TCONS_00008155 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00008155
Unique NameTCONS_00008155
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1921

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00008155 ID=TCONS_00008155|Name=TCONS_00008155|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1921bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000082:203578..220341-

Legend: exon
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>TCONS_00008155 ID=TCONS_00008155|Name=TCONS_00008155|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=16764bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000082:203578..220341- (Clytia hemisphaerica)
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GACATGGGTACGAATATATGCTGCTGGTGATACAAATTACCCAAACCATG CATTGATTCTAATTTCTCTTTTCGTTCACAGAAACCATGTAATTCAGCAA CAGTAATAAAAACGAAGATTGAAACTCGTCTACCATTATGAATTTCACCG AACACAAAATGACAGCAACTGCACCCAATAAGAACAGCTTGGAGATTCTT GAGCTTGTCTTCCTGTGTGTTATCTGTGCGTTGACATTACTTGGTAACTG TCTGGTCATCTTGGCTTTCTTTTGGGGACCACGAAGTTTGAGAAATTACA CCAACTTCTTTGTGGTAAATTTGGCTGTTTCTGATTTGATGGTCGGTTGT CTGTCGTTACCTTTTTGGATTGTCTACAGGGCTGGTAAGTGCAATCAATT CATCTCTCCCGTAATTCAAACGTCTAAGAAAAGGCACGGGAAAATTGAAG AGGGGTAAAATAAATGTCTTTTGACTTTGAGAGATTAGAGAAAGTGCTTT TAACCTTCCATACCGATCTTTGTTTGGGGAAAAAAGTTCAGAATGGAAGA ATACCACGAAATACCACAAGAATATTCCACAATTTGAGAGGATTTTCTCC GACAGAACTTAAGAAAATCTTTAAAAAATCGCCTATGGAATCGGAGGCAA AGACTACTTTGTTTACCTGTTTACTTTGCCGTCGCAACTATTTTATGAAT TATTGGTGTATTCGCTCTTTTCTGGTTAAGCCTGTCTTTTTGTCCTCGAA TCTGCTATTGACATTATATCTTGGAGCAGTTTACTCTCTTGAACATAATA TTGAGTTCTGAATGTCATTTCTACGTATCACGTTTTTTAGCAAGTATTCG TTTTTGTATTCTGCTATATATAATATAGTCTTTTAATCAAAAGTCAAACT TTGCTTTTAGATATTGAGCTGGTGGACCGTGAGAAATATACTTTCTTTAT ATCACTTGATATCTTGTGTGGAACGACATCCATCCTCAGTTTATCAGCCA TCAGCTTGGAACGAATGTTTGCTGTCAAATTCCCTACAACTCATTTCAAT TTGACTTCTAAACCAATCAAACTTGGTATTGTAGTCACATGGTTCTTAGC AATCATTTTTACTGGCTCCAAGTTTGCTATCAGAACGCCGACCCAAATCC GCGCCTACACTGCCTCGATTTTCACACTCGCATTCTTGGTACCTTTGTTA ATCATCGTCGCTTCCTACACCATCATTTTTATCGCAGCTGTGAAAATGAT GAATGAGGCTAATACAACTGGTAAATTAGCCCGTGAAATACACGTTGCAA AAACGATATCAGTCATCATTACTCTGTTTGTGATTTGTTGGATGCCCTTC TTCGTGATCAACATGGTATGGGTGTTCTGTTCTGATTATTGCGATCAGAA AAGGAATTATCGCTGGGTTGTACACATCTCCAAAATGATGCATTATGCAA ACTCTATGATGAACTTTTTCGTGTACGCAGTCAGGCTGCCAGACTTTCGA CGGGCGTTCAAAGCCATTCTCTTCAAGTGTGACACAAGTGGTTTCAGGGA GCGCGTACGAACTTTCTCGGAGTCAATCGTGACGCGCGGTCGAACGGCGT CCGAGAGACAAAGTTTCTTTGCTGATCAAACAATGAACACTTCAAACGGT ACATTAAACAATAATCACTCTCCAATTACCGATAAGGTAAAAAAACATCA ACAACAAGGATCTATATGTAAACACAATAATCAGCAACCACGCTTATCGA GTCACAGTAATTGCACAGAGGTTTCGATCATGGATGATACGTGGAGCCCT ACCACCATGAACAGTAACACCAGTTCAAACGATACATCATCGAGCAGTAA CCCTTTACTAGCGTCTCATCACGACATGACAGTGAGCAGTATTTGAATAA AATTAATGATTTACCGTTTTTTAAATTAACTGATCCTAATAATTAGAGCT AATGAGAAGGAAATTTAGTATAAGCTTTTACCTCGAAATTACCAGTCAAC ACTAATCATCCCTTTAAAGGTTTGAATATATTTCAGAGAGTGCGCCTTGT CTAAAATGTAGCAATGGCGAAAATATAAGAAATAAATATTCGTTTGTGTT AACCCACGTAACCCACCATTTTTAAATTATTTTTGATGAATTTTAAAATC ATATAGTTTGTCAGGGGGCTAAAAAAGGTGAGCACCATGCCCGTTAGAAG AAGTAGAGCTTTATCCTTCTCTTTGCCCTTTTACTTTTCTGAATGACTGA TAGAAAGAGGAAGATTTTTCATCATAAGTCAATGATCTTGTGTTTGCATT GTCTCTTCCCATCTGAATTTGTGCAATGATTATGAATATGTATATATTAA AAGGAATTACTTAATGGGTTTGTTATCTCGTTAGAATTTGTAGTGCATTC ACTTTGTCTACTTCCTTTAAAACGCCAGGTCTGAAACAAACCTATCCATG TACTACCATTTCAGTTAAAGATTCTAGAACATTATTGATCTTCGCATATT GGTGTACTCTCGGG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_004593XLOC_004593Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00008155-exon-sc0000082-1575043694:220328..220341TCONS_00008155-exon-sc0000082-1575043694:220328..220341Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00008155-exon-sc0000082-1575043694:205708..206010TCONS_00008155-exon-sc0000082-1575043694:205708..206010Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00008155-exon-sc0000082-1575043694:203578..205181TCONS_00008155-exon-sc0000082-1575043694:203578..205181Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00008155-exon-sc0000082-1510915933:220328..220341TCONS_00008155-exon-sc0000082-1510915933:220328..220341Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00008155-exon-sc0000082-1510915933:205708..206010TCONS_00008155-exon-sc0000082-1510915933:205708..206010Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00008155-exon-sc0000082-1510915933:203578..205181TCONS_00008155-exon-sc0000082-1510915933:203578..205181Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00008155-exon-sc0000082-1491911889:220328..220341TCONS_00008155-exon-sc0000082-1491911889:220328..220341Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00008155-exon-sc0000082-1491911889:205708..206010TCONS_00008155-exon-sc0000082-1491911889:205708..206010Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00008155-exon-sc0000082-1491911889:203578..205181TCONS_00008155-exon-sc0000082-1491911889:203578..205181Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000082supercontigsc0000082:203578..220341 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.0773888 0 0 0 6.51038e-07 0 1.76155e-08 0 3.47511 8.40301 14.0412 2.32621 1.45912 3.26709 1.11136e-09 1.25621 0.546195 5.15714e-10 2.05923 2.90753 2.55505 1.675 1.17253 0.893187 0 0.00105863 0.107687 0.224146 0.625024 0.324139
Blast
BLAST of TCONS_00008155 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: AA2AR (Adenosine receptor A2a OS=Homo sapiens GN=ADORA2A PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 105.531 bits (262), Expect = 2.975e-24
Identity = 111/401 (27.68%), Postives = 177/401 (44.14%), Query Frame = 2
Query:  155 ICALTLLGNCLVILAFFWGPRSLRNYTNFFVVNLAVSDLMVGCLSLPFWIVYRADIELVDREKYTFFISLDILCGT-TXXXXXXXXXXERMFAVKFPTTHFNLTSKPIKLGIV-VTWFL--AIIFT--------GSKFAIRTPTQI--RAYTASIFT--------------LAFLVPLLIIVASYTIIFIAA---VKMMNEANTTGKLAR-----EIHVAKTISVIITLFVICWMPFFVINMVWVFCSDYCDQKRNYRWVVHISKMMHYANSMMNFFVYAVRLPDFRRAFKAILFKCDTSGFRERVRTFSESIVTRGRTASERQSFFADQTM------NTSNGTLNNNHSPITDKVKKHQQQGSICKHNNQQPR---------LSSH---SNCTEVSIMDD 1195
            I  L +LGN LV  A  W   +L+N TN+FVV+LA +D+ VG L++PF I                FI+  +L  T +SI SL AI+++R  A++ P  +  L +     GI+ + W L  AI  T        G     +  +Q       A +F                  LVPLL+++  Y  IF+AA   +K M      G+ AR     E+H AK++++I+ LF +CW+P  +IN    FC D C       W+++++ ++ + NS++N F+YA R+ +FR+ F+ I+        R  V    E     G +A    +  +D             G   N  +P  ++       G +   + Q+ +         L SH     C E   +DD
Sbjct:   16 IAVLAILGNVLVCWAV-WLNSNLQNVTNYFVVSLAAADIAVGVLAIPFAITISTG--FCAACHGCLFIACFVLVLTQSSIFSLLAIAIDRYIAIRIPLRYNGLVTGTRAKGIIAICWVLSFAIGLTPMLGWNNCGQPKEGKNHSQGCGEGQVACLFEDVVPMNYMVYFNFFACVLVPLLLMLGVYLRIFLAARRQLKQMESQPLPGERARSTLQKEVHAAKSLAIIVGLFALCWLPLHIINCFTFFCPD-CSHAP--LWLMYLAIVLSHTNSVVNPFIYAYRIREFRQTFRKII--------RSHVLRQQEPFKAAGTSARVLAAHGSDGEQVSLRLNGHPPGVWANGSAPHPERRPNGYALGLVSGGSAQESQGNTGLPDVELLSHELKGVCPEPPGLDD 402          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00008155 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
AA2AR2.975e-2427.68Adenosine receptor A2a OS=Homo sapiens GN=ADORA2A ... [more]
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