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transcript sequence >TCONS_00021066 ID=TCONS_00021066|Name=TCONS_00021066|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2270bp GAGAATTAAAGAATATTtatttcatcataaagaaatGAGAATGGTTTGCT GTGGTGTGAAAATTATCTGGTTCGCCACACACGGGGAGTAAAATTAAACA gcgaaataattgaaaaatattgcgtgtttattgtgattttttacctctgg aaagtatttttgtattttgcggCAATTGATATTCGAAATATTCACGTTAC GTTAACGCGAGCTGGTAATAAAATTTGCGTTGGTAAAATTAATTGGTTAT CTTTTGAAGCTCTGGCGAAAACTTTTAGTGGACTTTTGATTAATTTGAGT TGGTACACCACTTTGATTGGAGTTGTGAAATTTAATTTATGAAAGTATAA CCACAGATTGGAAAATTCAAGatCAAACTCAGATTCTGCGGAACACTAAA AAATTAcgaaattgaaaagaaacacgAAGAAAAGTTGAGAAGAATAATTG GGAAAAAATGCTGTCGTCTTTGGTACTTTTGATTGGATGCGCATGTTCAT GTCTGGCTGCTCCAGCTATCGACTATATGACAAAATGCGAGCGTACACTG CATACTGAATGTGTTTTACAAATCGGAAGTTCCAAACAATTCGAAGAAAA ATGTCAGCCGGATGAACTACTGAAGTGTTTACGCAATACAATGTTGAGTA ACGTTTGTACCGTAGAAGATTCAGATACATTACCGACCATCAAACAACTA ATAAGTTACGTGgagagaaaattcaaaaaggatccaaaattttgtcaaga aagaagaaaactAAAATCTTTTGTCGAAAGATTGCAATACACATTTAAAG TTCAAGGAGAAGGCATTGAATTTACTGACCCCCGGAACATTCAAGAATTC GGATCCGGATCGGCTGAAAATGGTCAAGTTCCGGATGATACGGAAACTGA TGGAGAAGATgacgatgacgatgatgatAACAAAGATGACATCATCAAGA ATGATatcattaaaaagaatgatggtAGCAAAGAAGCGACGACTataaca aaaacgaaagtggaaaAAAGCATTGAAACAAACTCTGTTAAAAAAGAtag taaattttggaaaaaaacatcaaaGTTGATCAACAGAGGCAAAAATGAAC GAGGGAAAGTACAAAATATTGTCTACTTTGATGACCAGAAAGCGAGTAAG AAAAGGAAACAAAAGGAGGATGAGAAAAGACTTCAAAAAGCATGGCAAGC TTTGAAAATGCGATATCAAAAATggtatgaaaattcaaaatactaTCGGT GATAATTTGTTTTACAAAGGATAAACGATCCGTCGTGTTTAATAAAATGT TACTTAGAAAATAAGATTAGCGGTAAAAAGTTACTCTTCAGGCGATagaa aagagtacaatatagcCAAATACTACAGGGAAGCTACTCAACAATGGTTG TAAAATAAGAATTGCTTGGCATTGGACGGCGAAAAAGCCATGCCACATTT CTGGAATGGTTGAATATTTTAATGTGACTGTTTATTGCCCCAATTATAAT ATGGTTTGTTTTTGCTTAGTCTTCTATGATGTGTACATTGAGGTCAAGCT ATTTACCATATCGCAGCatattaaaaatttagaaaggCATTATGGATTTG GaattaaattattatttttaatttatttgctTTCTTATTGGTTTTCGTGT TCTGTATAATGTGGTGGTACTTGCGCCAGAAATATTTTGGTATTGCCCAT AGAGTTTCTTGGGAGTAAAAAAGTTATCAAGATTTTAATCCCTTTATAGA GTAATTTGTCACAAAAGTGTACAAGCCTTATAAAAACCCCTACCCCAAAA TGCTGCCAAAGCGGTGCAGCACTTTTATCACTACCTCCACCCCCGGTAAT GAAGTATTCATATTCATTAATGTTTGGCTTAGTAAGTTTCCAACGTGTAa ccttttttgtaaataaatagagtagaaaacattgtttttttgctttgaag aaaatttattaGATTATAAATATTTATAGATAATATATTACTATATATTG gataaaattatttctttttttgaaaactgaCATATCTTTGGTCATGAATA TGAATGAGACTGAAAAGCCGTCTCAAAGTTAATATACGGGACAAAAATGA CGGCTAAGAATCTGAATGTAGTAATTTTTGGTGACAAAAAATATctacct tttttcaaaatatatgtcGTAGGACAAAAAAAGGCATTTTAATGTATTAT ATAAAgagaaattagtaaaaaattgcgtttattatttaaaatctattgtt aaaaagtcagaaaaatatAC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000377:176603..188691- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00021066 ID=TCONS_00021066|Name=TCONS_00021066|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=12089bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000377:176603..188691- (Clytia hemisphaerica) GAGAATTAAAGAATATTTATTTCATCATAAAGAAATGAGAATGGTTTGCT
GTGGTGTGAAAATTATCTGGTTCGCCACACACGGGGAGTAAAATTAAACA
GCGAAATAATTGAAAAATATTGCGTGTTTATTGTGATTTTTTACCTCTGG
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TGAGTCCGTCAATGTCATTTAAATTTGGTCATCTTCAAATCTCTAAAGTT
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CTTAATTTTTGCTCAAAAAGAATTTTCTAACCTGTTGTTTGACTCATGGT
CTATCTTTGAAATCTCTAACGGTCGAATGAGACGGAAATCAATGCTTGGA
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ATTGTTCCGTGAAAAACAACATAAGTCAACATTCTTTTGCAGCAACATGT
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AGATGTTTTGGTAATTGTAGCTATATTGTAACTATATTAGGAGGACAACT
TCTTCTGAAAAGTACCATTTTAAGGATGATTGATTATACCGTTGACGCTT
TCTATTTCGATTTTCAAGGATAATTGAATTCCCATCGAATAAAGGAGTGA
ATCGAATAGTAGAGCTTTGTTTATAAGAGTTTCTATTTAGTCATTATTAT
TGAATGGTTGAGCGTATCGAATAATAGCGTCAACCATTCAAAAACAGTGA
CTAAATAGAAACTGTAAAGTTCTCCACCTAAATGGCAAACGTTTAGCGAT
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TTTAGCTGTTGTCTTGTTTATCTTTGCTAAAAATTATTTAGCGTTTATTT
TAGTTGAAAAGTTCGTTTGTAATATGTGTCGCATTCATTTTACTGGGTGG
GCCTAACCACTGCATTTTGATTGTTTTGAGTTCTGCAATCTTAGCTGTAT
TTCGAACAATTTAGNTGTCGCATTCATTTTACTGGGTGGGCCTAACCACT
GCATTTTGATTGTTTTGAATTCTGCAATCTTAGCTGTACTTCGAACAATT
TAGTAAATACTTGACTGTTTGAGAACAGGTGTTCCTGTAGGATTGGCTAT
GGGTTGGCTATAATTGAAAAGAAGCTACCGTATACCGGGATTTTCGGAAA
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GACTGTTCTGACTTTCGGAAAACTTTGTACCGCATACTTGAGTTTTTATG
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AATCAAAGGATATTCATTCAAAATAAAATTCGATGAAAATTATTGGGAAA
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TGAAAAAGGGTCGAAAAGGGTACAGGAATTTGAAAATCTCACATTTTTTC
ATGTTTTGTGTTTAGTTACCTTGGCTTGCACTTTATAGGACAAAAATATG
TTTGAATATCTATTGATTAATTTTCCACCTATTCTATATAGACTTACCGC
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CAATTTTTTATCTTAATAATAGAAGAACACACACAATATACTCATTTTCG
TATTCTTGAAATTTGCGTCATCAGCCAATTTATCAATCTGGTGTATTGAA
TGTGCTGGGAGCTTGCTGGGAAAATGTGGAATTTTTGCTTTATCGTTTAA
GCTGGTACAGAATTTCTATCACAACATCTCCCTAATGTTCTTTGGATTTA
CGAGTCTAAATTGAACATTGTGAGAGACGTTTCGAAGCAAATGGTTTCGA
GCCTTTGTAAGACTAATATTCTTACCACATGGTCATCAACAAGTTCTCTG
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TCTCATTTGATAGCTTGGCACGACTAGTAAGGTATTGCATAATTCATAAA
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GTCTTTTGGGTTTTGGACTTTCCTAGCTTTCCTAGGTTCGTTGCCTTTTG
GGTTAGGGAGAATTTAGCGATTGATAACCGTATAGTCTAATCTCGTATTG
ATGAGATGTACGAACCTTTTTAATGATCACTACTGGACACAGTTGTCAGA
CTATAAAGGATGCTTGCTGACTCAAAGTGCCGGTAAAGTCTTTATTGCGA
GTAACATTGACTGGTTACCCCAAACTTAAGAGGTCTGGGAAAATTCATTT
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TTATGAATGAATTCTTATGTTGAATTCTATTATTGGAACTTTAACGTTAG
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CTTTTGATGCCATAATAACTGCATTGTAAGATTTCTTGTACAAAAAATAA
CTTTAAACTATACTATATTCCAATAAAAAACTATCAAATCCACTAAAGGA
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CTGTGTTTTATTCTAATATCGAGTACAACCAAGTAACTTCAGGACACCAG
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AGAAAGACGTTGTTTTGATACCAGCTTGACAAGCCTACCATCCCTACCTG
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TGAGGGGATCAGGGCAAAACACCCGGGGAAATCTTGTATCAGGGCCTAGG
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TTCAAATGGTTTATTGGTAACTTTGGCCCTACGGATTATCGTGAACCTGA
GGCTAAAACTACTCGGGGCTGATGAAATGTTAAATAGATATTATGCGGGT
TTGGTTCTCTGTGGACAATCAAGCTCATTTTAGTTGAGACTTTGTGCTAT
ATACTGTTCATCGTGAATTTAAGGCTTAACAAAAACGGATGAGTGTGTTT
CTATGGCTGTTTTGTTAACAAAATATTTTTCAACACCACGCCTCGTTGCT
TAAAATTGGCGTGGAAATGAAACGCCCACTTCATTCGCCAAAACGAAGGA
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CTCCACGCGTGTTTTTGAAGTAGGCTGTTAAACTCTCTGATGTTTTTCTA
TTACAAATTTTGGTTGAATTTTTTTATGCTGCTAAGGTAGTGCATTTCTC
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GAGAGTATGTAAAGTTCTACAGGTTTTTCCGAACATTCATATAACATTAA
ATGGACGCTTTGAATGTATCTTTCCAAAAAACTAGATTATACAAGAACGA
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TGACCAGCAATTAAAAGCCTTATGATTGATTGATCCCCTATATTATTTTT
TTTATAAGAGCTGATTGAATTTGAAGTATTTTGAGCCAGAAGTTCGACCT
GAAACCTATTTAAGCAATGAAATCCTGAGTCTCGGATTTTTAGGAATCAA
AAAGATCTTTACAAAAAACTTATTGTACCAAGAATATACCTATGACATGA
AAGATTTCAAAAATTGAGACAAACCGAGGCTAGCACAAAATTCACTGGTT
CTTATAAAAAAGGTTTATTTTTCCATGATAGTGCTNAATAACTGCATTGT
AAGATTTCTTGTACAAAAAATAACTTTAAACTATACTATATTCCAATAAA
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TCCATAGACTGTGCAAAGGCTAGCTGTGTTTTATTCTAATATCGAGTACA
ACCAAGTAACTTCAGGACACCAGGGTGTGAAATAACCCTCCTCCCTGCTG
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CATAGAGATTCTCAAGCAGATTTGGGTAGCCCACAGCATGTGTCTGTAGA
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TTTGAATGGTAGCTGGTTGATCAGATACTAGAAAAGAAATCAGGCAAATC
GGGCAAATTTTCGATTTTGTATTCACGTTTTTATTACGTTTTTTTGTGTC
TTGTTAAAATCGAGTTCTGATCTTCGATGGACGAAAGAGATTGAAATAAT
TTTTTTCAACTCACTTAAAGTTCATCTTGACTTAGCAAAATTGATACATG
ACTAGCAGTGTTTCGACTCATTTCACGTCATCTGGACGTTAGAAAGACGT
TGTTTTGATACCAGTTTGACAAGCCTACCATCCCTACCTGTACTGTACAA
AATAAACTGATTGCTTACTTCTAAAATAAGGAAAAAGTTATGTCTGAAAC
CGTCGTAATAATCTTTAGCCGCGCATCTAATCCATTTTTCGCAAGAACAC
AATAATGAGTATTACGTTTATGATAAAATCATAATTTTTCTATGTTAGTA
AATTGCTAACCTGCTGATTAAATTGCTTTTTTTTAGAGTTCAGTTAGACT
CCGTTATCTTTTTTGGTTTGATAATATTGAGTGTATGTCATTTAATTTTA
TGTTTTGAAAGTGTCCAGTCAGATTCCGTTATATTTGGTCTGAGAGACCG
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TCAGGGCAAAACACCCGGGGAAATTCTGTATCAGGGCCTAGGAATGGTAA
TTGAAGATTCCCTGGAGGTGACTTTTTTAGGAATAATACATATTCAAATG
GTTTATTGGTAACTTTAGCCCTACGGATTATCGTGAACCTGAGGCTAAAA
CTACTCGGGGCTGATGAAATGTTAAATAGATATTATCCGGGTTTGGTTCT
CTGTGGACAATCAAGCTCATTTTAGTTGAGACTTTGTNACTGGTTCTTAT
AAAAAAGGTTTATTTTTCCATGATAGTGCTTGATAGAGTATAATCTCCTC
TTTTATTTGGTTTCTTTGGAATGATATAATTTTGATGCTTTAAATACTTG
CATCATTAATATGCATTTTTATAATGGTGATGTTAATTCAATTTGCTTGG
TTGTGTGTGTAAGTTTCAAGGAAAGATAACAAAGTTGAATGTTAAGAAAG
ACACTCATTCTGCTGGTCGCGTCGTGGGTTTTTTTCTTGATTCCTTGTTT
TTTGAATATTGATAACAACCTCCATTCCAGTGTATTGAGGGTCACATACT
CTTGCTGGTATCCATTAAATATATCGAAAGGAATGACGTTGTATAGAAAA
TTTCTTGGAAACTTTGATATTGTAGGTCGGTCTGTTCTTGTGAACTTTTC
TTGTAGTACCTGTTGTGGTTAAATATCGAGCATCATTAATTTTCTAGCGT
TTTTGATGATCTAGCGTCTTCAAATGTTTCGTAAAGCTTGGAATACACGG
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GAACGCTAAAAATGGACGAAAATAAGCATAAAAACGATATATCAAATTAA
TTTCAAACTTTTTATTCGACTTAAACGTTTAGAGCTGACTTTAGAAGTTA
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ACGAATTTTTGTGTCACTTATCTTAGAGCCCTTGCTGCATTCTGGAATTT
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ATTTGAGCTGAGGCTGGGCATATGCTTCAATTTCTATTGTTCTATAACAA
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TTTTTCGTTCTCAAACGTAAAAAATATTGCCCCTTGTTGCTGCTCAATCT
TAATAATGATTTGCAATTTTCAAACCTTCTCTTATTTTTCTTTCTAGATC
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CGAAGAAAAGTTGAGAAGAATAATTGGGAAAAAATGCTGTCGTCTTTGGT
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ATATGACAAGTAAGTAAAGCTGGTTTCATGTCTACCAAGGGTCAAATTCT
ATGATCCATGAATCCCGACAGGCATTTGAGCGTCGAGGACGTTGATTTAA
CTTGTTTTGACCGATGGGTCAAGAGTTACCAAGTTGAGATTTCAAAATAA
GGCGATTCTACTTTGTGTTTTGTTGGGCCTTTAGAGGTCTTCACTGCAAA
GTTATTTTTTAACATAAATCGTGCTTCGGAAAAAAGGCAGTTTAGAAAGT
ATAAAACTCTGCGAATCAAACTAACTATGAGGTCTCATTTTTTGTCTAAT
GTGAGGTTCAATTTACCATTTTCACCTAATCACTAAATAAAATTCTTTCA
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GTTTACGCAATACAATGTTGAGTAACGTTTGTACCGTAGAAGATTCAGAT
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TCTAGGTAAGGTTTTTACAAGCATTTTATTTTCATTGCTTTTGATATTGG
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CCGGAACATTCAAGAATTCGGATCCGGATCGGCTGAAAATGGTCAAGTTC
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AAAAACCCCTACCCCAAAATGCTGCCAAAGCGGTGCAGCACTTTTATCAC
TACCTCCACCCCCGGTAATGAAGTATTCATATTCATTAATGTTTGGCTTA
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ATATCTTTGGTCATGAATATGAATGAGACTGAAAAGCCGTCTCAAAGTTA
ATATACGGGACAAAAATGACGGCTAAGAATCTGAATGTAGTAATTTTTGG
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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TCONS_00021066-exon-sc0000377-1575043694:188321..188691 | TCONS_00021066-exon-sc0000377-1575043694:188321..188691 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00021066-exon-sc0000377-1491911889:188321..188691 | TCONS_00021066-exon-sc0000377-1491911889:188321..188691 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00021066-exon-sc0000377-1491911889:179283..179444 | TCONS_00021066-exon-sc0000377-1491911889:179283..179444 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00021066-exon-sc0000377-1491911889:178668..178934 | TCONS_00021066-exon-sc0000377-1491911889:178668..178934 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00021066-exon-sc0000377-1491911889:176603..178072 | TCONS_00021066-exon-sc0000377-1491911889:176603..178072 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000377 | supercontig | sc0000377:176603..188691 - |
Blast
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