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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00006135 ID=TCONS_00006135|Name=TCONS_00006135|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3261bp
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GTATGCCTTCGAAATCACCAAGTAGTCATTACTCAACCAGTTCTTTGGAC
TTTTTGGAAGCTACCAAAGATACAATGATGAATCGACTCAATGCTATGGA
ACAAACCATGGGAATGCGCACTTCATCCTCAAGTTCTGGATCTGATTACT
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GTATCTGATCAAACCAAAGAGCATCCACAATCCCTTTGCGAGAAATGTAA
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aagagggatgtcgacattagaacAACTTACGGTAATACATAGGGTTTTGA
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AGTTTTCATCTTAAAATTCAACAACAACTTAAAGACATTTGTGAATGACT
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taaaaagcaaatttatGAGCAACTTTGAGGACAACAGCAATATATTTGGA
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attattattattattaagttaaaataaatttgaaagaaaaaaagttatat
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agaaCGAAATT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000063:427296..436012+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00006135 ID=TCONS_00006135|Name=TCONS_00006135|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8717bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000063:427296..436012+ (Clytia hemisphaerica)
TCAATACTGTCAAGTAATGAAGCATATCGAAGAGTATAAAAAACGTATAG
AgtgtaaacatttttttatacttttatcACAACATGGTCATAACATCGTA
TTTGAATGACCATTCTTAGGGAAAATGTTGTGGTGTTGTTTATTGTTATT
ATCTTTGAGTTGCAGCTCCCTCTTTTGATAATTCCGCTACAATTTTTTGC
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ATATCTTCTGCGAATTATAGACTTCTTCAGgagttttttaaatcaaaatt
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ATTATACGATCAAGTTAAATTTTGATcctaaatttgattcttataagaaa
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GTTGTCTTGTCTATAAAACCATTCAttgtgtttgtttacatttaacACTA
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ACTTTGTGAAAACTCGTCAAGGGAAGACAGAGTACCATTCTAGTAAATTT
ACGTATTTTACAGAAACGTTAAATATTAGGATCGGCTTAAAAAGTAACCC
GAAGACGACTTGGACTGTAGAAAGTACATTAATAATTTAATGACTGGATT
TTTAACCtgatatatttttgattgattgGATATCTTTTGGTCAATTTCAC
TGCATTAAAATGGTTTATCACACTGACCCAATTTTCATTTCGGTAAGTTC
AAAATATAACTTCTGTCGAGTCCCTTTAACTctaacctctataattcgaa
tgtcttgttaactcgaacaagttttatggtcacTTTAGTTAATAGTTTCT
AACTTAAAACCTTACCCCATAAAACCTTACCCCCTGAACAAATTGGTGTT
CCCCACACGTGTTCGATTTATGAAGACTTCAGGGTCCATTTATTTTCTTC
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GCTTCTCCATTGACGGGAACTGAGAATtacttcgaattagagaaagattc
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AAAAAacacccttgtctcacagccccggtggaattcTATTATTCCAAAgt
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GGTTTACAAATTTTCATCACCACGCAGACATTATCATCATAACAAAGTCC
CTCATAAAATCCTTTCGATTCATCACTCTCGATGTatttacgaaaataaa
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AATTCTCAGTCAACGAcaaatgtaaagaaaaaaattcatggCTATATGTT
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GTTGACTCCTTTTAATGCTAGAATCTGTTAACAATAACCCTGTGTTTGGA
ATCTTTTTCAAATCTGACTCAAATCATTAGTTCGATAAAGTATTCGATAT
TTTCTTTCTACCACAAAACGCCAAATAAACGTACATCTAACGTCTTTATA
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AGCCTCCCTACTTTTAGTGGGGGCGTACCCCCCgtagacaccgaaatacc
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TCGATATTTTGTCACCGCATGGGATGTATGACACCGAAATAcagtcactt
ttttcttcaaacaccgaaacaccgacagaaaaaagggttaataccgtcac
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AGAGTGAATAAATATACTAGGacctgaaaaaaaactttaaatgcAAGTTG
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TACTTATAAGAAGGCATTTGAAAAACTTCAACTTAAACGAGCTGAGATAT
ACAAAAAACAACTTAAGACGGTGTTGCACTGTTGGcgaaagaacattttt
ttacaCACCCTGTTCCCGTAAAGTTAGGAAGTGACACaagcttttttttt
gaaaaatactttttcagaaaaaaggttttgaagaTTAGAATAGCCCAAAA
GAAGGCATTTGAAAATCTTCAACTTAAACGAGCTGAGATACACAAAAAAC
AACTTAACCTTAACTGTTCAACATTCAACAGCTCAAAATGACGTGCTAAT
GTGACGAAAAACActtcgaaaaaaattctttattgaCCTTTTACTGTGAG
AGGGATTGGTTTTAAACGCTCCTGATGGAGATAGAAACAAAATTTTCCTC
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CAAGCACTTTTAGACTTTATTAAGGTCAAACTTGTACGAAATGGTACgcc
atttttgaaagttttcacaagtatttctctttttgatttgaaacaGTCAC
TTTTTATTGAGCCTCGGCTGATTCCTATTATTTTGATCTAATATACAGCG
GCATTTTTTATGTAACCTTTCTGCTAACGCTATTGGGATTCTTGGGACTC
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aaaatagaatttcagcgcttgaccaataagaaacttcgcaggttttcgaa
aacaatagcagcaatattttttgcgatattcacttttttttgcttggaag
agcttaaagcactacatctagccctttgggctttacagaaatctttGCTC
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AATCACGTGTAAGATTGCTTCAACAAAGTTTCCAATGACGTTTTCATaca
ttgtttattttgatttgagcaagtgtttttttacaaactttctTTATGGT
AAGAACTTAAGGTAAACATTGACCACTTAAATGCCAAGACATACCAATCA
TCAAACCCTTTGAAGATGCCGCTTAACTTCCGCTTGTTCAATGTCTTTGT
CACATTACTTTTACCAAAtgttgtttcgacgttcatctaacgttttttGG
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AGACAAACTAGAAATACACATTCGCTTTAAGTCTATGTATTGgccattat
ttcaaaattctaatTCTTGTCTACGCAAAAAGTGCTCGATGAAAGCTTAG
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GAGGATCTACGTGGGGATCTACGTGTTTACGTGGGAAACACTATTGAAAA
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GTCGTTTAATAATTAGAGTTTAATAGTAGCCTTGatttcttcatattttt
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ATGAATGATCCATTCAATGGACTCTCAGCGGAACTTTTACAGGCTCTTCA
AGAAAGTGCTCTTCAAGGGAACAGCAGTCTATCCAGTATGCCTTCGAAAT
CACCAAGTAGTCATTACTCAACCAGTTCTTTGGACTTTTTGGAAGCTACC
AAAGATACAATGATGAATCGACTCAATGCTATGGAACAAACCATGGGAAT
GCGCACTTCATCCTCAAGTTCTGGATCTGATTACTCAGGATCTTTAAGTC
CAGTTGATTATGCTTTCTTTGGTCGTGAAGCCATGGAAGCACTCCAGAGA
CAACGACGCGAGCGACAACGAAAACCTCCAGAGGGATATTTGTGTCATTT
ATGTTTCTGCAAAGGTCATTATATTAAAGATTGCCCTGAGGTAAGAGATC
CTTTGAAGGAATCTTTAATTTTATGACAGCCACCTTTCTAGAGAGAAAAT
CTTAAATCCCTAAAATCCTAATCTTATTTACATACTAATCAAAACTCCAT
GTTGCAGACCCGCAGGGATCCcagcccactggaaaatttggccaaaattt
cgtccccggtggataAATGAAGATCAGGGTGTTACTTAATTTTATTCAAT
GTCTTCCAGCTCTACCGAGTCGCAATTGAGTCCTCGGATTCTAAatggac
ccgtagctcaatgTTAGAGCAAATGTCTGCGAATGACATGGTTGTGAGTT
CTAGTCTCGCCGGAcccgttggttttccaacggttctggtggctggtcaa
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AAGAAACGATGCTTCGGAGAATACAAATGTCCTTCTTGCAAACGAAAGTG
GATGTCTGGCAATTCCTGGTCAAACATGGGTCAAATGTGCATCAAATGTT
CCATTCTGGTGTATCCACATAAACAACGTCCTCTTGATAAGCCCGATGGT
TTGGATGTATCTGATCAAACCAAAGAGCATCCACAATCCCTTTGCGAGAA
ATGTAAAACTCTTGGATATTATTGCCGAAGAGCTGCAAGTTAGATTGTCG
TTGATTCCGTCGTAAGTAATCCGTCATTGACGTTCTTTTAACGTTATTAG
ACGTTAGTGATGTTATATTAACGTTTATAATGACGTTATAATGACGTTAG
GTTGACGTTATTGATGTTAGGTTGACGATCTTGACTGACAGAATGTGGCC
AAAAGGACCTGCTGTGTTGGATGTGTATTTTGGGATCGGGGTAAATTATT
TAATGCTTTAAACTAGATTGTATATTAGACTTCAAAGGTGTTTGAACCTT
CGTAATATGGAATTTCAAGCAATATAAGATATATGGTTGACTTGTCAGGG
TTTTTGGTGCAACAAAATAAATGCAATATAGAGAGTGGTTTATATTGTCT
AGATTTTAGATCATTTTAGATTTATGAAGTTTGATCATTTATCTTTTATT
ATTTAAGTATTATTATTTCTGCCATGCTTCCAGTATTGTTCAATGGCGTT
TATAAATATTCCCAAATTctaattatatttttgttttgttctttgGAATT
TTGGGAATCAGGGTATTTATTTGATAATGTATATTAGTCTTTATACTATT
CCGAGAACTTGATCGACAATTTCACTTCAATTTCAAtggattctttaaaa
aaactaagaTCAACGCAAATTCTTGCAAATTAAAATGAAACTCAACATGT
TTGCAGTGCCTTTTTTAGAAGATATTTAGGCCTTTAGgctttatttttga
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CACTGAGAATTGagtttgagatattttgttCGTGTTACAGttttctgttt
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ATCCTTAGTGCCGttagttggtctaatgtcgacattgCTATTGTAATTCC
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TTTTGAATGtgaaatgaaattattttgaatgtCTTGACAGGTTTAGAAAT
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TGCCGCCATTATTGTATtgttattattactattattttccaagaaaaata
ttaaaaagaaCGAAATT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00006135-exon-sc0000063-1491911889:427296..427339 | TCONS_00006135-exon-sc0000063-1491911889:427296..427339 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006135-exon-sc0000063-1510915933:427296..427339 | TCONS_00006135-exon-sc0000063-1510915933:427296..427339 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006135-exon-sc0000063-1575043694:427296..427339 | TCONS_00006135-exon-sc0000063-1575043694:427296..427339 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00006135-exon-sc0000063-1510915933:432375..432785 | TCONS_00006135-exon-sc0000063-1510915933:432375..432785 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006135-exon-sc0000063-1575043694:432375..432785 | TCONS_00006135-exon-sc0000063-1575043694:432375..432785 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006135-exon-sc0000063-1491911889:433207..436012 | TCONS_00006135-exon-sc0000063-1491911889:433207..436012 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006135-exon-sc0000063-1510915933:433207..436012 | TCONS_00006135-exon-sc0000063-1510915933:433207..436012 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006135-exon-sc0000063-1575043694:433207..436012 | TCONS_00006135-exon-sc0000063-1575043694:433207..436012 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000063 | supercontig | sc0000063:427296..436012 + |
Blast
BLAST of TCONS_00006135 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ZCH24 (Zinc finger CCHC domain-containing protein 24 OS=Homo sapiens GN=ZCCHC24 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 221.09 bits (562), Expect = 8.288e-65 Identity = 99/114 (86.84%), Postives = 104/114 (91.23%), Query Frame = 3
Query: 387 KPPEGYLCHLCFCKGHYIKDCPEARPKGEGLTPYQGKKRCFGEYKCPSCKRKWMSGNSWSNMGQMCIKCSILVYPHKQRPLDKPDGLDVSDQTKEHPQSLCEKCKTLGYYCRRA 728
+PP YLCHLCF KGHYIKDCP+ARPKGEGLTPYQGKKRCFGEYKCP CKRKWMSGNSW+NMGQ CIKC I VYPHKQRPL+KPDGLDVSDQ+KEHPQ LCEKCK LGYYCRR
Sbjct: 127 RPPPNYLCHLCFNKGHYIKDCPQARPKGEGLTPYQGKKRCFGEYKCPKCKRKWMSGNSWANMGQECIKCHINVYPHKQRPLEKPDGLDVSDQSKEHPQHLCEKCKVLGYYCRRV 240
The following BLAST results are available for this feature:
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