAAGTGAACCTTTATACATGCTTCATGCTCACGCAACTTATGCCAA
TAACAAATTGACTTATCATTATGGTGACGCTTGGATTGATCAACAGGCTG
TTGACTTAACTCCGACAAAAGCAAGTCAGGTGAGATTTATTTCATTGTAA
GCTTCATGAATCAAATTCTTTCAAGCAAAACAAGTATGATATTACTGTTT
AAAAATAATTTACGTGAAAGGTTTTGTTGTGATTCTACTCTTCAGCGTAA
AATTAGTCCTTAGTATACTTTTACTCTCCTTCTCACTGACCCGTTGGGAT
TTTTTCAGCTAGTCGGGGTAAAAACAATGGACTGAAATAGGATGGGGATT
ATTATTCCCATATTTTTTATTGCCAGGGATTTAAATTCGATTGTTTTAGA
GCCAAAAAAATCAGGAGGGTTTGGTTTCTTTGATTATTTTTAATGGGGAC
AAAAGACAATTTTCTACCGGGGACGATATTTAGGCCAATTTTTCCAGTGG
GTCTGTGAGAAGGGGGTGTACTTGTTTGTTTTCAATTTTTAACTGAGCAC
TTAGGCGAGACCAATTTAATTTGTTGTTCTACGGGCCCGACCGACCCTAT
TTTTGCTAAAATCAAAAAAAATAATATTTTACACAATACTTATTTGTAAG
AATCAAATTTGAATAAAGCTGAAATTAATTCAAGAAATTGGAAAATTTAG
AAAATCAAGCATTCCATACACTAAGATTTTATCATGATCTTCATCGAAGA
TTAAAAAAAGCGAATTTTTGATCCAGATATTTTTTGGAAAACATTTTCGG
TACTTTACCAACCCTGATAAATGAAAAATTTATTCTTATTTTACCGACCG
ACCGACCCATATTTTGCTAACGATCTGCCCGTAGAACAACAAATTAAATT
GGTCTCGCCCTACTCTTATACCTGCGCGGAGAGAGGGTTTTAATAATTTC
ATACTTGCAATGAAAGTTAACTAATTGTTAGGAGAGTACTCACATTGCAC
TTTTGTAAACACTAAAATTACTTTATAAGCAGGCTATATAAGAAAAACGA
AGTGCTCTCAAAATTTTATGAATTGAAGATGGTCTAAGGCACCTAAAAGT
AGTAAATAGTACAGTGTTCTGCTTAATAGCTTAACCACTGAAATGTTTAA
CTCCATACTTTTAATAGACTAGCAAGCGTCTGTCTTTCCTTGGACATAGG
AACGCGGGAATAGTGCTTAAGAGTTCTTGTAAAAAATAGAAATTGCTGCA
GGAGAGTAGTTTGGAAAGACAGTGAGCATATAGACATAGTAATGAGCCCA
TTGCAAGCTTGAACTGCAGCGAAATACCGGGTGCGCCACAGAAAAGTTTC
TCTCTTTGAAACTGATTTTCTCGAAATCTAAAAACTTTTAAAGAACCATT
CCTATTCCATTTGAAAGAATAATAATAAACTTAAATTTTGATGGGCCATT
TATTAATTTCGGTTCATTAGATCAAAAGTTATGCTCAATTGAATAAAAAA
GTTCTGAAAGTGCCCGAAAACGTTAAAAATCGACCTATCAATTTTTTATT
TTAAAATTGGTAGTTGCAATAGGCTTTACATGATTAAGAGCATTTTACAA
TAATTAAACACATAAATTTTGAAAATGATGGGTCGAAAGGATTTAAGATA
TCCATCAAAATCATTTTAATTTACTTTTACCAAGATTTTCCTCAGATTTT
TGGTTCCAGACTGGATAAAGTCTATGTAAGCCTGGATATCCCTCGAAACC
CATTATTTGATGTATTTTTATGAATTTTACCATAATTTCTGGCTTTTTTC
GACGGAGTTCTTTCTTTTATTGAAATTCAACCTTTTTTTATACAACAAAA
GGTCATTTAGGCAGCTAATTATCATTTTTAATGACTGAAACGAAAATACT
GATGCATCATGTAATTTTGCTTCTGTCTAATTTGATAGGTCGATTTTTAA
CGTTATTGAGCACTTTCAGAAAGTAACATTTTTATTCAATTGAGCATAAC
TTTCAATCTAATGAACCGAATTTAATAAATGACCCATCAAAATTTAAGTT
TATCTTTCTTCTTTCCAATGGAATAGGATGGTTCTTTTAAACATTTTAGG
TTTCGAAATAATTAGTTTTAAAGAGAGAAACTTTTTTGTGGCGCGCCCGG
TACAACGATGGGTTTACTAGTCTATACTTTTAATTACACGGTACCGAAAA
TTTAACACTTTTGTATCATTTCTGTTTCTATTCTTTACCTCTTTAGTCTC
GTATCGCTATTCCGTCTGATTGCAAAGACGATTCAAATTGCGACGCAGTG
GTAGAATTCCAGTACGACGAGCCTCGTCAAATGATGGTCTTCACTTTACA
AACAAGACACGCTTGGGTTGCCAGTGCTCAAAGACCTCAAGCTGGAGGTG
CTAAAATGGTAAAGAAAATAGTATTAATAGCCTGATGTAATTGTCATCGA
TGTTTCATTCTATTGTTAAGTCAGCCTTTCAGGGCTAAATTTTAATGTTC
GATTAAATCTAAGTTTAAGGTATTTAAGTCCAGATATAAAAGGTTCTGCA
AATGTGGAAAACTTCTACAGTTTTTATTAATGCTGCTCTTTATGTTTTAG
ATTAACATCAAAGGTCAATATTGTGTGAAAGACGGAGGTTTTGGTAGTTT
GGATGGAAGCAAACTGAATGGAAACGGTGCACCTGAGTTTTCTAGTGGTG
CTGTAAGTAGATTTACAATTATATAATAACTGCTTATTCTATGAAAATGA
AGATCTTCAGCCATTGTAGAGCACATTCTTTTATTATAACTGCGGAATAT
AACTGAAAAATTTTAAATTTCAGGTGGTGGATGTGACGTTGAAATCAACA
AAAACTGAGAACGGTGTCACGACTTGTATGTAAGTAACGGAAATTATTCC
CCCCAAACCTGTGACGGTTGCTTTTAAAGCAGGACTGGAAATGTAGCTAT
AAGCTCCTCTTGTGGAATCTTAGTTGTTTTGTTGGTAATAGACGATATCG
GCTTTCTGAATTCTCCCCGAATGATTACCCATGATGCATTGTTAGGGTTT
TGGGTTATCGTCCGTGAATTTTTTTGCGCAATGCATCATGGGTAATCATT
CGGGGAGAATTCGGTAAAGCCGATATCGTCTATTAGAGTCAATCCATGGC
CTGTTGGCTGGACGCGTTTTGACGTCAAAATCCCGTTGTCTTGAATTTAG
AACGCCATGAGTCGATTACAATCTTTGGTCACTCCGTCCTATATGAGAGC
TTCAGTGACGTTAGCCTATACTAGACGACACCCTCATCTTTTCTACGCAA
TCAACGTCTATTCCACTTTGTGACTTTTCGAATGTTTGAAGCCCATTAAC
TTTCGAAGTAGTAGCGAAAAAAAAGAATCTTGTCAGCACTTGAACAGTAT
AAACTTAAACTCCTATATCAAGATTACGGGATTTGGAGTGCGGGCCAATT
TTACTTTCGTTTTCAGTGGTTTCACTTTCGATTTCAAGCCAACATCTTAG
CAACGAGTTGCTCGCCCATAGTTACAGGGGTTTGTGCAAAAACCAAACAT
AGAAAGTTTTCCGAATCCCCTATTTTGATTGAACCAATAAAAAACTTTTC
CATGTTTCAGTTTTTTGCACCAATTTTTAAAAATGAAAACATTTAAGATT
TAAAGTTCTTCTGTTATTCAATGATTTTTTACCGTACTTTGTTGACAATC
TACTAACTCTCGCATTAAATTCCCGCTTTCTTCAGTAAATTGAAGATGAG
AAAAAACCTTAGGATCACGGGTTGAAACAAATACATGAAGGGTGGGATTT
TACAGCCGCCCGTCATGCAAGGCACAATCAATCCTTAAGTACATGTTAAA
TACATGTCTTTCGCGTGGTTTAATTTTCGCGATTTTCGTTAAGACCTCGC
GTAAAATTTAAAATGCCAAAACCCTTAAGAAAATGGAAGAGATTAGTTCA
AGAAGAGGCTAAAATTTTGTTCGCGTGAAAATTATCGAGCTTCGATTTGC
GAAAAAAGCTCCACGTGAAAGTTTATCTACTTAAAGTACCGTTTTTTGAA
CAGCCATCTCATTTCTCTTTAGCTATGAGCGAACGATCAAACCATCGCAA
GGAAATGTATATTTACACGATTTGAGTAATCCCTTGATGATGGTTGTGGC
TTTCGGAAAATCTGGATCAGGTAATGCTCACCGGAAGATCTTAAATGTCC
AGCCAGCGCCTATCCAACGTTCCAATCATTTTAGATAAACGTTGAAATAA
CGATGATACCGGGGATAGGTTGTTTTGTTCGAAGTAGAAATCGGAAAATA
TTTGCATTCTACTTTTACTCAGCTAATCGAATAGAAATTCGCCTATCTCA
AATATCATAACTTTCATATAGTATTCATTCGCCCCTGNGTTCGAAGTAGA
AATTCGAAAATATTTGCATTCTACTTTTACTCAGCTAATCGAATAGAAAT
TCGCCTATCTCAAATAGACCTATCTCATCATAACTTTCATATAGTATTCA
TTCGCCCCTGCATACTTATCTCACTTATTTATCGAAAGTTTTTGCACCAG
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ACAGGCAATAGAATAAGTCGACATGGACTTGGTGATTATGCAACAACTGC
TGCTTTTGACTTGCTGAAAGCTTCTGGTGAAATTATCACCACTACTGGAC
GAATGCTGCAAGACAAAGAAGTAGCTCACGGTATAGTGCGGGGAATATGA
TACAAAATATACACCAGTATTCAGTATTTATCTTTTGAAATCAGTAAAAA
ACAACTGCGCGAACTTACCGTCAGGGAAATTTTGAAAGTAACTTTTATCG
TTCGTTGTACATTTTCCATCCGTAACTTTTGAGTGAGAGGGCAAGGTAGA
TCTTTCGCCTTAACTTTCGTTTGCTTCAGTTTGCTTTCAATTATCAATTT
GTTTGATAAAAGTCCAGAGCTTGAAAGTTATTTAATATTGGATCAATAAA
ATTCGATGGACAAAAATCCGAAGGNTTTTGATAAAAGTTCAGAGAGTAAA
GAGTCCAGATATTTTATTGGATCGACAAAATTCGATGGACAAAAATTCGA
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TCCTTATGGTAATTGCGTGGATAATTTGTTCAACTATCGGCATTTTCATG
GCTCGTTACATGAAGCAAGCTACAAAAGAAAAGAAAATCACCGGTAAACC
GGCTTGGTTCCCTGTGAGTGATTTTTAAGCGTTTGAAACGGGGGAGGGGT
TAAGCTTAAAGCTGTAATGTTAGCATTGTTAGCAGCTGTGTTCATAGTAC
TTACAAAACACAGTAGGCTTCTGCTCACGCTCGAACAAAGAAGTTTTTTA
TATGAATTATGAAGCATACTTTCTTTTATAAGAACTAGTTAGTTCTTATT
CATTGGGCACTTTGAGCCTCAGATTGTTTTGTTCTTATTTATAGGGTGAA
ATTGAAGTATTTTAGGATTTATACCCGCAATTTTTACTACTTTGACCCTA
AATTGCTTGAATTTGAGTAAATCTAGGCTCAGGATTGTTCTTAAACTGCT
CTTATCTTTTGGCGATTTTGAGTCTCATTGTTCTTATAAAATTGTTAAAA
AAAAAAAAAAGTGTAGAGGTCTGAATGTCAAACTTATTGGAGCATAGGTT
TCATTGTATTTTTATGGATAAATATTTTGTTTCAGCTTCATCAAGGTTTG
ATGATGTCATGTGTTGTTGTTTTCTTCATCGCTTTCATCGTCATCTTGGT
GGAAAAACAAGGATGGGCTGTGAGTGTGTTTCCTTTCCTTTTTCATACAT
TCTATCAAAAATTGGGATGAAGTTATTTGGCGAAAGTGTAAATGATCCAT
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GTTTGAATCGCACCTTACGATGGGAAACCTCACCCATGAACAAGTTAACA
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CTGGGACGCCAGCCCTACTAGAAAATTTGAC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_011831XLOC_011831Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00021104-exon-sc0000378-1575043694:29538..29645TCONS_00021104-exon-sc0000378-1575043694:29538..29645Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00021104-exon-sc0000378-1575043694:24544..24645TCONS_00021104-exon-sc0000378-1575043694:24544..24645Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00021104-exon-sc0000378-1575043694:24367..24422TCONS_00021104-exon-sc0000378-1575043694:24367..24422Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00021104-exon-sc0000378-1575043694:22516..22641TCONS_00021104-exon-sc0000378-1575043694:22516..22641Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00021104-exon-sc0000378-1575043694:21377..21460TCONS_00021104-exon-sc0000378-1575043694:21377..21460Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00021104-exon-sc0000378-1491911889:29044..29346TCONS_00021104-exon-sc0000378-1491911889:29044..29346Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00021104-exon-sc0000378-1491911889:22516..22641TCONS_00021104-exon-sc0000378-1491911889:22516..22641Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00021104-exon-sc0000378-1491911889:21933..22048TCONS_00021104-exon-sc0000378-1491911889:21933..22048Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00021104-exon-sc0000378-1491911889:21377..21460TCONS_00021104-exon-sc0000378-1491911889:21377..21460Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00021104-exon-sc0000378-1491911889:20715..20873TCONS_00021104-exon-sc0000378-1491911889:20715..20873Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000378supercontigsc0000378:20715..29645 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0.799264	0.617652	0.381873	8.78433	4.37099	5.7388	8.42606	10.0106	9.65187	4.21036	5.18163	10.3167	12.1458	6.79493	8.29748	13.4876	14.1682	16.6765	12.1537	8.87533	8.35908	4.52356	4.20659	6.0892	6.34788	8.89196	6.70327	8.16866	6.21568
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00021104 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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