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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00011956 ID=TCONS_00011956|Name=TCONS_00011956|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4153bp
ttagtaTCTGAGATGAttagaaatttattgaaaatgttATAAGATCTTTT
AAAAATCATGTCTGAAATGCAGCAAATACCTCGTTTAATAAACTACCCCA
CCCATGAGCATCCTTTGGAACTGACAGAAGGGATAAAAATCTATCCACAA
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GTGCACTCCCTATAAGACATTTAAGACACCCTTCACATCAGTTGTACAGG
GCGAACATGAAAAATGTATACCCTCAGTACCATGGACAATGGCGCTGTGA
TGGTTGTGATGTAACCAGAGGACCAGAATTGGCATATCATTGTTTCCATG
ATCAATTTGATATTTGTGATCGGTGTGTCCAAGGACAGAATCTTCCTATC
CATCAACATCCATTGAAACCTGTTGATGCCGCAAAACTTTATGATAATGC
ACCGGGCTGGTGGGCTTGTGATTGCTGTAAACGACATGGAACTGAAATTG
GATCgagatTCTCTTGGCATTGTGCTCTTTGTGAGTTTGACTGCTGTGTT
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AACAGATCCAATGAAAGTCTATGGACAAAATGGTAGTTGGAGCTGTCGTG
AATGCAGAAAACAATTTACTACAGAAAACCCTGAACCAAATAGGGGAAGA
CCTTACCATTGTTTTGATTGCGGTTATGATATTTGTCATGAGTGTATATC
TCCGGCCCTACATAATGATGGTGGAGATATTCCAATGGATCCAGGACTGA
GAGCAACCTATGCACATAATACACCATCTGCTAGAGTTACTTCTAGACCT
CATCAGCCCCCAACTGATTTTGGttgacgatgatgatgatgtcAACATTG
AAAATCTTGATGAATCAGAAAGATGTGTCATTTGTTGTTCCAGACGTAAA
AATGCAACCATTGTTCACGGAAACACTGGTCATGTTTGCTGTTGCATATC
ATGTGCTAACACTATGCAACAGAGAGGCGACAACTGTCCCATTTGCAGGG
CACCAATTGATCTTGTAATTAAGCAATTTAATTCTTGAATGGGAATTGTC
AAGATTGTATACAATGGTGCACTATCTCTATCTATCCAAAATGTAATATG
ATGCAATTCtccaaaaaaaggaaaattcagaTGCAGGTTGATTTTAATAT
GGCGGAATACAGGGCTTAGATTTTTTCCATGTGCTcaaataaaacttaaa
ttaaatCTAATGATTTGAggtccttttctattttcttattaGAATGTTAG
GAGAATGAAAGGGCCATCTCCTATCAATAATTTAATTGATAAAGAGCAGA
TTTGGCCTTTTGCTTGCAAACAGGAGATTTATTTCAGGAGTAACTCCTTT
AAATATTTTGCGATAACAGTGATGATGTCAATGCGATAACAGTAATGATG
TCAATGCTCAAAAAAGATTGTAGCTAAATGGTGACataatgattttttgt
tttttagcaGTTGAGATATCAGGGATTAGAATCAAGCCTTAAAAACAAAG
GATTTATTGTTAAAAATGAACATAATCTCAAGCATGATATTAGCCTCACT
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TTGTTTAAATCGTaacttcaaatttcaaatattttttagttCAAACCTTT
TACCCCCTGAACTGATTATAATAGACAAAACAATAAGAGTTAACTGAGAA
GAGATACCATGAATATGTTTTTGTCTATCTTGCATTTGTGATGTGtgccg
taagttggtctaatgttgacatccctcttctaattttgacatccttcttt
agaaataggaataataagaaggtctgACTCACTGATGGACTTCTCAACTG
ATtgctaagcaaaaaaaattagtttcagTCAGCGATTCCGactttcctat
tattcctatctctaaagaagggtgacgaaattagaagagggatgttgaca
ttataccaacttacggtatggtAAAGTATATTTTTAATACCCTTCTTATA
AGTACTTAATTGTCTTTAGCATTTGTATATGAATTTAAAAGACAAGTTGA
ATCAGTGTAATTAGTGTTTCTANAGGGCCGCGCCAccgggggggccgggg
gggccatggcccctccacttttttgcaaagcaaaataaaaaatttctctt
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ttttttttaaaaaaaacaaacttaacagttttctttcagaaaatctgaac
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tgttggccccctcactttcaaaattgtGGCGCGGGCCCTGACTGTAAGTT
GGTATATATACCAACTTACAGTATGGTAAAGTATATTTTTAATACCCTTC
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GTTGAATCAGTGTAATTAGTGTTTCTAACTTAAAATTGTAAGATGGTTGG
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aaagaaaattagttttctgagacacttattttgagattggaccttttgcC
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AAGCCATCTGATATATTGATgtttaattaaatatttcattttctttagcT
TTTAAAAGTTACAACCATCTttttatgctttccctaatctGGAAAGTTTT
TTAAGTAAAATCTGGTAAAATATGCATTTGTATTTCTGCCGTGATCTGAC
AAAAGTCGCTTACTTCTTTTTATAGCCTGAAAAATGAATATTGCTTGCAA
TATTTTGCAgtttattttctgacaaaaagaagtaactttaaaatttttag
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agaTGTTTTTAAACTCCTTTTAACTCCTTCCTTTTAAATATTATAAACTA
TTCTAGGGTTTGGTCTTTCACAATCAGCAAAAGTTTTGATCTTAAAACAA
TACTTTTAATCTTGAATAAGGTCAACTCGTTTATGTAATTatctcaaaat
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ttttttctttgtcttcTCTTGTAACTTTCAGTCATGGGGTTTAAATTTTA
TGtgtttaattttatttacatttattcattttttatttcaattttttaaa
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CACAGTAAAGTAAATTCAAtgattcaaatttgaaaaaattgaatgttcTG
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ATCATTTGAGTAGTAGCTTCATTTTCAATATTCTGGATgccttaaaatat
tttatttttaaaacaagCATCATGGCACAATTTTTTTGTAACATAAGCAT
GGCGTTGTAATTTCTATATGTTTATTAATTATACATTGTTATATTGTTAT
ATTCATAATCTATTGCTTTTTAAATCTTATCTTTACCTAGTGCTTTGGGC
TTTCCAACTTTGTTGCTTTTAGAAAACTTTAATGCTTATTcttagaaaat
taatttttaagattCCTTACTGCGGAGTATTTTAGGGTACCTGATTTCGA
AAACCTTCTCCTACTCCCATCAGGGCTACTACAATGGTTGTCTCTCAGAT
CCCTTTCAAGATGGTGCCATTGCATATTTCATCCAATAAGATTTAGTCAT
TTCAATGTGAAAACAAGTATTATTGTTTAACTGACAATCAATGTTGAAAA
TAAGCCTTCCAAATTAAAGATCAGTCTGGTTTCTTGAAATGTGACAAAAA
AAC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000134:332286..338285+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00011956 ID=TCONS_00011956|Name=TCONS_00011956|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6000bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000134:332286..338285+ (Clytia hemisphaerica)
ttagtaTCTGAGATGAttagaaatttattgaaaatgttATAAGATCTTTT
AAAAATCATGTCTGAAATGCAGCAAATACCTCGTTTAATAAACTACCCCA
CCCATGAGCATCCTTTGGAACTGACAGAAGGGATAAAAATCTATCCACAA
TACAATGGATCTTGGAAATGTGATAATTGTGAGTTGGATAAAACAAATGG
TGAGAAACCATATCATTGTCAACCCTGTCAATTTGATCTTTGCATTAATT
GTGCACTCCCTATAAGACATTTAAGACACCCTTCACATCAGTTGTACAGG
GCGAACATGAAAAATGTATACCCTCAGTACCATGGACAATGGCGCTGTGA
TGGTTGTGATGTAACCAGAGGACCAGAATTGGCATATCATTGTTTCCATG
ATCAATTTGATATTTGTGATCGGTGTGTCCAAGGACAGAATCTTCCTATC
CATCAACATCCATTGAAACCTGTTGATGCCGCAAAACTTTATGATAATGC
ACCGGGCTGGTGGGCTTGTGATTGCTGTAAACGACATGGAACTGAAATTG
GATCGTAAGTTTTTGGTTTCTGATTAGGACTGAAAGGTTCAGTGTTGATC
TCTCTTACTATTTCATTTTGTCTTCAACCATCACCACACCTAAGGgctca
atctcaaaattatcaaagttgtgtccaatttttgagatttagatTACAac
cattttctttttattgaatgCTTTATAGCAGCGCTTTATTACAATACTTT
TCATACATTTTCTaagacacttattttgagattgaacccaCAGTCAATAA
TTAATAAATAATattaatttaaaaatgttttccctTGAAATTGAGTTTAG
TTCTTTTTAAGAGTACAAAAACAAATACACTTTTCTGGTTAGTAAGCTAT
TTTGGTtgtgtgaaatatttttctgtttcaGGAAATTCTCATGGCACTGT
GCACTTTGTAAATTTGACTGCTGATCTGATTGTCATTGTGAGTGTTATTA
AAAGTTAATGAAAgacaatttatttttcattttcaggagatTCTCTTGGC
ATTGTGCTCTTTGTGAGTTTGACTGCTGTGTTGATTGTTTAGCGGAACGG
AAAACTCCTCAACATGAACATCCAGTTCATTTAACAGATCCAATGAAAGT
CTATGGACAAAATGGTAGTTGGAGCTGTCGTGAATGCAGAAAACAATTTA
CTACAGAAAACCCTGAACCAAATAGGGGAAGACCTTACCATTGTTTTGAT
TGCGGTTATGATATTTGTCATGAGTGTATATCTCCGGCCCTACATAATGG
TCAGTTGAATTaccttataaaaacattttatcttATTTGCCCACTCTTTG
TGTCACAATTATTCTGTTGTTAgacaaatacaaaaataattttttcaaac
agcTAACACAACTTCTTGACATTCTTAAATGCAGGCTTAGCAAATTTGCC
ACTGCTGTGATCTTTTGTTGGTCAATAGTAATTGAAACAATCCAAATATA
GCAATGCCTTGCGTTGAAAGCACCTCAAAGTAATCAAGATAACCACTAGA
TGCTGTTTTGCAATACTTTGCCAGTTCAGTTTTTTATAATGTGATTGTTG
TTTTTTAGATGGTGGAGATATTCCAATGGATCCAGGACTGAGAGCAACCT
ATGCACATAATACACCATCTGCTAGAGTTACTTCTAGACCTCATCAGCCC
CCAACTGGTAACTCGCTTAAGTTCTTATGTAGTTGTCCCTATTTTGATGG
TATTTttaatttaagatttaaaaaagtgTTCCTTTTTCTCTGTTGGGGAA
AAATTAGccccagactcaaaatttcagaaaaaaaagtcttaccttaacat
aaaattttagagtctggtgcaactaaaacaGTATGGTACAGTTTGAATGA
CACAATCTgcgagtgaacccttgttgacagaatctcaaaactttggaaac
ccagccagacacacataattacttaccataaatcctcttttacaaactca
aaagcctttcaaaactactttaaactacatccaaacttcagccacattca
taaaggctcctttccatcagccattttgttttagaaatgaacctgtgttt
tcattttcatttgtttatctttttttgcaatgtcagctttttccataaat
cgaaaaattctgctcagtgactagGCGAGTAGAGAGTAGACTTTTAAATC
AAGACAAGGGGAGGGAAAAAGTTAGATGCTATAGAATATATCAAGGTGAG
AAATGAATTTAGACTTCACTGGTGAAAATTCAACTCAAAAGAACTTGGAA
TCCTTGTtttgaaggggggggggtacagacTTTTGACCTACTCTTTTGGA
CGTTTATCAATCTTATTGATAATTTTGTGTAGTTGAGCAATTTTAGCCAA
ATATATTANCCAACTCAAAAGAACTTGGAATCCTTTTGTtttgaaggggg
ggggggtacagatAGACTTTTGACCTACTCTTTTGGATGTTTATCAATCT
TATTGATAATTTTGTGTAGTTGAGCAATTTTAGCCAAATATATTACTCAA
ATCATTCAAATTTCTTGTTTAACTTTAGGCccctttatttcaaaattctc
aataaattACTAATCAGCTAGCTGAACTGAAATTGTGGAaactattatat
tatatttcaagTCATTATTATCATTTTGTGGAACTCTGAATGCTTTGCCT
AGCATAGCTGAGCATAGAGAGGTAAATGCTCAAATTGTTAATAAAACATA
ATTTGATTTAGAGATTTTGGttgacgatgatgatgatgtcAACATTGAAA
ATCTTGATGAATCAGAAAGATGTGTCATTTGTTGTTCCAGACGTAAAAAT
GCAACCATTGTTCACGGAAACACTGGTCATGTTTGCTGTTGCATATCATG
TGCTAACACTATGCAACAGAGAGGCGACAACTGTCCCATTTGCAGGGCAC
CAATTGATCTTGTAATTAAGCAATTTAATTCTTGAATGGGAATTGTCAAG
ATTGTATACAATGGTGCACTATCTCTATCTATCCAAAATGTAATATGATG
CAATTCtccaaaaaaaggaaaattcagaTGCAGGTTGATTTTAATATGGC
GGAATACAGGGCTTAGATTTTTTCCATGTGCTcaaataaaacttaaatta
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AATGAAAGGGCCATCTCCTATCAATAATTTAATTGATAAAGAGCAGATTT
GGCCTTTTGCTTGCAAACAGGAGATTTATTTCAGGAGTAACTCCTTTAAA
TATTTTGCGATAACAGTGATGATGTCAATGCGATAACAGTAATGATGTCA
ATGCTCAAAAAAGATTGTAGCTAAATGGTGACataatgattttttgtttt
ttagcaGTTGAGATATCAGGGATTAGAATCAAGCCTTAAAAACAAAGGAT
TTATTGTTAAAAATGAACATAATCTCAAGCATGATATTAGCCTCACTTAG
GGGGAGGCCACTGACTGGCTTAGGTAAAAAACATTACAAACAATACATTG
TTTAAATCGTaacttcaaatttcaaatattttttagttCAAACCTTTTAC
CCCCTGAACTGATTATAATAGACAAAACAATAAGAGTTAACTGAGAAGAG
ATACCATGAATATGTTTTTGTCTATCTTGCATTTGTGATGTGtgccgtaa
gttggtctaatgttgacatccctcttctaattttgacatccttctttaga
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gctaagcaaaaaaaattagtttcagTCAGCGATTCCGactttcctattat
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ACTTAATTGTCTTTAGCATTTGTATATGAATTTAAAAGACAAGTTGAATC
AGTGTAATTAGTGTTTCTANAGGGCCGCGCCAccgggggggccggggggg
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tggccccctcactttcaaaattgtGGCGCGGGCCCTGACTGTAAGTTGGT
ATATATACCAACTTACAGTATGGTAAAGTATATTTTTAATACCCTTCTTA
TAAGTACTTAATTGTCTTTATCATTTGTATATGAATTTAAAAGACAAGTT
GAATCAGTGTAATTAGTGTTTCTAACTTAAAATTGTAAGATGGTTGGCCT
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ACGGCAGCAAAATGTGAGATACCTTCTGTGCACTCACAAAACACTTAAAG
CCATCTGATATATTGATgtttaattaaatatttcattttctttagcTTTT
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AGTAAAATCTGGTAAAATATGCATTTGTATTTCTGCCGTGATCTGACAAA
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TTAGTTATAAGAAATAATGAAGTTTGTACGATACAAAAATcctcgttttt
tttctttgtcttcTCTTGTAACTTTCAGTCATGGGGTTTAAATTTTATGt
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AGTAAAGTAAATTCAAtgattcaaatttgaaaaaattgaatgttcTGAGT
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CATAATCTATTGCTTTTTAAATCTTATCTTTACCTAGTGCTTTGGGCTTT
CCAACTTTGTTGCTTTTAGAAAACTTTAATGCTTATTcttagaaaattaa
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CCTTCTCCTACTCCCATCAGGGCTACTACAATGGTTGTCTCTCAGATCCC
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GCCTTCCAAATTAAAGATCAGTCTGGTTTCTTGAAATGTGACAAAAAAAC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00011956-exon-sc0000134-1491911889:332286..332839 | TCONS_00011956-exon-sc0000134-1491911889:332286..332839 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011956-exon-sc0000134-1510915933:332286..332839 | TCONS_00011956-exon-sc0000134-1510915933:332286..332839 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011956-exon-sc0000134-1575043694:332286..332839 | TCONS_00011956-exon-sc0000134-1575043694:332286..332839 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011956-exon-sc0000134-1491911889:333322..333584 | TCONS_00011956-exon-sc0000134-1491911889:333322..333584 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011956-exon-sc0000134-1510915933:333322..333584 | TCONS_00011956-exon-sc0000134-1510915933:333322..333584 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011956-exon-sc0000134-1575043694:333322..333584 | TCONS_00011956-exon-sc0000134-1575043694:333322..333584 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011956-exon-sc0000134-1491911889:333894..333992 | TCONS_00011956-exon-sc0000134-1491911889:333894..333992 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011956-exon-sc0000134-1510915933:333894..333992 | TCONS_00011956-exon-sc0000134-1510915933:333894..333992 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011956-exon-sc0000134-1575043694:333894..333992 | TCONS_00011956-exon-sc0000134-1575043694:333894..333992 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011956-exon-sc0000134-1491911889:335049..338285 | TCONS_00011956-exon-sc0000134-1491911889:335049..338285 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011956-exon-sc0000134-1510915933:335049..338285 | TCONS_00011956-exon-sc0000134-1510915933:335049..338285 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011956-exon-sc0000134-1575043694:335049..338285 | TCONS_00011956-exon-sc0000134-1575043694:335049..338285 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000134 | supercontig | sc0000134:332286..338285 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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