TCONS_00017837 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00017837
Unique Name	TCONS_00017837
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3390

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000278:91116..112532+

transcript sequence

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GGGGACCCTGTGTACAGTCGACCACTGAATGTCAACGGGTTGAGTTGGAG
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Legend: exon

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>TCONS_00017837 ID=TCONS_00017837|Name=TCONS_00017837|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=21417bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000278:91116..112532+ (Clytia hemisphaerica)
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CGCAAGAAACTGAATTACTGGAATCCATTTTGCAAGAAGTCGAACATCAG
GTGAATTGTTGTCAATATCATTTTGATCTCTCGCTTTTTCTTTTCTGatc
tttgataaattttattgaaGTATCAGGAGAATGTCGATGGAAAATCTTCA
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TTAAGAGAACTTTTTCGTCTGACCTTGAGATAAATCATAAATTATTATTT
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tcttttgtaATTTATAGGTTCAACGTAAACCCATGGCATCGTTTGTTACT
GCTTCAATACCAGCGGACTTCACCAGGTTCGTAACCTCCTTTTGTCTGGC
GTTGACTTGACTTAAAGAAGATAACCTTGGGATATTCTTTTGATCCAATA
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CTGTTACGACCCTTCCCTATTCAATGTAGTTTTGTTGTAACTTTTAAACA
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TGATTACCATATCTTGTCCAAATAATCTGTGCAAAGAATAACAAAAAACT
GAGTAGGAATACTTCCATTTGATCATGAAAGGTCTTACTCAAAATAAAGA
TTTCTCATTAGTTTGACTAATGACATGATCCTTGAATTCATCGTTCGATA
ATATCCAGCCTTATATCAGTCGATATTTTACATGGAAAGCCCTGTAATCT
AGGACTTtcagacagtctttcgattgttttcacaggGTTCACAGCAAGCT
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ACCCTGGAACCCCTATTATGATGCGTTGACCACTCGGCCATTACACCTTA
AATACTTTTTGGTACATTGGNGATGCGttgaccactcggccattgctcCT
TAAATACTTTTTGGTACATTGCTTTTTCAGTGAAATAGTCCCAGCATTCG
ATTCAAGCGTGTTTCAAATCGAACGGTTCAGTCAGCTGCGACATAAAGGG
GACCCTGTGTACAGTCGACCACTGAATGTCAACGGGTTGAGTTGGAGACT
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GTATTCCTATTCCCACTTGGGAAGGGGTATGTCTTGTCCTTTAATTGACA
TGGAAGAGGCAATAAAAACCTTAGTTTGTGAAAAAGATCTATAGATATCA
ATAGATTATCCTGGCAAGATTTTCCTTCATTGTGGACGTGGAATTTTAGT
TTACTCATCAATTATTTTTCAGGGAGGCGTTATTTTTTATCCTAGACTTA
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CCCTTTGCATAGGAGAACTCCACCTAGCAAATACCTATTACTAGgtttat
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AGAATTGACGTCTGGTCTACCTGAAACTTCAAAGTAAGTTCCCCTTTAAA
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TGCAGGtgatttttaaagtttattgaAAGATATTTGAAGCCTTGGTATGC
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TAACAAACCTTTTCTCCCTCTGTTAGTAGCGTATGATTTTAGCTTTTATt
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ATGTCAGCTTCCTATCACTATCCCTCTTGGAGCAATCCCTCACCGAATCT
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GAACCGCATCAAACAATTTCGGACCACCACCTCAACAGCAACGACCACCA
CTGCAGATTATCGACAACCAGTTCACCCTACTTCGTTCCAACCATGTAAG
TTCCGCTCACTTCGTACTCGTGATAAATCATTTGCAATCGGAATAGGCTA
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AACTGCTTTTTTCACATCCTTTTTTGTACAGCTGCTCTGCTGTTCGGAGA
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AGAACGAGACTACGCAACAATATGGAGATGAAAACGAGGCCACGCAACAG
TTTATTGACGTAGAAGATGATGAAGAGATAGAAAGCAAAGAGAAAATCGa
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TTGAACATATCGATAATTTATCTCCTGACCGAAAAACATGCTCTATGCGA
CTCATAGTCTTCAGTTAAATACTTAAATTGTACTGAAATTCGCAAAACCA
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AAGCTCTTTTAGATTTATTCGATTTAACAGACGTTCATCTCTCGACAAAT
TTGTCGTCCTCCAACGAGGAGCGGGCGAGCGATTTAAATTTATTGTCGGC
AGACGATACATCAACGACAGCAAATTCGACAATGACGAGCGACGACCATT
TCTCGAGGATGATTCGCTCGTTACAAGTGAGCCGAGAAAACGCAACCAAT
TCTTGTCGCCCAATGTCTGATCTCGCAACTCCTACCACAGGTTcggattg
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tttcagctcaaaaaacgcatctttatctgtaagaatcgctattaataagc
atacattaatgttcttagccaacttactcaattttttgacgagatggatg
tttttttgctcacgaagtcttgaatataaaagaatatttcaagagcatga
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CATTGACACAGTAATCTGTACatatattttgtttaaaaatattttgcggt
ATTTTGCagaataaaaatttgttgtattTATGCTCCGTACATAGTGTATT
TAAGTAGAATTTAGAATAAAGAATATCTTGTGTAATCGACTGCTGAATCA
TAGCTTTCCAATtccgtttttttcttttgcccttcttaaaattttggaaa
gatgtgattcgcccggg

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_010006	XLOC_010006	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000278	supercontig	sc0000278:91116..112532 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00017837 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: TRI37 (E3 ubiquitin-protein ligase TRIM37 OS=Homo sapiens GN=TRIM37 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 679.093 bits (1751), Expect = 0.000e+0
Identity = 308/453 (67.99%), Postives = 383/453 (84.55%), Query Frame = 2

Query:  137 MESLVEMFRCFICMERVKDARLCPHCSKLCCYSCMQKWLTEQRAQCPHCRACLHLKDLIHCRWVEEVTEQIDHLKSKKSASNFEDSNDGKCEKHNEKMSVYCETCQVCICHNCALWGGLHAQHQFQPLEKVYEDHVNKIMERKSQLKGRLVELISLVQDVEKNVESVRNAKEERVREIRNAVELMIARLDTHLKNKLLTLMGQKNALTQETELLESILQEVEHQVKVCTKDQLLVKSAELLHMFEQVQRKPMASFVTASIPADFTSEIVPAFDSSVFQIERFSQLRHKGDPVYSRPLNVNGLSWRLKVYPDGNGVVRGNYLSVFLELTSGLPETSKYEYRVEMIHQQGSDCTKNIVREFASDFEVGECWGYNRFFRLDLLASEGYLNQKEDSVILRFQVRPPTFYQKCRDQQWHIQQLESQSVNQATQITSLKERLSIELTRHRQNNALPGTD 1495
            +ES+ E+FRCFICME+++DARLCPHCSKLCC+SC+++WLTEQRAQCPHCRA L L++L++CRW EEVT+Q+D L+   S +  E++   KCE H+EK+SV+C TC+ CICH CALWGG+H  H F+PL ++YE HV K+ E  ++L+ RL+ELISLVQ+VE+NVE+VRNAK+ERVREIRNAVE+MIARLDT LKNKL+TLMGQK +LTQETELLES+LQEVEHQ++ C+K +L+ KS+E+L MF+QV RKPMASFVT  +P DFTSE+VP++DS+ F +E FS LR + DPVYS PL V+GL WRLKVYPDGNGVVRG YLSVFLEL++GLPETSKYEYRVEM+HQ  +D TKNI+REFASDFEVGECWGYNRFFRLDLLA+EGYLN + D+VILRFQVR PTF+QK RDQ W+I QLE+   +   QI +LKERL+IEL+R +++  L   D
Sbjct:    6 VESIAEVFRCFICMEKLRDARLCPHCSKLCCFSCIRRWLTEQRAQCPHCRAPLQLRELVNCRWAEEVTQQLDTLQ-LCSLTKHEENEKDKCENHHEKLSVFCWTCKKCICHQCALWGGMHGGHTFKPLAEIYEQHVTKVNEEVAKLRRRLMELISLVQEVERNVEAVRNAKDERVREIRNAVEMMIARLDTQLKNKLITLMGQKTSLTQETELLESLLQEVEHQLRSCSKSELISKSSEILMMFQQVHRKPMASFVTTPVPPDFTSELVPSYDSATFVLENFSTLRQRADPVYSPPLQVSGLCWRLKVYPDGNGVVRGYYLSVFLELSAGLPETSKYEYRVEMVHQSCNDPTKNIIREFASDFEVGECWGYNRFFRLDLLANEGYLNPQNDTVILRFQVRSPTFFQKSRDQHWYITQLEAAQTSYIQQINNLKERLTIELSRTQKSRDLSPPD 457

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00017837 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00017837 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
TRI37	0.000e+0	67.99	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM37 OS=Homo sapiens...	[more]

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TCONS_00017837 (transcript) - C. hemisphaerica