|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00015231 ID=TCONS_00015231|Name=TCONS_00015231|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3437bp
AGCAATGGTTACGGACGTAGCGGCACCTTCATTGCTATCTATAACAGTAC
GGAACGTCTGAAAGTCGAACAACTTATTGATGTAGTACAATGTGTACGTG
CTATCAGAATCGCTCAGCCACTTGCTGTTGACAATATCACGCAGTACCAA
TTCGTATATAACATGTTGAGAACTTATTTGGAAGGATTCGAAAACTATTG
GAATTATAAAGATTACAAAGTGACCCGATCGCCCCTTGGATCAACTTCGG
CTTAAAGAATGATCGTGTGAAGAGTTTTTGACAGATTACCGTTGTAAGCA
CTTTGTGTGGTTTTCCAGGGTTGAAAGCTAGGTCTTTCTAACAACATACA
TTAGCAATGTTGATGAAGGATGGATTCTTGAAGACCAGAGATTTCCTGGT
GTTGTAAAATTATGTGAGATTCCAACACATTCCTGTAAGCAGGTGTTTTC
AACACCGTTCATAGTATCACAAACCAATGGTTCATTCACTCATTCATCAA
TACAACTACAATTATtgacaaaacacaaaaatgagcattctacccccccc
cctccccaaACAATGTTATCGGGATGAGCTAATGACCGGCCAACCAAGCA
ATATTTCTTTCCCACCAACATTGTTGGGAGGGTAGGGGGAGGTTATTGAA
ATGTATCTAAATTTGACCAGCGGAAatgtgccataatatattgacAACGA
TTGTACATTTAAACTCTGGCTTAGACGATCCACTTTTCGTTTTTCCTATT
CTTATTGTGAATCAAATGAGCAAAAAGTTGGCTATGAAACGTCTATAAAC
TcacgctaattcgaacttttatTGTTTGAATCTTTCTCTCATTCGCAACA
ATTAATAGATTCGAGTCTCTCTTTAATTCTAAAACTTTCGCCTCCAAGTT
CGACTAGGTACCCTATGGGCACACAACGTCTTATGAACATTCATTGGACG
GCTTTAAGACCtttggacgtcctagaaacgtacattagacgtccaaaaga
cgtttgtaCCGATTAGATAAGATTCAACTGTACAGTTAACTCTCTTTAat
tttgggacaagctggagtttttacaagctctttttttatttggtttgtcg
ttaacctataataaaacaattttgttactttttctaaagaacgcgtcatc
tcgtttacttttaatgaccaattagtgaagtatcttataaaaactccaga
acaTCCCCTAATTTTAACCTCTATtatttttggtcccttgaagatcgaat
taaagagagtcgACTGTAATTATCTTTTCTCTACGGACTTTGAACGATTC
CACTCGATTCAATGCGTTTAGATATGTCCAGGGCTTTGGGGATGACCTGC
AATCCTAATTTatggtattcatgatatgcaccactgcaatgactttacga
aattatacaacttttctgttgtttttttttcacccaacacgtcacttttt
ctattgtttaagtgacgtaatgggtggaaaattttaaaagttctcagaag
agtCTCCAGTGGTGCACAtcaagaattcatgatatgcaccattgcaatat
cttctgacattacatcacggacccaatagctgattggttgtaagtgacgt
aaaatgagtcaatacgtcacttgcaaccaatcagctgttgggtccatgat
gCAGTGATGtaatgatgcatatcatgaatatggaTTTTGATGCTAGTTTT
CTAGGATGTAGTTTAAATCCTAATGTACTTCAGACTTTACTCTAAAATTG
TTTGGTTGAAagatttaaaaatgaaacaaNAATGAATATTGATTTTGATG
CTAGTTTTCTAGGATGTAGTTTAAATCCTAATGTACTTCAGACTTTATAC
TCTAAAATTGTTTggttgaaagatgaaaaatgaaacaaacttagtaccgt
aagttggtctaatgtcgacatccctcttctaatttcgacacccttcttta
gggatagaaattataggaaggtcggaatcgctgatggaaGCTATTTTTCT
TTCCTTGGCGATCGATTGGAAGAAAAATTTTGTCTTTCTATTAGCGATCC
CGACCTTCCTaatattcctgtctctaaagaagggtgtcgaaattagaaga
gggatgtcgatattagaccaacttacggtagctGGTTAATTCTTTCTTAT
ATATAACCAACTAAAAGTATTTTTTGACAAGATATTATTTAAGAAATTTC
TATAAGATATATTTGGGGAGATACTGAAAGTGCTCCTTTGTAAATAGAGC
TCATTTTATATGCAGGTATTTTAAAATTAGAGAGCATTTAAGCAGTAAAG
TATTTTTCATTATAATCTTAGAGTTTTGGGGATGGTGTTTCtgttacctt
aaaggaagaaactttggttgaaagaaaatttaacaaaaatatcCCATATT
AAATTCCCGTCAAGTTAATTCGTTCAAGTCAGCTACCGAATTGAATTTCC
Tctgaaaagtttttcttttagctatccgccaaattaaatctttgccaatt
tttttcctATAATGTAGTGTTTAATTTGCCAGATCTGCAGTTCCAAGTTT
TAGGACAACTCTCTATCATTGTCTTGGTGGCATTGGAAACACCAGCAAGG
TGTCTTGTAAGTTTAAATCGGAAAGTTCAACTAGAACAAACACGGGTTGG
TGATTAATattttctattcatgatattcatgacgtaatgttttctacgga
aagaccccggtttttgctagtagtggcaaattttatacaacttttgtcta
gtttaaatttgctactactggctaaaaccggggtatttccgtagaaaaca
ttacgtcatgaatatcatgaattacatCTATCGGATTCCGAAATTCCTGA
AGTGAAAGTTTTTTCTCTGGGTTGTCAGACCTTTCACTAGGGCTTAGATT
CAGGCCGTTTGGAGAACTCCTCTTCCACCGGGGCTTCAAAACAACGGGGC
TGCGACCGTTGAGTTtcaaacccgaagggctagaggcgagactcctggat
gggaaataaaaccacttatttcccacccAGAACGCctgcgcgtagttttt
acacagacgccggattgaaactaaaatctatcgctagttttcaaaaaagt
gtaGTCCTCAAAAAACGAAGGAGCCGCTACATACAATCATTCGTCATGAT
TAAGGGGCGTtttatgcgcgttttggatgggaaataagtagcttcaattt
ctcttgcctgagaagggttaaagtttcgcctctagcccttcgggcttgaa
actcaatggccgCGACCCTGGCTAGTCAGAACATAGTCATTAttaaaaac
cccggtctggcaatctattgttttagctttttgttcaatttccttttgtt
tcaaacaaaagacaagtgttgtgatttgcatactttttgatcacgttacc
aaaatttcctcttgggattggtctattttctaatcac Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000205:388741..392754- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00015231 ID=TCONS_00015231|Name=TCONS_00015231|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4014bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000205:388741..392754- (Clytia hemisphaerica)
AGCAATGGTTACGGACGTAGCGGCACCTTCATTGCTATCTATAACAGTAC
GGAACGTCTGAAAGTCGAACAACTTATTGATGTAGTACAATGTGTACGTG
CTATCAGAATCGCTCAGCCACTTGCTGTTGACAATATCGTAAGTTATTGA
TTCGTTCTAGTTTAATGAAATAAATTTTCGCGCAGATAAAATTTCGCGGT
TGAGCTTATCTGCGAAATTTTAAGAATTTGCGGATGCCATTTTAGCCTTT
GCAACCTATTTGAAGGCCCTTATTTCAATAACTAACGTTTCAAGTCCTTG
TGTCTAGAAATACTCAGTACCAGAGTGTATCTCACGTTTATTGCTTCGTA
GTACCAAGCTGTTTGATAATAAAATTCCCCTACGATGATCTCTGGGAATA
GACGATATCGGATTTGATAAATGCAATGCATTCTGGTTTCTAGGGACTCT
CAAAGGAATTATAATAGATCAATTATAATAGGTTAAAATTCCTTTGAGAG
TCCCTAGAAACCAGAATGCATTGCATATATCTAAATCCGATATCGTCTAT
TGATTATCTATTGATTGAACAGAGAATTGTAATCGCATTTCATATATTAT
TAAGTCCAGTTTGGATAACGAACGAGCTTTTGAGGATTTTACTTTGAATG
AAAATCTGTCCGCTTTTTTGGGGACACGCTGTATGTTATTTTCTTTTGGT
TTTTCTCATCATTAGACGCAGTACCAATTCGTATATAACATGTTGAGAAC
TTATTTGGAAGGATTCGAAAACTATTGGAATTATAAAGATTACAAAGTGA
CCCGATCGCCCCTTGGATCAACTTCGGCTTAAAGAATGATCGTGTGAAGA
GTTTTTGACAGATTACCGTTGTAAGCACTTTGTGTGGTTTTCCAGGGTTG
AAAGCTAGGTCTTTCTAACAACATACATTAGCAATGTTGATGAAGGATGG
ATTCTTGAAGACCAGAGATTTCCTGGTGTTGTAAAATTATGTGAGATTCC
AACACATTCCTGTAAGCAGGTGTTTTCAACACCGTTCATAGTATCACAAA
CCAATGGTTCATTCACTCATTCATCAATACAACTACAATTATTGACAAAA
CACAAAAATGAGCATTCTACCCCCCCCCCTCCCCAAACAATGTTATCGGG
ATGAGCTAATGACCGGCCAACCAAGCAATATTTCTTTCCCACCAACATTG
TTGGGAGGGTAGGGGGAGGTTATTGAAATGTATCTAAATTTGACCAGCGG
AAATGTGCCATAATATATTGACAACGATTGTACATTTAAACTCTGGCTTA
GACGATCCACTTTTCGTTTTTCCTATTCTTATTGTGAATCAAATGAGCAA
AAAGTTGGCTATGAAACGTCTATAAACTCACGCTAATTCGAACTTTTATT
GTTTGAATCTTTCTCTCATTCGCAACAATTAATAGATTCGAGTCTCTCTT
TAATTCTAAAACTTTCGCCTCCAAGTTCGACTAGGTACCCTATGGGCACA
CAACGTCTTATGAACATTCATTGGACGGCTTTAAGACCTTTGGACGTCCT
AGAAACGTACATTAGACGTCCAAAAGACGTTTGTACCGATTAGATAAGAT
TCAACTGTACAGTTAACTCTCTTTAATTTTGGGACAAGCTGGAGTTTTTA
CAAGCTCTTTTTTTATTTGGTTTGTCGTTAACCTATAATAAAACAATTTT
GTTACTTTTTCTAAAGAACGCGTCATCTCGTTTACTTTTAATGACCAATT
AGTGAAGTATCTTATAAAAACTCCAGAACATCCCCTAATTTTAACCTCTA
TTATTTTTGGTCCCTTGAAGATCGAATTAAAGAGAGTCGACTGTAATTAT
CTTTTCTCTACGGACTTTGAACGATTCCACTCGATTCAATGCGTTTAGAT
ATGTCCAGGGCTTTGGGGATGACCTGCAATCCTAATTTATGGTATTCATG
ATATGCACCACTGCAATGACTTTACGAAATTATACAACTTTTCTGTTGTT
TTTTTTTCACCCAACACGTCACTTTTTCTATTGTTTAAGTGACGTAATGG
GTGGAAAATTTTAAAAGTTCTCAGAAGAGTCTCCAGTGGTGCACATCAAG
AATTCATGATATGCACCATTGCAATATCTTCTGACATTACATCACGGACC
CAATAGCTGATTGGTTGTAAGTGACGTAAAATGAGTCAATACGTCACTTG
CAACCAATCAGCTGTTGGGTCCATGATGCAGTGATGTAATGATGCATATC
ATGAATATGGATTTTGATGCTAGTTTTCTAGGATGTAGTTTAAATCCTAA
TGTACTTCAGACTTTACTCTAAAATTGTTTGGTTGAAAGATTTAAAAATG
AAACAANAATGAATATTGATTTTGATGCTAGTTTTCTAGGATGTAGTTTA
AATCCTAATGTACTTCAGACTTTATACTCTAAAATTGTTTGGTTGAAAGA
TGAAAAATGAAACAAACTTAGTACCGTAAGTTGGTCTAATGTCGACATCC
CTCTTCTAATTTCGACACCCTTCTTTAGGGATAGAAATTATAGGAAGGTC
GGAATCGCTGATGGAAGCTATTTTTCTTTCCTTGGCGATCGATTGGAAGA
AAAATTTTGTCTTTCTATTAGCGATCCCGACCTTCCTAATATTCCTGTCT
CTAAAGAAGGGTGTCGAAATTAGAAGAGGGATGTCGATATTAGACCAACT
TACGGTAGCTGGTTAATTCTTTCTTATATATAACCAACTAAAAGTATTTT
TTGACAAGATATTATTTAAGAAATTTCTATAAGATATATTTGGGGAGATA
CTGAAAGTGCTCCTTTGTAAATAGAGCTCATTTTATATGCAGGTATTTTA
AAATTAGAGAGCATTTAAGCAGTAAAGTATTTTTCATTATAATCTTAGAG
TTTTGGGGATGGTGTTTCTGTTACCTTAAAGGAAGAAACTTTGGTTGAAA
GAAAATTTAACAAAAATATCCCATATTAAATTCCCGTCAAGTTAATTCGT
TCAAGTCAGCTACCGAATTGAATTTCCTCTGAAAAGTTTTTCTTTTAGCT
ATCCGCCAAATTAAATCTTTGCCAATTTTTTTCCTATAATGTAGTGTTTA
ATTTGCCAGATCTGCAGTTCCAAGTTTTAGGACAACTCTCTATCATTGTC
TTGGTGGCATTGGAAACACCAGCAAGGTGTCTTGTAAGTTTAAATCGGAA
AGTTCAACTAGAACAAACACGGGTTGGTGATTAATATTTTCTATTCATGA
TATTCATGACGTAATGTTTTCTACGGAAAGACCCCGGTTTTTGCTAGTAG
TGGCAAATTTTATACAACTTTTGTCTAGTTTAAATTTGCTACTACTGGCT
AAAACCGGGGTATTTCCGTAGAAAACATTACGTCATGAATATCATGAATT
ACATCTATCGGATTCCGAAATTCCTGAAGTGAAAGTTTTTTCTCTGGGTT
GTCAGACCTTTCACTAGGGCTTAGATTCAGGCCGTTTGGAGAACTCCTCT
TCCACCGGGGCTTCAAAACAACGGGGCTGCGACCGTTGAGTTTCAAACCC
GAAGGGCTAGAGGCGAGACTCCTGGATGGGAAATAAAACCACTTATTTCC
CACCCAGAACGCCTGCGCGTAGTTTTTACACAGACGCCGGATTGAAACTA
AAATCTATCGCTAGTTTTCAAAAAAGTGTAGTCCTCAAAAAACGAAGGAG
CCGCTACATACAATCATTCGTCATGATTAAGGGGCGTTTTATGCGCGTTT
TGGATGGGAAATAAGTAGCTTCAATTTCTCTTGCCTGAGAAGGGTTAAAG
TTTCGCCTCTAGCCCTTCGGGCTTGAAACTCAATGGCCGCGACCCTGGCT
AGTCAGAACATAGTCATTATTAAAAACCCCGGTCTGGCAATCTATTGTTT
TAGCTTTTTGTTCAATTTCCTTTTGTTTCAAACAAAAGACAAGTGTTGTG
ATTTGCATACTTTTTGATCACGTTACCAAAATTTCCTCTTGGGATTGGTC
TATTTTCTAATCAC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00015231-exon-sc0000205-1575043694:392617..392754 | TCONS_00015231-exon-sc0000205-1575043694:392617..392754 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00015231-exon-sc0000205-1575043694:388741..392039 | TCONS_00015231-exon-sc0000205-1575043694:388741..392039 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00015231-exon-sc0000205-1510915933:392617..392754 | TCONS_00015231-exon-sc0000205-1510915933:392617..392754 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00015231-exon-sc0000205-1510915933:388741..392039 | TCONS_00015231-exon-sc0000205-1510915933:388741..392039 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00015231-exon-sc0000205-1491911889:392617..392754 | TCONS_00015231-exon-sc0000205-1491911889:392617..392754 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00015231-exon-sc0000205-1491911889:388741..392039 | TCONS_00015231-exon-sc0000205-1491911889:388741..392039 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000205 | supercontig | sc0000205:388741..392754 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
