TCONS_00011492 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00011492
Unique Name	TCONS_00011492
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2521

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000128:342607..359761-

transcript sequence

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TTCCATAGAGAATGATGGTTATTTTTGACGAAAGAACAACACAAAAGTTA
GTTGTTAGTTGTTCCAACACGGAGAAGAAAATATTTCCGATTCCGATCCG
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CAAAATGGGCATATGAACTCCCATGATACTGATAGGGATAGTGGTAATTA
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TTACATCGTCAGAGCCTGGAGGCTATTCAGAACCGTGTTATTCAGGCTAT
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TTACATCGATACACCACGCGTAGCAGAGCGCGATCGCTTCTCCCCTTACC
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CTTCTGTAAAAGATGGTTACGCTGTCATTGCTTCTGACGGTGCAGGTGTG
CGAACAGTACTGGAACCCATCACTGCTGGAAAAGTGCCAGTGAAGACGAT
ACGTACAGGACAATGTAGTCGTATAAACACTGGAGCACCATTACCACCCG
GTGCTGACGCCGTCGTTATGGTGGAAGAAACTGAACTCGTTGAATCTAAA
CAAGATGGTCGCGTTGAAGTGAGCGTCCGAATCAAGACCGCGCCGCGTGT
ACTTCAAGAAGTCAGGCCTGTTGGATTTGATATCAAACAAGGTGAAACCA
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CAGGGTTTCAATGCTGCTGACCTTGGAACCATCTCTGACGAttattcgTT
GATGAAAGAAAAACTGTTGAACGTGATTGACGATGGAACACATCGAGTCA
TCATCTCTACCGGTGGCGTCTCCATGGGAGAAAAGGACTTAGTGAAGAAG
ttccttgaaaattttggcGAAGTGAAGTTTGGAAGACTGAACATGAAGCC
AGGgAAACCTACCACATTTGCCACCATCATTCGCGGATCGAAAACTACTT
ATTTCTTTGCGTTGCCTGGCAACCCGGTATCAGCCATGGTCACCTTTTAT
CTCTTTGTTCTACCCGCCATTCGGAAGTTGGCAGGCTACAGGAAGCCCCA
TTTACAAAGAATCCAGGCTAGAATCGACTTTGACGCTTGTTTAGACACAA
GACCCGAATACCATCGTTCCAAACTCAACTGGGATACAGACGATGGTGTA
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000128:342607..359761-

Legend: exon

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>TCONS_00011492 ID=TCONS_00011492|Name=TCONS_00011492|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=17155bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000128:342607..359761- (Clytia hemisphaerica)
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TTCCATAGAGAATGATGGTTATTTTTGACGAAAGAACAACACAAAAGTTA
GTTGTTAGTTGTTCCAACACGGAGAAGAAAATATTTCCGATTCCGATCCG
CCCACAACCTACCGCCCGCCCGCCTCAAGCATTCTCGTCAAAGTTATTAT
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ATTGTGTATCTTACAAAAGGTCATGGAGCACTTTGCCTTTTCCTGCTTTC
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GCAGTTTGTGTGAATGTGTGACTGGGCTTTTTTGGTTGTGTAAATGCATG
AATTGAAAAAAACTTGCATGAACATGAAAACCCACTTCTTGATTGTATGA
ATGTCTTAATATGCCCTATTTGTGTGAATACATGAATTTTTTTTTACAGA
TTTCCTCGATTTCCTCAATTTTCTCAGATTTTTACAAGAAATTTCCCAAT
TTTTTGAAAATTCCTGTTTGTGTGAAGCTTGAAAAAAGTTACCTGAATGT
GTGAAATTTAGGTACTGCGGGGGAGGGGGGGCTCATTAATCTCACTTTCA
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CCAGCATCAAAATGTTTGAAAACCTTCTCTATATTTAGTGAGTGATAGAT
GCTCAGCTGGAACACAAGAAGACAAAAGTGGACCAAATTTGAAAGCCCTT
GTACATAAACATCTGCAAAAGTAGGTATTGGAGCCTTTTGTAATTACCTT
TTTTGAAATTATATGATTAAACCATCACCACTGTATCTAACATTTAGAAG
AATCTATCACGCAAGTTTTAGAGTAGATTTAAAATACATACAGTAATAGT
ATATTCAATTATATAATTAAGGATTCACTTTCACTCAGTTTATGGTCAAG
GAGGAATATCAATCAATTCAAAAGTATTAACACACTGACATGATTATTTC
TGCTTTTATTACAGGCTTGGTGTAGTACAAGTCCTTTCATCATGTGTTCC
TGATGAAGTCCATATTATAAAGGTATACAAATATTGAAAAAGGTTGATAT
TTTTTCTTTCATAGGATGATTTATGTTGTGGTAGAATTTTCCACTTCAAT
ACTTTTAAATCATTGAGAAAATTATACCCGACTTCACGATACCTAACAAG
AAAGTGTAAAAAAAAAAGATTTCCAATTCCCGATTTTCTCAATATTTTCT
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CAAATTGTTTTACAAGGTTTTATAATCAGTCAATACAATACAATGTGTCA
TTTATTTTCAGAGTTGTTTGTTACACTGGGCAGATCAAGAGAAATGTGTG
TTGATATTAACAACAGGTGGTACAGGATTCAGTGCCAGAGATGTCACACC
AGAGGTAATTAGGGGTATTGTTAATGTTTATTCTGTGTATGTAATAAGAA
CATAATATATCTAGCAGTATTAGGCCGGACATGCCAAATTATAAAAACGG
TCTGCCAAACGTACTTAAATCCTAGGTCACAAACTTTGATAAGAAGTGTG
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GGCTACCAAAGAAGTTATTGAAAGAGAGGCACCTGGACTAGCTATCAGAA
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TTTGTTCTATGCATCACTTATCTTTAGTTTATTTTTATGTAATTTGATTT
ACATTGAAAAAGCAAATTATCATGATAAGTTTAATGACTTGTTTTTATTA
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TTGGTATGTTTAAGATTTTACTATGAAAAGAATATCTGTCTTGTCTGGTC
TGATTGGTACACCATTTTAAAAGAGGCTTGATTTTGTGTAATTCTCATCC
TCTTATCATCAAAAATTGTCTTATATCCCGACACTAAGCTTTTATTAGAT
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AACCTCTTCCCTGTGAAGTTAAGAAATTGATGAAATGATTTGAGCTGTTA
AGAAAGTTTATTTGACAGATTTTTGTTGATTACTTTTTGTTTATTATAAA
AAAAAATCTATTAAAATCCATTATAGATTTAGTGTCAAGTAATGAAGAGA
ATGTCAGTCAGACTCATTCAAAAATGCAAAAATCACCATCCCCTTTGCCT
ATGGATAATGAAGCCCCCACCACAGTAAGACAAGGATTGAACTTCATGGG
TCCTACTTTTCGATAACAAACAGCTATTTATAATTCTTTTTTTTACGTAA
ATGCATTTTATTGAATTGAAGAATGCATTACTTTCTGAGCACATAGCATA
TTTTAAATTCCTGCTTTTCTTCAAATAAAAAGATCCAGTCATATTGGTGT
TACATGTATTTTAAGCAGTTACGTTTTAATGATATAATAAAATATTTCGT
TTTATTTAGGATTTTCAAAATGGGCATATGAACTCCCATGATACTGATAG
GGATAGTGGTAATTATAGCGCACATAACCATCATCATCACCATCACCATC
ATCATGATCACAATTTACCGCTAGATGATTCGGCAAGTGGTATCATATGT
TTAGTACCAGGATGTGATGGCTCTTCCTCTATGGTATGTATCGATAATAC
AATACACCAGGGCTAGAAATGCTGCTCGGACATTAAACATTTTCTGAGCA
AAATTCTCTTGCAATTAAAATTTTTAAGCAAAGGTGAAACCCCTATTGGA
TATTTTGTGCAAACTTTTTAAAATCGTTATTTTGAGCCTTGTATACTTCT
CGACGCATCTTTCATAATTGCATTGTTATGGTTTCAGGATTAGTTAGTGA
TAAAGAGATGTTTATTTAACTGATTAGGCGGATTAGCTGTTACTGAAAGA
TCCATTTTGGTAATTACAAGATCGAATTTCTTGATTACCTGAAATAGCTA
TTTCACTCTAATGATATGTAATTCATATCACTCCGTGACAGAGTTTGGAC
AAAAAAAACTAAACAGCTAGACAGTTTTTTATTATGACGTTGATAATTTA
TCATTGAAACTGCTGCTCCATTTCTTTCTAAGTCATAAACTTTGAAGTTT
GATTTATAATTAAAGATCGGAAGAAAAGAATGCATAATAGAAAGCAGTTA
CAGTTTTATGTGAATCATATCCTCTTTGCAACTTCCTGGTGTTACCAATT
CACATTATTGTGTTATGTGTTATTTGCACAAAAAAAACATATAGCAAACC
CTTAGAAATAAATTTTGCAAGCTCATTTATATAACACAAGATTTACATCT
TACTCTATTTGGGGGCAAGCTGTTAAATTGGATCATCTAAAGTAATAACA
TGATTAATCTTTTTTGGAAGAAATAAGAATCTTGCAAAAGAAGGGAACAA
CCACAAAATCTCCAAAATCTACAGAGGAATAGTATTCTTGTAAATAATTG
GATCTACCTAATTGACATGTGAATGCTAAATTAATTTTCCAGAGCATTCT
GNAATAGTATTCTTGTAAATAATTGGATCTACCTAATTGACATGTGAATG
CTGAATTAATTTTCCAGAGCATTCTGTTTTTTATTTCAAAATGATTATTC
TTTTCTTTATCGGTATGCCTGCCTCTAACCATAAAGGGATTTGAATTACC
TTTTTTTATGAATGAAATTCCAATTGGTCGGATAATATTTCTTTTTGTGG
CTTTCCATAACGAGGCCACAATTATATTGTGCTTCAGTCAACTTTAGTTT
CTCAAGTGATTTTTTTTTTATTTCTAGTTCCTCCTATAAAATTCACACGT
TGCAATTTCAGGTCTATTGAAAATTTTAAAAAAAGACTCTATACCATCAC
TTCTAAATTGGAACTCCTAAAAACGATAATATAGTCCATACTCAGTTTTT
TATCTTCAGAGCTTTCCCCTAAGGTGCCTAGAGTGAGTTCTTTAAAGTTA
ATATTTGCACAAACTATAACTTGCAAAACTAACTAAACTTACTTGTTTTT
AAAAAAATCTTTAAAAGGAAAGGTTAATAACCTTTCATATTAGTTTTACT
TCCTAAAACAATTTTTGGCTTTCTTCATTATTTACATTTACATGACGAAG
CAATACCAAAATAGTAAACCATTTGAAATACTTTATAGCATGATCCATTA
AAAAACTGTTTAGGGTATACTGTAGGAGTGGCCTAATCAACAACGATTTT
ATGTTTGACCTCAGAAAATTATTACGCAGTAATCATTTTCCCATTTCTCG
CTATTTGGGGACTTTGATATCTTATGTTTTGTTAAAAAAGGGGGTTAATC
TGCTCTAAAAGAGATGCAGTGAATTTGATGATCTGACATGCTTGCTCAGC
CAAAACATTCAAAACGAAAACGAAAATGAAAGTGAAAGTGACTCGGTTCT
AACTATGATTATGATTGAAATGTGGTTATTTAAATTCAGATAGTCACTGC
GCCCAAAAGCTCAATTTAAATATTTAACCAGAATCTGGCTGCTGCAGATC
TTAAATGAGAACTGTTGACACGGGAAGATCCCTTTACGGAGCCAGAGAGC
CTTAAGAGTCAATGCGTGCGTCGTGCAGAGTAATCGGGATCTACTAGGAG
ATTAGAAAGATACTGAACATANCCTTGAGAGTCAATGCGTGCGTCGTGCA
GAGTAATCGGGATCTACTAGGAGATTAGAAAGATACTGAACATATCTTCA
CATAATTGGCTGTTTTATCATCTCTTCTTTTATTAAAGGGCACGCCGCCA
CCTCACTCCAACCGTCAAAGTATCGAAAGTCTTCAAAGTTTGCAGAGCTT
ACAAAGCTATGGATCATCCATTACATCGTCAGAGCCTGGAGGCTATTCAG
AACCGTGTTATTCAGGCTATTCATCTTCAGAATCGGGACGACCATCTACA
GGATGTCATCATAAAAAAGGTATTGGGTTATCATTTTTAAAGACTTAACT
GTTTAACCTTGCTGTCTCACTTTCTGAGGATAGCGATTGTAAGATTGCTC
TGTACACGAGGGTACGAGATACAGGCTTACGGTAGTCTGAAACACAGACG
TATAAGGATCGTATGGGTTTGTATTAGAGAAGGTAGAGCATCCAGCTACG
GTGCGCAAGGTTGTGGGTTAGATAGACTGATAGACTCTCTACCTTCACTT
ATATATCATTCTCTCTCAATCCGGCTGATAATCGAAGTATCGATTAACGT
CAAATGAGCTTAGTAAAGCTCAAATTGCAGATGTAGAACAATAAACTCGA
TATACATACTACCTTACTACTAACCAGTCCTTTTTACGCCAACTTTTATT
CTATGGAGGCTTAAAATTAGTGCCCATAAGACCCGGCTAAAAACGGGATG
AAAAGGATATAAACAATAGAAATGAAATTTGATATGTTGAACCACGAATC
TATTTATTAATGAAACGAGACGTCCTAAGTGTCAGGGGTGGGTTGGTCTA
ATAACGGAAATTATAGCTTAGAAAATACCTGATTTTAATTTCAGATACAT
CGAAATTTGATTTTTTTTAATTGTTACAACTATTGCTTTTTGACTCAGTT
GGAACGTGGATATACCATTGCTTGTCGTTATTTGTTGCTAGGGTAACCAT
CTTATCTATCTAATCAGATAAAATTCGAATCTTGTAAAAAAAACCTTTTT
TTTACTAAGTTGTGTTTTTATTAAGTTTTTATTGCACTTTTTTTGTCCAT
GTGAAAAACGAAGTTATTTTTTTGGTATACTATCATTTTTTCGTATGCTA
TATGAATTCAACGACATGGATTGGCCTAAAAATGGTTTGCTTTATTTCAA
TGTTTGAAATTTTAAAGGGGCAATCAATGCCAACACTGTGTACCTCTCTT
AGAAGCCTTTTTGGTTTTTTATCTCGAAGACTGCGAATAAATCGTGTTTT
TAAAAATCAACTCTTATCTTATCTGATATGAGTGGAGGCTGAAAATGCTT
ATTATTATAAAAGTTGTAAATTTTTCTGATTTTTTATTTATGCTCAAAAA
GACATGTAAGAGGTCGAAATATCCTTCAAACAAAAATGTGTCATGTTTTA
TTCTGATATTTGGTTACACATCTGATGGCTTTTAATGTTTCACCTTATAT
GAAATATTCTAACATTCTACATTTTAAAGATTTTTAACAATATCGACTTC
AGCCTCTCAAAAGCCTTCCCCTTTGTCTTCTTGCGTTTAACTTTATCTGT
AAAATCTTCTTTTTTTTTCGTGCTTCAGTTTACATCGATACACCACGCGT
AGCAGAGCGCGATCGCTTCTCCCCTTACCCCATGGTGTGTGTCAGTAAGG
CTCTCTCCCTCGTTCTCAGTTGCATCAAAGTACCCAAGAAAAGACATCTC
GTCAATTTGCATGCAGGTAAGAGAAAATCACTTTTCTGATCTTATAAAAG
AAAGTCCTGGCTTTCAAACTTTCGTATGTGGAATTCTTTTAGATTTCTAT
GTGCAATATACCTTTTTTATAAGAACAAACTATATAAGAACATAAGGCTT
CGAGGGCCGAATAAAACAATATTAGGAACAAGTTAGGAATATTTTAAGTC
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CACAATGGTGAAAGTAAGAACATGTTAAGAGGCTTAAAACTCAAAAAGTT
GGATGTTCTTATAAGAAAACGTGTATCTTTGTCTTTCCTTGAAGGGAGTG
AAATGATAAAAAACTATAAACAAAACCGTTAAACCAACTGATTCACCGTA
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TTCTTACATGTTTCTAAACTTTTTGACGTAATCAGCCTTATGGAAGGCTG
GATTGGAAGGTTCTTAAAAAAACTGAATTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA
TTTTCTCATTCTCAGCCTCAGCATGTTTCTTAGATGTTTCTTAGTTTTTA
GGCATTCTGAGCCTCATGTTTCTTAAAAGTGTGTTTCTTAAAAAAAAAAA
GTGTAGTTGAATCGATCGTGAAATACCGACACAATGTTTTTATGGGTTTT
TAAATCAAATATCGACAGACACGTGTAAAAAAGGTTTTCCACTGCAAGCA
ATGAAACTCCTATTACATTGTGTAGACATAACAACGAGATTGGACCTCGT
TATAGTGAAAAACTGCAATTTGGTTTAATTTTGATCCAATTAAATCAGAG
TACAATGCCGACAGACTCTTATTACGCAATCACGCCTATTTAGAACAACT
TGAATGCTAAACTTCTACTAATACCTAAATACGTGGGAAATTTTGATCAG
GTCATTGAAAGTTTCTGCAATATTCTTTAAAAAAAGAAATACTATTATTT
TTTCACCGAGTCTCCTGAATACCTTTCGATTTTCTTTCCTTACTTCTTTC
AAAGAAAAATACATACTACCATATTTTGAGAAATAAGCACTAGGGCGCCG
GTTTTATAACTTTGGAAGGTTCTATCGGGAGAAGAGGGGTGGGGTAAGAA
ACGTGCGAGGAAGAATTAAGGGATATGTGATGTTTTTGCATCTTATTTTT
CTTAATTTTCTAATAAGCACTGCGTTTGAATTTGCGGCGCGTATTAGAGG
GCGGCGTTTGAATACAAAATCTACGTGCGTCGCTTAACGAAGGAAACACC
ATAACCCAACAAGTGGGAATGGCCGTAAATGAGATACGCCGTGACCTCTG
CCGCCCTTTATTATTTCCCTCTTGAAAACGAATCTTGAGAGTCGAGAGCG
ACAAGGAAAACTTATTTTGGAATAGGTTCATGTGCATTTGAAATTTTGAA
ATTTCATGATTTTTAAATATTGTGCTCTTTCATTAACTATCACCATTTTG
GTAGGTCTGCTGGGCAAGATATTGATGGAAGATGTGAGAGCCAAAGAACC
TTATCCTCCGTTTGCTGCTTCTGTAAAAGATGGTTACGCTGTCATTGGTA
AATACGGTTTCTTTCTAAACATCCAGCACATCGATTTGATTTAGTTTCTT
TGTTTAAGGAGCGATGGTCTAGTAGTCTAAGGCGTTGTTTTCGCAAACTA
GTGGACTACAGTTCGACGAATTCTCGTTTTCCAATGTTCCGCTCCGTTCT
GTTTACATTATAAACGAGTTTACGTGTCTACTCTTTTGAGGATGTTGGAA
CTGCGGGAGTGACTCGAACGATTTGGCACGACCTGCAGTTTTTATCCGCA
AAATCAAGGATTGTAAAAGCACTGATTTACTGTCGTCCTTAGTTAGTCAG
GACCTAGGCAAATCAAAAACTAACCACCTCCGCTGCATAAAACACGTCAT
ACATAAACGCTCTATATATTCGGTTCCTAGTCAGTTGTCCATGGGTACCG
TGAAACTACTCGAAGAACTGCATCTAGAATTACTAAATATTTGGCTGTCT
ACAAATATTGAAGTTACAAGAGTCTTACTCTGGAGTGTTCTAGCTTTACA
AGATTTCGCGTGCTGAAAGGAATAATAAGTACGATGCTATTGTCCCTTAA
AGGGATGGTAAAAGCGGGAAAATATAGTGCGTAGTTTACAGTCGTATATA
GAAAAAAAATCGGTGACGATAGAGTTTCGGACAAACGACCGTCAAAAACT
CTACTGATTGTTTTCGGTGTAAAAAAACCGGTTTGCGAATTCTCTTCGGC
TTTGAGCTTTTTTCTTAGATAATGATTTTCCTTAGACTATAGCATAGTCT
ATACCAAGGTCAAATCATTTACATCTCATTCAATCACTTATACTAATGTC
TTGTTCATTTGTAGCTTCTGACGGTGCAGGTGTGCGAACAGTACTGGAAC
CCATCACTGCTGGAAAAGTGGCAAGTTTAAAATATTTTCACTTAAAAATT
GCGTTAGTTCAAATTTTGATTTACCAGCCTGGGACGAGTCTTTCGGTGGT
CAAAAACAAAAAAAATCTTACCTGATCTTCTTTTATATTTCAAAACAAAT
ATCCCCTACTGGCTGCAGGTAACGTTGGTCACACAGAATAGTCAAATGCT
ATCAAATAAAGGCAGGCGCTACCTCTCTTTGCATATACCTAACCTTAGAC
TGGAGTCGTTTATAATGCGTGTAATACAGAAGTATAGGCGTTATATGATA
ATACGATTATTAATTGTTATGGGGTTTAGTTTGTCTACTAAAATTTGTTC
CCTCCATTACTTTTTGCTTTATTTCTACTATGTCTGAATTAGTAGTCTAG
CTTGCTAGACTGACCTAACCAGGATCTTTTTGAATGAAGGCTATAGAAAC
CTTTTATTGACGTTTCATCTCTTCTTTGTTGCGTAGCCAGTGAAGACGAT
ACGTACAGGACAATGTAGTCGTATAAACACTGGAGCACCATTACCACCCG
GTGCTGACGCCGTCGTTATGGTGGAAGAAACTGAACTCGTTGAATCTAAA
CAAGATGTAAGATGAGATTCCCTTTTATGACCTCTTTTTCCCCTTTTGAT
TGGCTCAACTAGGTTGGGTAACAATCATGTGAAGACGATGCATTGTAACA
GTTTTTACAAATCAAATTTTAAAATTTTCAGAAATTTCTTCTGAACTTCC
AAATCGCCTCTGGATCAACGATACATTGTTCACGCATTACAGAGCTTATT
ATATTTTCTAAGACTATGTTTTGATATAACAGGCAACGTTGTGGCATTTT
ACGAATTTCAAAATAGAGATTTGAATTAGTTCGGATTAACGAGATATCCT
ACTGTGTATTTTCACTTTGTCACTTATCAGGGTCGCGTTGAAGTGAGCGT
CCGAATCAAGACCGCGCCGCGTGTACTTCAAGAAGTCAGGTATTATAATT
TTTCGAGACTAATAGTCTAGGTCACCAACTTTTACAACGCGTTTATTACT
AATGTAATGAAATTAAGAAAACGTGGACACTTAATTAATTTTATCTCATG
TTATAAAAGTAAATTAGCATTCATTAAAGAAATTCGAATTCCTTTTCGTA
ACTTCTTTTGGATTTAATAGTGACCCGCTGATCTCTATCTAAACAAGACA
AATTATAGTCTGCAATCGATATCTCAGTTTTCTGCCCCCTTAATTCTTGT
AGACAAATTTTTGGCTTTTGGAACTAATTTTCGCGGGAACTAATTTTCGC
GGTCGAAAAAAAAATCCGAAAAATTACATTTCGCGGGTTTAAATTTTCGC
GTTTTTTTTCATTCTTGAATTTTCGTGGGTTTTAATTTTCGCAATTTTGC
CCTTTTTTGGACAATTTCTTTCATTTTCCTAGGGATTTTTCAAATTTTTC
GATAAAATTGGAAAAAATTGTTTTTTGCGGGAATCAATTTTCGCAGTTTT
TAACTCTCAAAGTTTTTCGCGGGCTCAAATTTTCGCGATTTTGACAAAAA
TTAATTCCCGCGAAAATTAGTTCCAATAAGGTATACGTTTTTTTTAGAAC
AAACTATATAAAGAACATATAAGGCTTCGATGGCCAAAATATTAAGAACA
AGTTAAGAACACTTGCCGACTCGAAAACGGCCAATTTCTTAGGAAAATGG
ACCAAAATACATATAAAAATGGGGAAAATGAGAACATGTTAAGAACATTT
TTAGGCTTTGAAACTCAAAGAGTTAAGAACATCCGAAAGCTTCAAAATTT
TTGGATGTTCTTATAAAAAAAACGTGTAGGTACACACCTTATGTATGAGC
CCTTTACACGTCAAACTTAGTTCAATGTTAGTTTTGGGTGTCCAATTTTC
TGATTTTAAAATGTTTTAGTTATTCCTCATCTTTTCATAAACAGGCCTGT
TGGATTTGATATCAAACAAGGTGAAACCATTTTGAGCTCTGGTGAAAAAC
TAGGTCCAGCTGAACTTGGTCTTCTAGCAATGGCTGGTGTACATACTGTA
AGTCAACTTTGATATCCCCTTTAAGAAATCTTTTTTGTTTTTGACCGTTT
TGAAATTTTGAAAATATAGCTTCGATCCAATCATCAACATCCCTCATCTT
TTTCTATTTAAATCCCTCATCCGAGTGAAATTCAGCTTGTTGTTCTGTCA
CCGCTTTAGATTTTCCATTGGGCAGCTTTCTGGTAACCAGTGAATTCCAA
TTTTTTGAATCTTTTCAAAACCAACTCGCCGGTTGTTCAGTACCCACGAT
AAAAAAAACGAGGGTGTTTCAAAGGTATCAGTGGACGACCAAATTTTTTG
ATCGAATTTGAAAAAGTTTTGACCACCATATTGGATTTCTTTTCTTTTCT
ATTTTTCAGGTATCAGTGTACACTCCACCATCCATTGGAATCATCTCAAC
TGGTGATGAGGTATTTCATTTCTTCTTTCTTCATTTTCACTTTCAAAAAA
TATCCTAACCGACTTTTAAAGGAAGTGATTAACACGGACATATTTATTTT
GTGGATCCATGAAAATTCTACCTTAAGGGAGCTAATTTTCGCAGGAACTA
ACCGCGAGAATTAAAACCCAAAAATTACAAATTTAGCCATTTATCATCTA
GAAATTTGAAAATTCCTAGGAAAATGAAATGGAAAATGAGGCAAAACCGC
GAAAATCGATTCCTGTCGAATACGATTTTTTAGAATTTTTTTTTCGACCG
CGAATAATAAGTTCCCGCTAAGATTTAAGGTATTTTATTGGATGAAAGAT
ATTTTTTGCCAAATACTGCTAATGGTCTGGTATAGCACGGCTTTGGTGAA
AGTATGAGATATTTTAATTTTAGTGAATGGCGAGGCCTATGTTTCCTACC
GATTTAGGATATGAATTATTATTAATGGGACTGTTCACACAACAGGGTCG
ATTCTTACTCAGAGACATTTTAGAACTTGGTGAGAATTTCGTGCGACTAA
GAACGTTCAATTTGAATGAAAACTTTCGTCCATCTCATCATGTGCTCACA
TATAGTATATATATATAACGATATTCAAGATTTATCAATAATTTTCCCAC
GAAAAAATGAAATCAGGGACATTTATACGTTAAGTGTGAAAAGTGGAGTG
ACCGCCTCTTCTCAAAGCTCTTTTTGGACAGCTCAGTAGTTCTCTTTGTC
AGGGAATCTCGTGTCCAGAAAATTTTGTGCGTGAGACCGTTTTGCGGTCG
ATATGTTGTATGTTATAACGGCATTTAGTTTTGCTAATCAGCAAGAATTA
CCTTATTGGAACTAATTTTCGCGGGAACTAATTTTCGCGGTCGAAAAAAA
ATATCCAGAAAATTGCATTTCGCGGGTTTTAATTTTCGCGGTTTTTTCCA
TTCTGGAATTTTCGCGGGTTTTAATTTTCGCGGTTTTGCCCTTTTTTGGA
CAAATTTCTTTCATTTTCCTAGGGGTTTTTCAAATTTTTCGATAAAATTG
GAAAAAATTGTATTTCGCAGAAGTTAATTTTCGCGGTTTTCAGCTCTCAA
AATTTTTCGCGGGATCAAATTTTCGCGATTTTGACGAAAAACCGCGAAAA
ACGCTAAAATTAAAACCCGCGAAAATTAGTTCCAATAAGGTAGTTTATTT
AGTCAGAATTAATTTACATTTAAGGCTCACTCGCTAAAATTGTGAAATTT
TGCGCGAAACACGAAAATCTGTGACATTCATGTAGTTAAGATCATGGGGT
CATGCGAGAATTTTTTTTATAGTTCGCCATGTCGAGAGTCATTGATAAAA
AAAAGTGACATGAGATTAATGTCATACTCCGATCATTATAAGACCATTAA
TATGTCAAAGAAATATCTCTCGGGTATAATTTATTGATTTTCATTTTTGA
GTCTTAAAAGTTTTACAAAACCTCTCACGGAAATATAATGGGGGTGAATT
AAAAGAGAACATTTCAAACATTCTGACAATTCGTGTACTGAGTCACGCTT
GAAAATTCCAAATATGGGTTTTATATCTGGAATTTTTAAAGTCGTTGCTC
GGTAGCAAAAAAATGTTTAAATCAAACCACCCAAAAACTTTCGCAATAGT
TTCGAAAGGGGATGCTGCAAGTATTCTCAAATAATTCGACTCTTAAAGTA
AAAGTGACGAAATTTTTAGGTAAGTGAAAAAACTTATCGTCGTCAAAAAC
TTTTCGGGTCAGCTTCAAGGGGCAGTTGAAAAGTATTTGCAAAAAAGTAA
CGAAGTTTTCCCCCGACGAATATTTTATCTGACGAAAAACTTTAAGTTTT
CCCCTTTAATAAGCTACCACTCCAGGGTTTTCTACCTCGTCTTAATTTTT
GCTTGAGTCGAACATTTTCAATATATTTCAAGGAATCTGCTCGCACATAA
ACAATGCTCGGAATTTGTTTTGAATTAGAAAATTCGCAGTAAGAATATTG
AATTCGTGTTCGAGAAGTTCACTTTAATATCAGAAAATTTTGCGCTCAAA
GAGTTTAGTGACTCCGGCTGTTCTTTAATGAAATTTAATTTCGTAAATGA
AGCAAAAAAAGAACGTCCCTGGCATTAATATCTCTTGTTTTTGTTTATCT
CATAGTTGGTGACACCAGGTTCAAAACGAAGTGAGGGGCAAATCTTCGAT
TCGAACAAAATTGCATTATTGACAGCGATACGTGAACAGGGTTTCAATGC
TGCTGACCTTGGAACCATCTCTGACGAGTAAGTTATATGATGCGGATATT
TTAAACGTATCTTCTTTATTCTTGAAGAATGAATCTTTAAGAAAACTTTT
GAATTCTAATGGTGATATTTCAATCGGTTTGTTTCCGCGATGAATGGAGT
TCTTCGTTTATTTCTTATCTTACGCAAGACTAAATCCGACGTACCAGGCA
CTTGTATGAGTTAAGTAAAAAGTTACTCAAATCTGGATTGCTAAAACGTT
AATATGAATAGTGACTTTCCGGAGGGCTTACTTTGGACCACGTGAATTAA
AAGTTGTTGTTCTCTCTTCATTTTTTCAGTTATTCGTTGATGAAAGAAAA
ACTGTTGAACGTGATTGACGATGGAACACATCGAGTCATCATCTCTACCG
GTGGCGTCTCCATGGGAGAAAAGGTAGCCATATTCGTGCCTAGAACCTTT
TAGATATCTTCTCCGTCTGTAAAATTATTTGTTAAAACCCTACTTTTACG
TTCTTAAGCCTAGATTATGAGAGTGGTCCTAGAAGATGAGAGGCTTAAAA
ATGGGGTTAACGCTTCCAGGAAACCTGTTCAACCTAGAACTAAGTGGACT
TATAGAATTATAGTAAATAGGCGTAGTAGTGTAGTGGTCATCGTTCTTGA
CTTCCGTGCTGGAGGTCAGGGTTCGATTCCCACTCGGTGCTACGATTCAA
TTGGCAAGTGAATGTACCTTGGCCCGGGTCAACCCATACCATGTGAGGGG
AATAGGAGGGGAATAGGGTACCATCACTCTGATACAAGAGTATGGGGAGA
TATGCCGGACATTGAATGTGGTGTGGTGATGGTACTCATATGTTCAGTAC
CTGCGAGAACGCAAGTTTCTCCCGTACTGTGCGAGTATCATCATCGATAC
AGCACGGCTCTGATGTGTCGCGAGCACAGAGTACAATATCTGGTAAGCGC
TGTGATTTCCCTACCTAGGGGTAGGAAACTATCCCGGGATAGGGCCCGGT
CCGATGATATTGGAGGGTCCGCTTCTCTCCTCTCATTTTTTTCGAAGTTT
ACTAATTTAGCGGAGGAGCTGTCGTTGAAACAATTCATTCTTTGACTTGA
AATTTATTCTTATTTTATCTTTTACAGGACTTAGTGAAGAAGTTCCTTGA
AAATTTTGGCGAAGTGAAGTTTGGAAGACTGAACATGAAGCCAGGGTATG
AATAAACTGCACAATCCTCATCTCCGACTTTTTATTACTGACTAAAACTG
TCCCTCTAAAATAGGTGGATTGATTGATTGATCTCCTGTATGAATAACAC
CTTAGAGAAATATGGAGCCCTGCATTAGCTAGAAAAGAACGGAAGGGAAA
ATGACAACCGCTTCAAAATGTGTGATCTGGATTTTATCATCGTTAATTAC
AGCGTTCGGCGTAAAAAGGGCCGATAAGGTATTCAAAAACAAAGAAACAA
CAATATTCAATCAGTCGTAATGATTGCTGCCCGTATTATAACTTTTTTTT
ACCCGACAAAATGGTTTGGTAGACCTTTTCCCTATGTTATCACCAAAAAA
ACTGACCCGTGAAAATGGTAATTTTATAGAGTGTCTTGAAAGATTTCAAA
CATTTTTATTTCAGGAAACCTACCACATTTGCCACCATCATTCGCGGATC
GAAAACTACTTATTTCTTTGCGTTGCCTGGCAACCCGGTATCAGCCATGG
TCACCTTTTATCTCTTTGTTCTACCCGCCATTCGGAAGTTGGCAGGCTAC
AGGAAGCCCCATTTACAAAGAATCCAGGCTAGAGTATGTTCAAAATTTTG
TTGTGTAATACGACGAGATTGACGTTTTTAGTATTTTAGCCCAATCGAAG
TACTGTCGTTTGTTACGGTTAGAAAGCATTCCGTGTCTGCACTTTTTTTC
TTATTTCTTCTTTAGTAGAGTGATTTTCTATTCTTAGTATACATTTTTAT
ATAAGCAATCAGGCTGCTAAGGCTCGAGCCCTGAAACTAGCCAATTCGTA
AATTTGCTTTTTAGATAATCTAAGCCTGGCAAACGATAGCCCTTGACACA
ATTTAGCATGAATATGGTTGAATATCAGGGGTGGTCAAAGCAATTTTTTA
GAAAAAAAGAGCTAGAATATTAAGAAACCCCAGCCCTGAACCCAAAATTG
GGAGTTCCTTGTAAAAGGAATGTATAAGTGAACTTCTTGAAACCTTACTT
TATCCACCTCAATGTCACGACATCTTTCCTTTTCTCAAAAGAGCCCCTGT
TTTTTCGATAATGACACAAGAAATCGCCCGTGGTAGAGATGGAACTGGCT
CTTAACATGTAGTTTAAGGACCTTTTAACAATGACCTTTCTATCTTACCC
TTTTAGATCGACTTTGACGCTTGTTTAGACACAAGACCCGAATACCATCG
TTCCAAACTCAACTGGGATACAGACGATGGTGTACCCTTAGCCGTGTCAA
CGGGC

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_006436	XLOC_006436	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000128	supercontig	sc0000128:342607..359761 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.95467	1.37236	0.976855	0.491458	1.6515	0.0644562	0	0	0	1.02138	0	0.494258	1.24957	1.52273	1.78704	2.80104	0	0	6.47336e-05	3.38665e-10	0	0	0	0	2.51374	0.61929	0	0	0	0

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00011492 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: GEPH (Gephyrin OS=Homo sapiens GN=GPHN PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 333.569 bits (854), Expect = 3.206e-101
Identity = 182/393 (46.31%), Postives = 247/393 (62.85%), Query Frame = 2

Query: 1355 IDTPRVAERDRFSPYPMVCVSKALSLVLSCIKVPKKRHLVNLHAGLLGKILMEDVRAKEPYPPFAASVKDGYAVIASDGAGVRTVLEPITAGKVPVKTIRTGQCSRINTGAPLPPGADAVVMVEETELVESKQDGRVEVSVRIKTAPRVLQEVRPVGFDIKQGETILSSGEKLGPAELGLLAMAGVHTVSVYTPPSIGIISTGDELVTPGSKRSEGQIFDSNKIALLTAIREQGFNAADLGTISDDYSLMKEKLLNVIDDGTHR--VIISTGGVSMGEKDLVKKFLEN--FGEVKFGRLNMKPGKPTTFATIIRGSKTTYFFALPGNPVSAMVTFYLFVLPAIRKLAGYRKPHLQRIQARIDFDACLDTRPEYHRSKLNWDTDDGVPLAVSTG 2521
            +D  +VA R R SP+P+  + KA   VL    V     ++N   G+ G++L +DV AK+  PPF ASVKDGYAV A+DG G R ++    AG+ P +T+  GQ  R+ TGAP+P GADAVV VE+TEL+    DG  E+ VRI    R  Q++RP+G DIK+GE +L+ G  +GP+E+GLLA  GV  V V   P + ++STG+EL+ P      G+I DSN+  LL  I+E G+   +LG + D+     + LLN +++G  R  VII++GGVSMGEKD +K+ L+     ++ FGR+ MKPG PTTFAT+         FALPGNPVSA+VT  LFV+PA+RK+ G   P    I+AR+  D  LD RPEYHR  L W   + +P A STG
Sbjct:  307 VDITKVARRHRMSPFPLTSMDKAFITVLEMTPV-LGTEIINYRDGM-GRVLAQDVYAKDNLPPFPASVKDGYAVRAADGPGDRFIIGESQAGEQPTQTVMPGQVMRVTTGAPIPCGADAVVQVEDTELIRESDDGTEELEVRILVQARPGQDIRPIGHDIKRGECVLAKGTHMGPSEIGLLATVGVTEVEVNKFPVVAVMSTGNELLNPEDDLLPGKIRDSNRSTLLATIQEHGYPTINLGIVGDN----PDDLLNALNEGISRADVIITSGGVSMGEKDYLKQVLDIDLHAQIHFGRVFMKPGLPTTFATLDIDGVRKIIFALPGNPVSAVVTCNLFVVPALRKMQGILDPRPTIIKARLSCDVKLDPRPEYHRCILTWHHQEPLPWAQSTG 693

HSP 2 Score: 202.216 bits (513), Expect = 1.207e-54
Identity = 99/172 (57.56%), Postives = 123/172 (71.51%), Query Frame = 2

Query:  434 EIKVGILTVSDRCSAGTQEDKSGPNLKALVHKHLQKLGVVQVLSSCVPDEVHIIKSCLLHWADQEKCVLILTTGGTGFSARDVTPEATKEVIEREAPGLAIRMLSKSIETTPMAMLSRPICGIRKSTIIVNLPGSKKGSQECFEFILPALPHAFDLVSSNEENVSQTHSKMQ 949
            +I+VG+LTVSD C     ED+SG NLK LV       G +      VPDE+  IK  L+ W D+++  LILTTGGTGF+ RDVTPEATKEVIEREAPG+A+ ML  S+  TP+ MLSRP+CGIR  T+I+NLPGSKKGSQECF+FILPALPHA DL+      V + H +++
Sbjct:   14 QIRVGVLTVSDSCFRNLAEDRSGINLKDLVQDPSLLGGTISAYK-IVPDEIEEIKETLIDWCDEKELNLILTTGGTGFAPRDVTPEATKEVIEREAPGMALAMLMGSLNVTPLGMLSRPVCGIRGKTLIINLPGSKKGSQECFQFILPALPHAIDLLRDAIVKVKEVHDELE 184

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00011492 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00011492 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
GEPH	3.206e-101	46.31	Gephyrin OS=Homo sapiens GN=GPHN PE=1 SV=1	[more]

You are here

TCONS_00011492 (transcript) - C. hemisphaerica