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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00010894 ID=TCONS_00010894|Name=TCONS_00010894|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3566bp
AGACATTGATATGTACTGTACAGTGTGTTCAGAAAAAGATGAAACGTTAT
CAAATTGTTATTATGTTCAAAGTTAttgaagaaagtttttgaattgaaAT
GACTGCAACTTGAAGTGTGcgtttttgtttatatattatAGTTGGAAAAT
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ctttggtatttttgttttataaagaTACTAACAATTTAACTTTCCTGACA
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TGGTTTCCTTTCTACATGGCTTTTGTTGCAATGTTTTATTACATCCCTTA
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GGAGAAGAAGTTAAGGATTcaggtttttaaattttaaagaacACGTTCAC
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TACGGgtcatgtttttaatcaaaataatgtgtatttttttAGTGCTAGTC
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ggcGGTAAAGTTTAtgctaaaatttccaggggatggTAAAATACTGATTT
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TTTTCTGCAAACGTTgcaattttccagggggtatcgaCACATTTCTAATC
ATTTTTGGTCggaaaaggttcgtccaacTCCCCCTCccatgtatggaaat
ttaacGGAACTACCTGCTTTACGTGGAAGGAATGCATAAACGTGTTATTC
ACCAAAAGGAGTGCAAATATTGAAGGAAAATGGTGCGAATAATAAGCGAA
AACGGTGCGAATACAAGCGGAAAATTCTATCACTTAAATCCAGTGGGGAG
TTTTAATCGCCTGAAAGGCTTGTGAAAATAAAAGAACTCGAAAAATAAAT
CTCATATTTGGTTCTGCACTTTGCGATAACTAATACATAGTGTTGTGGTT
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ATTTCAACCAGCCGTGATGTTTATAAGGTAATTATATGAGGTAAGCTCTG
GGTATCAAAATAAATTGACAAAACCCCTTGTAAAACGAactaaaatatat
ttctttctttttttaatatttacattatttaataataatttttttggtta
aatgtgcttcttcattttttttttttgctatacgCTGAGATTTGGTTTGT
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TGATTGACTATTCGATCGGTCCATTTCGAAAAACGGGTTATCTTTGATGG
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GTACCTATaacgaaataaaaaattgaattcatgtaaatttctaaattatt
tCGAATTCAAGCTTTT Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00010894-protein >TCONS_00010894-protein ID=TCONS_00010894-protein|Name=TCONS_00010894-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=403bp
MSGLIGDVKKLFKFKYKSRSDSFTDQYHRLFMTRALLVGCFLTGMKWYKD
EIKCIIPKAFSGSVDGFGPKSCWINGFYVYKQLMNQPNIDGYYGIPNRLG
HNGTYQDNYASTNGEKYTTCVASSQADTDSICQPMEKLFFLQYQWFPFYM
AFVAMFYYIPYIMFSIINNDLSSLKKDIAKQKCDVDAIVKNYFNIETNQP
TRQTLRVLLNILVKICYMIANVLVLTFTNSLLNDQFMNFGSRWMKWSQQE
NQDKHVYMGLRSPHAGQRLLPVFGMCDVLELGMDIKHNLFNEYSLVCEIS
QHVLYHYVLMAIWFLIIIGLVLSIVGIIHHVALHILRARFFANEEIAAQR
VYNALSVREGEYLNFIRRKNVVAYGSIIRALHKQRFEIDPVTEKGEEVKD
SGF Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000118:352388..364111+ Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00010894 ID=TCONS_00010894|Name=TCONS_00010894|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=11724bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000118:352388..364111+ (Clytia hemisphaerica)
AGACATTGATATGTACTGTACAGTGTGTTCAGAAAAAGATGAAACGTTAT
CAAATTGTTATTATGTTCAAAGTTAttgaagaaagtttttgaattgaaAT
GACTGCAACTTGAAGTGTGcgtttttgtttatatattatAGTTGGAAAAT
TAGTATTGTTGTTATTAATTAGTTAAGAAATTCGGGGATTTCAATAAAga
ctttggtatttttgttttataaagaTACTAACAATTTAACTTTCCTGACA
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attcaaattcaaatacaaGAGTCGGTCTGATTCTTTCACTGATCAATATC
ATCGATTGTTTATGACCAGAGCTCTTTTGGTTGGATGTTTCCTCACTGGC
ATGAAATGGTGAGTCTcgttttcatttatttcttaTATTCTGATGCTtca
cgttttttatgagaataaactatataagtaTCGATTGCCAAATATTTAGA
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gtttttgtttcatttttatctggtttggtagaggccaagtaaaaaataag
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agcctaattcttaagcatattaataagcataaactatgcctggatgcttt
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aaaaaaaacatgtattacatcaggtattttgacttttttgtattttactt
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AGCCATATCATTAAAGTTAAGCTCGTTTCATTGATCATTTTGATTCTGTA
AGAGCGATTATCCTCCGCTCATTCAATTGAAAAGTAATTGATATTTATAC
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ATCTAATGAGCTTTTACTTTCGCTATGTATGTCATTAAGGttaaaaaggt
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tttttcttttcctctttctaaccaatcttgctccacatccgtgtcaatcc
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TAGATTTGGTGATTATCATGTAATTGAATATTAAAAGAATGAGCTTGTAT
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tcaaaactactttttaaGTGACATATTGTGTGTAATTTTGAATCAAAACA
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TCATCTTTCAGACCGACTCATTTAAAATTACATTTAATGACATTCTAATG
ACGGCATGCAACGAACGTGAAATGGATGTCCAAGCTCTATTTTTAATGAT
TCTAGAAGTCTAAAGACAATATTAAAAGTGTCCACTTTACGAGAGCATAt
atgttgacaaaatatattttgttttcGTGAATCCCTCCTTTTGGATattg
tttttccttttaaacGATTTAATATTTATAccagaaaaatacaaaagctt
ttgaagttcttattttttggcagtTGGAGCTCAAATTGTTCCTATGCACA
CCCCcactcacagacccggtaggacccCCTCTCATtgcaaaaattggtca
aaatatcgtctccagtggaaaattagaatccaatttttgtccccactgaa
aataatcaaataaacaaatcctcagtgcaaaatattgtgctattttttca
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TAAGCCTTCAAAAATATCTCACACGTAGTACTGAATTTTTGAAACTGTTC
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ATCTGTCGAGAGTGCTTGATGATATCAGAGcttgttcaaattaaaaataa
atctttctttctctttcatttaattttaaaattgttcttctAAAAAGCCG
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AGGTAGGTGACTTATGGTTTGATCGTATTGGTGTACACCTGGGAGGGGGT
TACTTAGGGAAAATAGGTttcgggtatgtgcgagccatcagctctagttt
agacggcccacttttcgccctgcttATTCTAATTGTTACCTTATCGGCCT
TTTTACGCGCCGgtcccttttacgccggcccttattccgccacagcctaa
ttttgggcttacgccaattagggccggcgtaaaaaaattaaaaattcaag
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ccatgcaatgtcttctttcaatctttttgaagcaaagattttaactgcca
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CCTAGTTATTAAGATCGTTCGTCCCTTTTTTTCTCGCAACCCTTAAATCA
TGCACGCGGTCTAATAAAACCCCtggctgaaaattttgaaaatccagTGT
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CTCTACTTATGTATCGAGCActgtaaaaaatgaagaaatacttttatatt
ttttctccCTCGTAGCATTTGCCAACCGATGGAGAAATTGTTCTTCTTAC
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ATCCCTTATATCATGTTCTCGATCATCAACAACGATCTCAGTTCCCTCAA
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atttcaacatAGAGACCAACCAACCTACACGACAAACCCTGCGTGTTTTA
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GACTTTCACGAACAGCTTGTTAAATGACCAATTTATGAATTTCGGATCTC
GATGGATGAAATGGAGCCAGCAGGAGAACCAAGACAAACACGTCTATATG
GGATTACGATCGCCACACGCTGGTCAACGTCTCTTACCCGTGTTCGGAAT
GTGCGACGTCTTGGAGCTTGGGATGGATATCAAACATAACTTGTTTAACG
AATACTCCCTTGTTTGTGAGATTTCTCAACACGTTCTATACCATTACGTC
TTAATGGCTATCTGGTTCTTAATCATCATCGGGCTTGTCCTCAGTATCGT
TGGGATCATTCATCACGTCGCGCTACATATCTTACGAGCCCGATTCTTCG
CCAACGAGGAAATTGCCGCCCAACGTGTGTATAACGCGTTGTCCGTACGG
GAAGGTGAATATCTTAATTTCATCCGACGTAAAAACGTGGTCGCGTATGG
TTCCATTATCCGCGCGCTTCACAAGCAGCGATTTGAAATCGATCCCGTGA
CGGAAAAAGGAGAAGAAGTTAAGGATTcaggtttttaaattttaaagaac
ACGTTCACAGCTACACAccattttttttcttatgccaatttttgataact
ttaacAAAGATCAAATCAATTTGGGTACCTTTTTTTCGGAAAGCTACCGT
TAAAACATTGTTGATAATATTTTTTCCATGATTGCACATCACCGCAAATG
CTAATTCAAGAAGCCAAAATGTTaggaaaaagaacaattttaaacaATGG
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CAAAAGCTTTTACAATGTTTATTGTATTCTTCTTCTCTTCATTTTGCAAA
GATTCTACTACGGgtcatgtttttaatcaaaataatgtgtatttttttAG
TGCTAGTCCCCAGGGGAGGGCAGCGGtctaccaactgacggtatatGAGG
CGAAAAGATTGGCATAGcatttccagggggtacaaAGGaacattattttc
attttccaggcGGTAAAGTTTAtgctaaaatttccaggggatggTAAAAT
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ccaagagtTTTTCTGCAAACGTTgcaattttccagggggtatcgaCACAT
TTCTAATCATTTTTGGTCggaaaaggttcgtccaacTCCCCCTCccatgt
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GTGGGGAGTTTTAATCGCCTGAAAGGCTTGTGAAAATAAAAGAACTCGAA
AAATAAATCTCATATTTGGTTCTGCACTTTGCGATAACTAATACATAGTG
TTGTGGTTCATCAAATAAATAATAACGCTACAATGATAAATGAGAAAAGC
TATTCTTAATTTCAACCAGCCGTGATGTTTATAAGGTAATTATATGAGGT
AAGCTCTGGGTATCAAAATAAATTGACAAAACCCCTTGTAAAACGAacta
aaatatatttctttctttttttaatatttacattatttaataataatttt
tttggttaaatgtgcttcttcattttttttttttgctatacgCTGAGATT
TGGTTTGTTTTGCTTAGGGGACAGATTTTTCCACGAAAGCTCTACCgttt
tgttttctgttttcaaTTTGCGAATTTGACAGTTTTttgaaatgatgaaa
atttgatTCTTTGATGCAACTTTTTCTGTATCGCTTCATTTTTCTGTCAG
TCCTCAAACTTATTTCGATTAATCGATAATTTGTagccaatacacctttt
cgaccttagccgccaattgccgcgcgggcattttttgtccgctttatccc
actaaaaccgtcccagtccttttttggcacatttttctattgtctatagt
tgcgaaaaaaggactgggacagttttagtgggataaagcggaaaAAAATA
CCCGCGCGACAATTGGGGAAAAGGTGTGTATAGTCATAGATCAGTTCACC
TTCCATTCACCTTCCACTGCTCTCGAAAATCCCTTTCAAACGTTTCACGA
ACGCATTTCCTATCTCTTTTTCCCGCTCTTTTTCGTCAGTCGTATCCAGA
CCTCTACGCGGTACAACAGTGGGTTCCGTAGACTGTGGGCGCATGTCAAA
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GCGAACTGTTTGCAGATTGGGATCTTTGAATCCGATCGGATTTTGATTGA
CTATTCGATCGGTCCATTTCGAAAAACGGGTTATCTTNTAGTCTCCTGGT
ATGATGATTTTGTCGGCGAACTGTTTGCAGATTGGGATCTTTGAATCCGA
TCGGATTTTGATTGACTATTCGATCGGTCCATTTCGAAAAACGGGTTATC
TTTGATGGAAGGTGTTCGCTTTACTCCGCTTCTTGAGGAAGGGACATCAA
GTGACGAGGTACCTATaacgaaataaaaaattgaattcatgtaaatttct
aaattatttCGAATTCAAGCTTTT Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000118:352388..364111+ >TCONS_00010894 ID=TCONS_00010894|Name=TCONS_00010894|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=4848bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000118:352388..364111+ (Clytia hemisphaerica)
ATGTCTGGGCTTATTGGAGATGTCAAGAAGttattcaaattcaaatacaa
GAGTCGGTCTGATTCTTTCACTGATCAATATCATCGATTGTTTATGACCA
GAGCTCTTTTGGTTGGATGTTTCCTCACTGGCATGAAATGGTATAAAGAT
GAGATCAAATGCATTATTCCCAAAGCTTTCAGTGGATCAGTTGATGGGTT
TGGACCCAAGTCATGCTGGATTAACGGGTTTTACGTGTACAAGCAGTTGA
TGAACCAACCGAATATTGATGGTTACTATGGTATTCCAAACAGATTGGGT
CATAATGGCACCTATCAAGATAATTATGCGTCTACCAACGGTGAAAAATA
TACCACATGTGTCGCATCAAGTCAAGCTGATACTGATAGCATTTGCCAAC
CGATGGAGAAATTGTTCTTCTTACAATATCAATGGTTTCCTTTCTACATG
GCTTTTGTTGCAATGTTTTATTACATCCCTTATATCATGTTCTCGATCAT
CAACAACGATCTCAGTTCCCTCAAAAAGGATATCGCGAAACAAAAATGTG
ATGTTGACGCTAtcgtgaaaaattatttcaacatAGAGACCAACCAACCT
ACACGACAAACCCTGCGTGTTTTACTCAATATTCTGGTTAAGATTTGTTA
CATGATTGCGAATGTCTTAGTGTTGACTTTCACGAACAGCTTGTTAAATG
ACCAATTTATGAATTTCGGATCTCGATGGATGAAATGGAGCCAGCAGGAG
AACCAAGACAAACACGTCTATATGGGATTACGATCGCCACACGCTGGTCA
ACGTCTCTTACCCGTGTTCGGAATGTGCGACGTCTTGGAGCTTGGGATGG
ATATCAAACATAACTTGTTTAACGAATACTCCCTTGTTTGTGAGATTTCT
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CATCGGGCTTGTCCTCAGTATCGTTGGGATCATTCATCACGTCGCGCTAC
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Position
The following features are aligned
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Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
| Term | Definition |
|---|
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Vocabulary: Cellular Component
| Term | Definition |
|---|
| GO:0005921 | gap junction |
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
| Category |
Term Accession |
Term Name |
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GO:0005921 |
gap junction |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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