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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00007442 ID=TCONS_00007442|Name=TCONS_00007442|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2187bp
CTTTTTCCTGTTATCGATTTCGATTATGACTATATCGAGCTTTGTCATca
gttgtttttcaaattttcatcacGCTGCATTGTCCCATGTCCATTCAAAA
AATCTGACTATGGTTTGATATCGCCAAGAACGTTCCAAAATTTTGATGCT
CGAAAGACTAATTTTAAAGATGCAAGATATTTTTCACAATCTTTGGAATC
TTGCTTTCCTGATTTGACCGAAAGAGTTCGATTTTGCAACAAATTCTTTC
AATGCTTTTTGTGTTGGCAGCTGGTTGGAGGGAAAAATAGTGGTAAAACG
TCATGGTCAAAAGTGTTCTTTGGGTTGATGGCCAAAGAAAAAATTGCCGT
TCTTTCAAAGGAGGAGCATTTTGGAGCATCAATGATCCAAGACGACACTG
AGCTTCTTTGGGTAgatgaatggaaaaaaaaagaTGTTGTCGGAAGACAC
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AAAACCCAAAAATGCAAAACATGCAGGCAGGAGTGTACATAACATGCAAC
AAAATACCAGATTACGGCAACaaacaagaaaatgtcaaaCTGCGCCTCTA
CATTTGTCgaacaaaaaaacttaaaagaacCTGTCTCGATGCACCGAGGT
GGATCCAAGAAAATGCCATGCAGTGTCTTTTATGGCTGGCACTGTTTATT
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CAAGGACGTCAGTGCTAAGGCAACAGTGACAAAGAATGTCCCCAGGCATA
TTCTCAAACAAATACGAACTGACACCCTATTTAATCCAAAAATACCCGCA
GTCCCGGCTCCAAAAGACAGTGATAATGCAGATCGTTCAAATACAGGCAA
ATGTGAAAAGGGTCAGCTGGTATAGTGCTAACTTCGTCATATTGGTCGCT
CCACTTCACCCACGCGTTCCATCCGTTTTTAGGTAaagaaaaattgtcaa
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TTTTTTACAGGTATGCAAAGCTGTCCTATGtcgttatttttcaaaatagg
aGTTCTCTTTTTTTATTCAGATCAAGCGCTCATGAAATCACGCCATCGCA
CAAACCATTTGGAGAAGACTTCTCAgcctcaaattttctttcattttcag
taatAGGTTTTAGCAATAATTAAACCTTTGATTCAGTTTATTAAAGGTTT
ACTCGGAATgtgaaaaaataattgaaatctaATCTATGTCGTAACGTATA
GTGAATTTTCTCTTTTAGATACACTTGCAGCTGACACAAGCAGCGAACAA
CAACGATGGATACTTAATGTTGTTGCGTCGCCGAAATATGGACCAATGGT
GGATCGCCAAAGTAGGGTGGAGCCAAACCCACCGCAATAAAACACTAGTG
GAATGTCATGAACTATGTGCTAAAGAAAGgtttGCTTTATTATGGTGGTA
TTGTTGGAAACATTCTCAGAACTCGAGCGACTccctacccagctggcaca
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CTCTCCCTCCTGAGGGATACTACCtcgggttttgtagaggtctacgATTC
AAGACTAGAGACTCTCATGTTTTTGGGAATATTATTTTCAGATCTTGGAA
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GTCGAGTGAATTCTAATTGGCTGAGACATGCAAAAATTACCTCATACTTT
AGAGACATTGCTAAGGGTATAGTATATGTAGAGTATGTGGCCCCCACCTT
ATACGTCAATCAAATCTaaaagttttctcaaatttagaggaaaagaagtt
tctcaaaaatttctcgagatatctttaagatatgagtACAAAagtttgac
catagtttggaaatgtgatttagagggttttgtttataaatttgtttgat
aaaaaccTCCAAAACATAGGCGTGGTTAaattcaaattattaagcccagt
gaaactgaaaatattaagctttaaagttatttttctc Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000077:47168..57082+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00007442 ID=TCONS_00007442|Name=TCONS_00007442|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9915bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000077:47168..57082+ (Clytia hemisphaerica)
CTTTTTCCTGTTATCGATTTCGATTATGACTATATCGAGCTTTGTCATca
gttgtttttcaaattttcatcacGCTGCATTGTCCCATGTCCATTCAAAA
AATCTGACTATGGTTTGATATCGCCAAGAACGTTCCAAAATTTTGATGCT
CGAAAGACTAATTTTAAAGATGCAAGATATTTTTCACAATCTTTGGAATC
TTGCTTTCCTGATTTGACCGAAAGAGTTCGATTTTGCAACAAATTCTTTC
AATGCTTTTTGTGTTGGCAGCTGGTTGGAGGGAAAAATAGTGGTAAAACG
TCATGGTCAAAAGTGTTCTTTGGGTTGATGGCCAAAGAAAAAATTGCCGT
TCTTTCAAAGGAGGAGCATTTTGGAGCATCAATGATCCAAGACGACACTG
AGCTTCTTTGGGTAgatgaatggaaaaaaaaagaTGTTGTCGGAAGACAC
TTTGAAAACCAAGATGCAGGGTGGGTCCTTTTGCCAATCTGTCAAACACA
AAAACCCAAAAATGCAAAACATGCAGGCAGGAGTGTACATAACATGCAAC
AAAATACCAGATTACGGCAACaaacaagaaaatgtcaaaCTGCGCCTCTA
CATTTGTCgaacaaaaaaacttaaaagaacCTGTCTCGATGCACCGAGGT
GGATCCAAGAAAATGCCATGCAGTGTCTTTTATGGCTGGCACTGTTTATT
AATCAAAACATCGAACATGTTGAGCCGGAAGAAAGGTTTTATGAACGCGC
CAAGGACGTCAGTGCTAAGGCAACAGTGACAAAGAATGTCCCCAGGCATA
TTCTCAAACAAATACGAACTGACACCCTATTTAATCCAAAAATACCCGCA
GTCCCGGCTCCAAAAGACAGTGATAATGCAGGTGAGCTATTTTTCATTAT
ATATACTTTATTTCTAATGCTGCAAGCagtcaaagttttcaaaaaacttt
aagCAACAtgaattcttttcttttcccCTAGCTCTGTGACCATAGTAATT
CGCCAACTAAAAAAACCCTTACACCCATGCCCAAAGAAGAAAAGACACag
tattttctttgtattttggTGTTAGGGCTTTCAGCACTGAGAATACAAAG
GGCAAAGGATTGTAGTTCAGTCTTCTCTTCAAACTATCCTTTAAATATCA
ATTCCTAGACTTTTCCGATTTCCAACGACCATGCACATCAATTTCTCTTT
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AATTACCTAACATCTTCAGTTATTGGTACGACTGAACTTAGCAAGCTAAG
GAACTCTTTTCTTGCCGTTGTATAGCTGATTTTATGTTCTCCTATTGCCT
TATGACCTTTCTTTGTCTTGACTATCTTACATAAGATATATACCTCTGTA
TCGTCCTTTAGTTTAAGCCTTTGCGAGGTAATCGCTTAATAACTTGTAAT
TACTTGTCTTATCGAGCAGGGACTGTCTATATCTAAAAAGTAACCTTATC
TCCATGTCTGTTTTGATCAGTTTTCGATTTTTCTAGGATAAAGTCAATGT
GATCTGGGCTAGAAACAAAATGTTTAACTTGCAACCATAAGATTTCATCT
TTGCGGAGAAAACTGAAATAGCCAATTAAAACAGTTAATAGAAAACGTGT
GTGCAAAAGGTTTTCGCTGTTTCCATACTTCTCACATACCTGTTTTACTA
ATTCAGGCGATAGAGGCTCTTTTTGATTTGACACTTTGTGCTCGGAGGCT
AGACGTAACGTTCCTTTGAAAGTCAACTGTACTAGACAATTATCTGTTGG
GGATAAGTACCCTTTTCTCAAATGACCACACCTTATTCCTGTTAATGTAA
TCGCTCctggttgttttttttctctcttgaCAGATCGTTCAAATACAGGC
AAATGTGAAAAGGGTCAGCTGGTATAGTGCTAACTTCGTCATATTGGTCG
CTCCACTTCACCCACGCGTTCCATCCGTAAGATTATTTTCTAGCTGTGCT
CTCTGCCCAGTTGGCGTCGATTAATATATATAAATTGTAGCCTTTTTCAC
GAAGCTCTTTGTTTTGAATAGTCTCCAATCTTTCCTCCGAGCTCTCTTCC
TCTGTGCCTACAAGCAATTGAATAAGAGCTCTGTTATTCTGATATATTAA
CAATCGTTCGTACTAACCAGCTAACAACTGGTACAGAAAAAGACCAATTT
TTAACCTCTACCAAGCTACTGTTGGTAATGTGCAAAATTCAAGATTCTGT
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caatatttgaaaaatctaaatacaGAGCAATCGAATTGAAATTTGTAAAT
CCTTTGAATAGTGAACTACAATTTGATATAAAATATGGTTGTAAAATTGG
ATCCGCTGACACAAAACTCTCGAAAATCCCTTCTTTTTTGACTAGCAATG
GCCAATAATAAGCTGATCTCCAAAGCGGAACAAACAATACATCTCTTCCT
TTGCAGTTCTTAAATGTCGTAAAGTATAACCTAAAGCCAGTTAAAATGGT
TACTCCAATCGCAAGAAAAACTGTCCACTCCTGAGGTGCCGGGAcaataa
aatttggaattaaACGTGTCAACTTTTCTGTTGGGTATAAGAGGCAAATC
GATCAAATGCAAATGTTCCGAATTTCTTCTGAATATAACTGAATGATTCA
AAATCATTGCTCCAATCATCATAATCAATATACTTGGAAATTTGGTTTAC
AATTTGGTTGTATTTCCTCGTTATCCACTGTGTAGTGATATCTATATCGA
ATCTTaaacaaagtttgaaaatgtATTGAAGATAAGGCTTTCTGTTGCGA
TTTGAATAATTCTTGCTACATGTTATCTGAATGCCACAGAACTCTTTGCC
CCCTCTTTGCTTAGCCAGAATTAAGTAAAAACTGTCCAGCGAATATTTTA
CTGCCAAAAGTTCTCTGTAAGTTGAACTTGctcctttattttcaaaagaa
ttgaattTATCTCGAGCTACAATACTACCAAGACTTTCTATAACGAAACT
ACCGTACCCCTCTTCGCTGgcatctgaaaaaaaaagaactccTTGTAAAC
TTCTTTATCCAAGTCATACTGGTGGTCCCAACTAGGTGTTACGTTTATGA
AATAGAACAAATGTCTAGTCGAAATCTGTGCGACTGGACCAATCGCATGT
TTCATACTGATGATCATGCCTGCGACTCTTGATATTTCTCTGGCAGAACA
TCTCTGACGTAGAATAAGATTTGTTAGTAAATTCTTTAGAgcagatattt
tcttttttggtacgaaaaatttgaaaacttcagAATTGATAATAAATCCA
AGCCATGTACAAGATTTTATTACATGTACAATATTCTTTCCGTGAGTGAG
GTTGTGAGGTGTGatatttaaaaagtattttcatttttatttatttattt
aaagacAATTAAGTTTTGTAACACAAAAGACCCGTGCCGGGACTGGCTCC
GGTAATAGTATACAGTATACTATATAGCAATATGATTTCGAACGCGTGAT
TTGATGTACAAGATTTTGAGGAGTACAGGTGTGAATTTTCTTCGTTTATG
GTGAGCCCTAAAAACATAACATGCTGATGCTAAACCAAATGGTAGTACTT
GAAATAATTCCCCCCTAACTTCTCAGACTCCAAAatggccaatttcttaa
gaaaatttggagaaaaaaaaatttgttgtttttcattaaatctgtcgttc
tttttgtttatttttagtaatacaGGATTTGTTAGATAAAACTACTTACt
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catttttggaacttacctccatactgctccatacaaaacactgttcccac
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tttgattggttaaaaaaaccGCCCGGGCGTATAAACACTTCGCGCTTTAC
AAACGCCAACAGAAAACTGCTGACGAAGCATCACAAAACgaaaatcataa
tggcggcgtagcgatgtacaaatttgcTATGTAGCTATGATCTTTTGACA
TTAAAATTGTGGATTTGGCAGTTGTtgagtatggcaaattttgaagtcaa
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TTGATCGAAATTtatttgaaagtggtacccctaatggtagcactactata
ggggtgaaaatgcatcgagagcgctagatctactttccctccaATACTTT
TGATgctgtagcgccgttagacgttaatttttaacattgcgaTGGCTTTT
TCTCGGGtagcaatttcaaaaaaactccgatcacaGACGGctgatatagc
ttggtccagggtatataaggTCAGTGGATAGAACCCCTCTTGAATgcatg
aatttgaaaaaaaaaaacgtgaaaatttacatgaattgaaggtccgctaA
TACAAGTAGTCTACACGCGGTTGCTGCAAAGGGGTGTTTATTTCTTTATA
CATAGAATAGAATTCACACATCACAATCATGTTAAAACTGTATGTATTTA
AACAGGTTGACATTTTGTCTTCtatcttcaaaacaaaaattgaaaacaaa
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TGAGAAGGGAAATAAATATATTAAAATCTGAGTTAACAAATAACTTGATA
GCGAATATAAGCTGTAAAATTATTCAATAATGTGAAACATGGAATTATAT
TTATAGTAGAATAATATTTGAATATATTTCATGGGAATAAATTTTTGTGG
CAACATTTAATATAGAGAAGCTGGATTCGTTCAAAAATTGGGATGATAGC
CACCAGCTCCGCGGGGATAATTGCTCTCTACCATTTTCtactttacacgt
tttttttttataaggaaccttaactttgctctgagcctggagttccttat
ttttacagagaatttcagtctcaaagttccttatcgagttccttactaca
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tagtcccaataaggtacattattttcaaatcaacttattctcagcctgag
caattccttaacaattccttattttttgaaccattttcagccttgagttc
cttataaacgtgttccttataaaaaaaaaaaacgtgtatatgatTTCTTC
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gggcgggcgaaaaaagattttcagacggagtttaatttggcggatggcta
ataaatttaaatttagtgggaatttaatttggcagatgaaTGATAATTTT
GGCGACAGTAAAAGACCTGTTTTTAGACCTGAAATAGCAGGAATTCAGGA
AATAAGTAAAATAATTTGGaattggcgggaatttaatttggtggatttcg
gctaaatccgccaaatcagctaaattttctttccgaaaaaatttcttctc
gggtgaaacaaggcatgtcccaaatatattttgcgtgacgcgcaccgctt
tcaattattccttaacgttcatatatagctcaaaagaatcatatcaaCGA
GCGGATTTCAAAAAgcgctgggtcaaaaatttgcattaagccaatctcaa
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tcaattttattaatgcaatcaacaccaaattttgactggagttgtaaatt
aatgattctgaaacatttgttcaaaaattttcagaaaatttgaatgacgt
catttgttgtcgggaaaaattaaaatacgtcaaaaaatgctgacgtcatc
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TCttcagtcaaaattttgctttgattgtaGTAAGTTAATCAGAATTATCG
CCATtatttcaataatgacgtcatttaaattgtctttttgacgtgttttt
ggGTGTATTTTATCAcgtcaaaatcattttttggccgatatcttgagatt
ggcttcatgtaaatttttgacccagcacttttcgaaatcctctcgttgat
acgattcttttgagctatatatgaaagtTAATGTATCGGACGGAGggtcg
agacaaaaataccattagatgctagaaatttccttaagttaatgaataat
gggaagcggtgtgcgtcacgcaaaatatatttgggacatgccttgtttca
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AAAGTCAAATCCTTGTATTTTGTTTGTCTTCATAAAGTTCAGTCCCAGTT
CAGTTAACCAAAGGATAGTCCGATAAAGTCAAATAGTCATTCTGTACTTC
GAAATTCCAAGCAGGCAGAAATGAAACAAGATGCTAAAATTTTTTTGGAC
TATCCTTTGTACTACTTTAATCGtggaaattttagcgagactagtTTTAG
CATTTTAGCGAGTGTTCCCTaatttcgctaaaataaatctcactaaaaca
cgccgaatcgacagatcgctaaaattcaTCCGcacgaaatttctggttat
attgccttgatacatttttgtcaataggaagggttacagtgcaaagaaat
gctagaaaacgaattcagtcaataatgtatacaagtattcgctaaaattt
atccacgcgaaatcttttgaaatcgtgatttgctaaaataaatccaaaaa
aatcaagattttcctgactctctaatatacgctaaattagtctcgctaaa
atttctacgaatAAAGTATGGTTTATTATAAAATTTAAGCTGACTTCGTT
AATCCCTTAAACTTGTAATTTTAGGCGTCAAAGTTTGTTATAGTAGGGGG
CAAACCCTTAGGACCCGTGATATCTTTTATGCAACGCAACCAAACCTGGT
TCATTTCAAAGAAGAGCTCTTTCGCGAGggtttttctaggaaaattctTT
AGGACTAAAAAAACTAACGTCACAGGCAAAACCCTTGACCtctaaaattt
gacaaaatttcaaagaaataaaactcGAAACCACTTAAATCAATCGAAAG
CGCTCATAAAACAATAAAGTAAAGGGGACTTTTAAGTGAACATAGTTTAT
TTCCCAACGTAACTCGAGTAAATCGACGTAATCTTGACATTAATTTTCtc
aagaaattgaatatatCCACTCAAAAGTCCTCTTTAGTTTACTTTATTGT
TTTATGCGCGcttttgacgtcagtttttagATCTTTGAAATTTTCCGTGA
GGATAAATTTCCAGCATTAGGcatattttcagaaaaaaattgaatatgag
gGTTgcagaaataaatttttttgaaatttacctGCCGAAATCATGACTTT
TGACCatcggacagcaggtctaaccccccggacaagcatcagttgacccc
cggacattcaaaattaccctcaaacagagcgaTTTTACCCCCCAGACAAG
GcaaatttgtagatttttcactaccccctggCACTATAACcccaccccca
tgtacggatattttctggaagagcccaataaaagaaaatactttGTTAGG
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CTATGtcgttatttttcaaaataggaGTTCTCTTTTTTTATTCAGATCAA
GCGCTCATGAAATCACGCCATCGCACAAACCATTTGGAGAAGACTTCTCA
gcctcaaattttctttcattttcagtaatAGGTTTTAGCAATAATTAAAC
CTTTGATTCAGTTTATTAAAGGTTTACTCGGAATgtgaaaaaataattga
aatctaATCTATGTCGTAACGTATAGTGAATTTTCTCTTTTAGATACACT
TGCAGCTGACACAAGGTAACATACATAATATTGCATTGATCATTTGTTGT
CTCAAATCATTGGTAAcactcccagctggcacacaacgttgtttcaacgt
ccatctaacgttatatggacggttggaacattagatggacgttgaaacaa
cgttgtgtgccagctgggctgaCAGAAATATCACCCTTTCTCAATTAGCA
TTTTCGTGTagttttcaaatcattttgttTCAGGGTTTACCCTCCGCAAA
TCCGCCAATCCCCTCCCCCAAAATTTCCTTTACACGCCTGCTAAATGACA
ACAAATATTCCGCTTCAAATCcattcaaattttcatcaaagtttacgatg
aatatttcttcaaaaatcaacaaatttttaCTTAATTCCATCTTTTCAGG
CTAAAACAGCCCGAATTTCTAGTGAACCTAAATTACGAATTTCTTTCAAT
TGAAAAGAATGGCTGATTTAACTCCGTCAACCATGAAACCTTTTAGAAGA
TTTGGAAAACGATTATTAGATAATTTCTCATTTTACACTTGTTTTGACAC
CTTANGCTGATTTAACTCCGTCAACCATGAAACCTTTTAGAAGATTGGAA
AAACGATTATTAGATAATTTCTCATGTTACATTTGTTTTCACACCTTGCA
GCAGCGAACAACAACGATGGATACTTAATGTTGTTGCGTCGCCGAAATAT
GGACCAATGGTGGATCGCCAAAGTAGGGTGGAGCCAAACCCACCGCAATA
AAACACTAGTGGAATGTCATGAACTATGTGCTAAAGAAAGGTGTTCAACT
TTGCAACATTCCAATTTTCGAAATTGTATTATAACACAAGTTAGACTATA
CCATAACACTGCTAAGACATACCTTTCGAAGGGACTTGAAGAAATCATTT
ATCTTTATTGATGATTTGATACTTTATTAtggtttaaaaattaaaatata
tttttaggtttGCTTTATTATGGTGGTATTGTTGGAAACATTCTCAGAAC
TCGAGCGACTccctacccagctggcacacaacgttcttttaacgtttatc
taacgttcacaagaTCCATCTATccgttagatgaatgttgaaaaaacgtt
gtgtgccagttgggtaGGTTGATGGCATCCACTatcggattcgtgctcct
tatagagggcCACAGACTTATGGAATTACTCTCCCTCCTGAGGGATACTA
CCtcgggttttgtagaggtctacgATTCAAGACTAGAGACTCTCATGTTT
TTGGGAATATTATTTTCAGATCTTGGAATACACAAAAGTTCCTATcagca
gattcatgtaaaaaaatcccgaaaaaatGTCGAGTGAATTCTAATTGGCT
GAGACATGCAAAAATTACCTCATACTTTAGAGACATTGCTAAGGGTATAG
TATATGTAGAGTATGTGGCCCCCACCTTATACGTCAATCAAATCTaaaag
ttttctcaaatttagaggaaaagaagtttctcaaaaatttctcgagatat
ctttaagatatgagtACAAAagtttgaccatagtttggaaatgtgattta
gagggttttgtttataaatttgtttgataaaaaccTCCAAAACATAGGCG
TGGTTAaattcaaattattaagcccagtgaaactgaaaatattaagcttt
aaagttatttttctc
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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|---|
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| TCONS_00007442-exon-sc0000077-1510915933:49051..49143 | TCONS_00007442-exon-sc0000077-1510915933:49051..49143 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00007442-exon-sc0000077-1575043694:49051..49143 | TCONS_00007442-exon-sc0000077-1575043694:49051..49143 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00007442-exon-sc0000077-1491911889:55067..55432 | TCONS_00007442-exon-sc0000077-1491911889:55067..55432 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00007442-exon-sc0000077-1510915933:55067..55432 | TCONS_00007442-exon-sc0000077-1510915933:55067..55432 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00007442-exon-sc0000077-1575043694:55067..55432 | TCONS_00007442-exon-sc0000077-1575043694:55067..55432 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00007442-exon-sc0000077-1491911889:56069..56207 | TCONS_00007442-exon-sc0000077-1491911889:56069..56207 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00007442-exon-sc0000077-1575043694:56069..56207 | TCONS_00007442-exon-sc0000077-1575043694:56069..56207 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00007442-exon-sc0000077-1491911889:56375..57082 | TCONS_00007442-exon-sc0000077-1491911889:56375..57082 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00007442-exon-sc0000077-1510915933:56375..57082 | TCONS_00007442-exon-sc0000077-1510915933:56375..57082 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00007442-exon-sc0000077-1575043694:56375..57082 | TCONS_00007442-exon-sc0000077-1575043694:56375..57082 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000077 | supercontig | sc0000077:47168..57082 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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