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transcript sequence >TCONS_00005370 ID=TCONS_00005370|Name=TCONS_00005370|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3545bp TTAGGTTTGGAATTTGTGAAGAAGTTGGCGAGCAGAGTTGATATTTTATT TGCTGGATGTCGTAAACCTTCTGAAGCTTAAATGTCACTTGTGAGAAAAG TATCCAAGCTTGCATTGAAGAAGTCTCCAAAGTTTGCGGTGAAGTCGGAT TGAGTTGTTTGATCAACAATGCAGGAGCAATAAAGAAGCCGGATAACAAA GTTACTGAACTATCATTGGATGATCTCAAACGTATTTTTAGTGTTAACAC CTTTGGCCCGTCAATAGTTTGTAAGCATGCACTCGTTATGCTCCAACAGG CAGCTATGAAAACATCTAGTGATTACATCATCTCAAAGCCACTAATCATA AATATTGGAACCATTTTATCTTCGATTGGGAGTGTGGAACGATTTGGACT CTCCCATTACAGCTACAAAATGTCAAAGAGTTCATTGAatatgtttacaa aaatgttgTCTTTGGAGCTCAAACAGGATGACATCGGTGTTATTTGCATC AACCCTGGTTGGGTTCAAACAGAGCTTGGAGGTTGGAATGCCACTTTGAC AGTTGAGCAGTCAGTTGATCAGATGTTAAAAACTTTATCAATTTTGAAGC CTGACCAAATGGGATCACTCATAGATATTGATGGAAGTATTATTCCTTAT TGATATTCCCTTTGGAAAAGCTAATTCATATTCCTGATATATTGTCAATC AAAATTGTCTTCAATTAACCTGAATCTagcaagaactaattttggcaatc agaaaaaatcctaaaaaagatttttcaaagattcagCAAGAGACTcattt tgctgagtcagcaatttttttagttttaacaaAACTATTTTTAGCGAATA GTTATATTTTTGTTGTCTCAGAACAAGTGTTTTGTGGATTCGGGGCTGTT CCAGGAAGTGATAGAAAGTTTTGGCATGTAACTTTTTGTGGCAgagcagc aaattttcaaatcttttattaGTTTTGGTATCACAAACTAGAATAATAAA GCCCAAATAATTTTTATGCTTTCATTTATAATACATACATCTTCATCAGA TTTTTTTACCatacaatattttgaaatataagaaTTTTTATAAACAATAT GAATAATATTATGATGGTAGAgagttttgtatatttttatgcaCACATTG TATAAATCTCACATATATAATTtggatttttattatttttaatgattttc tctGATTCTCTTCAGTTTCTTTCTAGTTCTTCACTTTACCTGCATCTATT CTTCATTTATCATGTTTacagaaaaataagaaaatatgtcacaaaaattt gcgaaaaaccTTCTTATAACAGGTGCCAACCGTGGTATTGGTTTGGAATT TGTGAAGAAGTTGGCGAGCAGAGTTGATATTTTATTTGCTGGATGTCGCA AACCTTCTGAAGCTAAGGAACTGAATGCTTTGAAGGATGCGCACAACAAC CTTCATGTAGTGGAAATAGATGTCACTTGCGAAAAAAACATCCAAGCTTG CATTGAAGAAGTCTCTAAAGTTTGCGGTGAAGCCGGATTGAGTTGTTTGA TTAACAATGCAGGAGCTAACAAGAAGCCGGATAACAAAGTTACCGAACTA TCATTGGATGACCTCAAACGTATTTTTAGTGTCAACACTTTTGGTCCTCC CATAGTGTGTAAGCATTCCCTATCATTGCTTCAACAAGCTGCCAAAACAC ATTCAGATCAAATCATCACAAAGCCTCTTATCGTTAACATTGGGACTGGT TTATCGTCTGTCAGCAGAATGAATCGCGATATGAGTTGCTATTATTCCTA TAATATGTCCAAGAGCCCTTTGAACATGTTTACCAAAATGTTATCGCTGG AAATCGAAGAAGACGGTATTGATGTCATTGCTATCCACCCTGGGTGGGTA CAAACAGATATGGGCGGTTCAAATGCCACCCTCACTGTTCAACAATCAAT TGACATGATGTTAGAGACGTTATCCAATCTCAGACAAGAACAAAATGGAA CCTTAATCAATTTCAAAGGAGAAACAATCCCATATTGAGAGAGACTTGGT TAAATGGATTATTTTATTGGGATGAGAGGAGAGAGACTCCAGAGACGAGA ggtcaaaattgcaaaaaaatttgtatcTTATTTAAAATAGAATGAAGTTT AGAGTGACTTCGTCTATTAGAGTAACAAGTGAAATAATATCAAGCTGATC AGGGTAGAGACATGTAAGCTGTCAGTTAGGTAAACCACTAGAACGTTCAT TATAATAAATCTTCctaatatatttttaatttgagATAAATTTTTGTATG ATAATGTAAAGaagaatgtttttgaaagttttacgAGTTTTTATGGATTC TACCAACCGAAATTGTGTGAAAGAGcagattttaatgattttaaggCGAT TATTTTAACATGACCTAAAGATGATGGTTAAGATGACCTTTTGGTTCGAT TCTCCATGTTTATAATGTTTGTATGTATTTTTCAGGTAACagtaaaaata tcaaagaaataaaaacatcaatgaACATGACGGCcaatgaattttcattt tcttgtgATCCAAACTTCTGCAGTGTTTGTGGTTCAATCCTCCCTCTCCC CGTCACTGGTTCAGATGTCCTCTCCTGCAAGTTATGCTCAACTTCCATCA GTGTAGATTCTCTTGAAGGTATCGTCATCCATTCGTTCAAGAAGTTTAAT CAACACAAACTCAAATCATCTGATGAGATGGAACGAATGAAAGAAATGGA AGAGAGTGCGACCAACCATGGACCTGTGGTCAAACGAGAATGTTCGAAAT GTCATCATAAGAAAATGACATATACGACGCGTCAAACGAGGTCGGCCGAT GAGGGCCAGACAGTCTTTTTCACATGCTTGAAATGCAATTTCACCGAGAC CGAATATTCATAATGATTCTAATCGATATTTTTCTGCTGGaaatttgata ataattttaGCTGGAGAAGGTAACAGTTTCTTGTACTTTTTGGAAATTGG TTGTACTTGCGTGAGTTATTGATATGCTGAAATTGTATCTTACATTGGTA TTATTAGATCGATGGAAGACAAAATACTTAGTTCCATTGTCATTGCATCA TAGCTAGATGGTTATGCACTACGAATATCTTTTTGGAACAAGATGTTTAT AATTCAATGtcaattgattttaaaagcTCTTAAGCTTCTTACATCTCATT CAAACACACTGATGATAACTGTATCATACAGCTATATAATCTATTTCCGA TTACGTAATTACAATGATTTTTCCTCACAGTTTTTTATTCCGTATGATTA TTTATGGTCTTTGGAAGAGATGATATCTACACATTTGTAATATATATTTG AGCAACTCTTGTTATGACTTGTTGTATGTCGTTAAGAAGGTCTTAGTTCT ATACATTATTATCTATATATGCAAGATTTGAAATGAATTGGTATTCACAA TATCTAAACATTTCCAATCATATATATTTAGTCTTATACTTCTCTTTCAA TACCAATTTGTTATGTCGTTGGAAAGGTCTTAATTCTATACATTA Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000052:755467..765540- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00005370 ID=TCONS_00005370|Name=TCONS_00005370|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=10074bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000052:755467..765540- (Clytia hemisphaerica) TTAGGTTTGGAATTTGTGAAGAAGTTGGCGAGCAGAGTTGATATTTTATT
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GTTTGGATCTGAAAACTCAATTGGAAAACCCAAAAACTCAATTGGAAAAC
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TCTCGAAGGTCAGCCGGGAAAACTATCCAGGTGGGAAAATCCGAATGGCC
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CTGTTGGTAGCATCGGATATTTGATTTCCAGACCTCGAAAAAAACCGTTA
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CCCTATTAGAAGCATAATATCAAAAATTGACTAACTGATCTAAGGGGTGG
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
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TCONS_00005370-exon-sc0000052-1575043694:759001..759052 | TCONS_00005370-exon-sc0000052-1575043694:759001..759052 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00005370-exon-sc0000052-1575043694:757400..757549 | TCONS_00005370-exon-sc0000052-1575043694:757400..757549 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00005370-exon-sc0000052-1510915933:765460..765540 | TCONS_00005370-exon-sc0000052-1510915933:765460..765540 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00005370-exon-sc0000052-1510915933:763958..764151 | TCONS_00005370-exon-sc0000052-1510915933:763958..764151 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00005370-exon-sc0000052-1510915933:759001..759052 | TCONS_00005370-exon-sc0000052-1510915933:759001..759052 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00005370-exon-sc0000052-1510915933:757400..757549 | TCONS_00005370-exon-sc0000052-1510915933:757400..757549 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00005370-exon-sc0000052-1510915933:755467..757198 | TCONS_00005370-exon-sc0000052-1510915933:755467..757198 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00005370-exon-sc0000052-1491911889:765460..765540 | TCONS_00005370-exon-sc0000052-1491911889:765460..765540 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00005370-exon-sc0000052-1491911889:763958..764151 | TCONS_00005370-exon-sc0000052-1491911889:763958..764151 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00005370-exon-sc0000052-1491911889:763583..763735 | TCONS_00005370-exon-sc0000052-1491911889:763583..763735 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00005370-exon-sc0000052-1491911889:762424..763412 | TCONS_00005370-exon-sc0000052-1491911889:762424..763412 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00005370-exon-sc0000052-1491911889:759001..759052 | TCONS_00005370-exon-sc0000052-1491911889:759001..759052 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00005370-exon-sc0000052-1491911889:758068..758261 | TCONS_00005370-exon-sc0000052-1491911889:758068..758261 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00005370-exon-sc0000052-1491911889:757400..757549 | TCONS_00005370-exon-sc0000052-1491911889:757400..757549 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00005370-exon-sc0000052-1491911889:755467..757198 | TCONS_00005370-exon-sc0000052-1491911889:755467..757198 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000052 | supercontig | sc0000052:755467..765540 - |
Blast
BLAST of TCONS_00005370 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: RPA12 (DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 OS=Homo sapiens GN=ZNRD1 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 104.375 bits (259), Expect = 4.098e-25 Identity = 58/130 (44.62%), Postives = 75/130 (57.69%), Query Frame = 1
Query: 2521 MNMTANEFSFSCDPNFCSVCGSILPLPVTGSDVLSCKLCSTSISVDSLEGIVIHSFKKFNQHKLKSSDEMERMKEMEESATNHGPVVKRECSKCHHKKMTYTTRQTRSADEGQTVFFTCLKCNFTETEYS 2910
M++ SF D +FCS CGS+LPLP D ++C C +I+V EG V+ + F H+L ++ M +EE GPVV R C +C H+ M Y TRQ RSADEGQTVF+TC C F E E S
Sbjct: 4 MDLANTCSSFQSDLDFCSDCGSVLPLP-GAQDTVTCIRCGFNINVRDFEGKVVKTSVVF--HQLGTAMPMS----VEEGPECQGPVVDRRCPRCGHEGMAYHTRQMRSADEGQTVFYTCTNCKFQEKEDS 126
The following BLAST results are available for this feature:
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