TCONS_00011433 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00011433
Unique Name	TCONS_00011433
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3737

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000128:56865..76903+

transcript sequence

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transcript from alignment at sc0000128:56865..76903+

Legend: exon

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>TCONS_00011433 ID=TCONS_00011433|Name=TCONS_00011433|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=20039bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000128:56865..76903+ (Clytia hemisphaerica)
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTATAACataccatagttttgttggttaca
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tttttgaaattttcaggcttaaatgtttttacgatgttcttaatacgctt
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gtaatttctgaaatctcaGGCTTAGGATTGTTCTTAATCTATTCTTAGGT
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AATTTTGCTTTGGAAACgaaatcgaaagagtttcagttgtatgaaaaaaa
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gtcccttgaagatcgaattagataGAATCGACTgtaattttaaatttgtt
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CTACCAGGTATCTCCTTTGATTTGATAGCTTCGAATCTGTGAtctgatca
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TCTTATACTGACTAGAATGTACTCATATTAACATGACACGTCTATTTACT
GACTGAATTAACTAACGACTAAAATACCTACTGACGTTTAGGACCTTATA
AGCGACAACACACGACCGCCGCCTTATCCTGAAGACACTTACTCAACACC
ACAACAACACAGACAATCTAAAAACCGACAAGCGATATCACCTACCGACG
GGTCGTCAAAAATACCGACTATGAGATCGACTTCAAACCCTAGTCCGACA
AAGAAAACGTCACCTAAACGTTATAGCATGAACTACTAACCTTCTCACTG
TTACCCTTTCTCTTCTGGTAATTGTAGTCTAGTTTCTAATCTCTCTCTGG
TCTCTTGCTTGAACATTTTTACAATGAGttgccaaaaaaacaaaacatta
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ATGAGGTGAAATAGAAATGTTTGCGTTGCCTCAGATCTTCCCTaccttta
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AACCACCATATCATACAAATTTTAACAACCAGAAGTAGCAATTGGCTATG
TTTCTTCATCCTGACCCTTTTAACCTTTCGACAAACTTCTATAGAATAAT
TTTCTGTTTTCAAGATTAAACCGAAATTATAAAACATTCATATATAATAT
TCATCACATTTTTgtgtttatgaaaaaaaattggataaaaccattttatt
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CCGCTGGTCTCACGAGAGCTGGAAGTCATAATCCTTGCCCACAGTAACCA
CGTGACTTAAAGGTGTCATgaatttatcatttttgaaatagttATTAgct
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gctcgcgaaagtttgtacgcctaaagtagaaGCCTGTAAACAATCTAAAC
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TGATAATTTTTCACCACTATTGGATATAAATCAGGCCCGGaccttttgat
ttttaaaacgattttttatttattattttttaaatttcataaaaatattt
cattgttCGTCTTATATATTATAGTTTTTGGTGTTCAGGAAAATCCAAAG
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TGTGTTTTTCAATAAGTTTATCTATCAATAATATTTGTTTtatatattca
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TgtgaaatcaaaaattattgaTCATAGCAAAGATCGGTAATAACTTTGAG
TAGGGAGGGTGAAAAATGTTAGTACtaatttttgtaatattttcatTCTA
CAATGTTGCTTTAATCTATTATTTCTACTTTAATTATACGATAATGTTAA
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TGCGTCCGTCTACATAACTTAGTAAAAATGATCGCATACAAATATATTTA
TCAATCTAttaatcaagaaaaaaatttggtgtttttttc

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_006415	XLOC_006415	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000128	supercontig	sc0000128:56865..76903 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00011433 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: KLC1 (Kinesin light chain 1 OS=Homo sapiens GN=KLC1 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 572.392 bits (1474), Expect = 0.000e+0
Identity = 335/500 (67.00%), Postives = 392/500 (78.40%), Query Frame = 1

Query:   73 EKVSQDEIISNTKNVLRGLETLKSEHDGLLVKLSSKQRNGDNGGTQNKEGQDKVELIQKSLEKIELGIGEAQVMMALCNHLSQVEAEKQKLKAQVRRLCQENAWLREELSTTQTKLQQSEQANVQLEEEKKHLEFMNSLNVYEEGVQXXXXXXXXXXXXXXXXXTSDNPDD--DALXXXXXXXXXXNNAGVYEIPARLRTLHNLVIQYASQGRYEVAVPLCKQALEDLEKTSGHDHPDVATMLNILALVYRDQSKYKEAANLLNDALAIREKTLGPDHPXXXXXXXXXXXXYGKRGKYKEAEPLCKRALQIREKVLGNNHPDVAKXXXXXXXXXXXXGKYDEVEMYYQRALEIYETQLGPDDPNVAKTKNNLASAYLKQGKYKAAEQLYKEVLTRAHEREFGK-DDEMR--------------RGKDNAPYGEYGGWHKAAKVDSPTVTTTLRNLSALYRRQGKYDAAETLEECANKSKKNPMDISRQTQLANILGSESN 1521
            EK++QDEIIS TK V++GLE LK+EH+ +L  L    +        N   ++K  +I+KSLE +ELG+ EAQVMMAL NHL+ VE+EKQKL+AQVRRLCQEN WLR+EL+ TQ KLQ+SEQ+  QLEEEKKHLEFMN L  Y++ +     +  ++ +   +    ++ DD    + Q  S  ++    G YEIPARLRTLHNLVIQYASQGRYEVAVPLCKQALEDLEKTSGHDHPDVATMLNILALVYRDQ+KYK+AANLLNDALAIREKTLG DHPAVAATLNNLAVLYGKRGKYKEAEPLCKRAL+IREKVLG +HPDVAKQLNNLALLCQNQGKY+EVE YYQRALEIY+T+LGPDDPNVAKTKNNLAS YLKQGK+K AE LYKE+LTRAHEREFG  DDE +              + KD   +GEYGGW+KA KVDSPTVTTTL+NL ALYRRQGK++AAETLEE A +S+K  +D   + ++A +L    N
Sbjct:   17 EKLTQDEIISKTKQVIQGLEALKNEHNSILQSLLETLKCLKKDDESNL-VEEKSNMIRKSLEMLELGLSEAQVMMALSNHLNAVESEKQKLRAQVRRLCQENQWLRDELANTQQKLQKSEQSVAQLEEEKKHLEFMNQLKKYDDDISPSEDKDTDSTKEPLDDLFPNDEDDPGQGIQQQHSSAAAAAQQGGYEIPARLRTLHNLVIQYASQGRYEVAVPLCKQALEDLEKTSGHDHPDVATMLNILALVYRDQNKYKDAANLLNDALAIREKTLGKDHPAVAATLNNLAVLYGKRGKYKEAEPLCKRALEIREKVLGKDHPDVAKQLNNLALLCQNQGKYEEVEYYYQRALEIYQTKLGPDDPNVAKTKNNLASCYLKQGKFKQAETLYKEILTRAHEREFGSVDDENKPIWMHAEEREECKGKQKDGTSFGEYGGWYKACKVDSPTVTTTLKNLGALYRRQGKFEAAETLEEAAMRSRKQGLDNVHKQRVAEVLNDPEN 515

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00011433 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00011433 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
KLC1	0.000e+0	67.00	Kinesin light chain 1 OS=Homo sapiens GN=KLC1 PE=1...	[more]

You are here

TCONS_00011433 (transcript) - C. hemisphaerica