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The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00004842 ID=TCONS_00004842|Name=TCONS_00004842|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2753bp
aagccATATGGAGGAAGACCACTTCGTTTCCAGTGTCCTGATTGTGATCG
AAAATTCCACGCACCATCTCATCTTAAACGACATCGACTTTGTCACACTT
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TTG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000049:80810..101742+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00004842 ID=TCONS_00004842|Name=TCONS_00004842|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=20933bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000049:80810..101742+ (Clytia hemisphaerica)
aagccATATGGAGGAAGACCACTTCGTTTCCAGTGTCCTGATTGTGATCG
AAAATTCCACGCACCATCTCATCTTAAACGACATCGACTTTGTCACACTT
CGGAAAGACCTTTTCAATGTCACATTTGCAAGAAAGGTATTTTGTTGCTT
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GGGAATGTCCTCGTACACCATTTGCCTTATTTGAGTGATCAGCAGCCGGG
CTAGCTTCTCTATGAAATAATAAAGACCGAGATGAAAACCGTATTTCAAA
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GCGACACACGGCACATTTTATTATTTTGCGATATTGTTGTGGCGcaacaa
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TAAAAGTAGTCCCCCCTTGATTTTACTtttccagacgtccgcgctcgaaa
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CTGGACAATCATCCAAACACCAGACAGGACGTTTGAATCAGTTTGGTGTT
CGctaaaacgaaaaagaaaaaagtctggtGTTTGTCCTGTGTCAAGAATA
TGCGCAATCACCTGATAGATTTGTCTGGCGTAATTTGATACCgtgaaagg
gtaacttgcatcagtggagggaaacttgtatagccatcaaatgaccaACC
AATCAAAGCGTAaaacttcaaaacaaatgaactacacagctccgctcgca
gctctactctaacatttttgttttgatttaagtttGTATTTTGATGACCA
GATATgttattcatttgagggctatgcatgtttgcctccactgatgcaag
ttacccgactttaCGTTAACAGTTTTCAGAACCAGACAAAAACACCGGAC
AGTTCGGTTTGTTGGCAGggtcaaaaataattaatttaccTTACCATTTT
ACTATTTGGAAAAATCAGTTTACTGTAAccgaaattgaaaattcaaacgT
GATactatttttttagttttttttggctttttgtaTGATGATTTAATTTT
GACTATTTTGATGATCGAGATGAGAACTTAGCAGTTGGTGTAATGAGGTG
TGCTGTTTGAGGCCTCTAAATGACTTGATATTTGAGgttaaaaattttac
ttaaaagttAAAAGATTACCTTATGATCAATTTTCCTGAGAATTAATTTC
ATGTTTTAacaaatttttgctttctaaAATAAATCTTGCAAAATCATGTG
ATATCCTTGAGTTGCAAattaaatgcaaaaaaaactttcaaaatcagGAT
TTCTGCGTAAAAACTTGGGAAATCAGAAACCTTGCACACCCTTCATAACG
AAGGCAAAACCAACGTGGTATTACACTTGCTAGAATTTTCACTTAAAACT
GCCAAAACTACCAATTTTAATACTCAAGTATTCAGTTTTACTAcattaaa
aggaagaaatttgggtgggaatttaatttggcggatgaaggacatttttg
ggaataaatagagcaatttaaatttggcgggaatttgatttggcagatga
cagaaaaaattaaattttggcgggaactttaaaatttggcagattttgac
caaatccgccagattaagttcctgccaaaatttcttccctcaagTTAGCT
TCCATCAGTAGCAAAGGTAGTATTTTGACAATCATACAATGTGTTCTGTT
ATAAGTCATTTCAGCTTGTTTCAATTGTAATTTCCACTATTTTGTGAGTT
TGAAAACTTTTGTGATGAGCTTTAATTTATGTAGATAGCTAATATGTAAT
TTTTAATCAATGGGTTTAATTCATCAATTTACTATCTAAAATTAtcagga
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GGATGAATTGACAATGTCTAACTTGGACAAAAAAACACACTTAACGAAAG
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AATTACGTCTTACTAAATCAGAAGGTCATGTTTACAAGGAATTTTAGTTT
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aaataaggtcctcaaagttaaaatatttttcttcgcaaaaatcttcattt
tcctctttatcaagttttttttattgcaatttttaaattttcagattcag
gaatagttggcctaacagaaaatgtataaaattCCACAGTTTGTTGGTTA
CACCAGTcagaaaaacacattttatacacgataattatgaaaaattcact
atggtcagagcctttAAGATTTTGGATTTAAATTTAAACTGATCGAAAAA
ATTATGATGACCTACGGTGTTTTCCAAACCATTCAATaggcataaattat
gcagattcgCATAAATTATGTGCCTCGTTAATGGGTACTTAGCATTTGCT
TTAGGTTGTTGATTTAATGACAATCTTGCATGCTTTTGGCAATTATTACG
AAACGATAATTACCCCTTGAGTGGGAAGATCTTTATTTGTTTACACCGTT
GTTTCTAATCGAGATTAAGTTACCCTGGTAACGAGGATAGACTGTTGCTA
TGAAGAACAATAGGCATTCAAATTAGCTAATTATAAACTAATTTAAATGT
CTTTTGATTTTATAATAGCGCTGCGTGATTGAGTACCTATTTTTCCCTCT
CTTTTCTAAAGGTcttttttgaagcaataaaATGGCTCTTCTCgcattga
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AAATAGCTCTTCTCgcattgaattgaaaaaaaaatcttcttattTTTTAA
TGTCTATTTAAAACTTCAAAGAAATATTGATAATTATCATCTTAAAATCG
TCTTAAATCTAAATTTAGACGAAAGATATTTCCCATTTGGATAGGAATTA
CAGAATATCTTTTCGTGACTTTTAAACTAACATTGTATAGAACCTTCCCa
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gaaaattaatttggTACGTTTTGCCAAGATGATATCAGCTTTATTATTTC
GCTGTTCTTTTAAAGTTGTATAATTTGAGAGTGCAGTATACTGATCTGTT
AGCCATACTGAAGAGTGAATCCAGAAAAGTTGTTTTCTATCATTTGCTCT
ACTTCTCACGTGTTTTCACTAACCTTTGCACAAACCTGATcagtgatttt
tatttttttcactttttcagagAAGCCATATGGAGGAAGACCACTTCGTT
TCCAGTGTCCTGATTGTGATCGAAAATTCCACGCACCATCTCATCTTAAA
CGACATCGACTTTGTCACACTTCGGAAAGACCTTTTCAATGTCACATTTG
CAAGAAAGGTGAGGAAAACTCCTTCGATGAAATCTGAATTAGATGAGACT
GAGAGTACTTAGTAAAATGTGCAATTatacttttaaattttcaaatctaa
AGAAATTGAATGAACTGAAAAGGAAATACTTTCGGGATGTTTTTCGGATG
ATACTTTTACCCTCATCTTTAACTGTGTAAAAGTCATAAGCGGGGAATGC
TAGATATACCCGAGGTAAATCTCTGAAAACTTTCTCTTGATTTTTAACGA
AAAAGCGACTCTTTTGTGAATAACCTTTAGAAAAACGATTGTCCGAGAAA
TTTTCTACCCTGATATCTTATCCCattgattttatcaaattttcattcag
aacttattttttcttcaggaTTCTTACAAGCTTGGCACTTGGGACGTCAC
ATGACCATTCATACCGGAAACAAACCTTTTCAATGTCCGGAATGTCCCAA
AACATTCGGAAGTCGTTTTGAAATGAAGACTCATTGTAACTACATTCATA
AAGGTTagatatttgactttgaagTCTAAAACCTATATCAGAAAAAAGTG
TAGATCTTTCTtagtttttttacattttacaaaatACCAAGACTAAGAAG
TACTTAGGTTGTTTCATCATAGCTAAAACtcgttttcttatttttggaat
acgaattcaaaatttctttatctcatttctcaatttttccaaatatcaag
tttttccaaaatatgaaaGACTACTCTAAATTTAACAAAGATGAATTGAG
AACGATGTTTTTTAAAGATAATTCTTCATTCTCCTTCACCAGGTATCAAG
GAGCATGAATGTACAGTCTGCAATAAGATGTTCACGTTGAGAAGTAACTT
GAAAGTTCATATGAGAAAACATACTGGTGAAAAACCTTACCAATGTGAAA
TTTGTTTGAAGAGATTTGGTCAACGAGGACATCTTCAATATCATATGAGA
AAACATGAAGGTAAGGGAGATGATCCACTTTGAAATTTCTTACCAATAGA
CACCTTTGTCACCAACGCTAGGCTAACCTTTTTCCAGAAAGAAAGGTTCA
ATTAAGTGTCGATAATACACTATTGTTCACTGGCGAATTTGGGACAAAAG
aacaagtacgtcggaaacatgcgaaggagtgcaacgctcgttaaaagaca
ataaaattacaattacacatctcttcctctgataggttcgacgtggtcta
aaaccgcctataaTTGTTGGTCTTATCTTATCACCAGTAAAGTCAATAAT
CTACATTTTCTCATCACAGGAAAGACATCTTCAACACCAGCTGGCAAAGA
ACATAGTGTCATCAAAGCTAACGAATTTAtcacaaaatcaaaatcaatgg
aAGAAGATGAGAAAGACCTTACTACATCTTCTGATTACGGTAGTGAATCT
GACTCCATGAACAGTGACCCTGCGTCACCCATGTCACCTACCTTTCCTTC
AATGACTACCCCTGTATCGCGGGCTCGATACTCTCCATTATCACCTGTCA
GCAGACCCATCCCGATGTCCAGAAGCCCGTACAATCCACCATCTCCTCCC
GAGAGTAGTTTCTTCAGATTCGCTGGTAACGATATCCCACTTTCAGGACG
CATGTTTGATCACACGAACCCTACAGAAATCAAACCTTTCGTTTGCGTGT
CCTGCAATTGCGGGTTCGGTGAGATCCGCTCGATCCGCGCACATGTGCGA
CATTCACACGCTCGAAATAGTATTCATAACGAGCTCTTCTCGTGTGCTTT
TTGTTGTAAAACGTTCACAACGATTGACTCGTTACAACACCACCATGATG
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AAGCCAGATACATCAAATATTTGGAACAATGTCAACAAATGTTGGAATCT
CATGTTCAATTAATGGAAGCTATCAAGGTATCAAGAAAATAGAACGTCTT
CTAAAAAACTAATAACCGCTCGACTTATAACCAGACGACCAACTTTCGTC
AGGAGAATGTGGAAAAGTTAAGACATAGAGTTATCCTTATATTTGAACGT
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ATActgctttttttatctttaaaaatttgactACAGATAATATATCTGGA
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tttcttcCTTAGATTTTTTGGTgttcatattttgttttttatttcaattt
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ttataatcaataattaaagattttgcccattttttatgggtgacaaattt
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AGAACGGTGTGAGTGATCTTTTACTCTCGCTTCTCTTCAACGGACTATCA
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TATTTATTGCCTCAACTTGTACGGTATTTCCCaaacttcattttcaaata
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actttTCTATTGCTTttaatttcatccaaaaattaaaggttttgttttta
aataagagtgatatcgtttggttacccatcaattttaattcacaagcttg
aattggcacggatgtggagcaagaaagaggaaaagaaagacattttctgc
ttatatcagcataatataacaatagacagacacATTTCATATCAGGAAAG
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attcctctttctgaccatattgctccacatctgtgtcaattccATGTGAA
GAAGCttgtattttaaaattgatgagtaagaaaacgatgtcactcttatc
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attttttgacgATACTGACCTCTTATGGTTGGTTGATATTACGACGATTT
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00004842-exon-sc0000049-1491911889:80810..80945 | TCONS_00004842-exon-sc0000049-1491911889:80810..80945 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00004842-exon-sc0000049-1575043694:80810..80945 | TCONS_00004842-exon-sc0000049-1575043694:80810..80945 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00004842-exon-sc0000049-1491911889:81305..81439 | TCONS_00004842-exon-sc0000049-1491911889:81305..81439 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00004842-exon-sc0000049-1510915933:81305..81439 | TCONS_00004842-exon-sc0000049-1510915933:81305..81439 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00004842-exon-sc0000049-1575043694:81305..81439 | TCONS_00004842-exon-sc0000049-1575043694:81305..81439 | Clytia hemisphaerica | exon |
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Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000049 | supercontig | sc0000049:80810..101742 + |
Blast
BLAST of TCONS_00004842 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ZN701 (Zinc finger protein 701 OS=Homo sapiens GN=ZNF701 PE=1 SV=3) HSP 1 Score: 132.88 bits (333), Expect = 2.191e-32 Identity = 67/147 (45.58%), Postives = 91/147 (61.90%), Query Frame = 1
Query: 10 GGRPLRFQCPDCDRKFHAPSHLKRHRLCHTSERPFQCHICKKGFLQAWHLGRHMTIHTGNKPFQCPECPKTFGSRFEMKTHCNYIHRGIKEHECTVCNKMFTLRSNLKVHMRKHTGEKPYQCEICLKRFGQRGHLQYHMRKHEGKTS 450
G +P ++C +CD+ F SHL+RHR HT E+P++C +C K F + HL +H IHTG KP++C EC KTF + H IH G K ++C C K+F +SNL H R HTGEKPY+C C K F ++ +L+ H R H GK S
Sbjct: 388 GEKP--YKCEECDKVFSRKSHLERHRRIHTGEKPYKCKVCDKAFRRDSHLAQHTVIHTGEKPYKCNECGKTFVQNSSLVMH-KVIHTGEKRYKCNECGKVFNHKSNLACHRRLHTGEKPYKCNECGKVFNRKSNLERHHRLHTGKKS 531 HSP 2 Score: 105.531 bits (262), Expect = 1.614e-23 Identity = 57/139 (41.01%), Postives = 78/139 (56.12%), Query Frame = 1
Query: 28 FQCPDCDRKFHAPSHLKRHRLCHTSERPFQCHICKKGFLQAWHLGRHMTIHTGNKPFQCPECPKTFGSRFEMKTHCNYIHRGIKEHECTVCNKMFTLRSNLKVHMRKHTGEKPYQCEICLKRFGQRGHLQYHMRKHEGK 444
+ C +C + F S L H+ HT E+P++C+ C K F Q +L RH +HTG KP++C EC K F + ++ H IH G K ++C VC+K F S+L H HTGEKPY+C C K F Q L H H G+
Sbjct: 336 YTCNECGKTFSHNSALLVHKAIHTGEKPYKCNECGKVFNQQSNLARHHRVHTGEKPYKCEECDKVFSRKSHLERH-RRIHTGEKPYKCKVCDKAFRRDSHLAQHTVIHTGEKPYKCNECGKTFVQNSSLVMHKVIHTGE 473 HSP 3 Score: 105.531 bits (262), Expect = 1.983e-23 Identity = 58/143 (40.56%), Postives = 81/143 (56.64%), Query Frame = 1
Query: 16 RPLRFQCPDCDRKFHAPSHLKRHRLCHTSERPFQCHICKKGFLQAWHLGRHMTIHTGNKPFQCPECPKTFGSRFEMKTHCNYIHRGIKEHECTVCNKMFTLRSNLKVHMRKHTGEKPYQCEICLKRFGQRGHLQYHMRKHEGK 444
R FQ + + F+ S LK+H++ H ++ ++C +C K F Q +L H HTG P+ C EC KTF + H IH G K ++C C K+F +SNL H R HTGEKPY+CE C K F ++ HL+ H R H G+
Sbjct: 277 REKSFQRNESGKAFNGSSLLKKHQIIHLGDKQYKCDVCGKDFHQKRYLACHR-CHTGENPYTCNECGKTFSHNSALLVH-KAIHTGEKPYKCNECGKVFNQQSNLARHHRVHTGEKPYKCEECDKVFSRKSHLERHRRIHTGE 417
The following BLAST results are available for this feature:
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