TCONS_00019334 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00019334
Unique NameTCONS_00019334
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1925

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00019334 ID=TCONS_00019334|Name=TCONS_00019334|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1925bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000325:102749..124611-

Legend: exon
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>TCONS_00019334 ID=TCONS_00019334|Name=TCONS_00019334|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=21863bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000325:102749..124611- (Clytia hemisphaerica)
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ATCATTTACATTGAAGAAGCACATCCAACTGGTGAATGGGTCTTTAAGGT ATGGCTATGTTTACATTGTATTTTTATTTAATTCCTAACAATTAAAAATT GACAATTTTAGGAAATTTTTTCTTCTCGGGGCCTCCAACTTTTTTGGTGA AAGCTAATAAGCTATTACACAGCTAAACTTGAAACCGGTATCCAGATAGA TTATTGATTATCTTTTTTGTGGTATGGAATTGGGCATCTGTAAAAGTTTT CGGAGCGCTGAGGTTGTGATTTTAATTACAGTTGAGCCTGTTTTAACCTT GAACACAGGTTTTCTCATTCCTTAAGTTAACAATATGTCTTATTAGAAAC CTTACTCCATAACTCGAAATTTCCTTAATTCGAACAAATTTGTTATGAAA ACTACACTGTATTAACAAAACTAAAAAAAGCAAACGGTAGAATTTCCGTA GCAGAGATGTACTCGTGTTAATGACAAGCTTTGAGTAAACAAAATTTCAC AATTTCAAGGATATTAAGGAAGCTATTAGGGAAGGAAAATAAATTACAAT TCTAAACCAAAAAAGAAAGATTTTTTCGCAATTTTAAAAGCTATTGGATC ATTTTCCCGGGGGGCACTCAAGGTAAATGACCTACCATACGTGCGGTTGT TAGGGACATATTTTCCAAATATTTTCCCAAAGTGCACTCTAAGGGTGTAA AATTTCAAAAATGATCAAAATTATTCAAGAAAATGCACCGTAAGGATCGA TTTTTCGCTCAAATTTGATCAAACTTTGCAAAACTTTCTCTGCACTGTAA GGGTCTGATTTCAAAGGCTTAATTTTGGGTATGGTCGTTTTTGAATTGAG TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCC CCCCCCCCCCCCCCGGATCATTTTTAACCAAACCTATAATTTTCCCTTGT CACGATATCAAACTACATCAGAATTGGTTTCTAAAACTTATCTGCCAATA ATGTAAGTATTGAGGAGGCAAATCACTACTAAATGTTGCAGAATTGATGC GGAAGTAAGCAGAAAATTAATAGCTCTTTAAAAATAGATTAACACACATT GGACTGACTCCTCTTCCAATAATTTCGCAATCTCACAATTATGATGCGCT AAAGCAGGGACATCAGAAACGTTTGTATGAAACTTGTTGTGCGAAAAAGG CAGCTGTAACTAGACTTCGTTTTCAATCAAGTTTTCTGGTGAGATCTAAG TTCAAGGGAATGTAAAAAGCTGACATAATTTCCCCATAATTTGTAAAAAG TGCGTGCAGAAATTTCATATTTTGATTTCGCGCTTTCGTGATTACATGAG TTTGAACAAAAAAAAATTTAAAACTTTCATTAAAAAAATACATAATTTAT TTCATCATGTGTCAAATACAATGAAATTATCAAAAAAACTGAGCAAATTA TGTATGAGTTATATTGTTATATGGGTTATTGACGTCAGTTTTGTCCCGTG ATCATTTTCATATGTTGGTCACGCAATTTAAGGCTCAAACAACCTTCAAG CAACAACAACCTGATCAATAAAATCAAAGGAGTTTTTTAATCCACATTTT TGATAAAAGAAACAAATTGTCCTGCAAGGGTCACGCAATATTTCAATAAA CCCCCGGTTTTGTAGCGATTGGTATGCTTGAATGCTTAGTTTTCCAGGGG GTTTGATGAGCTGAGTTGTCGTATTACCCCTAGTATCTTAAAGATCACGC AATTCTAAAAAATGTTTTATTTCATACACAACTGCACGAAATTCATTCAA ATATTTGAATGTTTCGAAATACTGTAAAAAAACGAGGCTTTGAACTTTGA TCATTTCATTCCTGTAATTCCGCATCTCTGAATCTCTGCATCAGGGTCCT TTAAGGTAACAATTTGTTGATACATCTGACTTATTGCTCTAATGAAAGCA TGTCTGCTACAAAAAAGATTAACTTGTACTTTACAGAGTTTAAGGCATTT TTAATGATTGAATACATTGCGAGTGCAATTGTTCCCATAGCATTATGTCA AAAACATTATGATAACATTTCTGTTGAGGTAGGAAGGTATTGAAAGGCAA ATAAATGGGGGGATTCTGGCAGTGTGTCCCATTTTGAAAATAAATCCCTG ACAGTATTGTTCACATGAAATACTTTTTAAGCAAAGAAATTATTGTCTTC CTACGAGACTATGCATGACGTCAATAATCGAAAATCCCTATCTATTTAAA CAATTCTTTGGCATTTGTTATATTAATATACCTGACTTGGTCGTTAAGGA AATTAATAGCATCATTATCCCCAGCAAGAAGATGCATAAATTCTTTGGAT GATGATTAAAAGCATGTCCTTCCATATATCTTTATGCTTAAACCATTGAG TTTAAAGCCCGAAGGGCTAAAGTAGAATCTCTAACCTTTCCCAGCCAAGA AAAAATGAAGCCAATTATTTCCCATCCAGAACGCGCTCAGAACGCGCCGC AATCATAACGACGGATTGTATCTAGTGGTTCTTTTGTTTTTGAAGACTGC ATTTTTTTAAATCTAGTGATGGATTTTAGTGAAATTTCTTTGAAGATTTT GAATGAAGTTGTTTTGCGATCAGTAAAGGTGGGGGTAAATTTGACTTTTT GACCTCTCCAATAGGAAAATTCCAATTAAAGATTTTTAACTAAGTTCTAT CAGAACGGAAATCAACGGGTGTTTTCATTAAAATTTGCATAAAAAAAATA ACAACCACATTCTAATTAAGCGTTGGTATACATTTTCCTCTCAATTAAAA TGATTGATAATTCTCTTTTTAAGGTTTGTTTACCTTGCCCGATTATAATG ACAAGGAAATTTCGTAATACCTCAGGCTTATTAAAAGTATACCGATTCTG ATAATTAACCTTTTCACCTTTCTTTTTAATCTACAAAGTTAAGAAAAATA GCCCCCTCATTTTAAAGAATTATAAGAGTTTTACTACTGGACATCTGCCA ACAATTTTATGACTCAATATATTCAAAATAAATATACTGTATAACTCGAA CCCAGTCCTTTAGTCTATTTTCATGTTTCTGATATAGCGCTAACGGTTGA ACCCGGGGAACAAACGTCCATCAGCAAAATCAGAAAGTGGTGCAAGTGTC CCTGGGTACGAGATCGTAAAAGTCAGACATGTTGTTGTTTTTGTTTTTCT GAAAACGATTTTATAAGTATGCGTTGAGGCTTAATTTTGTTCATTTGATG GATCTTATAAAAAGATAAAATTTCCTGAACTCTGCGTCAAGTGACATCAA GTAGCTCCTCAGACCACCAACAGTTAATAAGGAGTTAGTAGGATCACTTA TCCGGCCTATTGTTTCTTTTTTTTTATTATAAAAGATCTTAGAAGATTAG GGCCCATCTCAATTGGCTCATTATTAAAGGATTAGTAGGATTTGATGTTC GTGTGTCCCAATCTTTCCACCAACAATAGATACAGGTTTTTTATAAGAAT CGGCAGTAAATCTCTTCTTATTGGTCTATACGTAGTTTCAGCTGAAATAG TCCAACAATAATTTTTAACACGCTGACTCGTTTATAAAATGCTTAAACGA TCCTAAATTTAGAAAGTCTTTTATTTCCTTCTTCCATAGTATAAGAAAGC TGAAAAATTGGAGAAAAAAATCCAGAGGGGTCTAATTTTGAGCCTTTTCA TTCCCACGATAACACTTCTTCCTATAGAAAAACAAAGCACAAAAGAAGAA TTTGACTATGTTAAAAGTTGCATAACTATTCTTGAATGACCTAGCATGAA AAACTAATTGGCAAACCTCTTTAAGATAATAAGCCTTAATAAGCTGCCCT GGGTGGTATTAGCTGAATCGTGGTAGTCATAGTTACACAATCAAAGACAA CCTTGCAATTTAATTCAATTCAATTATTTTTGACTGTCTTTTCGCCGATA AGTTGAAAATATTCTATAAAAAAGTCAAAAAAGATTATTTCCAATTTTTC AGGACCCTCTTGGATTTTTTCTCTCATCTTTTAGACTACCCTGAATTTTA GTCCTCGTTTTACCTCCTTAACATAAGGGGACAGACTATTTCTGGAATAG CCCATTGTTTTTATTATGAAACAAAGTGTGCAGATTTTAATAAATAACAC CAATTTTTGGGTTTCTCTTTATCAAATCCACAATTTAAGACAATAGAGAG CAAGTACGTCGGAAAAATGCGAAGGAGTGCAACGCTCGTTAAAAGACAAC GAGATTACAATTACAAATGTCTTCCTCTGATAAGCTCAATATGGTCTAAA ACCACCTATGAAATGGGTAGGGACAATGACTAAAAAATTATAAACTTGAT TTTAATAACAAAAATATAATTTTTTTTGACAGGATCAAGAGCAAATTACA CAACACAAAAGCATCGAAGATCGTATCACACAGGCAAGTAAGCTACAAAA AACATACCCAACAATCTCTATCTATGTGGATCAAATGAGCAATAAACTGA ACAATGCTTTTGGAGCTTTCCCAGAAAGACTTTACGTTCTTTTGGATGAT GTTGTTGTATATCAGGGAGGATCTACACCGATAAATTATTCATTAAAAGA TCTTGAGAAGTGGATCGCTAAATATGTATCTAAAATGGAAAGACCTGAAA AGTCAATGTTGCCTTTGTAGAGAATTTTTATTTTAATTCAAATCAATTTT ACCACATTAACTTCATACCCTAGCTAGCAAGTAAATCGATCCGATGTTTG GCCACGGAGGATAAATTTGACTCGTTCCTGAGAGGAGAGCTAGGATTATA AGATACCATTTCGAAAATCTTCCCTAACACTTTTTCTCAAAATCATAAGC TTACGTTTTTCGCTGTTGTTTAAATCATGGGCCCCGGCGAGCCATTTTGA GTGAGGGGGCCAATGTTTTGGAAAAAAATGTCACCCACCATGGTTGGGCG ACAAAGAAAATTTTTCACTTTTTACACCCTCAAAACACCTTAAAACAATA TCTAATTGGGGAGAATAATAGTTTTTGTGGTTTGATTGGTCTCAAACCAG CTTAAAATAGTTACTTTTAAAAACGTATGACATGGTCTACCAAAAAGTGG GGGTCATGGCTCCGGCCCCCCCTGTTGATGGGGCCGATGTAAATCAGCTC ATAAGGTGCCGAAATTGATTGGGAATCGAAATATTGTATATATATAATAT TGAATATTAATTTGTATATAAATGGTTTGTAAATATAGTTATATTTAAAT TTTTCTAAGGAAAAACGAAATGTTTTAGAAAATAGGGGTTAATTAGACAT TTAACCAACCTCGTGTCCAGGAAATTATTCTGATGGTGTCAATCTACTCA GGGGCTCATTGATTCAGATCATTATTGTATCTTTGCTCCTATTCCTGGGA ACGAGGATATCTTTTGGTTAGGTTAAAATAAAAATATTATTTTTGCACTT ACACACATACACAAAAGATTTTTTCAAATTATTTCTTCAATACTTTAGTG AGATTTTTTAATGACCAATTTATGATTATTTGATAGGAAATTGTTTAATT GTAAACAACTTATTAAATATGATATTTTTGTATTTTTTATGTACAATAAA TTTTTCATTGGAATTTATAAAGCTTGCTAAAATAAAATACGCAAAATGAA ATTTTGTTTTTTC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_010861XLOC_010861Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00019334-exon-sc0000325-1575043694:124574..124611TCONS_00019334-exon-sc0000325-1575043694:124574..124611Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00019334-exon-sc0000325-1575043694:109594..110040TCONS_00019334-exon-sc0000325-1575043694:109594..110040Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00019334-exon-sc0000325-1575043694:108414..108572TCONS_00019334-exon-sc0000325-1575043694:108414..108572Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00019334-exon-sc0000325-1575043694:102749..104029TCONS_00019334-exon-sc0000325-1575043694:102749..104029Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00019334-exon-sc0000325-1510915933:124574..124611TCONS_00019334-exon-sc0000325-1510915933:124574..124611Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00019334-exon-sc0000325-1510915933:109594..110040TCONS_00019334-exon-sc0000325-1510915933:109594..110040Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00019334-exon-sc0000325-1510915933:108414..108572TCONS_00019334-exon-sc0000325-1510915933:108414..108572Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00019334-exon-sc0000325-1510915933:102749..104029TCONS_00019334-exon-sc0000325-1510915933:102749..104029Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00019334-exon-sc0000325-1491911889:124574..124611TCONS_00019334-exon-sc0000325-1491911889:124574..124611Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00019334-exon-sc0000325-1491911889:102749..104029TCONS_00019334-exon-sc0000325-1491911889:102749..104029Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000325supercontigsc0000325:102749..124611 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0 0 0 0 6.30976 0.0981989 7.95183e-08 5.61741 0.00662871 2.41267 0.000105459 3.17299 2.46713e-05 1.67668e-06 1.35936 0 0.963059 1.02879e-05 2.5713 7.22577e-05 0.729188 2.17825e-05 1.0389e-05 1.36347 2.51272e-05 2.99098e-05 0 0 0 0
Blast
BLAST of TCONS_00019334 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: IOD3 (Thyroxine 5-deiodinase OS=Homo sapiens GN=DIO3 PE=1 SV=4)

HSP 1 Score: 120.553 bits (301), Expect = 8.042e-30
Identity = 62/144 (43.06%), Postives = 93/144 (64.58%), Query Frame = 3
Query:  492 PLVINFGSNS*PPFMADSRSFLELKNQYEEQMDFVIIYIEEAHPTGEWVFKDQEQIT-QHKSIEDRITQASKLQKTYPTISIYVDQMSNKLNNAFGAFPERXXXXXXXXXXXQGGSTPINYSLKDLEKWIAKYVSKME--RPEK 914
            PLV+NFGS + PPFMA   +F  L  +Y+  +DF+IIYIEEAHP+  WV  D   I  QH+S+EDR++ A  LQ+  P  ++ +D M+N  ++A+GA+ ERLYV+    ++YQGG  P  Y + +L  W+ +Y  ++   RP +
Sbjct:  160 PLVLNFGSCTUPPFMARMSAFQRLVTKYQRDVDFLIIYIEEAHPSDGWVTTDSPYIIPQHRSLEDRVSAARVLQQGAPGCALVLDTMANSSSSAYGAYFERLYVIQSGTIMYQGGRGPDGYQVSELRTWLERYDEQLHGARPRR 303          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00019334 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
IOD38.042e-3043.06Thyroxine 5-deiodinase OS=Homo sapiens GN=DIO3 PE=... [more]
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