TCONS_00011118 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00011118
Unique Name	TCONS_00011118
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	5345

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000121:10071..25616-

transcript sequence

>TCONS_00011118 ID=TCONS_00011118|Name=TCONS_00011118|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5345bp
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CATTATGCTCACTTTAGAACAAACCTCCCataaaaataagtttgaaaaac
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transcript from alignment at sc0000121:10071..25616-

Legend: exon

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>TCONS_00011118 ID=TCONS_00011118|Name=TCONS_00011118|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=15546bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000121:10071..25616- (Clytia hemisphaerica)
CTTTCATGACATATGCTCATTCACTATTTGAGGTTCGTATACGGGGTTTC
CTATTTTCTGACTTGGTTCGATCGATGGAGAAAGATGGACGGCGAGAGAA
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CAGATGTGCCACTCCATACTCAGATTCTCCAGTCTTACTAAAGTCCCCAG
TATCTTCAATATCACCTTCAAAGATGTATCACCACACCACAATCAGTCCT
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AGAGCTGATATCATATTCACTATATACAGCCTCTCAAAACAATTCATTTT
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TCCCAGTAACTTACCGCCTAGATCAGATTACCCAATCTAAGCTACTCATC
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CAATATAGAGTTTTTTTGAGTTACATAGATGATTTCGTTTGTTTACAAGT
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AATGCCTGCCATTTCTGGCAGGCAATTCATCTTAACTGCCCAAATCATTT
CTTGAGTTAATGTAATGACTATTTTAAGTTTTGAATAAGTGAGTCCTTCA
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GGGCATTGCTAAGTTTCAGATCAGAAGAAAGTGCTAAATATGGCCTGGTA
GGTTACAGAAACAGCTACGGAAACTTACACAGTAATAGGAAAAAGTTAGT
TTTCATTCATAAGCAAATTTGGATTTAGTATTGTTAACTAAAAAGATTTT
GTTACTGTAAATATTAAAAAAAATTATTTTCACATTTCACTTGATTTCAC
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GTTTTTTGCAGTTTGCCCAGATTTGCCTCGACCTCGGTACTCTCCACTTC
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AACATATTCTCATGGTTGGTTGAAATTCGATTGACGTTTTTGCTTACGTT
AATTTGTAATTTCCCGCAAACTTGTAATTCCCATCGTTTGGAAATTCATC
ACCTTTTTCGAATTTCTTACTAACTTTGAAGGCTTAAGTAAATGGAATAT
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TTTTAAGTTTCAGATTGATTTCCAGTGTTAAATTGACATCTTTCAGAATT
GCTAGAATTTCAACCCAAACCTTGAGATTAACCAGGAATCCCCTGGTTGT
TTTCGTGAAATTCTGGTTAAATTACCCTCGGTCAAATTTTCGAAATGATT
TAAAATTTCAAAAAATTGCAAAATTGACCATGGGGAAATTTATCCCGAAT
TTCCCTCATAACCATGAGATTACTAATACTAACAAAAAGAAAGAAAGAGA
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ACAACTGGCAGTTTTTCGATTTGGTTTGATCGAATCTAGCTGAATATACT
ACATTGTACTATCCTTTAAAATTAAAGTTTACTTTGGTACCACCCAATTT
ACTACATGGTAGTAATTTTTCTGGGATTTCTTTTAGGGGACCACCCTTTT
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GCTACACTGAACATGCACCCCCTCCCTCCTGGGTGGTATCTTAGGTCATT
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TGACTATTCAATGTCAGGAGTTTTGCTTTGTTTTTGATAGGCTGGTGAAT
GAAAAAATTAACTTCTGTGAATTCTTAGTAAGCCCAGTTTTAAGTGTAAG
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CAGGTCTTAATAGGACCCCTGCAGTGTTATTGCATACTGAACAATTACCT
ATGTCCAACATATGAATATTAACTCATTATCCTACAACCACGCGTCAGGA
TAAGCTTTTTATGCTTCTTTGGTGTCTTATACTTCTTTTATTTTTGTTGC
CTTTACACATCAATCCTATTACATGTTGTTAATTTATTTTCTAGACACCC
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CTTCAGCAAGAAACACCGACATTTAGTCCATCAGAAACATCCCAATCAGG
ATAATCGCACGGTATCTAAAATTTTAGGTGAAATGTGGTATGCTGTCAGT
CCTGAAGAGCAACAAATGTATAGGAAATTGGCAGATGAGGTAAGCTTTCA
CAGATGAAACCATAGTCTACTGGAGGTACTTGCTTTGACTGGAATGGATC
ACAAAGAGTGTAAACAACCCCTATTCTTAAAGTAGAGCTTTTCCAAAAAT
AAAAAGGAAAGAGATGNCTCTAGTTACTACCCCAAGAAATATTTCTATAA
GCCAAAATATATTGTTGATCTTTTAGACCAAAATCTGACTATTCAATGTC
AGGAGTTTTGCTTTGTTTTTGATAGGCTGGTGAATGAAAAAATTAACTTC
TGTGAATTCTTAGTAAGCCCAGTTTTAAGTGTAAGTAGTGTATTGATCAG
CATAAACTTGAGACAGCGAGTCAAATTTCAGGACCAGCAAATTATAATTT
TTTTGTCCCTTGGACCTGCAAAATTTGGCGTTCTCCAGGTCTTAATAGGA
CCCCTGCAGTGTTATTGCATACTGAACAATTACCTATGTCCAACATATGA
ATATTAACTCATTATCCTACAACCACGCGTCAGGATAAGCTTTTTATGCT
TCTTTGGTGTCTTATACTTCTTTTATTTTTGTTGCCTTTACACATTAATC
CTATTACATGTCGTTAATTTATTTTCTAGACACCCAGCAAAAGCAACAAG
GAGCATATCAGAAGACCAATGAATGCCTTCATGATCTTCAGCAAGAAACA
CCGACATTTAGTCCATCAGAAACATCCCAATCAGGATAATCGCACGGTAT
CTAAAATTTTAGGTGAAATGTGGTATGCTGTCAGTCCTGAAGAGCAACAA
ATGTATAGGAAATTGGCAGATGAGGTAAGCTTTCACAGATGAAACCATAG
TCTACTGGAGGTACTTGCTTTGACTGGAATGGATCACAAAGAGTGTAAAC
AACCCCTATTCTTAAAGTAGAGCTTTTCCAAAAATAAAAAGGAAAGAGAT
GAGTTAAGCAAAGTAAATAAATTTTACTGGAAGGGCTTCACTTAGCTACT
AAGTAAAGTAAGAAAGAGTTAGGAAGCAATCTATCGACAGTGAATTCTAG
CTTAACACCTAAATACTGAGATGGGGGCTGTAGTCATAGAGTTCACTATG
TAACACTGTCATACAATTAATTCAATCAAAAGTTTCATCATAAATCCAAT
TTTGTGATTAGGACTTTATAATTTTTGTGTTCGTTTAGGTCAAAGAGCAA
CACTACAAAAACAATCCTGAATGGAAATGGTCTTCAAAAGATAGAAAGAA
CAGTCGAACAACAAAACAAAAATCGGAAGATGGTAATGTAATATCATTTG
TTAGTTTAAAAGCAAAATTCTGTACTAAGTTACTTTAATGGATAAATTTT
CACTGGGTTTTAATTTTGCAAATTTGGGTGTCATCCACATAATTGGGTCT
TCGAAATTTTGAAAGGTCTAATCTGCGAAATTCTTTTGAACAAAACTCAA
AAAATGTCAAATAACTACTTCAAAGTGTTATATACTGACATCAAAGAAAA
GCAAATAATGTGTGCTAAATCAGGTCTTCGGCCGTTAAATCAGGTCTTTG
GCCTTTAAATCAGGTCTTCGGCCGTTAAATCAGGTCTTCAGCTGTTGATT
CAGGTCTTCAGTCGTTGATTCAGGTCTTTGGCTGCTAAATCAGGCCTGCG
TCCGCTGACGGAAAAAAAAATTGCGTTAGTACCATGGTGGTGTGCCATGT
GAATTGGATTAAATCACTTAGCACTCAGTTGTACTAACTGCAATTAGGGG
TGGTCTCTTGATAAAAAATTACCAAATTTTGTTATTAGCTGTGTGAAAAA
TGAAATTTTGTGAGAAAACATCTTATTTTACAAAATGAGTTTCTAGGAAG
TTGAAATTTTTTTTCTAATTTTCAAAAAGTTTTTTTTTAATCTCAAAAAC
GATTTGTCGGTTGCCATAGAAATTCAATATTTTAAAATGTTTAATTATGT
TGTAATTTCCTATTGAAAGAAGGAACAGGATGGAAAATTGAAACATTTTT
AAGATATTAGATTTTGTCTTATCTGAATTTATTGCTTTTATGATGGTCAA
AAAGCCATTTTCACGGGTGGTGTACTATGTAAATTTGAGCCAAATTTCAG
TTAGCACTAACTGTACTAAGTGTACAAAGGGTGGTGGTGCAGAGGAATGT
AAAGAGATGGAAAAAGAGCTTCTTCAGAACAACAATAGACAAACGGCTCG
TTATATACCAGGTCCTTTACCCTTAAGGGAGTTTGTTTCAAGCTAATGGA
TTTCTTTTGTTGTTGTTTTAAAAAAGTTGTATAATTAGCGTGGTATGACG
AAATTCTTTTGTTTCAGGTCAAATTACGCGTAAACTTTAGGGGCTTATAT
ATTGGGGAGACCTCTTTTATACCAAAAGATACCTATATTTTCTTGNGGGG
CTTATATTTTGGGGAGACCTCTTTTATACCAAAAGATACCTATATTTTCT
TGCTCAGAATTTTCTAGCGATTCTAATGATATAACAGCATCATGACCGCA
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TTGATGAATTAATTTCTATCAAATCTTTTAGAAATAATTTGGTATCATTG
TGATGAGAATTTTTCAGACTACAATGTTAATGTTAAATTTGTTACTGCAT
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CTATTCCATCCCATTTCTCTGGGTGGTGTTACTAACCTCTTGCCAAAGAG
TAGTTAGTAGGCATAGTGTCTTGTACTAACTGCTTGACCCCCCCCTGCTT
AGACTTTAGATTTTTACAAAACACAATAACAGTTTCTAATCAAGGATATA
GTAATAAGTTTTGTTATTTCATTTGTTTTTAGGGACATCATCAACAACAC
CAAGGCCTCATTTTGAGCAGGTAAGATTGGTTACAAAGGATTAGTAGAAA
AAATCAAAAATAACAAAAATCAAAAAAATAGCCACATTCTTTTTCACCGT
TCAACAAGTGCTGTAAAGCAAAATATAAAGTTTTTTAGAAATTCAGTTTA
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TTTTCAATTAATTACAAGCTAAAAATTGGAAATCAAGCAATTTCAAGATG
CAAAACCATGCTTACCAAAAAAGTGCAATGTGTTTCTTACCCTTATTTTG
ATGCACAGATATGTGAATTTTTGGGACTGCAAAATTAAGTTTCCTAGAAA
TGAAAAAACTTGTGTTTATTTCTAGAAATCACCTGGAGATGTTCAGCTAG
AGTGTAAGGAAGACTCCCCATCAATGTTCAATTTTGATCCTACAAAGCAT
ACACCCCCACCACCACTACACGAGATCTTGAAAGGACCACATCACATCAC
CAAAAGCAAAGTCTTCAACTTTGACAACTACAGTCCTATAACATCTGAAT
TTGAACATAATCGCTCCTCAATTCAACTAGAAAAACAACAAGAGAAGTTG
TATCAACAACAACAGCCTTCACCGCAATACCCTATTGGCACACACCAACA
AACTGTAACAATGCCAACACTACTTCCCAACAAACCCTCAGTTATGCCGG
TTATGATCTCATCCAAAGTTTCACCTTCAACAACACCCAAGGCTTTCTCT
ATCTCGAATATAATCCAAAAAGATGAGAAGCCATCTGCACAGTTGTCACC
ACACGCAACAATAACAAACAATGGTATTGCGAGCAGTCAACCTGTCACAG
TTCTGAAACAGCAGAATATCAATATCAACATCAATGATGGGCGACAATCT
GTTCTTCTCTTTGGCACCTCACAGTCTTCGCAACCACCAAATTTAATACG
CCATCATCCACAAGATCCCAACAAAGCAGCCCAAAGTTTGTTATTAATCC
CAGCTTCAGTTAATGAGCTTAGAACACCTCAACAAATGGAATCATCAGCA
TTCAGTAAATATCAACCTCTGTCATCACATCAACATGTCATGCACAATGA
TGCTTCTTGGAAATCACTTAGGATGTCTGGTACATCAAATACAGTGACTG
GAATGAGAAGTTCATCTGTGGCTAGGATTAGATTTGATGATTCAAAAACA
GAGGTGGTTACTGATAGATCTGTTAAATCGGAGCCAACAACTCCGACACC
TGGAAGTCCCTCGAAAAAATCGATTTTGAAACGTCAATCCAATGATGGAA
TGGAAAAGTAAGTTTTTTTTTAATTTTAAAAGCTTTGGGAATCTGTGAAG
TGTAAAGGTTTCCACCCATTTGGATTTATTTTCATGGGCTTGATCACCCT
GACCCTACTTGGGGCCTAGAATAAAATTATAAGCAATAATAGCGAGTTTA
TAAGAGTTTATCACTTTTATTTCTTGGTGTTTTATACAGGGCTCTTACTG
ACTTCTTGATATATTTTGATGCTTTTGTCGTTAGGGTTTTCGAGCAAGTG
GATTTCGAGCAGCATTTCAGGAAATTACCGGAATTCAATCCAGCTGGTGA
TCAATTTGCATCGAACGCTGCCACATCATCAAGCCATCAGAATTCCTATC
CGAATGAATTCTTTTTCGGAGATTCCGACCCCGCTGGAGCTGCATCTCAA
TCCTTGACATCCAACAGACAAGTTTTGGACAAACGTCGAAACCTGGTCAT
GAAATTGTTTGAGCAGTATGGGTATTACCCACCTGATAGTGCTACTGTGA
CTTTCCAGCAACAGCATAAAGATTTGTTCCCAAACCGATTCAGCTTGCAA
GTAAAAATTCGGGAAGTACGCCAAAATTTGAGGAAAGCCAGGTAAATATC
ACATCGAATGAATTCTTAACTCAGGAGGTTGAGTTTTGAGCTCTTTCAAG
AAAAAATCATTTTATATCCTAAATCAGGATTTAAAATGATTCGATTGAAA
ATTTAACTATGTAGCTTATTTCAACTTGTTGTCAATAAATATGATGACAA
AGTGCTCCGTAGAGCTCCGTAGAGCCGAAAAGTTAATTTTCAAGAATACA
TATCTTTGATGAAAATAATGCGAGGCTTCAAACTCCCTGCAATGCTGTAA
ACATTTTTTCAAAGGATTTAAATTTAAAATTTTTAATTGAGCTTTGTTAA
TATTATATTTTGAATTGTTATTTTTTTAGTCCGCGCAAGATAAAAGGTGA
GTAAACAAACTATCGACGTCAATACACCTTTTGATTGTTGTGGTGAAGAA
ATGAACTGGTGTGTTCTCTCTGCACTGTACGATGGTAAGAATTCTATCCT
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TTATTATCATCATTATGTTTTTAACTTATATCTTATAATAACCGTCAAAA
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CTCCATTTCGTTAGGTTCATTTCTGGATATTTAGTTGATTTAAGGAGCCA
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CTTAATCTTAAATTAAATAGCATTTTATTTACTGTCATCTGTAGGATGGT
TGATTAGGTTCTCTATTTGAAAAAGCCTATGGCTTTCATAGAGCTCACAT
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GCTTACTCCAAATGCGATTACCAAGACAACGAGTTTTATGTTTTTATCAT
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GTCTTACTATGCTAAGTCATTCATAATATTTCTTTTTAAAGTTATGAGTT
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TTTTCGTGTAAAAGACGTGTTTTATGCGCCATCTTTTTTGTTTTTGTTTT
ACTTTTACTTTTCTTCATTAGCAGTAGAATCATTTTGTTGTAAACTACAT
TTCTCGCTTATTATATTATACTTTGCTATAATTGTCACAACTTGTAAAAA
ACATTATGCTCACTTTAGAACAAACCTCCCATAAAAATAAGTTTGAAAAA
CTGAAAAAAAGAAATCACTGTAAATTATATAACAATTAAAAAAAAA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_006226	XLOC_006226	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000121	supercontig	sc0000121:10071..25616 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.992918	1.01738	8.27417e-06	1.03775e-08	29.0081	21.3523	13.1951	22.0419	5.26041	3.27967	5.25984	0.00198982	11.1124	10.0744	4.73784	5.56067	6.82225	5.19791	5.56692	8.11103	2.73848	10.9932	5.57726	7.52552	34.9728	30.7692	0.809	2.75476	5.83417	6.1804

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00011118 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: CIC (Protein capicua homolog OS=Homo sapiens GN=CIC PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 150.214 bits (378), Expect = 4.758e-36
Identity = 61/88 (69.32%), Postives = 75/88 (85.23%), Query Frame = 2

Query: 1760 KTPSKSNKEHIRRPMNAFMIFSKKHRHLVHQKHPNQDNRTVSKILGEMWYAVSPEEQQMYRKLADEVKEQHYKNNPEWKWSSKDRKNS 2023
            ++P+K  K+HIRRPMNAFMIFSK+HR LVHQ+HPNQDNRTVSKILGE WYA+ P+E+Q Y  LA +VKE H+K +P+WKW +KDRK S
Sbjct:  190 RSPNKREKDHIRRPMNAFMIFSKRHRALVHQRHPNQDNRTVSKILGEWWYALGPKEKQKYHDLAFQVKEAHFKAHPDWKWCNKDRKKS 277

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00011118 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00011118 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
CIC	4.758e-36	69.32	Protein capicua homolog OS=Homo sapiens GN=CIC PE=...	[more]

You are here

TCONS_00011118 (transcript) - C. hemisphaerica