TCONS_00005463 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00005463
Unique NameTCONS_00005463
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2727

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00005463 ID=TCONS_00005463|Name=TCONS_00005463|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2727bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000053:133619..178831-

Legend: exon
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>TCONS_00005463 ID=TCONS_00005463|Name=TCONS_00005463|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=45213bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000053:133619..178831- (Clytia hemisphaerica)
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000053supercontigsc0000053:133619..178831 -
Expression
No biomaterial libraries express this feature.
Blast
BLAST of TCONS_00005463 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ATP7B (Copper-transporting ATPase 2 OS=Homo sapiens GN=ATP7B PE=1 SV=4)

HSP 1 Score: 209.92 bits (533), Expect = 1.059e-55
Identity = 159/533 (29.83%), Postives = 263/533 (49.34%), Query Frame = 3
Query:  786 LSALLVSAPSTVLLAETN-----QSVDIKDVAMGTLIVVCAGEQIPLDGKVIKGKAAVDESSITGEATPVGKSTDSTVFSGTVIQSGYLKIETTSDYKTSTLSRVSEYIEEAKAASSNTEEILNRFAKFYTPLIVGVALLIFIVPLIVGKVKNG-----FTTEDMKIWSTR---------ALKVLVVACPCSLIIAVPVTMISGISRASKDGILVKGAQFLEKMASIQMFCFDKTGTLTEG-----RFQVVAEHHVSGERSDAVMYAAALETKSSHPVAAAIVNHFS----------------------GCITDKIEQF--GSQINLPDVTKFKNEAGMGLSGVVSEKE-------VLVGNLDLMQLYSVLVSDKEKTLLEDWSNMGRTVVFVANEGRLSLILGLADKVRDSSRETIQGLTQHNVRCCMLTGDTEGPARLISNETGIVEYSFSMKPHEKYEWLVSKQKQDKLKVAMCGDGVNDCPSLAAADVGIAIGPTATGLAVDSAGITLMSDDLSRVVTLLLLAKYCRTI 2219
            L +L  +  + V L E N     + V ++ V  G ++ V  G + P+DGKV++G    DES ITGEA PV K   STV +G++   G + I+ T     +TL+++ + +EEA+ + +  +++ +RF+ ++ P I+ ++ L  +V +++G +  G     F   +  I  T          ++ VL +ACPCSL +A P  ++ G   A+++GIL+KG + LE    I+   FDKTGT+T G     R  ++ +      R    +   A E  S HP+  A+  +                        GC    +E     S+  L       NEAG     + +EK+       VL+GN + ++   + +S      + D    G+T + VA +G L  ++ +AD V+  +   +  L    V   ++TGD    AR I+ + GI +    + P  K   +   Q + K KVAM GDGVND P+LA AD+G+AIG T T +A+++A + L+ +DL  VV  + L+K  RT+
Sbjct:  795 LMSLQATEATVVTLGEDNLIIREEQVPMELVQRGDIVKVVPGGKFPVDGKVLEGNTMADESLITGEAMPVTKKPGSTVIAGSINAHGSVLIKATHVGNDTTLAQIVKLVEEAQMSKAPIQQLADRFSGYFVPFIIIMSTLTLVVWIVIGFIDFGVVQRYFPNPNKHISQTEVIIRFAFQTSITVLCIACPCSLGLATPTAVMVGTGVAAQNGILIKGGKPLEMAHKIKTVMFDKTGTITHGVPRVMRVLLLGDVATLPLRKVLAVVGTA-EASSEHPLGVAVTKYCKEELGTETLGYCTDFQAVPGCGIGCKVSNVEGILAHSERPLSAPASHLNEAG----SLPAEKDAVPQTFSVLIGNREWLRRNGLTISSDVSDAMTDHEMKGQTAILVAIDGVLCGMIAIADAVKQEAALAVHTLQSMGVDVVLITGDNRKTARAIATQVGINKVFAEVLPSHKVAKVQELQNKGK-KVAMVGDGVNDSPALAQADMGVAIG-TGTDVAIEAADVVLIRNDLLDVVASIHLSK--RTV 1318          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00005463 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
ATP7B1.059e-5529.83Copper-transporting ATPase 2 OS=Homo sapiens GN=AT... [more]
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