TCONS_00007820 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00007820
Unique Name	TCONS_00007820
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	1352

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000080:255592..279867+

transcript sequence

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TN

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transcript from alignment at sc0000080:255592..279867+

Legend: exon

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>TCONS_00007820 ID=TCONS_00007820|Name=TCONS_00007820|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=24276bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000080:255592..279867+ (Clytia hemisphaerica)
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AATGTTCTAGTGATAAACCAATGGCTGATAAGAGGGAGGTCCGAATTTTG
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TTCACTTTGAATATAGACACCGAAGCATATTTAAGATGAAGTTTTTCACA
GTGCGTGGTTTACACATCGATTAATTATCGTTATatactcaaaaatatat
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AGTTGAAgcatttttacaaaaacctcaagccttaagggaagaaattttgg
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aattttggtGGATTTTGGCCAatatttcttcccttaagataGTGAAAATA
GTTTACTGTGATTCCATATTTCACTCCTTTCGAAATTTACTTATTCTTTT
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GTTTGCTGTGAGTATTACCTCGCTCAGATAAAAAAGCGATGAAAGATTTC
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AATGTATTACAAAAATGCTCAGAAAGGAAGGTCACgaaaattaaaataca
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ATATTACAAATATTCTTCACTTTTTAGATTATTCATATATACAAGTTTAT
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TGATGCCAATGAAAGGCACTAATTTTTGTAAATCCCCTTTAAAAGAGGTC
GTTTTCTCGTGCTCAGTCCCCTCGGCCGCAACGTGGATCAATTTTTCAGT
TGTGTCTTGGAAAATGACGAAATTGAGAGATGAACGGTGATACGTAGATT
GCTTACGTTCCCGCGTCTTCCCGTGTTTTGTACGGCGGTTGTGCTTGTGG
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GTCTTTGGAGTATAATTTTGAAGTATGCTGGTGCTCATTCTTTTCAAAGA
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AAGAAACTGACGTTGTGTTTCTCGAAGACGTTGCAGCGGAATGGAGAATC
TGGAACATGACATCCGTTCACTTTAACATGGATTTCATAGAGTCCTGGTT
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TTGTTCAACCCAACTGGTTTCACCGCAATTATTGCGTGTAATAAGTTCAA
ATTGTGTGGCTTCGTCTGCTATAGCGAATCGAAGTCCGATCCCTTTGGCT
CCTGACTTTGAAGCAGATGCTCTGCCTTCATCAATGCATCCATACTCATG
GATCATATTGTAAAGGGAAGTATCTTCTCTAGCTTCATCCACAACAAATC
TTAAACAACTTCCCATATCCAACATACTTGGTTTCAAATAGTTCAAATTG
TCTTTCTCAGCTTTCAGATTTTCTGCTTTTtcatttcgaatgttttctac
GTGTTGTAGTAATGCTTCCTTGCGTTGTTCGACCGCTCGAACCAAATTGT
CGCAAGCGCGTATGATTTCTTTACGTAATTGCTCGATGTTGGTGTCCAGC
TCGTTGAAGGCCCTCATGTTGACTGTTGAGTCTGTTATGAAATATAGCTC
TGATATCTCCTCGctaaaacgaaagtaaaaagaaaatggaATGGTTAATT
CATGTTAATTTATGCAAACATCTTCACAATAGATTATTGAGCTGCATAAA
TTAAAACAAACCACAGGCTATTGTTGGATATTAAAAACAAGGACTTTCCT
TAAAACCCTTTTTCATTACTAGTGAGATGTAATATTCTTGTTGCTTCAGA
TCTTCTACAAATTGATACTTGTGTACAGTATCAGATTTCAAATAAACTGT
TATACAGTCAGAACTAGGCACAAAAAtgatgacaatttttttgattattt
gTATATAGGACAAATCAATATCCCCTTATTGTCATCCTTGCCACAAAAAA
TTGACGAAATAAGATCTTTTATATGCCTTCAAACATTTTATCTTGCATTC
CATGGACCTGAGTAATGTGATTGGTCGGGATTCATAACAACCATAATTTT
CGCCTTGATCCCCTAATTAGACTTTATATGACTCGTGACCAACATATTTT
TGCAAACAAAAACTGTTAGATAatcatatttttgtttatatcaggcTATT
TTTAGCCCTTCCTCATCCAAGAATGAATACTATGTTTCACAATTTATCCT
TATTTGATAAGTAGAATACATAATTGTTTAATCCAGCTATAAATCGTTTT
TATTATTGCCCTGATATAATTTGCTACTTAGCAGAGGTGTATATTTGAAA
CATGGAAAGTCCTTGCCTTATTCCCCCTACCGCGAAATTCACATCAATTT
TTTGGAACGAATTCGAGACAGGTTATGCAACTTAAGCTTAACAGTGAGGG
CCTATTCATTATTGTTCCGCAAAACAAAGcaatttcatctttttttctCT
TACCTGCTATGAGTGCTCTCTTCTCCTGAACTGTCCAATCCGCTGTCTGC
GCCTGATTCATAAAGTGTATTGATCAATTGTTGTGAACGTGTGCTCAACT
TTCGTGTTCTACGATGTGTCTGCATTTCTTCTGTCTGAGTTTTGATGATT
CTTTCTTGGTTGGTTTGAATGTTGCTTTCTTAACCTACAAGAGGTGATTG
AGATTATAAATGGTGATGAATTTTTCTCTTACAACTCTATTTATCTCCAC
ACAGTGAGTGATGACAACCCCCTATTATAATCAAACAATCAGTCGCTTCC
GTCAAACAACAATAGAATTGATTATTAaagtttcttattaaaaaaagtaa
cAATGCTAATCAACATCGCTTATAGTGATACCgccatttttctcttttct
ctccATTATTAGCTAGAAGAGGAAATTTTACTGGCTAAGAGCACGTGACT
GTCAAATTAATAGGTGATGACTTCATTTGTATTGCGAAAGAGCATAATTC
ATAAAAATCTTAATAGTGGTTGTATTTTCCCTTCAATATCCAGAGGCATT
TTCCTCGTTCGAATTCATTGCATAAGAGATCACCCTGCCTTTAGAAGTAC
CATAGGCCAAAATAATGGCCTTCCAAttatgaaagaagaaaaatccgTGC
ACTTTATCACGACCTCAAAGCTATCTACCGACTACTTGTTTACCATACAA
GacatatctttttatcaaaataatctttttgtgtttacctttacACGTAG
GCGAACGAGTACAGGCTAAGGGAATGTTGTTCACGTCTAAGCCACCTGCC
TCTCAAAACAAAGTCGctcagaagaagaagaaattcaaagctTCTCTTTT
CTTCAAGCTGGTTTGCTAATAGAATATTTTCCAGCAGAAAATTTCCAATG
AAACGTAACGAGATGTTGAACAGTAAAACGCAAAAGACACTAGGGTGTTA
TTTATTCAATCTCGTTTGAACGTTTCTTATTTCTGTTCTTTCTCTAATTA
TTATTTGCTTTCGAAGTGATCGTCTTACACGACCTCAGTTTTTGACGTCA
GACTCGCGCTggttcaaaatacaaaaacacagCTCTCCAATTTATTCTTA
CAGTAATAAAAAGGACGATCTCGCCTTGTAGTGTTTTGGAAAATAATCAG
TTTTAATTAGAAATGTTTGATAAGATTCTCTGCTCTACTCTTTTCTATTT
TGATAAATCTGACTTGCTGTGTGCAAGGCGCCATTCAACATCTGACTACC
CAGTAAAACTGTTCCAACAACCTACTTCATGTTAAATATACGTGCCCGCC
TTCCCTGTGAACGCATTGCTCGTTTTCTTCATTCATAATATGTACTCACA
ACATGTAGAAATCCAGAATAACTTTTGGTTGTAATTAACAAACTTTTAGC
AGATGCTCAAAATCAAAGTCTCCTTAAATTCTTTCAACCCCAATAGATTA
GTGAaaaaatatacacgttttttataagaaaatccaagatttttgaagcc
tttggatgttcttaactttttgagttttaagcctaaaaattttctttatt
tcactattttggtccattttcataagaaattggtgttttagagtccgcaa
agccttaaaatgcccttaacttgttcttaagattttggttatcgaagccc
tatgttcttatatggtttgttcttataaaaaacgtgttgtAGTACAATAG
CAAATTGTCGGAGTTTGAAATAACGCTAGCCATTTGCCAACCTTTTTATA
AATGTAACAAGTATTACTTTCATGAATTACAGTATATTCATATGAATATT
CACTTCCTATTCCCCAGTAACGATTTTCAAAGCCAGCTCGCCAAAGCTAA
GGATTAGTATCTAAGAAGCAAATCGAATATGTCTGATCAGCTGAATTAGA
GTTTTTTTATTGTGCACTTATTTTGTTTCTAGGGCGTTATTCAGCGAGAT
GAGTTCGTCTTCAAGCTAGCAAGAGAACAACAAATCCCTATTGCTATGGT
AACATCCGGTGGTTATCAGGTAAGTTTGACCATTTTTACTACTAAAAGGA
ATGGCCTAACTCACTTCAATAATTATCCATGTATAATGATGATAAAATGA
TTCAGTTTAGTTCATATCAAACTTGAAATTTGAGATTAACGAACGTacta
ttaaataaaaaaacccGGTTCATCTAATTTGCATATATGTCACTGATTCA
ACTTGTTACCATGCTGAGGTATGAAATATTTCCCTGTCTAATGATACGGG
AAGCGTATTCAAAAGATTATTATCCTCGATATTCTTGTTAAAATGTCAAA
GTTCAATTGCTTATTTCCTAACCTCTGTTTAAGATGACATTCGCCAATTA
CAACTTTATGAGTATCTCCTTATATGGTCATAATCGTTACTTTGATTGCT
ACTGGTTTTGATCTAACCATTTATTGATGCTATAACTCTTGGTTTTGTAT
CCATGAAATTACTCATGGTTTCTTTAATTTCAAGAGACAGCTAATGAGCT
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ttccaaaaatcattcAGTGCACGATTCTTAAAACCGCTACATCCTAAATC
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AATGAGAAATGGAATTGGAACATTAATTTcccctcattttctttagtTGT
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TTCAGAACACACTCTCAACAACTCACTATAAGAAATTCAAagactttttt
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AGTTGTTGGAGTAGGAATCTGTTGGTATTTCAGTCCAGCTAATTGTTGCT
CTTTAAAAATGTCACCTTTATAAAACATAAGTAATTTCAATGTACAAGGT
CTACATCATGTTCttgcaaaattttgataaatattcaaaaagtttttcga
tTGAAGAAGGATGAGTGAAATGGATTAAGGATGGTTTACAAATTCAAGCC
ATTCTATTCATATGGGATATTTCTATACAAAAAATATGTTTCCCTCTTTT
GGGTGATGAATAAATACGCAGATTTATCCCCCCTCTTAATCcatatttgt
atatttttaagggaaacttttattttctattcatccgattttgatatttt
atcgAATTGTTTTCATCCGTGAAACATCTTAAATGAGCACTCGAACACGT
CCGCAAAAATATAGCTCTTCAGGCTGTCCCTTCCCCTTTCTATTCGCTCT
ATTACAGTACATATTTCCATACGCAAGATATTGTTACCTTATTCcttcaa
atttctcaaattgaagaaatttctTTACCATTTTTCCTGGCTTGGTTTAC
CAAGAAgagaaaattgtttaaaaataacttaTAATGTTGGCTCCTTTAGT
CCTTCCTCCTCAATAATGAATGGTGTTGAATTATGTAGTAGTGGGAAATA
TGACGTCACAATATGGAAAAAGGGGTGGGAAGACAAAATTTGAGAATCCC
AAATGGCGTCCTATTAATTCTCAAAGAAACATGCTGTTTTGGCGCGTTTC
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TTcaacaataaatattgaaatttcaaaccaaactgACCAGCATTTGGATT
ATCTTTTTCTATTTGTTTACCCCGtcttcgaaaacatttaaaacacgTGA
TAACAGTCTAAAAAGACCATAATAGCAactcaaacaaacaaatatatcCA
TTACACTGGGATTATcggaaatcattaaaaaaaatgaaaatcctaaaCTA
ACAGTCTAGATTCGATCTTTGACCTACTAATCGTCTTATTCCCAGTATAG
TACTTTTCAGTACTCGATTgcaagacacccccttctcacagacccactgg
gaacccttcccactggaaaaattggcaaaaatatcgtccccggtggaaaa
tttttgtccccactgaaaataaccagataagcaaatccttaCTGCGAAAT
ATTGTTCTATTtattccatccccactgaattttctggctagaaaacaata
gaattcaaattcccagccataaaaaatatgggaatatcaatccttatcta
gttttggtccgttatttttatccccacttgctgaaaaaatctgtgagaag
ggggtgttacaGGATTCTTAGCAATGCATTCAGTCATTTCGCAATATTAC
AAttttatgattattttttaaccaatcagcgtTCAACAGCTAATGTGATT
GCCAGATCCATAATCAATCTTCATCTTCACGATTTGATACCCAGATGAAA
TGATCCAGGACACTTACAGCCCTAGAGCTGATCAAATTCTTCGTTCAAAG
ATATCAACAATCAAGGTTTGCTTGGTGATTTGAGCAGATCTTTGGGAATT
AACTCAGTTGTGAGAAACAGCTTGTGTAACAGTTTCTTACCACCATATGC
ATAAATCTGATAAAGGAAACAAGATN

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_004439	XLOC_004439	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000080	supercontig	sc0000080:255592..279867 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00007820 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: HDA11 (Histone deacetylase 11 OS=Homo sapiens GN=HDAC11 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 380.178 bits (975), Expect = 1.252e-128
Identity = 178/317 (56.15%), Postives = 238/317 (75.08%), Query Frame = 2

Query:  200 LIYKLPDDKLPIIYDDIYNITFMGLQKLHPFDSEKWGRIVDILSNDGCKAFQKLRSMVCKPREATDDILAVVHTQDYLDSLKWSSKVARVTEVLPIAILPNFVVQSKLLRKLRTQTGGTVLAAYAAYRRGWSINIGGGFHHCYSTDGGGFCAYADITMAIKMLMEKVD-LDRIMIVDLDAHQGNGHERDFMGNEKVYIMDVYNRSIYPQDEYAKGAIKKKCPIVPGLKTDPYMEVVTYNYQKALEEFKPQFILYNAGTDILEGDPLGMLNISEEGVIQRDEFVFKLAREQQIPIAMVTSGGYQRSTANVIARSIINL 1147
            L   +P+ + PI+Y   YNITFMGL+KLHPFD+ KWG++++ L  +   +     SM+ + REA+++ L VVHT+ YL+ LKWS  VA +TE+ P+  LPNF+VQ K+LR LRTQTGGT++A   A  RGW+IN+GGGFHHC S  GGGFCAYADIT+AIK L E+V+ + R  I+DLDAHQGNGHERDFM +++VYIMDVYNR IYP D +AK AI++K  +  G + D Y++ V  N +K+L+E  P  ++YNAGTDILEGD LG L+IS  G+++RDE VF++ R +++PI MVTSGGYQ+ TA +IA SI+NL
Sbjct:    7 LYQHVPETRWPIVYSPRYNITFMGLEKLHPFDAGKWGKVINFLKEEKLLS----DSMLVEAREASEEDLLVVHTRRYLNELKWSFAVATITEIPPVIFLPNFLVQRKVLRPLRTQTGGTIMAGKLAVERGWAINVGGGFHHCSSDRGGGFCAYADITLAIKFLFERVEGISRATIIDLDAHQGNGHERDFMDDKRVYIMDVYNRHIYPGDRFAKQAIRRKVELEWGTEDDEYLDKVERNIKKSLQEHLPDVVVYNAGTDILEGDRLGGLSISPAGIVKRDELVFRMVRGRRVPILMVTSGGYQKRTARIIADSILNL 319

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00007820 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00007820 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
HDA11	1.252e-128	56.15	Histone deacetylase 11 OS=Homo sapiens GN=HDAC11 P...	[more]

You are here

TCONS_00007820 (transcript) - C. hemisphaerica