TCONS_00009717 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00009717
Unique Name	TCONS_00009717
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3595

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
protein sequence
transcript from alignment at sc0000098:494210..516513+
coding sequence from alignment at sc0000098:494210..516513+

transcript sequence

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TTGGTTTGTTATCGTTAATTATTGCGTTGAACGTGTCAGGTTCACCACTC
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GATATCAAATACCTTGGTCCCGTAAATAACTGGGGAAGTATCATTCATTT
TACTCGCGGTGGTAATTGCTGCGGAAGAGGACACAGGATTCCTGGTTTAT
GGCTTTACGAGAACACGGCGAATGTCCACGTGACTAGTCAAGTTGGAAAC
AATGGAAACCAAGCACTGGATAAAGAGGGTGCCGACAAACTGAAAGAAAA
TGGTCAATTTTCAACACTGGTTGTGGAACAAAAAAAGAGCACTGCTGACG
GCTTATATTATATCACTTACACCTTGGATGGtaaagaaattaataaaatg
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AGAGACGGCGCCTACGAGAAGTAAAGTTGAGCGAACTCTTTCTGAATTAA
CAAAGCAATGGAGGATTTCTTTGGATATCAAACAACTTGCCACGGTCAAT
GGTTGGTCGAATATTTTGCATGCCACAACTGGTCATAATTGTTGCAACCC
AGggCGTCGTGTTCCTGCTATTTGGTTCTTCAACCGTAATAACAGATTAC
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TGGTGATGAATATTGGTTGAAAGTTTTCAAAGATAATACTGAAGTGGAGA
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ACAGGACGAAGTCATCGATTAAACACAGTCAGTAATGAGTGGACCAAAGT
GGAAGAGACTTTACCCAAGAGGGCACATTGGGTTGGCGTGAGTGGTTATT
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GAAGGGTCTTGCCAAAGTGAAGAATAATGAATGGAAAATGAAGCAGAAGG
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gacactttggtgtgattttcggacaaatacgacggtctcgggcaaaaatc
atagggtgaaaaattaatgaaaattttagcttgagaaaacggaga

Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00009717-protein

>TCONS_00009717-protein ID=TCONS_00009717-protein|Name=TCONS_00009717-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=930bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000098:494210..516513+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR

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>TCONS_00009717 ID=TCONS_00009717|Name=TCONS_00009717|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=22304bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000098:494210..516513+ (Clytia hemisphaerica)
GTTCTGAAACCTCCCAAATTCTTTTGCTGCTATAATGAAGATGTTTGTGA
TTGGTTTGTTATCGTTAATTATTGCGTTGAACGTGTCAGgtaattataaa
atttttctcttgAACCAAATCTTTGAAGGAATATTATTTGTCTGCACCTG
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TTATACGGGTGGGGTCGAAAGTTCAGCCGCATTTATGGGTTAACGGTCGA
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GAATCACCCAATATGTGCATCTgctttgttttttattgtctTTAAGGATT
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GAGCCTTAACTGGATTCATCTACAATCTTCTCCGAATGGATTAGAGTTCC
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cCACTGTATTATTCGGATGGAACTTTCTTTGAAATTGAAgatttagtagg
gggaaatttgtaaaatcgctcgatttttttagtcaaagcacttgttatac
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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000098:494210..516513+

>TCONS_00009717 ID=TCONS_00009717|Name=TCONS_00009717|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=61446bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000098:494210..516513+ (Clytia hemisphaerica)
ATGAAGATGTTTGTGATTGGTTTGTTATCGTTAATTATTGCGTTGAACGT
GTCAGGTTCACCACTCAGTGAAAATGAAGTACAACGCCTTGAAGATACTT
TGAACGTCTTAGAAGATGATGTACAAAAGCTCATTCAAAAAGCTGAGGGA
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ATGTCAGTGGATATCAAATACCTTGGTCCCGTAAATAACTGGGGAAGTAT
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CTGCTGACGGCTTATATTATATCACTTACACCTTGGATGGtaaagaaatt
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CTGAATTAACAAAGCAATGGAGGATTTCTTTGGATATCAAACAACTTGCC
ACGGTCAATGGTTGGTCGAATATTTTGCATGCCACAACTGGTCATAATTG
TTGCAACCCAGggCGTCGTGTTCCTGCTATTTGGTTCTTCAACCGTAATA
ACAGATTACATATTACATATCCAATTGGCAACCAAGGTAATACTCAATGC
AACGAGATCTATGTGGATGAAGGCAAATTTAATAATATCGCTATTGAACA
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AAGTGGAGAAATGCACAGTACAGCAATCTATACCGAGATCTTTTGCCAAC
GTCAAATATTACTTGAGTGACCCGTGGTACAATGCCGCTAATGCAGTTAT
CAAAAATgtcgaatttcaaaatttcgAACGATCGTATCCATGCGGTGACA
AATGTAAAGGAATAAAGATTACTGACGTCATCAACGGAAAAACAGttGCT
GGTTTCAATTTCACTTCTCAATACTGTAGCGATAAAGCCTTCGTTGTTAT
GGCAGACAATCTTCCAGACTTTTCTCGATTAGCCTGTATGCGATTCTATT
ATCGAATTGAAAAGGCTGCCAGTGGTAATGTACACCACTGCCACATCCAC
CGGTATGGTACAGGACGAAGTCATCGATTAAACACAGTCAGTAATGAGTG
GACCAAAGTGGAAGAGACTTTACCCAAGAGGGCACATTGGGTTGGCGTGA
GTGGTTATTTACGAGGCGCCCATTGTCCGACTGTCTCCATAGCTGGATTC
TCAGTAACTGAAGGGTCTTGCCAAAGTGAAGAATAAATGAAGATGTTTGT
GATTGGTTTGTTATCGTTAATTATTGCGTTGAACGTGTCAGGTTCACCAC
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TCGATCAATGTCTGATGAAGTTGAAAAACGGGACGCAAACGTCTATTATT
CTTGTGATTTCAATGGAATATGTGCTAAAGATTTCACCATTTCACAGAGT
GATAATAAAAAATTCATTTGGAAGGAACAACCCAATTTTCACAATCGTAT
CCAAGATCGGACAACACCTGGTGGTTCCTTTATGGTGGCAGAGATGAGAA
ATATCAAACCTGCTGGGCAAGAAAAGGCATACTCTGATTTAACTTCGGAT
GAGATCACAATTCAAGGACAATCTTGCGTTGAATTTCATATTGCTATGTA
CACAAACAGACATGGATGTGATGTTGCACGTGTCAAAGTTTCACTAGACT
GTGATGGTGATGGTGTAGAAGAACTTTTCCGAACAACGGATTCAGGCTAC
CAGAAATGGGTTCAAGTCAACGCTGAAATCCCTGCTAAATACGCCAATAA
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GCATCGAATGATGGACCTTTTGAACCTGaACGGTTGGCGTGTAATTTTGA
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TTTCAGGCCACAGAACAAGAACTTCAAATACTGGACCAGGCAGAAGTTTC
GCATATCAAAGATATCCTAGAGGCACACATGgATTATACATGTATATGGA
TTCGAAATCAAGAGCCGGCACCGCATCGTCGTTAACTCTCACCAGTCCGT
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TAGTGTAGATGAGGTCTACAAACAGGAAGGAAATAAAGATGGGGATTCAC
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gtcCAAATCAAATCGCGATTAGGTGGTAAACTGTCCGATATTGGTTTCGA
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GCAGTTATCAAAAATgtcgaatttcaaaatttcgAACGATCGTATCCATG
CGGTGACAAATGTAAAGGAATAAAGATTACTGACGTCATCAACGGAAAAA
CAGttGCTGGTTTCAATTTCACTTCTCAATACTGTAGCGATAAAGCCTTC
GTTGTTATGGCAGACAATCTTCCAGACTTTTCTCGATTAGCCTGTATGCG
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ACATCCACCGGTATGGTACAGGACGAAGTCATCGATTAAACACAGTCAGT
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TGGCGTGAGTGGTTATTTACGAGGCGCCCATTGTCCGACTGTCTCCATAG
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TTCACCACTCAGTGAAAATGAAGTACAACGCCTTGAAGATACTTTGAACG
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CACAGAGTGATAATAAAAAATTCATTTGGAAGGAACAACCCAATTTTCAC
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GATGAGAAATATCAAACCTGCTGGGCAAGAAAAGGCATACTCTGATTTAA
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GCTATGTACACAAACAGACATGGATGTGATGTTGCACGTGTCAAAGTTTC
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CAGGCTACCAGAAATGGGTTCAAGTCAACGCTGAAATCCCTGCTAAATAC
GCCAATAAGAAATGCAAGgttgtTTTTCATGTACAAAATGGATTAACAGA
CCGCCCACATGCTGCAGTTATGATTGATGATTTCAAGTTGACTACTGGAG
CATGCAAAGCATCGAATGATGGACCTTTTGAACCTGaACGGTTGGCGTGT
AATTTTGACACACAAGGAGCTTGTGACTGGAAACGCTCCGGAACAGCCGA
CGTCCGCTTTTCAGGCCACAGAACAAGAACTTCAAATACTGGACCAGGCA
GAAGTTTCGCATATCAAAGATATCCTAGAGGCACACATGgATTATACATG
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TATCAAACAACTTGCCACGGTCAATGGTTGGTCGAATATTTTGCATGCCA
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ATATCGCTATTGAACAAAAAAAGGTTGGTGATGAATATTGGTTGAAAGTT
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CCGCTAATGCAGTTATCAAAAATgtcgaatttcaaaatttcgAACGATCG
TATCCATGCGGTGACAAATGTAAAGGAATAAAGATTACTGACGTCATCAA
CGGAAAAACAGttGCTGGTTTCAATTTCACTTCTCAATACTGTAGCGATA
AAGCCTTCGTTGTTATGGCAGACAATCTTCCAGACTTTTCTCGATTAGCC
TGTATGCGATTCTATTATCGAATTGAAAAGGCTGCCAGTGGTAATGTACA
CCACTGCCACATCCACCGGTATGGTACAGGACGAAGTCATCGATTAAACA
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CATTGGGTTGGCGTGAGTGGTTATTTACGAGGCGCCCATTGTCCGACTGT
CTCCATAGCTGGATTCTCAGTAACTGAAGGGTCTTGCCAAAGTGAAGAAT
AAATGAAGATGTTTGTGATTGGTTTGTTATCGTTAATTATTGCGTTGAAC
GTGTCAGGTTCACCACTCAGTGAAAATGAAGTACAACGCCTTGAAGATAC
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GACAAAAAGATGAAACTCGATCAATGTCTGATGAAGTTGAAAAACGGGAC
GCAAACGTCTATTATTCTTGTGATTTCAATGGAATATGTGCTAAAGATTT
CACCATTTCACAGAGTGATAATAAAAAATTCATTTGGAAGGAACAACCCA
ATTTTCACAATCGTATCCAAGATCGGACAACACCTGGTGGTTCCTTTATG
GTGGCAGAGATGAGAAATATCAAACCTGCTGGGCAAGAAAAGGCATACTC
TGATTTAACTTCGGATGAGATCACAATTCAAGGACAATCTTGCGTTGAAT
TTCATATTGCTATGTACACAAACAGACATGGATGTGATGTTGCACGTGTC
AAAGTTTCACTAGACTGTGATGGTGATGGTGTAGAAGAACTTTTCCGAAC
AACGGATTCAGGCTACCAGAAATGGGTTCAAGTCAACGCTGAAATCCCTG
CTAAATACGCCAATAAGAAATGCAAGgttgtTTTTCATGTACAAAATGGA
TTAACAGACCGCCCACATGCTGCAGTTATGATTGATGATTTCAAGTTGAC
TACTGGAGCATGCAAAGCATCGAATGATGGACCTTTTGAACCTGaACGGT
TGGCGTGTAATTTTGACACACAAGGAGCTTGTGACTGGAAACGCTCCGGA
ACAGCCGACGTCCGCTTTTCAGGCCACAGAACAAGAACTTCAAATACTGG
ACCAGGCAGAAGTTTCGCATATCAAAGATATCCTAGAGGCACACATGgAT
TATACATGTATATGGATTCGAAATCAAGAGCCGGCACCGCATCGTCGTTA
ACTCTCACCAGTCCGTTAATCAAAACCTCCAATGAGAAAAAATGTTTAAG
AATGGCTTTAAGTATGTACGGTAAAGAGATGGGTAGTACAATTATCAATC
TTATCAAATCTGATGGTAGTGTAGATGAGGTCTACAAACAGGAAGGAAAT
AAAGATGGGGATTCACAACATTGGTTTGATGTATCTGAAACACTTCCATC
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CCGATATTGGTTTCGATGCTTTTGAAGTGTTCGATGGAGAATGCAGTTCT
GGTGAAAAATTGACTGATTGTAAATTTGATGGCAATGATGATACTTGCCG
GTACACTGACGAAAGTTGCACACCACTTCGATGGGAGAAGAAAGAAGaGT
TTGTACCGAAGAGAGGCCAAATCATTGGCTCCATAAGAGTAGCCAAGAAA
GCATGGCGTATGTCAGTGGATATCAAATACCTTGGTCCCGTAAATAACTG
GGGAAGTATCATTCATTTTACTCGCGGTGGTAATTGCTGCGGAAGAGGAC
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CGTTGAATTTCATATTGCTATGTACACAAACAGACATGGATGTGATGTTG
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AATCCCTGCTAAATACGCCAATAAGAAATGCAAGgttgtTTTTCATGTAC
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TAAATGAAGATGTTTGTGATTGGTTTGTTATCGTTAATTATTGCGTTGAA
CGTGTCAGGTTCACCACTCAGTGAAAATGAAGTACAACGCCTTGAAGATA
CTTTGAACGTCTTAGAAGATGATGTACAAAAGCTCATTCAAAAAGCTGAG
GGACAAAAAGATGAAACTCGATCAATGTCTGATGAAGTTGAAAAACGGGA
CGCAAACGTCTATTATTCTTGTGATTTCAATGGAATATGTGCTAAAGATT
TCACCATTTCACAGAGTGATAATAAAAAATTCATTTGGAAGGAACAACCC
AATTTTCACAATCGTATCCAAGATCGGACAACACCTGGTGGTTCCTTTAT
GGTGGCAGAGATGAGAAATATCAAACCTGCTGGGCAAGAAAAGGCATACT
CTGATTTAACTTCGGATGAGATCACAATTCAAGGACAATCTTGCGTTGAA
TTTCATATTGCTATGTACACAAACAGACATGGATGTGATGTTGCACGTGT
CAAAGTTTCACTAGACTGTGATGGTGATGGTGTAGAAGAACTTTTCCGAA
CAACGGATTCAGGCTACCAGAAATGGGTTCAAGTCAACGCTGAAATCCCT
GCTAAATACGCCAATAAGAAATGCAAGgttgtTTTTCATGTACAAAATGG
ATTAACAGACCGCCCACATGCTGCAGTTATGATTGATGATTTCAAGTTGA
CTACTGGAGCATGCAAAGCATCGAATGATGGACCTTTTGAACCTGaACGG
TTGGCGTGTAATTTTGACACACAAGGAGCTTGTGACTGGAAACGCTCCGG
AACAGCCGACGTCCGCTTTTCAGGCCACAGAACAAGAACTTCAAATACTG
GACCAGGCAGAAGTTTCGCATATCAAAGATATCCTAGAGGCACACATGgA
TTATACATGTATATGGATTCGAAATCAAGAGCCGGCACCGCATCGTCGTT
AACTCTCACCAGTCCGTTAATCAAAACCTCCAATGAGAAAAAATGTTTAA
GAATGGCTTTAAGTATGTACGGTAAAGAGATGGGTAGTACAATTATCAAT
CTTATCAAATCTGATGGTAGTGTAGATGAGGTCTACAAACAGGAAGGAAA
TAAAGATGGGGATTCACAACATTGGTTTGATGTATCTGAAACACTTCCAT
CTAACCAAGAATTTAAGgtcCAAATCAAATCGCGATTAGGTGGTAAACTG
TCCGATATTGGTTTCGATGCTTTTGAAGTGTTCGATGGAGAATGCAGTTC
TGGTGAAAAATTGACTGATTGTAAATTTGATGGCAATGATGATACTTGCC
GGTACACTGACGAAAGTTGCACACCACTTCGATGGGAGAAGAAAGAAGaG
TTTGTACCGAAGAGAGGCCAAATCATTGGCTCCATAAGAGTAGCCAAGAA
AGCATGGCGTATGTCAGTGGATATCAAATACCTTGGTCCCGTAAATAACT
GGGGAAGTATCATTCATTTTACTCGCGGTGGTAATTGCTGCGGAAGAGGA
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GACTAGTCAAGTTGGAAACAATGGAAACCAAGCACTGGATAAAGAGGGTG
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AAAAAGAGCACTGCTGACGGCTTATATTATATCACTTACACCTTGGATGG
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CGAACTCTTTCTGAATTAACAAAGCAATGGAGGATTTCTTTGGATATCAA
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CGATTCTATTATCGAATTGAAAAGGCTGCCAGTGGTAATGTACACCACTG
CCACATCCACCGGTATGGTACAGGACGAAGTCATCGATTAAACACAGTCA
GTAATGAGTGGACCAAAGTGGAAGAGACTTTACCCAAGAGGGCACATTGG
GTTGGCGTGAGTGGTTATTTACGAGGCGCCCATTGTCCGACTGTCTCCAT
AGCTGGATTCTCAGTAACTGAAGGGTCTTGCCAAAGTGAAGAATAA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_005433	XLOC_005433	Clytia hemisphaerica	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
TCONS_00009717-protein	TCONS_00009717-protein	Clytia hemisphaerica	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000098	supercontig	sc0000098:494210..516513 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.03711	0.458368	1.11472	0.8133	3.04273	2.19221	3.43182	4.39057	2.91809	4.00734	2.78552	3.06397	70.7032	38.62	2.01819	3.44076	10.0497	11.5039	39.1238	67.2105	5.62823	6.00411	1.81778	2.31696	7.11583	4.79823	1.79635	2.98007	2.77672	1.89485

Annotated Terms

The following terms have been associated with this transcript:

Vocabulary: **INTERPRO**
Term	Definition
IPR000998	MAM_dom
IPR013320	ConA-like_dom

Vocabulary: **Cellular Component**
Term	Definition
GO:0016020	membrane

GO Annotation

GO Assignments

This transcript is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
cellular_component	GO:0016020	membrane

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00009717 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00009717 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

You are here

TCONS_00009717 (transcript) - C. hemisphaerica