TCONS_00009831 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00009831
Unique NameTCONS_00009831
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2542

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00009831 ID=TCONS_00009831|Name=TCONS_00009831|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2542bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00009831-protein

>TCONS_00009831-protein ID=TCONS_00009831-protein|Name=TCONS_00009831-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=456bp
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TCGMDK
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000099:620138..634169+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00009831 ID=TCONS_00009831|Name=TCONS_00009831|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=14032bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000099:620138..634169+ (Clytia hemisphaerica)
ATCATAGGAGAGATTCAAACTTGGTAACATGTATGGTTGTGATCCCTTGG
AAGTTGAGAATAAACCATGTGACGTTGGAACAGAAAACCGCAGCATGTTG
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This transcript is a part of the following gene feature(s):
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000099supercontigsc0000099:620138..634169 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR000060BCCT_transptr
Vocabulary: Molecular Function
TermDefinition
GO:0005215transporter activity
Vocabulary: Cellular Component
TermDefinition
GO:0016020membrane
Vocabulary: Biological Process
TermDefinition
GO:0006810transport
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0006810 transport
cellular_component GO:0016020 membrane
molecular_function GO:0005215 transporter activity
Blast
[Close]
BLAST of TCONS_00009831 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PRDM9 (Histone-lysine N-methyltransferase PRDM9 OS=Homo sapiens GN=PRDM9 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 137.502 bits (345), Expect = 3.773e-33
Identity = 70/150 (46.67%), Postives = 90/150 (60.00%), Query Frame = 2 
Query:   44 PLEVENKPCDVGTENRSMLTLPDGLEICKSKIPGAGMGV-KAKKFFRIGTRFGPYDGSKVVPGELKDPKVDTSYMWEIMVGKKVIHYINGKDMRYGNWLRYINCSRIEEEQNLVAFQYKSQIYHRAYKDINIGDELLVWYGNEYAKELGI 490
            P  V++   D G  NRS L+LP GL I  S IP AG+GV        +G  FGPY+G      E      +  Y W I  G+    Y++GKD  + NW+RY+NC+R +EEQNLVAFQY  QI++R  + I  G ELLVWYG+EY +ELGI
Sbjct:  222 PTFVKDSAVDKGHPNRSALSLPPGLRIGPSGIPQAGLGVWNEASDLPLGLHFGPYEGRITEDEEA----ANNGYSWLITKGRNCYEYVDGKDKSWANWMRYVNCARDDEEQNLVAFQYHRQIFYRTCRVIRPGCELLVWYGDEYGQELGI 367
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00009831 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
PRDM93.773e-3346.67Histone-lysine N-methyltransferase PRDM9 OS=Homo s... [more]
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