TCONS_00017496 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00017496
Unique Name	TCONS_00017496
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3905

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000269:170651..190771+

transcript sequence

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CTTAC

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transcript from alignment at sc0000269:170651..190771+

Legend: exon

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>TCONS_00017496 ID=TCONS_00017496|Name=TCONS_00017496|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=20121bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000269:170651..190771+ (Clytia hemisphaerica)
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CTTTGGGATGGAAAAACAGGTAAGTTATTTTCATCTTCCATCATTCTAGT
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AAAGACTCCCTGATGACGATGCGAAGGTTGAAAAAAATGGGCAAGAATTA
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CAGTAAGTTGTAACTTTCTATAATTTACCCATTATGCCAGATTATGCCCT
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GAACCAAGTACAACGGATATGTGAACATCGTGTCAATTGTTTTGTCCAAT
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agGGTCGATTTCAATAGTTCTCTGTGTTGAAAAGATTGAAGCATGAAGGA
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ctctttctccctggattgctccatttACCCTTGGTTCTTCtcttacttta
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TATATATAATAAACTTATGTAAAtagaatttgttattttttcaacattat
tATTTACCattctttttaccttttttaggTTATTATGCTTCTCCAAATAT
TCTTGAGTTGCGACTTCTTAC

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_009792	XLOC_009792	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000269	supercontig	sc0000269:170651..190771 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.07828	1.07646	1.32595	1.67294	4.88448	3.74385	3.29504	3.43908	2.28645	3.08262	2.36642	2.12669	3.44734	3.28618	2.50728	2.48597	4.70305	4.51766	2.65982	2.85449	6.83068	7.17054	3.63197	4.426	4.91595	5.72719	3.33878	2.594	2.54278	2.66305

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00017496 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: TBD2B (TBC1 domain family member 2B OS=Homo sapiens GN=TBC1D2B PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 178.333 bits (451), Expect = 2.221e-45
Identity = 106/327 (32.42%), Postives = 174/327 (53.21%), Query Frame = 1

Query:  982 DRFGFQHGKRDSPLQTMLYTCQILKHK--YTTLLQESSEHYKKWQTFAGNVNHHPFKLEEENLLKLVQKGIPHEFRSTIWKLVINKRVEEVVSEKGKNYYNSLIKRLPDLMEEEEIDGSIEKQIKIDLLRTFPTHKDFQSMDSGKVPVLQRVLRAYILHNPEISYCQGMNFMVAFGLLYLDEETSFWLLVAVTELFFCKTHYNTYLSGTQANQRVFEAICHQEMPGLMKHLDDLTCELSPVTFNWFMTIFVDSLPIEVVLHVWDVFLVYGHSVLYKIAFSLIKIHQKNILKSKDSLMTMRRLKKMGKNYHDNEQLMNDVFNTADPLP 1956
            D +GF+    D   + ++   + L  K  Y T  QE S   K    FA  VN       E  L  L++ GIPHE RS +WK  +++   +        ++ +L+++        E      KQI++DLLRT P +K +    S  +  L+ VL A+   NP+I YCQG+N +VA  LLYL++E +FW LV + E+F  + +Y   L G+Q +QRVF  +  +++P L  H +    + + +TFNWF+ +FVDS+  +++  +WD FL  G  V+++ A +L K  ++ ILK +DS+   + L+   +   D  +L++  F   +P P
Sbjct:  595 DIYGFRTVPEDDEEEKLVAKVRALDLKTLYLTENQEVSTGVKWENYFASTVNREMMCSPE--LKNLIRAGIPHEHRSKVWKWCVDRHTRKFKDNTEPGHFQTLLQKA------LEKQNPASKQIELDLLRTLPNNKHYSCPTSEGIQKLRNVLLAFSWRNPDIGYCQGLNRLVAVALLYLEQEDAFWCLVTIVEVFMPRDYYTKTLLGSQVDQRVFRDLMSEKLPRLHGHFEQYKVDYTLITFNWFLVVFVDSVVSDILFKIWDSFLYEGPKVIFRFALALFKYKEEEILKLQDSMSIFKYLRYFTRTILDARKLISISFGDLNPFP 913

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00017496 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00017496 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
TBD2B	2.221e-45	32.42	TBC1 domain family member 2B OS=Homo sapiens GN=TB...	[more]

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TCONS_00017496 (transcript) - C. hemisphaerica