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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00011379 ID=TCONS_00011379|Name=TCONS_00011379|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3801bp
aaaaaataataaaatttaagaacaaatgACACCAAAATCAATAGCAATGA
CTTACTTATTGTGGATTTTCATAATGTTGGtcaaatcaaaagaaagtttt
cagATTCTCACCACTCAATCGTCATGTGATTCTAACCAATCAACAAAGAT
TTATATCGATCCACAATATGATCAGTGCACCTCCCAAGACTCGAAAACTG
TAAACTGTCCATCCTTATATGCTGCTTATCATTCTACTAAACTATTCgat
aatacttgtattatactGAAGAATTCAGTCGAATCGTACCCATTAAACGT
ATCAATACTTATCCATTCAAGTATCAATTTTGCCATCCAATCTCAGAATC
AAACATCCAACATTGATTGTCAAGGCAAACCCTATAACATATCAATCACT
CATTGCTCGAATATCAATTTTAAAGGAATTTCATTTACAAATTGCCCTTC
GTTTTCTAACGAGGACAGTATACTAACATTTGACCATAGTATAAATATAC
AGTTAACGAATATCATATTCCATGGAAACGAGAGTCAAAACATCTTGATA
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GCTGCAGAAACCAGATATGGTAAAGGTGGtggaatttcaatgtttttgat
gAATGATATAAATAATACGCTTATCAATATCTCACAATGTAGATTCGATG
GTAATTCAGCTATCTATGGTGGTGGACTGTATTTGTATCTTGAAAAAGGA
ACTTTTAATAACAGACTAACATTAAATGAAACTTATTTCACCAATAACAA
TTCATCGACTTCAGGAGGTGCTCTTTATATTGCTGATTTCTCAAGTAGCC
CTGATAGTAATCAAATCATTATATGCAATTCGAATTTCACTAATAACTTT
TGTGATTTCAATGCAGGAGGATCTGCTATCTACGCTTACAATGGTTATCT
AAAATTCTTAGGTAACAATCGTATCGAACAAAATAACGGAACTGCAATGG
TTCTTGGTGCTACAGAGAGCTACATTAATGGTAACCTAACGCTTGCTAAC
AACAGCGGAAAATATGGTGGTGCTGCATTTTTATACAAGTGTGCCAGGTT
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GAGATGGAGGTGCGATGTTTGtgttccattttttcaaaaagaaaagttgt
aaatgttttttcgcTCCACAGAATAGAACCTCTTTTACCGGATCCATCAA
TTTTACTTATAACACTGCTGCAGTTTATGGTAGACATCTTTACTCATCCA
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ATTTTCTTTACTGGAGAACCTCTAAATGCTGTTAGTACGGCAGCCGATAA
ATTCACACTCGTATCATCTCAATGGCGAAACATAGTGCctggtttttatt
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TACTGTATTATATCGATatcatgaaattttcagtaaaTGCTTTAAAAGGG
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TTGATTTTATGATCATTGGTATTTTAAGTAATAATCCAGATAACGAGCAT
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CTGTAATATTTTAGCAGTAAACCTTAAAAACAACTCTTTAGCTATGCTTA
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TAAACAACCATTGAAGTTGAGGGGAGGGGCTTTAcatcaaaaacataaaa
taccACTGTTTACTGCCATAAATATTATAGGACTTTTTGTAGATATACTT
TTCATTCGTTTTATGTAGCACTGCTGAACATACAACAAAGTTTAAGAACT
ATAGTGGCATCTTTTTGTGGGTACCATTTCCAAGCACATACTTTGAGCAG
T Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000127:121432..126439- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00011379 ID=TCONS_00011379|Name=TCONS_00011379|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5008bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000127:121432..126439- (Clytia hemisphaerica)
AAAAAATAATAAAATTTAAGAACAAATGACACCAAAATCAATAGCAATGA
CTTACTTATTGTGGATTTTCATAATGTTGGTCAAATCAAAAGAAAGTTTT
CAGATTCTCACCACTCAATCGTCATGTGATTCTAACCAATCAACAAAGAT
TTATATCGATCCACAATATGATCAGTGCACCTCCCAAGACTCGAAAACTG
TAAACTGTCCATCCTTATATGCTGCTTATCATTCTACTAAACTATTCGAT
AATACTTGTATTATACTGAAGAATTCAGTCGAATCGTACCCATTAAACGT
ATCAATACTTATCCATTCAAGTATCAATTTTGCCATCCAATCTCAGAATC
AAACATCCAACATTGATTGTCAAGGCAAACCCTATAACATATCAATCACT
CATTGCTCGAATATCAATTTTAAAGGAATTTCATTTACAAATTGCCCTTC
GTTTTCTAACGAGGACAGTATACTAACATTTGACCATAGTATAAATATAC
AGTTAACGAATATCATATTCCATGGAAACGAGAGTCAAAACATCTTGATA
AAAGACTGTGGGAATGTTGGAATGAATTCACTAAAGGCTAATCGAATCCG
GATTCTTTACCAAGATGTTTATGCATCATCTGGTGATATCCAAATATCAA
ACTCTAATTTCTCTTCTGGGAATAATCAATTTCCAAGTGAGGGTGCCAAA
GCTGCAGAAACCAGATATGGTAAAGGTGGTGGAATTTCAATGTTTTTGAT
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TTCATCGACTTCAGGAGGTGCTCTTTATATTGCTGATTTCTCAAGTAGCC
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TGTGATTTCAATGCAGGAGGATCTGCTATCTACGCTTACAATGGTTATCT
AAAATTCTTAGGTAACAATCGTATCGAACAAAATAACGGAACTGCAATGG
TTCTTGGTGCTACAGAGAGCTACATTAATGGTAACCTAACGCTTGCTAAC
AACAGCGGAAAATATGGTGGTGCTGCATTTTTATACAAGTGTGCCAGGTT
CAAAATAACCCCCACGTCTAATATAGTCTTCAGTAACAACAAAGCATCCA
GAGATGGAGGTGCGATGTTTGTGTTCCATTTTTTCAAAAAGAAAAGTTGT
AAATGTTTTTTCGCTCCACAGAATAGAACCTCTTTTACCGGATCCATCAA
TTTTACTTATAACACTGCTGCAGTTTATGGTAGACATCTTTACTCATCCA
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ATTTTCTTTACTGGAGAACCTCTAAATGCTGTTAGTACGGCAGCCGATAA
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TTAAACCTGAAATCAACATCACGAATGAGAAAGATCAAATTGTTAAATCA
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TTCTACAAATGGTTTCGGTTTATTGAATAAAAATACATATGTTGTTGGGC
CAGACCACACTATCAATGTGGCTCTACAAGGACAATCATCTCAGAATTAT
ACACTTGATTTCTACGTTAGTAGTGAATTAGGAGAATTAACACAAAATTT
AACAGTGAAATTATCCAAATGCCCACCGCTGTATTATCTACATCAAAACA
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CGCATGCCCAGTAGATTATTGCGCTATATGTAGCGAACAGAGTAAATTGT
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TACAACCATTGGTGGTCGACAATGCGCAGATTGCCGAGGCACAAATAATC
ACTATTGGACGCCGATCCTTGCTATTGTCATTGTTACNCATTGCGCATAT
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TTTCCATGGTGATGACAGATTCATGTATCCATTTTGCTTCATAGATGGTC
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GCTCTCTTGTTGATTCTTTCGATCACTTTCACTGGCATATTTGTTTATAA
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TTGATTTTATGATCATTGGTATTTTAAGTAATAATCCAGATAACGAGCAT
TCAGCTATGGATAATTACACTTCGACTTTTGTTGAGGTTTTGATAGTGTT
TCCATTTGTTGGTTGTCTTGTATGCATGCTGATTACTTACTTTGGAACAT
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TAAGAACCGTGTAAGAACCCAGTTTTCAAAAATTTCAAATTTTGATATCT
CGTTGGATTTTGGAAAATTGTACACAGAAATAGTTCGAGGTTTTACTAAC
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AGGACCATTGCTTTTATAAGCCAAAAGTAAGAGTTTTTATGACACATCCC
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AAACTGAAACTCGATGGGGATTGATATTCCCATATTCTTTGTGGCTGGGG
ATTTCATTTCTTTTGTTTTCAAGTCAGAAAATTCAATGGGGATGGTAAAA
ATAGCATAGTATTTCACAAATACTATGCTATTTTTGGGGACAAATATTGG
AGGGTAATTTTCCACCGGGGACAATATTTTGGCCAATTTTACCAGTTGGA
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CATTTGTTTGGAAAATAATTTCAATGATTTTTCATCCATTACAACCGAGT
GTGTAATACAAGGATTAAATTTTACTTGCTATGCAGTAGGGTTATTTAAG
GCGAGGTCAATTCGATCTGTTGTTTTACGGGCCAAGCTATCCAAAAAATG
AGGGTCGGTCGGTCGGCGAAAAAATAAAAATAAAAGCAGCACAAAAATGT
GAAATAGAAAATAAAAAGGCACAAAAAGGTGGAAATCATGGATAAAATTA
AAAATTGAACATAAATTTCTCAAACCCTTGGAAAATCTACCAAAATTTTG
AAAATTTGGGAATCTGTAAAGCAATGACAATAAAGATGTACTACTAAAAT
AAATGTTTCGATTTTTGGAATTTCAGGGTCGGTCGGTTCCGTAAAATAAC
TAATCAAATTGGTCTCACCTAATGGAACATTATTCATTAGTTCATTTTTT
TTTTTTTTCAATTTTATATAGGAAATACAAGGAGTCATTTGATCCCATCA
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ATGCTTATAAGTTCCTTAAGTCCCCTTCCTCCAAATGTTTATGATTGATA
AGCCCCTTAAACAACCATTGAAGTTGAGGGGAGGGGCTTTACATCAAAAA
CATAAAATACCACTGTTTACTGCCATAAATATTATAGGACTTTTTGTAGA
TATACTTTTCATTCGTTTTATGTAGCACTGCTGAACATACAACAAAGTTT
AAGAACTATAGTGGCATCTTTTTGTGGGTACCATTTCCAAGCACATACTT
TGAGCAGT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00011379-exon-sc0000127-1575043694:123216..126439 | TCONS_00011379-exon-sc0000127-1575043694:123216..126439 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011379-exon-sc0000127-1575043694:121432..122008 | TCONS_00011379-exon-sc0000127-1575043694:121432..122008 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011379-exon-sc0000127-1510915933:123216..126439 | TCONS_00011379-exon-sc0000127-1510915933:123216..126439 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011379-exon-sc0000127-1510915933:121432..122008 | TCONS_00011379-exon-sc0000127-1510915933:121432..122008 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011379-exon-sc0000127-1491911889:123216..126439 | TCONS_00011379-exon-sc0000127-1491911889:123216..126439 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011379-exon-sc0000127-1491911889:121432..122008 | TCONS_00011379-exon-sc0000127-1491911889:121432..122008 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000127 | supercontig | sc0000127:121432..126439 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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