TCONS_00004987 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00004987
Unique NameTCONS_00004987
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3140

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00004987 ID=TCONS_00004987|Name=TCONS_00004987|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3140bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000050:171994..214150+

Legend: exon
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>TCONS_00004987 ID=TCONS_00004987|Name=TCONS_00004987|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=42157bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000050:171994..214150+ (Clytia hemisphaerica)
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000050supercontigsc0000050:171994..214150 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0 0 0.028693 0.0536333 9.83999e-05 5.56072e-05 7.47474 0.00585394 11.7096 4.29224 8.69672 2.57047 37.012 25.4788 9.15587 13.6005 114.164 112.542 3.67169 4.44331 98.0703 102.886 4.54254 4.74559 2.04387e-06 9.60475e-06 2.51731 0.106109 0.186052 0.650179
Blast
BLAST of TCONS_00004987 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: RBMS3 (RNA-binding motif, single-stranded-interacting protein 3 OS=Homo sapiens GN=RBMS3 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 259.225 bits (661), Expect = 3.914e-76
Identity = 123/175 (70.29%), Postives = 145/175 (82.86%), Query Frame = 1
Query:  733 GEKLSKTNLYIRGLPISTTDDDLVSMCKVYGNIISTKAILHKDTNQCKGYGFVDFDNPASAQRAVASLQSQGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPKTLDEQTLQQILMPYGNVISTRILRDSNGCSKCVGFARMESKEICEKIINSLNGKYLQ------GSSDPLLVKFADGGPKK 1239
            GE+LSKTNLYIRGLP  TTD DL+ +C+ YG I+STKAIL K+TNQCKGYGFVDFD+PA+AQ+AVASL++ GVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLP ++DEQ L+ +L P+G+VISTRILRD+NG S+ VGFARMES E CE +I   NGKYL+        S+PLL KFADGG KK
Sbjct:   55 GEQLSKTNLYIRGLPPGTTDQDLIKLCQPYGKIVSTKAILDKNTNQCKGYGFVDFDSPAAAQKAVASLKANGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPISMDEQELENMLKPFGHVISTRILRDANGVSRGVGFARMESTEKCEVVIQHFNGKYLKTPPGIPAPSEPLLCKFADGGQKK 229          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00004987 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
RBMS33.914e-7670.29RNA-binding motif, single-stranded-interacting pro... [more]
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