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The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00018278 ID=TCONS_00018278|Name=TCONS_00018278|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3004bp TTTTGACTGGATTTCATCTTCTTTCTTCGAAGAGAAACTGGACAGAATTT GAAGAAACTTAAAGGAAAATATGTCGTCACTGTCGGTGCAGTAGAGAAGA TCACTGCTTACTACCGCCTACCATACAAGAGAAAACGTACAGTATAAGTA AATTTGCTGACCAACATCCAAGCAGTATGGGTAATGATGGAGATAGTGGA TGCTCGACTGAAGAATATGCATGGGTGCCACCTGGCGTCTCTGGAGAACT GGTCAATGCTTACATGAACAGTTTACATGAAGACAAAATCCCGTTTGTGA ATAGTATTGGTGAAAACTATCGAGCCAAACAATTATTATACCAACTACCT CCTCATGATAGCGATTCAAAACATTGTCATAATTTatctgaagaagaaaa acgTGAACTTCGCAGTTTTCACGGTCGACGACGTAAAGATTGTTTGGGTA GAGGAAACGTCCGCTTATTTCCGAACGTTGCGGAAGGAAGTTCGGGTGTC TGCCAACAGTGTTCCAAACGTATCGTGCCTGGCGAAGTAGTTGTTCACGC CTGGCGAGCAGGAAAAGAAGCATGCTGGCATCCGGCTTGTTTTCAATGTA CCACGTGTCAAGAATTGTTGGTTGATCTGGTGTATTTCTACCAAGAGGGA CGCGTCTATTGCGGACGTCATCATGCTGAATTGTTGAAACCAAGATGTTC AGCTTGTGACGAGATCATTTTCTCGGATGAGTGTACAGAAGCAGAGGGTC GTTTCTGGCATTTGGGACATTTCGCATGTTACGAGTGTGACAGTTCACTC GGTGGACAACGTTACGTCATGCGTGATAACCATCCAATTTGTTGCGTctg ttttgagaaaatgttcGCTGAGTTTTGCGATTCGTGTGGAGAGCCGATCG GTATCGATGTCGGTCAAATGGCACACGGCAGTCAACATTGGCACGCGAAT GAGAAATGCTTCAGCTGTTTCAATTGCGGACAAACGTTACTCGGCCAACC ATTTCTACCGAAAAACGGAGAAATCTTTTGCTCTTCCGGTTGTAGTCGGG GCATCCCACCACCGAATCCGGTTAACCCGAAATATCCTCCTCGATCAGCG TCAAGAAACCGATCTTACAGACCGTCGTCAGAAAGTTCAAACAATAATTC ACGCGACGGGTATGTCAGTTCCAGTACAATGTCACCTGAACCGGTTCGCA AAATCGTCGAAATCAGATCGAAGGCTAGTTATCGAAGTTCTTTGGATAAA TACGGTCTAGCAGCAGCAGAGAAAATCGGTGATATAGTACGTAATATGCC GAACGGTGGCGTAATAAAGgaagaaagtgacgaaaaaGACGAGACGAGTT CCACTTGTTCTTCCGTCGCTTCCTCAAGAGCGAAGGAACTTCCATCCTTT CCTCCCAGTAATCGTCACAGTAAGAAACCTATACTTCGTGTTCCCCCGAA ACAAAGACCTAAACCTACGGGACCGGAGATTTGGATCGATATGGTACCCC CTAAAGAAGCGACCACGCATCGTAAACAAGAAGAGGACTGGGAGAAACAA TCTGTACGGAGCATGCGCAGTAACCGAAGCACGACGTCGACTAAAAAATA TGGCGACGCTATGAGTCATTTGAACGGTAATGATACTATAGAAAGACTTG TCCAAGGTGAACGACAAATTAATCGTCGGCACCGACGTCGGAAAGTTGAC GATTCATATTTCTCGGACTACGAAGTTGAGAGACGAAAACGCACGCAAAG ACGTAAACAAACTCCTCTCGTTTATCAAATGGACGACGAAAAACCTAACA TCCCTCTTATGACTGTTAAATCGCGTTCAACAGAATCGTTAGACGCGGGA AAAGCGCGTGTAGCGGGTCGCCGTGACGAACGGGACGGTAAAAAGAAACG CACTAAATCGGAAACGAATTTAACGAACTCTAAAAATTACAAATCGAAAA ATGACGCAGTTGCAAACTTAAGACTGAACATTGATGTCAATTCGCCGaag aaacaatcttacaataaaATGGAGTTGAGTAAGAAAGCAACCAATAAAAA AACAGAATCTAACGACTCCCGTAAACCAGCCCGTTCTTTCGGTATGTTTT CGGCTGAAGATCAACAAATGACTCGAATTAATTACGTCACACAAGACGAT ATGGCTATGGACCATCGAAGAAATAGTAAAAgtcccaaaaaatcaaaaag gaaaAGTAAAAACCAAGGGCAATGTGTTATCTCATAACCATTTCATagtt aatattttattttttattccaCTGATCTAGCTCTCTCcttacatttgaaa attatgcatttttaactttttttggttttatatttttagttttactAAAA TCTATTTTACATCATTCCTCTAGTGTATTATGGCAATGATTTGGAGAACT GAGTTTTTCACTCAGTTTAATGTTAAATCTGCACACATAATATGtaataa taattttgaaattggttCGTCTTAGATCCCAAGGTAATTAAAAGATTCAG AAATGTTGAATCCAAAAAGTGGTTCAAGTCTCAAGGCTCTGGGTACGATA TTAGATCATAAATCAAATGATCGTGAAATGTATTTTTTCATTGTGAAATA TATTAGAATATGTTAGGTTTAGTGCTCCGTGTGCAGGCTGTGAAAAATTC ACCGCCGGGTGTCAATTAAATTATGTATTTTCTTAAGTGTTGTTATATAt acaaaaggaaaataaaaaatgtaaataatgaAATAACAAAATGTTAATAA AACAAAGTAAAATCTATGTTTGCTAATCTGAGTAAGAATTTCTTACAAGG ACGGTCTACCCAGGGAGCTGGAACAGTCTTTTCGGTCTGTAATAGCGAAC AACTCTGTCGACCCTGGGTTTTTCTTTTAAGGGAAATTTGAGTGAATTCA AAAACTTCTctattagtagggggaaatttgtaaaatcgctcgactttttt agtcaaagcacttgttatacatttttggtaagctaaggggtaggggaatc aaaa Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000295:75106..97491- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00018278 ID=TCONS_00018278|Name=TCONS_00018278|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=22386bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000295:75106..97491- (Clytia hemisphaerica) TTTTGACTGGATTTCATCTTCTTTCTTCGAAGAGAAACTGGACAGAATTT
GAAGAAACTTAAAGGTATGAAAATATTCCTTTTACTTTATTTTTTTTCCT
GTAAGTTAAGACTTTTCTTTTAGGAGGGTCCTTAGTTGCTAGAGCGGAGG
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TTACATCCGATTATGATCCTTCATTGATTGTTTTGTTTGATTGCATTTTT
TATTACCTTTTTAATCTATTGTTCTAATCTCCACTAATGATGGTATTTGA
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CAGTTGATGCCACTCAATAATCTACATGAAAGCATGCATTATTAAAATGT
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TTTAGGGCCAGTTTATCGTAGATATCACCCTCTGACCCATCACATGTCCA
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ATGAACATATTTAAATGATTGCTTGTATCATAAATTTGCAACAATGGATA
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TAGCCTTTCCAATACTGTTATAAGTACTGTCTACCATTTTGGTCCTATAA
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GTTTGAAGGTTTTTTATCACAGAAATGAGATCATGGTGAATTTGTAATAT
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GAATCAGTTGGTTTATTTTGCCATATACATATAATAGGACATATAATTTA
CCCTAAATATATTCTAAAGGTTGTTGGGTTCGATTGTTGAAGTATTTAGA
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CGGCGGTGCAATTTCATCCAAGAAAACTTATTGAATTATGCTGAGTTTTT
ATGTTTGTTAAATCAAATTTTCATCTTTCGTCTGTTTGATCACACTTGAA
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CGTTATTGTTCGGTAACCATGCCATTGTATCATCCACTATAAGAAATCTC
CTTACTGTTTGAAGCCATTTTTCTTGTAAGAACATTAATTTGTCAAATGC
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AAAAAAAAGAGATTCGCCTTATCCTTTTTTTTCTCTCTTTTATCAACAAA
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CGTTGTGAGCAATTTATAATATACAGAAAATTGTTTGAGGCTTTTGAGAG
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GGTAGTAGAGTAATTATCAATGAAACTTTGATCGTTGTAGCCTGGGTCGG
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TAGCTGGGAAATAAGGGTTTCAAAGAAACCAAAAGAGATTGCTTTTTTAC
AATTGATGTGGTCAGAAGTCAATTTTTCTATGTCGGATTGAAATATGATT
TTTGTTAATATGTGTGTATGTTTGTGCTGAAGTATGCCTCAAAACACGCT
TATCTTCTCGGTTTGACTGTATTGGTTTTTTCTTTTGTCGTTCAAAGAGA
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TTAAGTCAAATCAAATAAAAACCCAAAATTTGTACAAAACAAAACGTACT
TTACACATGTGACTATGTTGCCAGACACATCAAGCAACAACCACAACAAT
AAATACTCACGAACAAAACATCAACATCACGTGACACACAACAACAATAA
CAATACAGTGGTCTCTATGACAACAGAACAAAGCAAAGAAAGATCAATGA
CTTCTTCTTGTTTGAATGAAGATTTATATTTCTCGGCAACTGAAGATGAC
GAAGAAATGCTTTGCTCAAAATGCAGGTTTGTCTCCCTACCTTTTTCGAA
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GCAGGTTTGTCTCCATAATTTTTTGAAACCTCTCAAGATGCAGGTTTGTC
TCCCTACTTTTTTCGAACCTCTCAATATAGGTTTGTGTCCCTATTTTTTT
CCAAAACTCAAAACCAATCAACATATTGGTTTATCTCCCTGTTTTTACAA
ACCTTTCCAGATACAGGTTTCCCTCCCTTTTTTATCTACCAACAGGCTTA
AGAAAATTCTCCAGGTTACAATGCAAGATTTTTTACCATACATTTCTTAA
CCCTTATCACTTAGGTGATTTTGAATAAAGGAATTTTTTTCAGGAAAGTA
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CTGATTTAATTACAGCCTTAACCCTTTCCGCCCGAAATTTATCATTTTTT
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AACTTTTCTATGTTGAAAAATAACTATTCTACAATGTTCAACTCAAAATT
ATAGTCATTGGCTAATACTTCATATATTATTCAGAAAATGCTAAAAAAAA
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TGTTCGGTTTGATTCATTAACAAAAAGGAAATTGGTTTTCAGCCGATAGA
AAATCTAATTACATTTTCTTGTCCGTATCTCTTCAGACAGTTTCGTAACT
CCATCTTCTTGTCATCGTTTGTCTTCTTAATTCCACACAATAATGTCTTG
ACAAGAATTTGGAAAATTTATAAAGAATTTTGTATAAGTCGTTAACTACC
GCTCCTTAGATTTAAATTTAGACTGATTTTTTGATAGATGTTATCAATTT
CCTTGGCGGATACTTTCATTTGTTTTGGAATTCCATGTATACTTTAGATT
GTTATTAGCAATATTTTTAGGTTTCAGAGATTCCGGAATAGGGCTAAAAA
TGACCCTGTTCTGATATTCCTATAATTGACGGATCAACAAGCTTGTCAGT
TTATAACCTAATATTCGACAATTACTACCCCTCAAAGGAGACCCCCTTAT
TTTGAACTACAGTCTTTCTACTCTCTCAGAATAATATGTAAACTAATAAT
ATGGTGGGTTCATCATTAGATTTAGATTCTAACGGTAGATAGCAAAACCA
AAGCAAGGCGATCTTAGGCAAGTCTTTCAAAATTAGATTTTACTGAAAAC
CCACTACACGAGATTGACGTAGATTTGACGAATTTGTCTCCCCTATCGTG
ATATAAAAGTCGCAAAGTGGAATAGACGTTAATTGCGTAAAAAAACGCGG
GTGACGTCTAGTATAGGCTATCCCCTATCGTGATATTTCAATGTAAGTGC
CAATTATGCTATACAGTCTCCCATAAAAAACCTTTCATGCCTGCCAAGTT
GAATTCAGCTCGTCAACAACATGTGACGATTTTATCTCCTTAATATGTCT
TTTTTGGAATTACAAGCGTGCTACTATTTCCGTCGACGGGAAATCAAACT
CATTAAAATATGTTGGTTCATTTCTCATTAAAAGTGATTGTTTTTTTATG
AAAAGCAACCCTAATCTTCCTTTGAATTTAATTAAAAGAAATTTTGGTGT
ATTTTGCAACATAATTTTGTAAAATTTAGGAAAAACCGATATCTTTTGGT
TTTTGAATAATGCTCATTTTTTGATTGCATCTTTTCGCCTGATTTTTCAG
TCATGAAATTTGTACTAAAATTACGACTAGCTATTTGGTAAATTTACTTG
CAATTCTTCTTATGCCTAAAATAAAGTTTCGAAAATTGCTTGAAAATTAT
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TACTGCAACCAAAACAAAGCTATTAGTAAAAAAACTCCAAGTTGACAGTT
TAATAGGGTGTTTGGTTGACACTTCGATCTTTTGCTGTTAATCATCTAAA
TGCAATTTTAAGTACCGCAATTCTTCATTTTCGACATTATTTTCGTAACA
TTTTTTTACTGACGCAAATTATAAACGCCTTGTTGTACGCGCGGCCCGGA
TATTGGTCATTTAGTTTCTTATGTAACACTACCTAGCGTTTGAATTTTGA
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TTACATTTCATGATAATTAGTTTTTCTTTTAATTGAAACCTATTTCATAT
GCTAGCCTTTGGGTTATTACTTTTATTCATATTCTAGACAAGATGCTCTG
CTCCCTTCACTCTTCTTTTTTTTTCAATAAAGATGGCTAACTTTTCTTCG
AGGATACACAAGAAAATATAATCACATTATAGCGTTTATCTTCATTACAA
ACCGTAATATGAGTTCAGTAATATCTAATGACAGATTTGAAACAAACTCC
CGATTTTTATCACAGCAAGGGGTCTTCAAACAGAACCCACATAATTGGGT
CAAAAGGTTTTTCAGTTGACCACCATCTTGAAATTTATACAACAATCTAC
CCTAAAGAAGATTGACGGCTTATGGGGCTTTGTTGTTGTTGTATGATCTT
TGTGTTTTATAGATCACGCTGCGCTCTTAAACAAATCTCATTAATCAATT
AAAATTCTCAACCTCTTTTTAAAATGACCGCATAAAATATGAAATTCGTA
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ATAGCATTATATTTATTCATCAGATTCTAGTCACCAAATATCGACCCGAC
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ATGTTTAGTTTTTAACCATATCTTTTTTCCATTCTCTTTATGTAGGAAAA
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TATTTTCGTTTCTTGACGTACTGTATACAAAAGTTCCGGTTCACTAAGGT
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ATGACCCAGCGTTCTACATAGTGATCTTACCATTCGATATCTCGTACTGA
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ATCATTAGAACAAGATCTCATTAAGCCTCAATCTTTTTTAGGTCAATGCT
TACATGAACAGTTTACATGAAGACAAAATCCCGTTTGTGAATAGTATTGG
TGAAAACTATCGAGCCAAACAATTATTATACCAACTACCTCCTCATGATA
GCGATTCAAAACATTGTCATAATTTATCTGAAGAAGAAAAACGTGAACTT
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AATAAAGTGAAGCTTTTTTTTGCAAATGTTCAAACATTTACTTTGTTTCA
TATCAGTGTTCCAAACGTATCGTGCCTGGCGAAGTAGTTGTTCACGCCTG
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TTGTGACGAGGTTAGTNGGGACGCGTCTATTGCGGACGTCATCATGCTGA
ATTGTTGAAACCAAGATGTTCAGCTTGTGACGAGGTTAGTGTTTAATAAA
AGCTTTCTATCTTAAATGCCTTTGCTTGTACTTTCTACCAAGGTTGCATG
CTAAACAGGCTATTTCTTGTTAGGGGAGAAAATATTTCACTCTACCGTAG
GTGTTTTATTCATAAGTTAAAGTTTTAATTTGTGGACTTTTTTTTTGGAC
TATGAAGTTCACTTACTTAACCTTTTTTTGCCTTTCATTTTTCAGATCAT
TTTCTCGGATGAGTGTACAGAAGCAGAGGGTCGTTTCTGGCATTTGGGAC
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000295 | supercontig | sc0000295:75106..97491 - |
Blast
BLAST of TCONS_00018278 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PRIC2 (Prickle-like protein 2 OS=Homo sapiens GN=PRICKLE2 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 404.445 bits (1038), Expect = 5.026e-125 Identity = 183/312 (58.65%), Postives = 234/312 (75.00%), Query Frame = 3
Query: 117 PTIQEKTYSISKFADQHPSSMGNDGDSGCSTEEYAWVPPGVSGELVNAYMNSLHEDKIPFVNSIGENYRAKQLLYQLPPHDSDSKHCHNLSEEEKRELRSFHGRRRKDCLGRGNVRLFPNVAEGSSGVCQQCSKRIVPGEVVVHAWRAGKEACWHPACFQCTTCQELLVDLVYFYQEGRVYCGRHHAELLKPRCSACDEIIFSDECTEAEGRFWHLGHFACYECDSSLGGQRYVMRDNHPICCVCFEKMFAEFCDSCGEPIGIDVGQMAHGSQHWHANEKCFSCFNCGQTLLGQPFLPKNGEIFCSSGCSRG 1052
P EKT S F Q S+ +D DSGC+ EEYAWVPPG+ E V+ Y + L E+K+P+VNS GE R KQLL+QLPPHD++ ++C++L EEEKREL+ F +R+++ LGRGNVR FP G+ +C+QC +I G++ V A RAG CWHP CF CT C ELLVDL+YFYQ+G++YCGRHHAE LKPRC+ACDEIIF+DECTEAEGR WH+ HF C+EC++ LGGQRY+M++ P CC CFE ++AE+CD+C + IGID GQM + QHWHA E CF C +C ++LLG+PFLPK G+IFCS CS G
Sbjct: 6 PLEMEKTISKLMFDFQRNST--SDDDSGCALEEYAWVPPGLKPEQVHQYYSCLPEEKVPYVNSPGEKLRIKQLLHQLPPHDNEVRYCNSLDEEEKRELKLFSSQRKRENLGRGNVRPFPVTMTGA--ICEQCGGQINGGDIAVFASRAGHGVCWHPPCFVCTVCNELLVDLIYFYQDGKIYCGRHHAECLKPRCAACDEIIFADECTEAEGRHWHMKHFCCFECETVLGGQRYIMKEGRPYCCHCFESLYAEYCDTCAQHIGIDQGQMTYDGQHWHATETCFCCAHCKKSLLGRPFLPKQGQIFCSRACSAG 313
The following BLAST results are available for this feature:
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