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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00009121 ID=TCONS_00009121|Name=TCONS_00009121|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=812bp
CGTAATGATTATGAATGTCAAGGAAAGTTTCTCAGAAAGGACTTGCCCAA
ACATGACCAAGAGAAGATCTATTTGCACTGCGACCAATTGAGAAGGAAAT
CAGAGGCTGACAGTCGGAAAATAAGAATCCTGGAGAGTAACAAGATGGTC
ATGGAGCTTCAAGCGTCAAGCCACGAAGGACAAATACAGGAGCTGAAAGG
AGAGGTTTGTAATTTGAAGCAGACTCTTGAATTGATGACAAGAGAGAAAG
CAAGAAGTGCTGAACTATTGTCAAAACAGGAGGGTAATATTCAACAACTC
AAGAGCCAATGGGAAGGAATGAAACGGATTCTTGAAGAGCAACTAGGAGT
GACGTCATTAGATTCAAGCAACAagaaacgaaaaagaaaactgCCACCTT
CAACAGACAACATTCCATAATAGATCCCAAAATACGTATAAAAAATGTCT
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aaaaatgtaaaaagtctctctaaggatcaGTATTCGGAGGTCTTGTCCGC
AAATACCCTTCATTCTCATTCGTACCCTCCCCCTCGGATTAAAAAGGCTT
GTCCTAAATTTGTTTATTGTAATAATTTTTTACTCCTTTTATAGCTTAGC
CAGATTATTGTACATACGTTTTCTTTCATTAAACTTGATAAAGACAACCG
TCGAAGTCAAAC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000090:616388..627976+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00009121 ID=TCONS_00009121|Name=TCONS_00009121|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=11589bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000090:616388..627976+ (Clytia hemisphaerica)
CGTAATGATTATGAATGTCAAGGAAAGGTAAGTTACTTTAAAAGTCTTAT
GGGCAGAAAAGTACTAGTTCTTATTTTAGTTATAAATATGCACTCCGTCT
GGCTGTAATTCATggttaaaatattttaattcttcgccacggcatgacgt
cagaactggggtacaacagaacacttactaaagagaaattatttgttttc
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tgagaccgtcgtatttgtccgaaaatcacaccaaagtgtccgaaaaaaaa
ttggcacccatgttattttgattcccctatcccttagctttccaaaaatg
tataacaaatgctttgactaaaaaaatcgagcgacctcaaaaaaacgaac
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TTGAGAAGGAAATCAGAGGCTGACAGTCGGAAAATAAGAATCCTGGAGAG
TAACAAGATGGTCATGGAGCTTCAAGCGTCAAGCCACGAAAGACAAATAC
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ATACAGAGATTTAAAAACACCGAAGAgaaatcattttaaaagaaataaca
ATCTTTTTCTAGTCCAGAGGCTTATCGTTTCCTGGCCTAGTGGCTGGGTT
ATCTTTAAACAATACAAAATCGAGAACGACGATTTTACATACAAAATCGA
GGAAGACAATTTTACAACCTGGAAAATGGATTTCTTTGACCTTTAtatta
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aaattaacgtctaacggcgatACATCTTCGAAATTtttgagggaaagtag
atctagcgctctcgatgcatttacaccgctattgagtagtgccgccatta
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ATGAATTGATTATAAACCAGGGGGAGGATACTTGCGCAAAAAAGGGTTCT
GGGTATATGCGGCGATAAGGGTTGGTTTTTCCACCTTCTAGAGTCTCTCT
atgggttacaaaaatcagaaaatatcgAAGTAGTCCtgcccgcacatacc
cctcattcgccaatcCTAGTACCCCTCCCTCGGATTATAAAGGCTTgtcc
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TTATTGTACATACGCTTTCTTTCATTAGATTTGATAAAGACAACCGTCGA
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ggaggcgacccaaaggctcctcttttgatagctatctaCTTGAAGGTATA
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GCTTTGTAATTTGATACCTACGTTTTGGTggccccaaacctgcgtttTAA
CAACCAGGGGCATGCTGTAAACTTTTATCAAactaatttatgcccaaaac
cctctaaaccacatttcaaaactatggtcaacattttgtattcatacctt
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GTTAGAAAAAAGCGTGGGTGggcggacctgcctgaatgatagaaaggtgc
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ccaaatttggaggttcacTCGTTGAccgaaaatggtcaaaaaacggtcaa
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ATCTTAGATAGGGAGTATTTGCACCTTCCTATGTAGTTATAGATTGTACT
TATAAGGAAAACGGACCATTTTTCAAATCTggaaaaatttcattgaaaat
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ATTTTATACGTTTCATAATAATTCTGTTCCCTTTGTTCAAGTCGAAATCA
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AAGTAAACTATAGCCAGTCTATTCGATATTTAAAATGGTCCCGGTgataa
aaataccctgaaatttcatccccattgaaaagcTACAAGAGCTCTCATCC
CTGCTGGGAAAAAACACTGAGACTTTGGccatcctcactggatttttGAG
GTGTAAACACTAGAATCTAAAATCCCCACTCGTTTAAAAACAAGCCGTTT
TCCACTCCCATTGGCATAGCTCTTTTTATCTTCACTGGCTAAATAACTTT
CACagggttactgagacaggggtgtcaggaAATGGAtctgaaaataatat
ataatgttATAATATGGTGGGTTTCACCGTttgcggaggagcggaatcgg
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GCAGAATTTAGGTGCACTgtcggagacggaaaattaggctttttttgttc
ggaaaaacggaatttagcaaaaaattgGTCGGAATTTCGGCAATGCTTTA
CAGTAAATTCAATCATAAGTTTTTTATCGGacaaaaaatgaatatttgGG
GTCTAACAACAaatactttaaattttcgaaaaaacttggaaaagcgaGCG
TAGCAGCCATTTTGCTGAAACTCTAAGGTTTCTTTTAGAAACTCTACGCG
TAAAGATATCAGGATATCTAGCTATAAGGGCTTTAAGTGACAAGTATGCA
TTCTCCTGAAGTAAGATGAAAGGACGAAATATGCAAAAAGGTTTTTcgat
attattattatcatgTATCATAGTATTTCTATGGATTTGTAAGTTTGTAA
GGACAGAAATTTCATCACAAAGAAAATATCGTTTTTGTTGTTTGATTTAT
TCTTCAATGCAGTAGAAACTtaaccaaaattgtaaaaatttgtaataatt
tttttacgTTCAAAATTCTTAGATActtttaaaatacatttatttttttc
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TTAGCTAAATTGTTTTGTGTATTGGCGGTTTAGTTTGATTAAATTACGAG
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taacaagCCAAGTTGTCAGTTGTGTCAGTCACATGTCCGTCAGGCCATGA
GCTATGTTTAAAAATGATGCTAAGAAAGAGTCTCTTCTTGGCTTAAATTT
AACAACTCCAatgttatttccaaaatttatctaTTAATATTTATTATCTT
TCTAACTTTCAGGTAAGACCATAATATACCGACGGAATACTGACACACAA
TTGAAGGATGATTAAAATCACGATACCGAACAAAAGACGAAGACGCCATc
ttaattttcaatgttttaatttttaatcttttattagaattttcgttgta
aattttaactttaacttcTGTTTATtctactaaataaaaaattccatttG
CAACTCAAACGATTAGACTTGTATCCTGTATCTCAAAACGCAGTTAATAT
GAGTGAATATTAGCCAATAACCCATCGAATACAGCTCAATAATGTATACC
CCTTACAAGCATCGATAAACTTcggaaaataatcagaaaatgcCCCGATA
AAATCCTTATAAGAACCCGAATACTGGTGGTGGTATtcttacaaagaaaa
gaaaaataatgcataacaaattctcaattcttatgaaaaatctttcctat
aagaaatatttcggatattgaaaaggctttttaaactcaaatttcaatGA
CAAATTCGATACATTTAAAACGCGTGGAAGTTCCGTAAGTGATTTCCTCC
TGACAATAGCGAAaagttttatgacatttttaattttctcgcAGCCTTTT
GTATACTGTTTTTTTGAAACACTTgctattaaatttcgcgaacgGCCTGC
CTAGGCGCCAAATttaaacccgcgaaaatttgtcccattaaagtaagaat
ctaatattttattattatatttagAAACATCCAAAACATACATTGAACAG
AATTATAACGACCTCAATGGATGTTAAATGTCCACTGAAAGATGATGGAT
GTAAGTGGACTGGCAAAATAAGTGACTTTAAGGTATATTAAAATTGACCA
AAGTTCGGAGCAAGAATGATTTTCAGAGCTAGTTTTTACTCGCGTAAAGT
TCAAGATTATATGAGAAATCCAAGAGGGATAAAACCTAAGGAGattattt
tgtgaattttcataTCACAGAAATATTATTGATTTTTGTCAATGGATTTT
TTTGTATCCTACAAAGAATGAGCAGATAGTAGTAAACTAATaccaaataa
aatttcatttttagcatCATTTATGCCAATACAAGTTTATTAAATGCTCC
CTAGAAGGATGTACCGAAACCATACAGAGGAGGCTAGAGGGACAGCATCA
AAAAAGGTGCAAGCATCGAATTATTGTTTGTCCACAttgtaaagtaaaaa
taaagtaTAACGAATACAGCGTAAGTGATATcaaattctttaaaaacatc
aaaacatcaaGTACAGGGTGACCCATGAAAAGCTTCGAACAGTCTTGTGG
TCGAAAAAatacagtacacgtttttttttttataaggaaccttaactttg
ctctgagcctggagttccttattttgacagagaatttcagtctcaaagtt
ccttatcgagttacttacttattttgaactttttgccccttgaaagatca
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attctcagcctgagcagttccttaacaattccttattttttgaatcattt
tcagcctcgagttccttataaacgtgttccttataaaaaaaacgtgtatg
cgtGCATCTACTTGGCCCAAACTTTCTTTTAACTTTCTTcgtgaacatat
aaacgactggacatctatcttttattgtctctttgaagcgagcttcgttg
ccgcctgtatttcaaaattggtatgaaaaatccgacaacattccgtcata
attttatttctttgaattatttaggtaaaaagattgatagagcttgaaca
ttgctcctaatgtacaaaaaaattattttcgaatttttttacaagtttgc
aatatattttatcaacattttaaactctgaaatgcagaatttcaactgtg
tGTATACTTTTGAACCACTTTTGTCACACCAATAATTTTTCTTATGACTC
GAAagaaatagcttgccaaagttgagagcctgtgtaataagaatatcaaa
attagaatgtgacactctctaaaattattagacacttttatgtcaaaatt
tagaaatattagtcggagttttgacaagctgacgatgattttgcctctgt
tatctttgttatgatatagataaaagacttgagaagagtagaacgacaga
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ccatcatcaaaatctattgtttcattttatgcatttaacgaggcggcaac
gaagctagcagccttttctacaaaaagacaaaggagatggatgtccagtc
gtttatatgttcatgctttCTTTCAGGGGGATTGGTATTCCGATGGGATT
TATCTCGGGTATGTTTCTCCCAACGGACgaattttcgacaaattttCCAA
TGTGTAGGTAATCCTAAGAGTTAGTTCatgtaatgtttccagctcaccca
aatagagactaatacgcatgcgtaatatgtcgttcttttagaccacaagt
agttaattcccgtgacaatcaaagaggaatgaatctctAGGGGTGgaaca
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ttaaatatttgtcgttctttttgtcgctttttagtagttatttgtcgttc
tttttagatgatatggaaacgttagatgaacagtctcctAATGTGTTTGT
GATACTGAGATGTTTGAAAATCtgtgtttttttctctttcataGGCCCAT
CTATTAGTTTGCGACGAAGTTGTTGTGAATTGTCCAAATAGCGGTTGTAC
AGAACAGCAGAAACGGAAGAATGTAAATATAATGATTAATTTCatgttcg
tttgttcgtttgttcgtctgttaccagcttttctcgggattggctcatta
cttttttctgttttttggcacaatgatgcaaaatgatggtTGTCCTAAAG
tgatggagcctgatttttgaaaaaaaaagtttttttggcattttctcgag
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ttgaatttctcgagctgtactttatatttttctatgaaattttgcacact
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gcaggtccattcagcatctagcttgtttcgAATTAAAGATagattcaaat
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AGGGATTCGAATACTTTAAATATCAAATACTTAATGAGTAAACCCTCAAA
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CAATATACGatagggaactaattttcgtcaaaattcgtcaaaaacccCTA
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AGGACTCTCGCAAATCTTCATGGATATTGTTAAGTATAAAtgattaatta
tttttcaatttatttcttttcagcTAGACAGACACAAATTATTCAGCTGC
CTTTATGAAAAAGTCGAATGTCCTTTCAAATATGTCAATCCCCTCTCTTG
GCGTAATGATTATGAATGTCAAGGAAAGGTGAGTTACTTCACTCCGCCTG
GCTATAATTCATGGTTAAAATATTTGATAAGAAAGACCAGTTCCctgcaa
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TTTAACACTGAGTTTTTCGATTAACGATTTAGATGCTTCTCCAAAAGCTG
AAagatgttccaataaggcttggaatatagcctggaagccactaaACCCC
TTCAATAacgaaatatttaaaatatagGGAACATTCTAAAATCGTGACTT
TAAATTCTGAACAACGTTAACATACCTCAATAATCTCATTATAAATTTAC
CTtaattgtacacgttttttttttataagaacaaactatataagaacata
aggcttcgaggcccaaaaatttaagaacattctaagaacatattaacgct
ttggagacttaaaaacatgcaatttcttaagaaattacatcaaaatgcta
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CTGGAGAAAATAATcatcagaaaatttttcgaaaatttgagtCAATAAAT
GAAAAGTGTCTTAAATTTATTCCTGAAATGGCTAACAACGTGAATTTAAT
TTAGTTTCTCAGAAAGGACTTGCCCAAACATGACCAAGAGAAGATCTATT
TGCACTGCGACCAATTGAGAAGGAAATCAGAGGCTGACAGTCGGAAAATA
AGAATCCTGGAGAGTAACAAGATGGTCATGGAGCTTCAAGCGTCAAGCCA
CGAAGGACAAATACAGGAGCTGAAAGGAGAGGTTTGTAATTTGAAGCAGA
CTCTTGAATTGATGACAAGAGAGAAAGCAAGAAGTGCTGAACTATTGTCA
AAACAGGAGGGTAATATTCAACAACTCAAGAGCCAATGGGAAGGAATGAA
ACGGATTCTTGAAGAGCAACTAGGAGTGACGTCATTAGATTCAAGCAACA
agaaacgaaaaagaaaactgCCACCTTCAACAGACAACATTCCATAATAG
ATCCCAAAATACGTATAAAAAATGTCTCCGATCCTTACCCTTATGTGCGG
cgataagggtcggtttttccacctttcaaagtctctctatgggttacaaa
aatcagaaaatttcaaatagtcCCTCCAAATGTTGgtaaatcacgatttt
taggattttttttttatttcgagagaaaaaaatgtaaaaagtctctctaa
ggatcaGTATTCGGAGGTCTTGTCCGCAAATACCCTTCATTCTCATTCGT
ACCCTCCCCCTCGGATTAAAAAGGCTTGTCCTAAATTTGTTTATTGTAAT
AATTTTTTACTCCTTTTATAGCTTAGCCAGATTATTGTACATACGTTTTC
TTTCATTAAACTTGATAAAGACAACCGTCGAAGTCAAAC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00009121-exon-sc0000090-1491911889:616388..616414 | TCONS_00009121-exon-sc0000090-1491911889:616388..616414 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00009121-exon-sc0000090-1510915933:616388..616414 | TCONS_00009121-exon-sc0000090-1510915933:616388..616414 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00009121-exon-sc0000090-1575043694:616388..616414 | TCONS_00009121-exon-sc0000090-1575043694:616388..616414 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00009121-exon-sc0000090-1491911889:627192..627976 | TCONS_00009121-exon-sc0000090-1491911889:627192..627976 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00009121-exon-sc0000090-1510915933:627192..627976 | TCONS_00009121-exon-sc0000090-1510915933:627192..627976 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00009121-exon-sc0000090-1575043694:627192..627976 | TCONS_00009121-exon-sc0000090-1575043694:627192..627976 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000090 | supercontig | sc0000090:616388..627976 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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