TCONS_00012490 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00012490
Unique NameTCONS_00012490
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length6144

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00012490 ID=TCONS_00012490|Name=TCONS_00012490|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6144bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000145:31675..63710+

Legend: exon
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>TCONS_00012490 ID=TCONS_00012490|Name=TCONS_00012490|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=32036bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000145:31675..63710+ (Clytia hemisphaerica)
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000145supercontigsc0000145:31675..63710 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
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Blast
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Match: RHG23 (Rho GTPase-activating protein 23 OS=Homo sapiens GN=ARHGAP23 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 242.276 bits (617), Expect = 3.128e-64
Identity = 129/336 (38.39%), Postives = 201/336 (59.82%), Query Frame = 3
Query: 1779 KRRHVFRLITSHGNEYLFQSEDSTSMMSWVHTLRD------ANPDKESLMKTSSQLN------QENEQKANS--KDKKGLSIRRSNFLR-SSKKG-------RSSSNPNPKIPKLPM------ETAHPAGKTFGIPLHKCSMSKTQEKVPLIVEHCCTVIEEKA-DTVGIYRIPGNAATIQSLRSELDTKDPADIQWDDEKWQEVHNISTLLKAFLRQLDDPIVPSNMYTKFITVNRFTDQRDRLKSIKHLTRNLPDYHLETLQFLLRHLKLIAEHSEHNKMDLKNLVTLFGPNIVKS--DEVTSLVQDMADQCKIIETLIKQFDWIFNDDAEGGE 2693
            KRRHVFRL T+   EYLFQ+ED   M+ W+  +R+       +P   +    S +LN        +  KA+S  K  +GL   +S FL+ S+ +G         S + +   PK P       +    A + FG+ L +C  +   ++VPLIV  CC ++E +  ++ GIYR+PGN A + SL+ +L+ + P DI   DE+WQ+++ IS+LLK+F R+L +P+   + Y  FI  NR  D R+R+++++ L R+LP ++ ETL+FL+ HLK IA+HSE NKM+ +NL  +FGP +V++  D +T +V  M D+ KI+ETLI+  DW F+D+ + GE
Sbjct:  771 KRRHVFRLTTADFCEYLFQAEDRDDMLGWIRAIRENSRAEGEDPGCANQALISKKLNDYRKVSHSSGPKADSSPKGSRGLGGLKSEFLKQSAARGLRTQDLPAGSKDDSAAAPKTPWGINIIKKNKKAAPRAFGVRLEECQPATENQRVPLIVAACCRIVEARGLESTGIYRVPGNNAVVSSLQEQLN-RGPGDINLQDERWQDLNVISSLLKSFFRKLPEPLFTDDKYNDFIEANRIEDARERMRTLRKLIRDLPGHYYETLKFLVGHLKTIADHSEKNKMEPRNLALVFGPTLVRTSEDNMTDMVTHMPDRYKIVETLIQHSDWFFSDEEDKGE 1105          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00012490 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
RHG233.128e-6438.39Rho GTPase-activating protein 23 OS=Homo sapiens G... [more]
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