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transcript sequence >TCONS_00005186 ID=TCONS_00005186|Name=TCONS_00005186|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2130bp ttattgGGACATAATTCCTGGTTTTTTAATCAAGAGTTATAAGGAATTTG TTGGAGAAAATTGACCACGAGTGCGTATAAAGGAGTGACGTCTGTTTTGC GGCTGAACACGTGAGAGAAGTAaacattttaagtgttttatgATGTGACT GTATTCTTCTATTGTTCTGAGTATAacgagttcttttgtttttgtttgat gACCAAGATAAGTGTCGTCTATTGATAAAGTGATAAATACCTCTGTTAGT GTATTGCTAGCAGAAAAATAATTGATTTCGCACACTTACATTCACTAGGG AGTAAAGTCGTTTAACAAGATTTTGAAGGATTATTGGATTGAAGTTTGTA ATAGTAATCACATTGTAAGAATCAAACGCTCGCATAGACTGACCGTTAAA AAAGGATCAGCTTCCAACTCTTGCAACTATTACAAAGGCTAGATTTCAGC TTATGATCTGTTAAGTATCATCTTGTGAAAACAGTCGAATCTTCGGTTTT GTTTACtacattttgattggttgaatgGCAGTCGTTCAAGCAAAGATGGA GACTGTGAAAGCAAGCGCATTAATCATCTTTAGGGAGTGGTTCCATCAAA CCAGGAGGGCGTTACCAGCATTGAAATGGAAtggatcttcttcttcttct tcttcttcagctTCGTCTGATTACCatttGCACCAAGCTGTGTTATCAAA AGAAGAGATGACGGTTTTCCAAGTCAGTGGTGCTCTTCAATCGCACGAGA GTTACATCCGCATCATGACAGCCATCAATCATGCCGGACTTGAGCTCTAC TTCAAAGCGTTCCATCACAGGGACGAACTACCCGGTGGTCTTGGTCTTCC AACAGAACCGGAAAAACTTTACAAGCATCTACAAAAACATCAATCAGAAT TTGACGACCTTCGCTCCAAAGGACAAATCACTGAAAGAGAGTATCTAACC ATTTTCCCAGCTGGCAAGAAAGAGACTTATTCTCAGGAATTCTCATTCCc gcttttccaaaaattgttACAAATGTTTGACCGAGCAGGACTTGATGCGG AAACAGCAAACTCGGATGACGAGCGAAACGTATTTTTGCAAGAAATGTCG AAATTTGAATACATATTGAAAGATAAGAAACTGGTCAAAAAGATTAACAA TTCTGATGAGACTTTCAATGAAATTTGGGATGACGTCATTCAGatcttga aaaatgtcaaatatgatataacacgaatcgAATCCTTACGAACAAGCGAT CTAgaagaaaataataaattccGATTCGCTCTCTTAAAATCCGAAGTCAA CGCTTTATTGTGGGAATGTGATGATTGTTTCAAGACTGTCAAAATGAACC ATCTAGCCTTGGATCGCCTCAAAGGGAACTTCCAGGCTGCACTCTCTGAA GTCAAAACAGAAAATAACAACGCTAAAACAGCTAACGAGTTAAAAGAACT GAATACAGTCACAGATGAActtcaaaaatctgaaaataaaatcatGGTTC AAAAACAACAGCTAAACGAAATTGTTCCAAAtattaaattttggcgggaa aagAACATTGaaggtgacgtcatcatttgtgACGAGAACATTTCGAAATT GAGACATGAAGTAAATGAACAGACCAGACGAGTCGGTGATTTGTTCAACA CCGTATCTTTCGATATCATTCACCTGAAGGAGCGAGCATACAGTGCGACT GGAGAAGCTAAAAACATCGGACTTCCTTTACATAAATCGCATTGAGTTTT GCGActgtttcagatttttttttttgtacataTTATTAAGGTCTATTATc tttatatttattattttaatgcaagttttatttttaatttgttctagGTC TTTCAATTGATTATTCCGAAATTGATGCTGAATATTTTGGGAACTTTTTT GGATTGACCGGTTGAACCTTTAGTCTTTTGCTTTAttgatttcagaaaaa aataaaagatagaGAATTTTGTATAGATTTCACTGGCGTGTCATTTCATT GAGTTACTTTAAACAACACTTCTacgcgtttttttttattagaacctagt ttataagaacatataggctgaaattcgtcgaaaaattaagaacatcttaa gaacatgcccagcctcagtttggaaaaaaa Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000051:108262..124019- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00005186 ID=TCONS_00005186|Name=TCONS_00005186|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=15758bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000051:108262..124019- (Clytia hemisphaerica) TTATTGGGACATAATTCCTGGTTTTTTAATCAAGAGTTATAAGGAATTTG
TTGGAGAAAATTGACCACGAGTGCGTATAAAGGAGTGACGTCTGTTTTGC
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TGAGACGAGGTACAGTAACGATTTCGACTATCGACAGCTCTAACGAAGTT
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCCAAACTGAGGCTGGGCATGTTCTTAA
GATGTTCTTAATTTTCGACGAATTTCAGCCTATATGTTCTTATAAACTAG
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GTTTTTAATTCAATTCAAAAATGAATTCAAAAATGTTTTTATTGTAGATT
TGAGAGTACTAAAACGGTTTTATTGAGGAAATCCACAACAGCTTCATAAA
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TGGTTGTATGTGGTGATTAGTACACGTTTTTTTTATAATAGAGCAAACTA
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TGAAACCCAAAAAGTCAAGAACATCCCAAAGCTTTAAAAAAACGTGTATT
CCATGTCGAGTTGTATAAGTCCATTTATTCGAATATTTGTTACTTTTATT
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AAAAAACTTTCTTTGTATGTATATCCCACTTTCTTGTATAAACAGGACAA
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TAAAAAACCTAATTGTCAATTATACGTATATCGTTTTCATTAACAAAATT
AACAGCATAAACGAGGCTATTACAAACTGACGTATTTGTAAACTTTTTTA
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CAAGAGAAAGAGAAAGTTATTTCATGCTGAAAACTTGCTAAGAAACAGGA
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GTACTTGACCTCTGTAAATCCTTAAGGTGAGGTGTTTGGTACAAGCTCAA
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AACTCCTCTTGTATTATACATTTGGGAAGTAAGCAATTCGATACATACAC
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TAAAGGAGTCGAATTATGGAAGATTTGCCGAATGATACTCTATAATTCGA
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CAAAAATCTGAAAATAAAATCATGGTTCAAAAACAACAGCTAAACGAAAT
TGTTCCAAATATTAAATTTTGGCGGGAAAAGAACATTGAAGGTGACGTCA
TCATTTGTGACGAGAACATTTCGAAATTGAGACATGAAGTAAATGAACAG
ACCAGACGAGTCGGTGATTTGTTCAACACCGTATCTTTCGATATCATTCA
CCTGAAGGAGCGAGCATACAGTGCGACTGGAGAAGCTAAAAACATCGGAC
TTCCTTTACATAAATCGCATTGAGTTTTGCGACTGTTTCAGATTTTTTTT
TTTGTACATATTATTAAGGTCTATTATCTTTATATTTATTATTTTAATGC
AAGTTTTATTTTTAATTTGTTCTAGGTCTTTCAATTGATTATTCCGAAAT
TGATGCTGAATATTTTGGGAACTTTTTTGGATTGACCGGTTGAACCTTTA
GTCTTTTGCTTTATTGATTTCAGAAAAAAATAAAAGATAGAGAATTTTGT
ATAGATTTCACTGGCGTGTCATTTCATTGAGTTACTTTAAACAACACTTC
TACGCGTTTTTTTTTATTAGAACCTAGTTTATAAGAACATATAGGCTGAA
ATTCGTCGAAAAATTAAGAACATCTTAAGAACATGCCCAGCCTCAGTTTG
GAAAAAAA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00005186-exon-sc0000051-1575043694:123345..124019 | TCONS_00005186-exon-sc0000051-1575043694:123345..124019 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00005186-exon-sc0000051-1575043694:108262..109716 | TCONS_00005186-exon-sc0000051-1575043694:108262..109716 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00005186-exon-sc0000051-1510915933:123345..124019 | TCONS_00005186-exon-sc0000051-1510915933:123345..124019 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00005186-exon-sc0000051-1510915933:108262..109716 | TCONS_00005186-exon-sc0000051-1510915933:108262..109716 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00005186-exon-sc0000051-1491911889:123345..124019 | TCONS_00005186-exon-sc0000051-1491911889:123345..124019 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00005186-exon-sc0000051-1491911889:108262..109716 | TCONS_00005186-exon-sc0000051-1491911889:108262..109716 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000051 | supercontig | sc0000051:108262..124019 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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