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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00017933 ID=TCONS_00017933|Name=TCONS_00017933|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2939bp CTTTGGTCATATGTAGAACCCGTCATGAAGTATACCTTTCAATATTTGTG GGTTATTCCTTTGTTTTGGTTAAGCAAAATTCTCAACTGTATATGGTTTG TTgaaatAGCAGATGGTGCGTACAGAAAGAAATACGGAAGACCAGTATCC TCTTTGATTTCTTCAAAAGACaaCATCTTCAAAGTGATCAGCAAGTCAAT GGCAGACTTTTTGTTCAGTATTCTAGTAGAGATTTTCTTCCTGATTCAAG CTCAATTGGTGGGGCTTATACCAGTGTTTGGCACCACTCTCTTATATGTT CACATGTCTCTCCTATACTCGCTATACGCATTTGAATACACTTGGTCAAA CCTTGGGTGGACCGTTGTACGAAGAGTAGGTTTCATTGAAACTTATTGGC CCTATTTCACTGGATTTGGTTTTCTCTTGTCTGTATTGACGTACATCTCA ACATCAACAATAGCAAGTGCTGGTATATTTGGTACTGTTTTCCCAGTATT TATTTTGAGTGCACTGGAAGCAAAGCCACACGAAGAATGTGAATATCCAC TGAGGTTGTTTTCATTGGTGATATGGCTGACAaacaaattgttcttattc agATCACCTGtcaaaagtaaatcaagtaCTGAAACTAATAAATGACAACA ATTGAAGAAGTGAATAACCCAAGGgagtaattttgaattttctctcTACG ACAGTAAAAGTATGAGAATTTTACTGTGGGTAGGGTTGAATTTCTCTCCC GTTCAAGTCTCCAATAACAGGGATAGTGTAAAAAAGGTCCTTGTTGTGAG ACTTATATAGTGCTTTATTTTTAAAACCCACCAAACAAATTGAAATTCGT GGtctatctttccaaaaaagatgTTGCTCTAGATTTACTGAATTTTATAA AGGAAAGCTATATAGACTTATCAAGTTACCAAGGAGTTATACTAGGTATT AATCCTATCTCCCAACGAAAGATCCATCAATTCTCACCATAAATGGAGCC TCAACTATAATAGTCTTCACCCTCTCTTAGTACAGGTTTTAGAAGGGTGT GACGGTTGGTGCGACGGTTGGGGCCAACCAAAATAGACTTGGGAATAGCT TATACATTTTCTTATTCATGATCTATCAtgtcataattttttttcctttg tGCTGCTTGTTTTGTTCTAATAAATGATGGGAAAAAAGACTAGCAGACTA ACAGGGCCATATTTTTAAGAGGTGCAAGAATTTGGTACTAAATTTTATTG ATATTGTTAGTTTCTTAAGAATTTTTTGTGAACTTGtttattttataaat ctataaTTATTCTAAAATTGTAAATACATTGAACTATAGTTTTAAATAAA TAGCATGTAAATTTTGTAGCTTTCGAGCACTAAGCAGTACCTATGAAGTG TCACAGCCTCCAGCTCTTGCATAAGTTAGTGCAAGATCAATCCCAGCTAA TACCTCGAAAAATTGATCTAAAAGTTTATAGTGGTTTCTCCAGCTTCTCA AATCAAGAATTAATAACTGGCCAACTTTAGATTTAATCAccaaattaaat caaaaatggCATATCTGTCAACAAGTAAATTAAATCTGCGCCAAAGTATT CTTCTTAAAGATACATCTTTTCATTAATAGGGAATGtctaaaaatgagaa acaagaaaaatataaagtGCTTCGTGTCACCCAATTGGATGCTGAGCAGA TTGACAGTTCAATTTTCAGTCTACTCAAAGACTCTTTGGTCAATTCCTTG AAAGCTGAACCGTTTTGTAAATTATTGAACTTTGAACCAGAGCTATCAGT AAGCTTGCAAGCAGTATTGTGGTATTTCTCTGTTTACAAACATGGGAAGA CAGTCGGTCAAAATATGCTTGGTACCGAATTGGTTGGGGTGAATGGTAGA AAAATCAATAATATTCAATGTTACGGGCTTTTATTTGCTATATTTATACA ATGGTTTAAAAATAGAGAAAGTTTATGGGTGAAGTTGATGGATAAAATGG ATTTGAACGGTACATCACTGATGAGAATATTTAAATATATAGAATCTTGT TCCGAGATTATAGTTTATGTGAATATGTTGTTATTTTTGACGAGTGGAAA TCATGTATCAGTTATTGAGAGATGTTTAAATTTGAAGCATGTTTATACCA ATAAACCCTACCCGAGATATATCGATTATGATTACATACGTAAAGAAATG GTTTGGGATACGACAACAAAGACGATGTTATGTTTACTGCCCttaattaa tttcaaaaaaatttcataccATTTGAACAGATTTTTTAATTCcaagaaat tgattttaaaagatgATAATACTGAAGTACATTTGAGTATGTCTTGTTGT TTATGTAATGAAACACTAACAAATCCATACCAAGTTGGCTGTCCACACTG GTATTGTTATTATTGTTTGATGGCCAACTTTATTGATGGTAGTTTTACTT GCATCCTTTGTGGAATGGTTACTGAGACGTTCAAGCCAGTAATTTTTCAG AAAcgctaattttttgaaatatttttgtattctTTTCCGAATCTGAATTA ATTGTTATTGTTAATGATCGAGTGAATTTGatttatataaaatataaaac agtTGAAGTTAAAGGAGTTGCCTGAACATTGTCAcaaaagtggcatgaaa ctgccagtatcagaataaaaaagtttttgtttttttctttctgactttaa aatataaaataattttttttaacgtTGGAGAAACTCGGGGGAAGGGGGTT CATCATTTAATCATAATGCCTGTATATTTTGATgtattattttaaaaatg aattgTAATTtattatgaatatttttttgacaTTCTTTATTAGCTTCCAA ATTATTCTAGCCTTAACTGAAATTGCTAAGATCTTTTAATCAAgatattc tatcaaaatttcaaaatcttaaacgTTGTATAACCTATT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000279:308584..314716+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00017933 ID=TCONS_00017933|Name=TCONS_00017933|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6133bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000279:308584..314716+ (Clytia hemisphaerica) CTTTGGTCATATGTAGAACCCGTCATGAAGTATACCTTTCAATATTTGTG
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00017933-exon-sc0000279-1491911889:308584..308685 | TCONS_00017933-exon-sc0000279-1491911889:308584..308685 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00017933-exon-sc0000279-1491911889:310045..310115 | TCONS_00017933-exon-sc0000279-1491911889:310045..310115 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00017933-exon-sc0000279-1510915933:310045..310115 | TCONS_00017933-exon-sc0000279-1510915933:310045..310115 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00017933-exon-sc0000279-1510915933:312317..314716 | TCONS_00017933-exon-sc0000279-1510915933:312317..314716 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00017933-exon-sc0000279-1575043694:312317..314716 | TCONS_00017933-exon-sc0000279-1575043694:312317..314716 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000279 | supercontig | sc0000279:308584..314716 + |
Blast
BLAST of TCONS_00017933 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: EI24 (Etoposide-induced protein 2.4 homolog OS=Homo sapiens GN=EI24 PE=1 SV=4) HSP 1 Score: 157.532 bits (397), Expect = 1.644e-41 Identity = 96/218 (44.04%), Postives = 135/218 (61.93%), Query Frame = 1
Query: 1 LWSYVEPVMKYTFQYLWVIPLFWLSKILNCIWFVEIADGAYRKKYGRPVSSLISSKDNIFKVISKSMADFLFSILVEIFFLIQAQLVGLIPVF--GTTLLYVHMSLLYSLYAFEYTWSNLGWTVVRRVGFIETYWPYFTGFGFLLSVLTYISTSTIASAGIFGTVFPVFILSALEAK-PHEECEYPLRLFSLVIWLTNKLF----LFRSPVKSKSSTE 633
+WS++E + F LWV+PLF LSK++N IWF +IAD A+ GR K + F +SK +AD LF++L++ FLIQ V L P+ G + +HMSLLYSLY FEY W N G + +R+ IE WPY+ GFG L+ LT + +S I S +F +FP+FI+SA EAK P + + LRLFSLV++L+N+LF +S + S +S E
Sbjct: 114 VWSWLEFFLTSIFSALWVLPLFVLSKVVNAIWFQDIADLAFEVS-GR--------KPHPFPSVSKIIADMLFNLLLQALFLIQGMFVSLFPIHLVGQLVSLLHMSLLYSLYCFEYRWFNKGIEMHQRLSNIERNWPYYFGFGLPLAFLTAMQSSYIISGCLFSILFPLFIISANEAKTPGKAYLFQLRLFSLVVFLSNRLFHKTVYLQSALSSSTSAE 322
The following BLAST results are available for this feature:
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