TCONS_00009451 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00009451
Unique NameTCONS_00009451
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length4075

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00009451 ID=TCONS_00009451|Name=TCONS_00009451|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4075bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000095:122746..152314+

Legend: exon
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>TCONS_00009451 ID=TCONS_00009451|Name=TCONS_00009451|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=29569bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000095:122746..152314+ (Clytia hemisphaerica)
GAATATTTCTGTGAACTGAGAGATCTCTCTATGAAAATTATCTTCACCCC ATAAATCTACGATTTTTGGATGAGAAAACACCCCCTTTCAGTTAAGATAT ATTCTAgctaatattttttgaaattcaatcaTGGCGGATTCATCACTCAC ATACACTCCTCCTCCATCATCTTCATTTTGTCTTATCTAAGACGATCTAA GACCATTACACAGCAGTTtccaacaaccttctactcttGCAAGGTTAGCA ATCACTTCAATCACCAGCTATAAACTAACAAGACTCAAAAGTGACGCAAA TGCagtaaaaaaggtaaaaatattttcgaaattttctNTAAAAGTGACGC AAACGCagtaaaaaaggtaaaaatattttcgaaattttctctaggcagtt tttttggttttggttATAGTTAGGTATAAACACTTCCTTTCTCTTTTATG ATTTGTATAAAAGGGAAAGCCTTTTAAGGCACAAAGCTAAGATTCTAGAG AAGCTCTAAAAGCAAAAAGCAAACCTTGACAAACTCAGCTTGCCACAAGC AAAAAACATTTATGATGAGTTTTTTTAGGTTGTGGATCTATTATCTACAG TGAGAGTGGGTaacatcagtggaggctaacatgcatagcccttaaaTGAA TGAACTAGCTGctcattaaaataaactatattcagctccgctcacagctc tacaGTACtctgccatttttgttttgatttaattttgtatattaatgacc agacgggtcaatcatttgagggctatgcatgttagcctccgcTGATGCAA GTTATCCACTCTCACGGtatctattatggttgagttactGGAGGCTATGG GAGCCgcccattctcgcaactatagatgctttgagtaagcatcccgtcag caccCTTGGGACTTTTCCCCTTTTTCTCCGGATAACCAATGTTGCTCGCA 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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000095supercontigsc0000095:122746..152314 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast
BLAST of TCONS_00009451 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PI4KB (Phosphatidylinositol 4-kinase beta OS=Homo sapiens GN=PI4KB PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 640.573 bits (1651), Expect = 0.000e+0
Identity = 362/750 (48.27%), Postives = 495/750 (66.00%), Query Frame = 1
Query:  643 SWLLRLFESKLFDMPIAISYMFNSKECGVLAYLGNKLFSFTDQEVDVYLPELIHMYLHMEE-VADYIFPYLSLRAKNHTIFSLRSSWILDSELNLGELEPEEIKRGKKLRQVITEEQTK-VHRPKLITTQQTPA-------SKKSHKRSKSEALIGTITDRASFHNPLPVTHSQSTDNIGQENFKMGLAFGKCPQHLLSGGVRLDPAVAMQKASSSNDLKDLATDTTEEDLSQCCCWQVPLYVA-EQEFVKALMDIGQRMKGLQTKQQKVQRLCAEXXXXXXXXPAKVFVPFDDMFPHHVVRIPHNAAVVLNSKEKAPYIIYIEVLAHDVEEDLELQEQYHENLLADHYRSMNGNDDTVLSTPFDRTKFEDGLGSFDC--GYSPESSEYD----GTLSVGDDXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXMYISAIDVRMRLKDSVS-TPKAQFMVRDPDDPSAAALKEPWTEKVQRIRRMSPYGHLPNWRLIPAIVKTGDDLRQECLAYQLLRQFQAIFQQERVPLWIRPYAVLVSSSDGGLVEPIVNAISVHQIKKQSKMSLRDYFINEFGEPTTEEFLTAQRNFVESCAGYCLLCYIMQVKDRHNNNILVDADGHIIHIDFGFILSTSPGKNLGFENSPFKLTDEFVDVMDGPDSDMYNYFKILILQGFVAARKNMDRVLQVVEIFKTGSQLPCFQQGVSTIELMRERFHMNLTEDQLARHVTKLIDDSVQSLTTRLYDSFQYFTNGIL 2841
            SWLLRLFESKLFD+ +AISY++NSKE GV AY+GN+LF F +++VD YLP+L++MY+HM+E V D I PY+  R +    FSL+ + +L +  +   +  +   RG KLR++I  ++ K  HR + + +  +PA       SK++H+RSKS+A     T   S  + L  T S                               +P V        N+ ++L++ T   D S    +  P+ +A E+EF+K+LM IG+R+  L TK+QK QRL +ELSLLN  LPA+V++P    F HHVVR+PH  AVVLNSK+KAPY+IY+EVL  +  +   +  +  EN +    RS      +V + P      E   GSF     Y  +   +     G L V      T +  +           +  ++ ++I+A D+R RL + ++ TP A    RDP+DPSA ALKEPW EKV+RIR  SPYGHLPNWRL+  IVK GDDLRQE LA+Q+L+Q Q+I++QERVPLWI+PY +LV S+D G++EP+VNA+S+HQ+KKQS++SL DYF+ E G  TTE FL+AQRNFV+SCAGYCL+CY++QVKDRHN NIL+DA+GHIIHIDFGFILS+SP +NLGFE S FKLT EFVDVM G D DM+NY+K+L+LQG +AARK+MD+V+Q+VEI + GSQLPCF  G STI  ++ERFHM++TE+QL   V +++D S++S+TT+LYD FQY TNGI+
Sbjct:  128 SWLLRLFESKLFDISMAISYLYNSKEPGVQAYIGNRLFCFRNEDVDFYLPQLLNMYIHMDEDVGDAIKPYIVHRCRQSINFSLQCALLLGAYSSDMHISTQRHSRGTKLRKLILSDELKPAHRKRELPSL-SPAPDTGLSPSKRTHQRSKSDA-----TASISLSSNLKRTAS-------------------------------NPKV-------ENEDEELSSSTESIDNS----FSSPVRLAPEREFIKSLMAIGKRLATLPTKEQKTQRLISELSLLNHKLPARVWLPTAG-FDHHVVRVPHTQAVVLNSKDKAPYLIYVEVLECENFDTTSVPARIPENRI----RSTR----SVENLPECGITHEQRAGSFSTVPNYDNDDEAWSVDDIGELQVELPEVHTNSCDNISQFSVDSITSQESKEPVFIAAGDIRRRLSEQLAHTPTA--FKRDPEDPSAVALKEPWQEKVRRIREGSPYGHLPNWRLLSVIVKCGDDLRQELLAFQVLKQLQSIWEQERVPLWIKPYKILVISADSGMIEPVVNAVSIHQVKKQSQLSLLDYFLQEHGSYTTEAFLSAQRNFVQSCAGYCLVCYLLQVKDRHNGNILLDAEGHIIHIDFGFILSSSP-RNLGFETSAFKLTTEFVDVMGGLDGDMFNYYKMLMLQGLIAARKHMDKVVQIVEIMQQGSQLPCF-HGSSTIRNLKERFHMSMTEEQLQLLVEQMVDGSMRSITTKLYDGFQYLTNGIM 816          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00009451 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
PI4KB0.000e+048.27Phosphatidylinositol 4-kinase beta OS=Homo sapiens... [more]
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