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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00017523 ID=TCONS_00017523|Name=TCONS_00017523|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1187bp
CGATTTAGGATGTGCTGCGGTGGCAAATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAA
TGCCTGTTGCGGTCAAACAGGTTTTAACACTCGATTCAGGATGTGCTGCG
GTGGCAAATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAATGCCTGCTGCGGTCAAACA
ggttataacactcgcttcaggaTATGCTGTGGTGGCAAATTGGGCTTAAA
AGGATCTAACAATGCCTGCTGCGGTCAAACAGGTTATAACACTCGATTCA
GGATATGCTGCGGTGGCAGATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAATGCCTGC
TGCGGTCAAACAGGTTATAACACTCGATTCAGGATATGCTGCGGTGGTAG
ATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAATGCCTGCTGCGGTCAAACAGGTTATA
ACACTCGATTCAGGATGTGCTGCGGTGGCAAATTGGGCTTAAAAGGATCT
AACAATGCCTGCTGCGGTCAAACAGGTTATAACACTCGATTCAGGATGTG
CTGCGGTGGCAAATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAATGCCTGCTGCGGTC
AAACAGGTTATAACACTCGATTCAGGATGTGCTGCGGTGGCAAATTGGGC
TTAAAAGGATCTAACAATGCCTGCTGCGGTCAAACAGGGTATAACACTCG
ATTCaggatgtgctgcgatggcaaATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAATG
CCTGCTGCGGTCAAACAGGTTATAACAATCGATTCAGGATATGCTGCAGT
GGTAGATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAATGCCTGTTGCGGACAAACAAG
TTATAACACTCGATTTAGGATGTGCTGCAATGGTCGACTATGTTAAAAGA
ATATCTGTATAAACTACAACACCGAGTTTTAGTTTAAACATATGGGGCTA
GAGAAGGTATCTCCAGCAacctcaagcaagaaaaagtgctTCCGGAACGA
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tctggcgattaattttactttcaatctgccGTTTGTGCGAAAATCACGCT
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aatggtattAACTCTTATCAAGgatttgtagaaataaaaggagcgaaatg
atattgaaaatgttatttcttACTTTGTATTTCTATA Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00017523-protein >TCONS_00017523-protein ID=TCONS_00017523-protein|Name=TCONS_00017523-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=281bp
RFRMCCGGKLGLKGSNNACCGQTGFNTRFRMCCGGKLGLKGSNNACCGQT
GYNTRFRICCGGKLGLKGSNNACCGQTGYNTRFRICCGGRLGLKGSNNAC
CGQTGYNTRFRICCGGRLGLKGSNNACCGQTGYNTRFRMCCGGKLGLKGS
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LKGSNNACCGQTGYNTRFRMCCDGKLGLKGSNNACCGQTGYNNRFRICCS
GRLGLKGSNNACCGQTSYNTRFRMCCNGRLC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000269:344060..350399+ Legend: exonCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00017523 ID=TCONS_00017523|Name=TCONS_00017523|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6340bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000269:344060..350399+ (Clytia hemisphaerica)
CGATTTAGGATGTGCTGCGGTGGCAAATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAA
TGCCTGTTGCGGTCAAACAGGTTTTAACACTCGATTCAGGATGTGCTGCG
GTGGCAAATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAATGCCTGCTGCGGTCAAACA
ggttataacactcgcttcaggaTATGCTGTGGTGGCAAATTGGGCTTAAA
AGGATCTAACAATGCCTGCTGCGGTCAAACAGGTTATAACACTCGATTCA
GGATATGCTGCGGTGGCAGATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAATGCCTGC
TGCGGTCAAACAGGTTATAACACTCGATTCAGGATATGCTGCGGTGGTAG
ATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAATGCCTGCTGCGGTCAAACAGGTTATA
ACACTCGATTCAGGATGTGCTGCGGTGGCAAATTGGGCTTAAAAGGATCT
AACAATGCCTGCTGCGGTCAAACAGGTTATAACACTCGATTCAGGATGTG
CTGCGGTGGCAAATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAATGCCTGCTGCGGTC
AAACAGGTTATAACACTCGATTCAGGATGTGCTGCGGTGGCAAATTGGGC
TTAAAAGGATCTAACAATGCCTGCTGCGGTCAAACAGGGTATAACACTCG
ATTCaggatgtgctgcgatggcaaATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAATG
CCTGCTGCGGTCAAACAGGTTATAACAATCGATTCAGGATATGCTGCAGT
GGTAGATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAATGCCTGTTGCGGACAAACAAG
TTATAACACTCGATTTAGGATGTGCTGCAATGGTCGACTATGTTAAAAGA
ATATCTGTATAAACTACAACACCGAGTTTTAGTTTAAACATATGGGGCTA
GAGAAGGCATCTCCACTGATTCAATTTATCGCTATCTTTATTTTCACgcg
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TGCGAAAATCACGCTTTAATTCCATCAAAGAGTTTCAATTCTAGCCCCTT
CAggactttaaactcaatggtattAACTCTTATCAAGgatttgtagaaat
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TTatattcatgtaaaaataaaattttcattcttgATCCCTTAAAATATGG
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AAAGCACTTGAAAAATAACTAATAGAAAGCAAAACGCTGAACAAACGAAA
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TAGAAAACATAAAGGGAACAAAACTTTATATTCTCTAGACTCTCTTATAT
TCTTTAGACACTTTGTAGTCTGATTTGCGCTCCTGCTGGTTTTTTGAATA
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ttgggatcttcaaaaatcttagatgaaaattgaaaagatcTCCTTCACCT
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TGGCAGTTCGGAGCCTGGAAGAAATCACAACAGTTATAACAAGGGAAAAC
TATAACAATAAACCTATTGAAAAGgtaaaacttttattttcaaaatcaca
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aaaatagtaaaaacctCAATCATCTCCAAGTAAAGCAAAGTTTCGGATAT
GTGTAAACTATAAAGGTCCCTTTtttacaccctcgaaagtctctcaaagg
ggtacaaaaaccatttgGCTCGAACATACCCGCCCCCACACAAACCTAGT
AATCTTGGCCACACAACCGTGAATAAACAGTTTGGTTAGTTTTCATGGAA
TTTTGTAGCACTTTTTGCACAGAGCATCTGCAGAAATTATAGTAAGTGAA
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CTACAAAAATCATTTATAATCAATCCAATCGAAGTCTTTTCCAAAAGTTT
GGCAATTGCACATTTACACAAAATGCTTTTGAAGGGTAAAACGATAAGAT
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TGTTGAAACTTTGAACGTTAAAATGTATTTAGATTTTGCATATCCTTCTT
GGATTAAAAGTTAGAGCCCTAATAGAGCCGTAATATGAGTCCATTTAGCC
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tcattttcgaaaCTGTCAATTATATTTTTGGAGACTTTAATACAATAATA
TGACCTGttggcaaaagaaaaaaatcaaaaatcatgaTGACCAAAAAAAA
TACAAGAGTACAAGATATATTAAATTGTAGTACAATGCGTGCATCGAAAG
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aatttcttttttcaatatgtgaaacaaaattgaagaataagtcaaatttg
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TtcggaaaatcggaaaaatatTTCCCGCATAAATTCTTGCATCAACCGTT
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TTATGTACACTCTTATTAGCTCCGTAGTAATTGGCGCACTTGCTTTATGA
CATTTCTAAATAACGGAGATAATTGGAACCTTTGAAAGTTACTGACAGTG
CAAGCAGCAATATTGTTAAGCTTTAAGTGATTTTTCAGCTTAACCAACCT
AATAAAGCTCAAGCTTTACATATTCTTTAAATTGAGGTGCGTACGCGCCA
AAATCAAATACGAtataaaaaattgtatttaCCGAGTAATAACAATCAAT
GGTCGAAACGAAAATTTATATTTCGAGTTCTttgtctttttcaaaaattt
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TAGAAGTAAAGCTTGACCTATGTCGGCCTGCTTTTTCGGTCCACGCGAAA
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TAAAAACTCGAGTTACTTGGAAACGAACCTTAAAGTGTAGTGGTAGTTAA
CCTTTTAAGcatctttgtattttaaggagaTGGGGAGCATCTGAGAGGAG
GACTCGAGCCCCCCCTTAAATTTCCAAGATTGAAAAGTCTGAAAAAGTGA
TCTGGAAAGTAAATATGAGGtgaatgtgaaaattttagttCGGCCAGCTG
TCCTTTGGGTAATTCAAATTTATATTTGGTGCTCACTTGAAAAGTTTTGT
GTCAAAGGTTATCAAAGATTTTCACTTTAAGGAACACGGAAGCTttaaag
ggctctgaccatagtcaaaagatCGAATACGCAGATTTagagataaaact
tttgttttgagttccttgacacttttaacaaaaaatcgtctttataagtt
gtttctgaatttattctatcaagagtaattaacagtttaattacaaaaat
gacgttatgaaccttAGAAAGATGTcaataaaatgttatattaccctCTT
TTACTGCAAAAGATTGAACTATCTAAATATTTTCGGATAAATTTTCTAAA
TCAATGTTTCAAAAGTTACGACTctatttgtgcaaaaaaatggGATGAAG
AATTGGTCAAAAGCCacttattttaagattttgagacagaaagttttaca
aaaattttccgaaaatctattgttagtttggttaaagatacaccatctag
tgcaaaaattttttcaaaatctttttacttcgccgaaaataagctcctca
aagttgaaatactgtCTTtgcaaatgtcttcattttcttcttcatcaaat
tttttcaatgcaatttttgaattttcagattcaggaatagttggcttaac
agaaaatgtataatatgccatagttttgttggttacatcagtcagaaaac
acattttaattacgacaattatgaaaaattcactatggtcagagccctta
agagtTGTTGagtaatattatttttttcaccaTCTAATAACACAGTTCTT
AATGTTTTGATATCAACTGTCatttacgtcatcaaaacatatcacagaaa
aaatgctGAAACGCTGAcactcctgaaaaaaaaaacgctgAAATTCCAAG
AAATCTAAATTTGACTAGCTTATACGTTTTTAGAAGACCAAATATGACGA
TGACTTCATTTCCATTGTTCATTGTCACAGTATAAATAGAAGCGCAAGAA
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ctttttctggtTTGTTTTGTTCTTCAACAAACAAGTTCAAATGAGTTGAA
GGAAGGAGGTAAATATGTAACATGTTCGAACCCAGTAACTCTAATGAAAC
ATAAGGTTTCCTGTTTGAAAACTAGATTTTGCCTTTTTAACAACCAGGTT
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ATCTATGAGAAGGAATAGTAAAATTAAAACAGGAAACCTGACATTTAAAG
ATCCACATTCAAACATTCAACAACATGCTCTGTTTCCCTTTCAGAATCTC
ACAGCCGTGAACGCAGAGCAGTGTGTGGTTATCAAAGATATAACACTCGA
TTTAGGATGTGCTGCAGTGGCAAATTGGGCCTAAAAGGATCTAACAATGC
CTGCTGCGGTCAAACAGGTTATAACACTCGATTCAGGATGTGCTGCGGTG
GCAAATTGGGCCTAAAAGGATCTAGCAATACCTGTTGCGGACAAACAGGT
TATAACACTCGATTCAGGATATGCTGCGGTGGTAGATTGGGCTTAAAAGG
ATCTAACAATGCCTGCTGCGGTCAAACAGGCTATAACACTCGATTCAGGA
TATGCTGCGGTGGCAAATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAATGCCTGCTGC
GGTCAAACAGGTTATAACACTCGATTCAGGATATGCTGCGGTGGCAAATT
GGGCTTAAAAGGATCTAACAATGCCTGCTGCGGTCAAACAGGTTATAACA
CTCGATTCAGGATATGCTGCGGTGGCAAATTGGGCTTAAAAGGATCTAAC
AATGCCTGTTGCGGTCAAACAGGTTATAACACTCGATTCAGGATATGCTG
CGGTGGTAGATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAATGCCTGCTGCGGACAAA
CAGGTTATAACACTCGATTTAGGATGTGCTGCAATGGTCGACTATGTTAA
AAGAATATCTGTATAACTACAGCACCGAGTTTTAGTTTAAACATATGGGG
ATAGAGAAGGTATCTCCAGCAacctcaagcaagaaaaagtgctTCCGGAA
CGACTGATTTAATTTATcgctttctttattttcacgcggcatatttttca
aaatctggcgattaattttactttcaatctgccGTTTGTGCGAAAATCAC
GCTTTAATTCCATCAAAGAGTTTCAATAATAGCCCCTTCAggactttaaa
ctcaatggtattAACTCTTATCAAGgatttgtagaaataaaaggagcgaa
atgatattgaaaatgttatttcttACTTTGTATTTCTATA Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000269:344060..350399+ >TCONS_00017523 ID=TCONS_00017523|Name=TCONS_00017523|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=846bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000269:344060..350399+ (Clytia hemisphaerica)
CGATTTAGGATGTGCTGCGGTGGCAAATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAA
TGCCTGTTGCGGTCAAACAGGTTTTAACACTCGATTCAGGATGTGCTGCG
GTGGCAAATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAATGCCTGCTGCGGTCAAACA
ggttataacactcgcttcaggaTATGCTGTGGTGGCAAATTGGGCTTAAA
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GGATATGCTGCGGTGGCAGATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAATGCCTGC
TGCGGTCAAACAGGTTATAACACTCGATTCAGGATATGCTGCGGTGGTAG
ATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAATGCCTGCTGCGGTCAAACAGGTTATA
ACACTCGATTCAGGATGTGCTGCGGTGGCAAATTGGGCTTAAAAGGATCT
AACAATGCCTGCTGCGGTCAAACAGGTTATAACACTCGATTCAGGATGTG
CTGCGGTGGCAAATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAATGCCTGCTGCGGTC
AAACAGGTTATAACACTCGATTCAGGATGTGCTGCGGTGGCAAATTGGGC
TTAAAAGGATCTAACAATGCCTGCTGCGGTCAAACAGGGTATAACACTCG
ATTCaggatgtgctgcgatggcaaATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAATG
CCTGCTGCGGTCAAACAGGTTATAACAATCGATTCAGGATATGCTGCAGT
GGTAGATTGGGCTTAAAAGGATCTAACAATGCCTGTTGCGGACAAACAAG
TTATAACACTCGATTTAGGATGTGCTGCAATGGTCGACTATGTTAA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00017523-exon-sc0000269-1491911889:344060..344965 | TCONS_00017523-exon-sc0000269-1491911889:344060..344965 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00017523-exon-sc0000269-1510915933:344060..344965 | TCONS_00017523-exon-sc0000269-1510915933:344060..344965 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00017523-exon-sc0000269-1575043694:344060..344965 | TCONS_00017523-exon-sc0000269-1575043694:344060..344965 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00017523-exon-sc0000269-1491911889:350119..350399 | TCONS_00017523-exon-sc0000269-1491911889:350119..350399 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00017523-exon-sc0000269-1510915933:350119..350399 | TCONS_00017523-exon-sc0000269-1510915933:350119..350399 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00017523-exon-sc0000269-1575043694:350119..350399 | TCONS_00017523-exon-sc0000269-1575043694:350119..350399 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000269 | supercontig | sc0000269:344060..350399 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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