TCONS_00010996 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00010996
Unique NameTCONS_00010996
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length4589

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00010996 ID=TCONS_00010996|Name=TCONS_00010996|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4589bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00010996-protein

>TCONS_00010996-protein ID=TCONS_00010996-protein|Name=TCONS_00010996-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=1393bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000119:305072..322763+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00010996 ID=TCONS_00010996|Name=TCONS_00010996|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=17692bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000119:305072..322763+ (Clytia hemisphaerica)
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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000119:305072..322763+

>TCONS_00010996 ID=TCONS_00010996|Name=TCONS_00010996|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=117096bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000119:305072..322763+ (Clytia hemisphaerica)
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CACTGGACCCCCCGCATGATATGGTCTTGCTCAAGAAAATGTTAAGACCG
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GTCCGTTCATTACCATGTTCAACCTGGTTGTATAAAAGACATTGATCTGG
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TCGGACGATTGCTATTAAGCTAATCGAACTCGGAGGTAATGGTAAATGGT
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000119supercontigsc0000119:305072..322763 +
Expression
No biomaterial libraries express this feature.
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR001965Znf_PHD
IPR003653Peptidase_C48_C
IPR012337RNaseH-like_dom
IPR001584Integrase_cat-core
IPR013083Znf_RING/FYVE/PHD
IPR011011Znf_FYVE_PHD
Vocabulary: Biological Process
TermDefinition
GO:0006508proteolysis
GO:0015074DNA integration
Vocabulary: Molecular Function
TermDefinition
GO:0008234cysteine-type peptidase activity
GO:0003676nucleic acid binding
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0015074 DNA integration
biological_process GO:0006508 proteolysis
molecular_function GO:0008234 cysteine-type peptidase activity
molecular_function GO:0003676 nucleic acid binding
Blast
BLAST of TCONS_00010996 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SCND3 (SCAN domain-containing protein 3 OS=Homo sapiens GN=ZBED9 PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 107.071 bits (266), Expect = 5.057e-23
Identity = 68/231 (29.44%), Postives = 108/231 (46.75%), Query Frame = 3
Query:  456 RKVFRINEMFDLVKECHSSESVHAGEKKTYQNVCQFACNVSMAIVKFFIENCVPCSSKKPQLSVAKLTPIVSRFFMDRMQIDLIDMTHDPDEKFRYIGHIVDHFSKYRVIFALKSKQPAEVGLHVKARYLAYFGLPKIVQSDNGAEFVDLIIRAIIVLWPGNARIINGSPRHSQSQGLVEQGNCDIEKKISALRAERKCKSWVKLLPEIQYAMNTTVVSSTKKTPYSIVFG 1148
            R      ++FD++   H S   H G  +  + +     N++  ++  ++  C PC  K  +L    LT    +    R Q+DLIDM  +PD ++R+I H  D  +K   + +LKSK+P EV  H         G P ++QSDNG EF   ++  +  +WP   +I++G  +  QSQ   EQ   DI K+I +         W + L  IQ + N     S ++TP    F 
Sbjct:  299 RYYLHSEDLFDILHNTHLSIG-HGGRTRMEKELQAKYKNITKEVIMLYLTLCKPCQQKNSKLKKV-LTSKSIKEVSSRCQVDLIDMQLNPDGEYRFILHYQDLCTKLTFLRSLKSKRPTEVA-HALLDIFTIIGAPSVLQSDNGREFSSQVVSELSNIWP-ELKIVHGKSQTCQSQSSAEQTE-DIRKRIFSWMQTNNSSHWTEFLWFIQMSQNQPYHRSMQQTPCESAFS 524          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00010996 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
SCND35.057e-2329.44SCAN domain-containing protein 3 OS=Homo sapiens G... [more]
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