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transcript sequence >TCONS_00012217 ID=TCONS_00012217|Name=TCONS_00012217|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2972bp
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agaaagcaaaagaaATGACACG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000141:471055..490384- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00012217 ID=TCONS_00012217|Name=TCONS_00012217|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=19330bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000141:471055..490384- (Clytia hemisphaerica)
ATCATCTAAAAACATAGCAGCACTGTCGGTAGGTGGCTCGTTTTATTGTT
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GTTTATTAGTATAAGTCCAAAGACTTATTAATGAATTATTTTTTCATCAA
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AAAAAGGGATATGACTAAGTCCTGGTATAGTTTGAAATGTCAAAATTCAA
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CCATCGTCTATTTATGTCTGTAGATTTGTCAGTACAGGTAGTTCATTTCC
GATGTTTTGTTTTGACATCATTAATTGAAATCTATAGGAAGTTTATTTAT
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TCAGCCATAGGACGACATCTAGCCAATCGGGCTTTATAAATCTTTGGTAC
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ATTCGGGGTGGGGGCTGTTGAAAAGTTTGAAATGAAAATGCTTGCCTCTT
TATTCAGTCCGTGATTTTTCCTAAAATTTTGTCAAACTTCTTGCAAAGGA
GGGTACCTTCGTTACTATGGAAACTGTTGAATATATGCTTTTATGTTTTA
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CATCCAATCAAATTTGAGATCACATCAACTTATCAAAAAAGGTTTCTTGA
AAAATCGGAGATTCTTTTCTAAGTAACTTGTCTGTTATTAATTTTGGATA
AGGTAGGTAAAACCAAAAATTTCTTTTAGATTTGATTAAATCCGCCAGTC
GCTATTTAGTTTGGAGATCTTAGGCTGCGCGCATTCCCTTTCATATGTTT
TGATATAAGGGATGCGTATCGTGTATCAAATTCCCGTCCGAGAGTTACCC
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GATCTTCAAGTTTCATTTATAAGTTTGAATGACTAGAGGTTAATATAATC
ATTGAATTTCTAAACACCCCTTTAAGAAAATTAAAACAGGTTACCCCACC
CTCAAGAACACTATGTATCGTCTCTCTTTTTAAAAGAATATCGAAAGATT
TTCGCCCTTTAATATTTGATACTACAGTTAGCTTTTCTCGTCATAAGTTT
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GGATGTCGGAAATAGGAGGTTCTATTTTCTTCTGTCTGTTTCTTTACATT
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TTTGGTCACCAGTATATATTTAGTGTGAAAAATTTTTGGTCCATTTTATG
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AATCAACATCCTGAGGTAATTTATCAAGAATATTTCTTAAATATCTCATA
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GCCTGTGGAACTTAAAACTCGGAAAAGGTTTCGGGTTGGTTCGGTGTTAA
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TTTAGCTTGTTTGAGTTATGGAGACTTTGATGTACCATTACAGACCCCTG
TGTCATAGATTCGGTGGGAGCCCCCGCCCCCGCCCCACTTGAAAATTTCG
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TCATGATAAAGAGAGGACGTGCACTTCTTATGCTCCCCGGGAGGGGGGGA
ATTGTTATTTCTTTTTGCTGAATTGTAGGATATGTTAAAATGATATCCTT
AATTGAAGGAACAACGAAATGATTCACATACCTCATGACATATCGAACTT
CTTAAAATCAGTGTCCTGTTTTCTCTTTACATCAAAGCCCTTTATTTACC
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ATTAACCCATCGGTAGATTTTGCATAACAGAAGTTCCTTACCCTACCCAC
TTCTCTAGCTGCGAGCTTTCTCCTTTTTCTCCGTTCAAGGAGTGTGCCTA
TATCCATATAAGGAATGCAATTGAAAGAATCACTCTCCCTCTCCTGTCTC
ACATCTCAACCATCTCTGTTCTCCCGTTTTCAGTTGAATTTTTTTTGGTA
TTAAATTTGTAAAAGAGTGACATCATTTCCTTATATTAGAGTTTAGATAT
GGTATCATAAAGCCATTTTTGTTTTGAAATACCTCAAATATTTTGTAAGA
CTCATTCCATCCTTTACTTAAATCATTTTGATATTCTTTATAAGGTCTAA
CACAAAATAACAGTTATTTATCAAACACAGTTGACCCTCTCTAACTCGAT
TTCCAAGGGGGGAGGTTTGATTTTCATCGAATTAGGGAGTGTATGGAGTA
GTATAGCGTCGTTGATGAGAGTTTCTTCCTTGATGCTGCTGATTTTCAAT
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ATTGACTGTACCGATGAATTTCATCAATGAAATGCTCACACAAATTTTTT
ATATCAACATTCTCTGCACACATTAGATTTTGCTTTAAGTGCATTGGGTT
TACGCACTGGGGATCCCAAGATCGAAATGGGTCGGGTCCCTTTCGAAATT
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ACAAAACTTTTTTTTATTTTTTTTGTCCCTATAGCGTATTTTTTAAAAAG
ACCTTCACAAAGAAGCATCAGGTTTTTCGTCAATAGAGCAAACAAGTTTC
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CCAACCCTCCAAATTGAAATCTCATTTGGTAATAAGAGACGTGACGAATG
GTTGAAATTATTCTCAGCCAAGGGAATATTTTCTTTAATTTATGATACTC
ATGACGTAATGCTTTCTATGAAAATACCCCGGTTTTAGCCAGTAGTGGCA
ACTTTAAACTAGACAAAAGTTGCATAAAATTTGCCACTACTGGCAAAAAC
CGGGGTCAGCCATTTCTTTGCTCTATTTTCAATAAAAATCTTGCGACTGA
TAGTTCGTCTTCAATATTATTAACTTAAGTGTCTGAGATTGAGACTGGAG
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GTTGTATCGATTAGGTTCAACAGCTAGTTAGCTTGTCGAGCCTGGTGTAT
GAAAAATAAATTAACTACGAAGGAATACCTTTATTTCCCAAATAAGTAAT
GCTTAAACCAATCTTTGTGGTGTATTTCTCCATCGGGTGGCTTTTTTTTG
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AGTCGACAGTCGCAAAATTGTCTTGTTAACCATCTGTAAGTCTTTAATGT
ACGGTTAAACCAATTAGCGTGTGACAATTTTCCATGAGAATAATCAACTA
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GCGCTGTGGAAGTGAGTTCCTAAAAGAAGAAAAATGGTTTGAAAATGGAT
TTTCTTGAATGATATCTTAAGTTTTTGTTCAACATTTTTGCCTTTTGTTT
CTTTCTTTTTTCTTGCCTAGATGTTGGATACAGATTAATAAGACCGGGAT
CGCTCAAGTGATAAGCTCAGTCTTTCGCATCGGTTTTCGTATGGAAAAGA
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GTCTTATGGACATTCAATGGACGCCTTTAAGACCTTTGGACGTCCTAGAA
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CTTTCGCATCGGTTTTCGTATGGAAAAGAATTCACGTCTCTTAAAGTCTG
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CTGGCGATATGTTATACTTCCAATCCAGAGCGTTTGTATGAAAGCCACGC
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TTCTAGATTTCTAGGATCTCCTAATAGGAAATTGAACTGTAAACTTCGGC
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GATATCATATGCATTGGTCATTTGAATAGAACGATAATACCTTGCTTAAA
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TAGCGAAGGTTTTTTATTTAGCCTAGGTTGTGCTCTTAGGTTATATGATA
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AAATTTAGTCTCTCTATAAGGTCGCTTTTTTGAGGTCTTGGTCTACATAT
AACCGCCATTCTCAAAACCTGGATCCCAGGAAGTGCTCAGGACTTTGTGT
ATACACTACAGTCTAATGTATTGAGTACGCAGACACTTTCCCCGACTCTG
TAGTAGTATTCTTTTGGTAGGTTAGTAGTAATGAAGTAAAAGCCCGAAGG
GCTAGAATCGAATCTCCTTATAGGATTTGAAGCCAACAAATCCTACCAAA
GTTGCGCGGCCTTGAGCGGCGAGCCGGTTTTACACTAAAATTTACCATTA
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GTCGTCAAAAATACGGTGCATTTTTAAAGGCTTCACTTTTTCTTCCCTGA
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AGTAGTAATGCAACCCTCATAAATCACAGACTTTTAATCTCTTTCAAACA
CTAATTGATCTAAATCTGTATGTTATATATGTCTTTAACAGATCATTGTA
GATTGCTTTATTTAAACCCTGGGATTTCATCTTTCTTACTACTAACATTA
GAAACGATTTATCTTAGAGAAAAACAAATCGTTTGCCTTCCCCCCATTCT
TTTTATAAATCGATTAGTTATCGGTGATACGTTATCTATGAAAAATAAGA
ATCTCTATTCTTGTGGCCTTGTTCTTAAATTATTCTCAAACCCAACTCAG
GTAGTATTATTCTCAAGTCGGAGTATCTAGTTTACAGTTCTTGCAGTCAA
AAGCACGGAACAATCTTGAGGATCTTTCAGCTTTTCTCCTCTGATGTTAA
GCTNTTGCAGTCAAAAGCACGAAACGATCTAGAGGATCTTTCAGCTTTTC
TCCTCTGATGTTAAGCTATTCTTATAAAAAGTCTTTTCATTAGAACATCT
AACCTATACGTCATTCAAACGTAGAGAAAAGAAAGTGATAGAATAAAATC
GGGGAAACTGTTCTTATAAAAGACATTTTAAGAAAGAAGCTCGATGTTGT
TCATGGCAGGGGGCTATTGATACTCGAATCTTTAGGAGGGAAAAAAACAT
CAAGAAAAAAAACGCGTTTGATAATAATATAACTCCACACTACTGGAACA
ACTCAAAAAAAAACTTTGTATGTTAGAATAAAAGCTGCTTGCTGAGTACT
GCTGTGTACTGTGAACAGTCTTACGAACGTTTTCTCTTGATGAATTTTTT
TTTTTTGTATTCCATTTTTCAATTTTGTTATACGTTGTTTCTTATTAGTT
GGAGTGTTGGCGTGTGTGTAGTGGTGTGGTGTGAGATTATTTTATGGAAT
TTCAGTAAGAATAGCTGGCTTATTTTTTTCTAATATGGTTGGATCAGCGT
CAGGAAATTTCTTCACTTAAACACGTTTGCTTCCTTTCCTTAATCATCTT
AGCGTAAAAAACCATCTTTCGTTCGAAGTAACTTCTCTTCACCACGAGTC
GGCTTCTTATCAAACAAACGATGATAATCAATCAATCAATTGATCAATAT
ATATCACAAAAAGCAAAGATGATATTGATAGTTTATTTGCATATCGTATT
TGCTTCTCTTTAAAATCGATTCTTGTTTCTTTACTTTATCTTTTTTATCG
GATCTGATTTATCATGTTAGAACGTTATAATCAAGACTGTATCCGTTTAA
TACTAAGCTCTCATAAAGCTTTTTTACAACATGTCTGAGCTACAAAACAA
ACTTGGGATTGATTTATGGGATTGTTAAGCGAGCTAAAGAGAGAGAAATA
GTTCACGCGCCTCAATCACAATCAACGAAAGAGGATATCGTGTTTTTGCG
GTTTTCACAAAATCCGATAATTTGTGTATTTATTTGTTCAAACGATTTAT
ATAGGGTCATAAAAAGATTTTTTGATTAAAACCTTGTCTATGTATGTTTT
AATGTAAGTTTTTTTAATAGTACTTTTTAAAGAAATTTGAGCAAGTTTTG
TATCTGGTTACAGAATTCAATTTGCAAAATTATTAAACATTCCAGCGAAC
TTCCTACGCTGTTTGCTGATTGACTGGATTTTCATTTTCTGGTAGATCAT
GTTTTGGGCGTGTGATGGAAGCACTGTCCAGGTTTCAAAATTAACGAGTT
TTCTTTTTTGCGGAAATAATTCAGAGGAAGGATTTTACAGAACACTTGTT
TGAGTTTGTAGTGCGGTGATGTAGTGTCGATAAACTGATAAGTGGTTTCT
GTATGGGTAGAAAGTCTTGAGTGACAAGTCAGTTTATTTTTATATCCTCT
AATAAGTTTCATTGCGGTTTTTCTCCTTAAAGTTACATTATAACAGTCAT
TTCTATAACACTATAACATCCGAGCTTAAGAATTTTGTGGTCTTCACAAA
ACTGGGTTTACACTATGATGGAGGTTTTCCTAAGGGTTTTTTTCCACTTT
GAATATATATCGTCGGTTCCTCATCTTTGAAATTAATATCGGCATGGTGT
AAAAAGTCACGAAAAATGAAAAATGATTGACTCCTATGGGGTGTACTTCT
TTTCTCTTTAACTTTGGGAGAAGGGAAGAATTCTAAAGAAACAGTTCACT
TTGTTATACAATGTTTCATCTACAAGAGGAGAAAGAGAGATTCTTCTCAA
TGTTGCGAAATGAAAATATTGTGGAAAATTTCGTGCAGCTTCGCTGGTTA
ATATCACAGCATGATTTTTCAATATACAATATCCTTGAACTAAAAAAAAA
AGAGAGAACCAAAAAGTCATGACTCAAAACCACCCTCTGTTATATGTTAT
GGGATGCCAATGAAAGATTAATTTTTCCATCTATTCAGTATAATTGAAGT
TATTCATTTTACCCCATTACTAATTGATTTCCTTTTTTCATTGACAGAAT
TTGAAAACTGAATTGTTGAATCGTGAAAGAACACTATTGAAGGAATTGAA
AGACGTCAAAGTTGCGTTCGTTACGCACTCTTGGATCGGTTACAAACACA
GCCCGAAATAGTCATTTACGCAGAAGAAAAAAATCGAAAAGTTTTGATTT
GTCATATTCACAATTCTTTTGGTTGGGTTTGAGAAAGTTGGTATGCTATA
AATTTTCGTTTGGTTGAAAAACTGTAATCATGAAATTCTACGCTATATTT
GTATGTTGTATGGTTACAATAATAAACCTGGAGCTATGTTACGCCCAAAA
AGAACCGCCTGCTGACAGTCAGCGTCGCCCGCGACCACCACTCATCGAAA
AACCAAATCTAGTTGAAGAAAAAGAAACTACGTCAAACGCTAACGAGAAG
TCGACAGAGTTGGAAAAATCCGTCAAAAAGACGTCGCGCCGTGACTACAA
CAAACTGTGTAATATTTGTAGACAAATGTATATCATGTCGGATAAAGAAT
TTGAAGAGAAGAAAGATGTAGACAAGTTTTGTGTTCGCGTGAAGCAAGTT
ATGGAGTGCATGGCTAACCTGAAGAAAGAGCGTATCCAATGTGGCATGTT
CTTCAACCTTGTCTTTCGTACGGGTGTTTTTATTCAGAACCGAAAACACA
AATGCGACGAACGCAACATCACAGTTGGCGACTTGGACAGTATTTTCAAT
AAGCGGGAAACGGAAAATACAGAACGAGTGAACGTCGGTCAAAATTGCCG
ATACCGAAAACGTAATACTACACAAAGCAAACTTAAACACTGCGGGATGT
TTGGAGACCCGCACTTAAAAACATTCTTAGGTGTTCGACAAACTTGTATC
GTTGAAGGGACATGGACACTACTTGATAATGAGTATATGAAAGTGGAAGT
CACCAATCGCATGGTTCAAAATGTTGATGTGTCTAGAGCCGCAACAGCAA
CCGAAAAGGTATTAACTTTTGATTGCTTTTTATCTCTCTATCATGTCTCT
CTTTCTCATGTCTGTTTGTATATATTTGTCCTCGTGATCTCCAAATTACG
CACTGGTATCCGTCAAAATGGATAGAATATATTTGTCATTTTCCCAGCTG
GCACACAACGTTGTTTCAACGTTTATCTAACGTCCATTTAACGTTAGATT
AACGTTTAAACAACGTTGTGTGCCAGTTGGGATTATTTAGATACACGTCC
TAGTTCTCGAGTTCTCTCTGAGTGGACCAATTTACAAGATATTCGTGTGT
AATTTTTATGGAACTAGTGAGAACTAGAGCTAAATTAATTGCTACACCCT
TATGTCTCAAGTTTAACCGGCCGGCGCTTTATTTTTCATAAATTTAAGGT
CTGCATATTGAAACGTTTTGGTTTTCGGATTTTTCTGATTTCAGTCGAGT
TTCGTTAGTTTAGTTTTACAGTTCGAATTGATAAATAGATCCCAAAGGTT
TTTAATAATTCATTCCGCACAAAGAAAAGGGGTCTTTATAGCGAAAAGGG
GGCGGGCTATTATTGTAATCTATCTTCCCTTAATTAAATCCCGTGTTTCT
ATGTAAAAATGTTAGAATGTGAGAAAATTATAATTCCGTTCTGTTTCTTT
TTTCGAACACTGAAATCCTAATCCCAACAAAAATTTCAATCCAGTAAAGC
CTTAATGACAACAAAAATTTTGAAAACTGGATAGATAACGTTTTATTTGA
TTAGACTGGACCCTTCATTTATACGGAAGTGGATTTAAAATTTAATCTCC
CAGGCTATAATCGACTTTTCACTTACAGGGAATCATTAGATAAATATTTA
GAGATAAGTAACTAGGCTATAATCGGGTTGTATTGAGTCTTTGGATAAAC
AGCTTAGAAGCTTATTTTAGATTTGTTGATTTTTCTTAAAATCTTTTCTT
AGTTGACACGCTCTTGCGTGTATAACTTACTGTGTTACTCTGTAACATAA
AGTCTCTGCCGAAAGTCTTATCCCAAGTGTCAGAAAGTAAAACTGTAGTC
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ATACGATAATTGTTACGGGATAGTATCACATTGCATAAACTACAATTTGT
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ATAAACCGGTAATTTTTTTGTCCGGGAATTAATACAGGATATTACCGGGG
TTCTGCACTTTGCATATCTATGAGAAAGCTGTTCCTTTGATCATTTAGTA
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TCTCGCATGAATAAATTTTAGAACATTCGCTTATGGTTTATTTTGGACAG
TTTACTTTCATTTAAACCTTACTAAAGAGAGTTTGAAACTTTCTTATAAA
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CCGTTTTAAGCGATCAGTTCTCGCATTCTGGTCACGAATTTCGAAGGTCT
TCTTTTTAACATTGTACTAACAAATCAGTGCCGATTCAATTAGAATTCAA
TTTTGATAAAAATGGCACCTCATTGGAATCATATATCTTTATTTATTTGA
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AGGTTTCGAGGCTGCTTTTTTCTCATGATTCTGTGATTTTACGGATAACT
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AGAATTCTCAATTGGTTTTCCAGAAAGCATTTAGGATGTGAAATTTGACC
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GTTTACAAATCCATTTTATCCCCACCTGATATTTCTATCAAAATTTGAAA
CAGTTCAAACAAAGGATAAGTAAGTTTAATTTCATATCATAGTAAATTTT
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CTTTCCCGATTTTACCTTTTTTACATCTCTCTTTTTTAAGAATGTTTAGA
CGCAAGTACATTCAAACTTCGNTTCCCGATTTTACCTTTTTTACATCTCT
CTTTTTTAAGAATGTTATAGACGCAAGTACATTCAAACTTCTTATAATTC
ATAATGAATTTCGATTATTATTTTAAGCGGTGCTGAAATGCGTTGTCTTT
TAAAATATTGAAAGTACCGAAGATGGGTGGTTTAAGAGATCTGTCATCTT
GAATATTATTCACAATTTTGTGTCTTTTCATTATGTTCTTAGATGTTTTT
AAACCTCTATGTGTGTGTATTTTANGTACCAAAGATGGGTGGTTTAAGAG
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TTAGATGTTTTTAAACCTCTATGTGTGTGTATTTTGTCAAACAGAAATAA
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ATTCCCCGCCTTCTTTCTCATTACGATTTCCCCTCCTCGTAAAAGGATAT
CCCTTTCAAATAGTAGAAAAATTATCATCAAATCAAAAAATTGATTTATC
TTCCCCTAAACTCTCTCCTCAATTTAAAATTGGATCGTTCCGGTGAATGT
TTATATCTTTCCGTTTTAACCCTTTCTTTTATAAGTATTCCGAGACTTAT
GGTTTGGTCTTGTAACAATATGATTTGTTTTTTTTTTTAAGACAAATACA
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TATATTTGAAAAAAGTTAAAATTGTTTATGTTTTTTTCGCCGCGTTTTTG
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
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| TCONS_00012217-exon-sc0000141-1575043694:471055..473037 | TCONS_00012217-exon-sc0000141-1575043694:471055..473037 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012217-exon-sc0000141-1510915933:490357..490384 | TCONS_00012217-exon-sc0000141-1510915933:490357..490384 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012217-exon-sc0000141-1510915933:477177..478137 | TCONS_00012217-exon-sc0000141-1510915933:477177..478137 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00012217-exon-sc0000141-1491911889:477177..478137 | TCONS_00012217-exon-sc0000141-1491911889:477177..478137 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012217-exon-sc0000141-1491911889:471055..473037 | TCONS_00012217-exon-sc0000141-1491911889:471055..473037 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000141 | supercontig | sc0000141:471055..490384 - |
Blast
BLAST of TCONS_00012217 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: RGMA (Repulsive guidance molecule A OS=Homo sapiens GN=RGMA PE=1 SV=3) HSP 1 Score: 159.073 bits (401), Expect = 3.635e-41 Identity = 106/279 (37.99%), Postives = 144/279 (51.61%), Query Frame = 3
Query: 744 ENTERVNVGQNCRYRK---RNTTQSKLKHCGMFGDPHLKTFLGVRQTCIVEGTWTLLDNEYMKVEVTNRMVQNVDVSRAATATEKIAIQFKERDLVCSQEKNYVATSQYLPEAFSDGSRTNG---PPGCLTTISKYDQDSVKLKACRSNTTILIRRVGRYLTFNILSPFEIVNK-----SSG--LCHGGCPTSELFDYLSFFANLINQNDVTNDIRTAPRSNDVSVTSQLSYHEAMHLCSVR-NVTDFYYDSCVFDLLMTGERQFSLAAKLAMLDAQSM 1538
++ ER + + C Y K +++ HCG+FGDPHL+TF QTC V+G W L+DN Y+ V+VTN V AATAT K+ I FK C +K Y A LP AF DGS+ G L K V+++A TTI++R+VGRYLTF + P E+VN S G LC GCP ++ D+ +F N + T R A S + Y A+ C + V D YY +CVFDLL TG+ F+LAA A+ D + +
Sbjct: 134 DSQERSDSPEICHYEKSFHKHSATPNYTHCGLFGDPHLRTFTDRFQTCKVQGAWPLIDNNYLNVQVTNTPVLP---GSAATATSKLTIIFKNFQ-ECVDQKVYQAEMDELPAAFVDGSKNGGDKHGANSLKITEKVSGQHVEIQAKYIGTTIVVRQVGRYLTFAVRMPEEVVNAVEDWDSQGLYLCLRGCPLNQQIDFQAFHTNA----EGTGARRLAAASPAPTAPETFPYETAVAKCKEKLPVEDLYYQACVFDLLTTGDVNFTLAAYYALEDVKML 404
The following BLAST results are available for this feature:
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