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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00012503 ID=TCONS_00012503|Name=TCONS_00012503|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=986bp
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CTCATCCAAAAACGCCTTTTAATTTTATGCTGACTCGGCAAAACAAGAGA
GGTCAATTTTTAGCagaacttttgacaaaaaaaacttgCAATTTGTTGAG
TCAAATTACAATGGCTTATCCAGGATATGGTGCTCCTGCCCCAGGAGGCT
ATCCAGCTCAAGGCTACCCACCACAACAACCAGTAGGTGTTATTTATGTG
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TACTTACAAGGTGGTTGGATATGGTCAACAAGACAATGGATATATGGAAG
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aaatgaGGACAAAGTAAGACATATAAGAGATAGAAAGAGGAGAGAACTGT
GTACcttgaagtcgggtaacttgcatcaatgggagggaaacttgcatagc
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ACCAGCGTGCAATTTgataattaaaaaatctttaagatcataaatttcaa
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TCCTCACAAAATGGGGTATAGGTACACACCCACACCACTGTATGGCTAGA
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cgattttttttaaagttttattaaggttttaaatttttatcatacttTCA
ATTTTGCCatagttgtttgggagaacGCAACGACCTATTGACTCAGTTTC
GCATATTAATTACATCACCAGTTTGGGCCGAAAATTATCTGCTCTGTGTT
ATGGAAATAAAACCCTAACACTCAAGCTAATACTTTATAGGACGTCGCGC
AGGAAGTTTCGCAGAGTTATCACCTGCTTATTAGGGAGAATGTGTTCCCA
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TGTTGCTTCTTGCTTATCCCAAACAAAGTttgtctttttggacctacccc
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CCCTTCAGAAGAAAAGCTGAACCATTACTTTATACAAGAAtagatttcaa
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ctcatttaaaaagaaactatcatatTTGAACCGATACTTacatccaaaat
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CGCATTACGATAACATGTGGCCGATCACCACGCTCTCTCAGCGTGCTTTC
CGCGCCCGGGGTGGGGGtatttaggcaaatggagggtacggtatatgtgc
cgcccttaagggtagcttttttggatttccaaagtcccgctaagggtcgg
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AACTTTCTACCCCCtggaagatcgaaatttggtcaaatttgtcctgctaa
gggtcgttgaatccaatccttttttaaacCAGCAACTTGTTCCTCGTTAA
TGATTTTGGTTGGCCTTCCCCTCCTCCTTAACGCCATAATGTGTGTGTCA
CTCTACCcccaagttacccactctccaCCGTAGCCCCTATGATTTGGGTA
AAAGAGACAAAACCTTACTCGACATttaaaaagtatatattttcaaactg
ttAACTCGGCTTTTCAAACcgtaagtttcttttttttaaatgaaatttaa
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cgggcctcgtatgtttttaaacgaagatggtatgtttttaaaaaacaaag
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tgtttttaaacgaagatagtattgtttaaaaaagatagtatgtttttaaa
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tatgttttaaaaagatagtattgttttaaaaaaatagtatgtttttaaac
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tattggcgcttccgcgcgccatacttgaattcatggataaaatgaaatat
taaacataaaattctcaaaaccttagAAAAACTACcaagattttgagaaa
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TCAAAATAACGCAAACGTATTTAGGGCTgtttgaaacattttcaatgaaa
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GCATTGATAATTAATTGCTTTCTAAGAAGATTGCAAATTTTTCTCTTGTT
TTCTTCTCATGTTTTGCTGTGGTATCTTGAATATAACAACATTCgaattt
aatttttccttaTCAATCAAAATGTGCAATTAGTATTATAGTGCAATCGA
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taagaacaagggaagaaattttcacaggaatttaatttggtggattgctg
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ATTAATCAACCCTCTGGCCCTTACATTTCTAAGCTTAATGTAATAAGCCA
TattgcaaaaaaactttttgttatcaGAAATAAAACTTGTGCTAATCCTA
TTTTTTGTAGAATACATTTGTGGCTTTCGACCGTGATCGATCAGGAACCA
TTGACCCAAACGAACTTCATCAAGCTATCGCACAATGGGGTAAGCTTTAT
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ACTAAATTGTGCTTTCTTTTCGGGAGCATTGAAGATCTTTATCCGAAATa
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AGGTCCCTGCGAGTAACATTATCTAATCATTTTAATAGGTTATAGATTGA
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AGGTATGTAGACCTTGAGCAAGTTAATTTCAACTTGTTTTTTAgcctttt
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TAACTTCCTGTCAAGACCCATCTAATATTTTTAGCCTGTCTACAAAAGAA
CGAGCAGGTCAATAAGCCTCtttgttggacctacctccgggtaccccggt
ggaggttctataaattaacccatgtccgttcgttcgtccgttcgttcgtc
cgtccgtccgtctgttaccagcttttctcaggattggctcattagttttt
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tttctgattttttgtacaaagatggagggaagactctctaaagaatggct
gaagtggtttttcctggaaaattcttattcgccttaaaagacggattttc
gtattttggggaaattccctttaaccaaataagaaaNatttttctgattt
tttgcacaatgatgcaaaatgacaatgcccaaaatgtgacggagccagat
ttttaaggaaaatttttttgggcaaatttGGGCCAAAAACAGgttaaaag
gttttttgggcctgaatgatttaagtgattttcgtatttggggaaattcc
tttttaccattttacattattcaacacacgagctttatttttccattctg
aatttttgtacaattattgtcactgttttcttattttcatctgatgttaa
tcattaggtaggtccattcagcatgttgcttgtttattttATAATCACAG
GGAGTCGTACAGTCAGAAGGTGATAGGACAATACTGTAAATAATCTATGC
TATTTTCTATAATTAATAATCAGAATCCAATTTTCCGTTGTGGAATAAGC
TTCGCAACATTTTTTTACCTTATCACCTTTTTAATACTCTTTATAGATCA
CTTCAGACGAAGAGATACGACGCAAACTGGATATTCCAATTTTGGATATG
ACGACGTAAGTCTTATTCTATCGatcctttttcgaaaatttatttGAGTC
TGttcaattactttttaaaatttggagGGATGGTATGACTTCAGTAGTTA
TTGATTGGTACTCAGTATGTCGAAAAATGATAACTTCCATTCTAGTAATT
GTTGAGgaaatttgaaatgtttgcTTCTTTGAATCTAATTAAATAGACAA
GATACCATAAGTGGATagattttggcgggaatttaattttaatttggcga
atgctcaattttataaaatttggtgTGGATTTAATATGGCGAAAGACAAA
GTGTTTTTTATTAAGGTGTTTTGTTGAAGCAAATCGGTTATAAAGGTAGA
AAATAGTTTGTTAAATTTATACGGTTAATACACGATCGGCTTAAGAAAGG
CAAGAAtagttttctgaaatttctcgataaaaacatgatttttctttaat
ttagcCGTAGAGAAACTTCTAAAAATTtggcggaaatttaatttgccaaa
atttattcACTTATGGTAGCTACTTAATGTATCCGTGTTCTATTACGACT
GAGATTGTTGCCTAGATCATGATCAGCTGAGGACAACGATTTTGcaggtc
aaaactgcgggtttttctTAATCGTCACTCCACcctcctcaaaagtgcaa
atacattaAGATCTCGTAATTTataaaatgatttctttttaattttcagt
ttatTCAAGTTACGATGTTTGCttgagcttcaatcaaactaaACTCAATT
GATGTGGACGAGTAAGCAgaataatctaaaatgaaaatgcagaataacaa
tgtaactttttcatcaatttaCTACAGAATTTACACAAATGCAGATTCAT
ATttattttctgtaattttttccACATAATTTTCTTGATGCACTTTTTAT
TATGTGAacctcttttttattttatatgcGTTTGTTTTAGTTGGGAATTA
TTTTGTCGATGTACTCAGATGTACTTATGATTTGGAATATAGTAGTATTT
TATGAAAAGatcttaaaataaaattt
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00012503-exon-sc0000145-1491911889:255509..255690 | TCONS_00012503-exon-sc0000145-1491911889:255509..255690 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012503-exon-sc0000145-1510915933:255509..255690 | TCONS_00012503-exon-sc0000145-1510915933:255509..255690 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012503-exon-sc0000145-1575043694:255509..255690 | TCONS_00012503-exon-sc0000145-1575043694:255509..255690 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012503-exon-sc0000145-1491911889:262454..262495 | TCONS_00012503-exon-sc0000145-1491911889:262454..262495 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012503-exon-sc0000145-1510915933:262454..262495 | TCONS_00012503-exon-sc0000145-1510915933:262454..262495 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012503-exon-sc0000145-1575043694:262454..262495 | TCONS_00012503-exon-sc0000145-1575043694:262454..262495 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012503-exon-sc0000145-1491911889:262835..263017 | TCONS_00012503-exon-sc0000145-1491911889:262835..263017 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012503-exon-sc0000145-1510915933:262835..263017 | TCONS_00012503-exon-sc0000145-1510915933:262835..263017 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012503-exon-sc0000145-1575043694:262835..263017 | TCONS_00012503-exon-sc0000145-1575043694:262835..263017 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012503-exon-sc0000145-1491911889:265619..265697 | TCONS_00012503-exon-sc0000145-1491911889:265619..265697 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012503-exon-sc0000145-1510915933:265619..265697 | TCONS_00012503-exon-sc0000145-1510915933:265619..265697 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012503-exon-sc0000145-1575043694:265619..265697 | TCONS_00012503-exon-sc0000145-1575043694:265619..265697 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012503-exon-sc0000145-1491911889:266147..266260 | TCONS_00012503-exon-sc0000145-1491911889:266147..266260 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012503-exon-sc0000145-1510915933:266147..266260 | TCONS_00012503-exon-sc0000145-1510915933:266147..266260 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012503-exon-sc0000145-1575043694:266147..266260 | TCONS_00012503-exon-sc0000145-1575043694:266147..266260 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012503-exon-sc0000145-1491911889:267305..267363 | TCONS_00012503-exon-sc0000145-1491911889:267305..267363 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012503-exon-sc0000145-1510915933:267305..267363 | TCONS_00012503-exon-sc0000145-1510915933:267305..267363 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012503-exon-sc0000145-1575043694:267305..267363 | TCONS_00012503-exon-sc0000145-1575043694:267305..267363 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012503-exon-sc0000145-1491911889:268058..268384 | TCONS_00012503-exon-sc0000145-1491911889:268058..268384 | Clytia hemisphaerica | exon |
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Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000145 | supercontig | sc0000145:255509..268384 + |
Blast
BLAST of TCONS_00012503 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SORCN (Sorcin OS=Homo sapiens GN=SRI PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 232.646 bits (592), Expect = 6.057e-75 Identity = 105/164 (64.02%), Postives = 124/164 (75.61%), Query Frame = 3
Query: 186 DPLYGYFQAVAGADGAIDAQELQRCLTSSGFSGNYQMFSMEACRLMICMLDRDYSGKMGFNEFRELWGALNQWKNTFVAFDRDRSGTIDPNELHQAIAQWGYRLTPQALNIIVTRYSINNQIKFDDFISAAVRLRLLTDHFRRRDTTQTGYSNFGYDDFIQVTM 677
DPLYGYF AVAG DG IDA ELQRCLT SG +G Y+ F++E CRLM+ MLDRD SG MGFNEF+ELW LN W+ F++FD DRSGT+DP EL +A+ G+RL+PQA+N I RYS N +I FDD+I+ V+LR LTD FRRRDT Q G NF YDDFIQ M
Sbjct: 33 DPLYGYFAAVAGQDGQIDADELQRCLTQSGIAGGYKPFNLETCRLMVSMLDRDMSGTMGFNEFKELWAVLNGWRQHFISFDTDRSGTVDPQELQKALTTMGFRLSPQAVNSIAKRYSTNGKITFDDYIACCVKLRALTDSFRRRDTAQQGVVNFPYDDFIQCVM 196
The following BLAST results are available for this feature:
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