TCONS_00004779 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00004779
Unique NameTCONS_00004779
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2318

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00004779 ID=TCONS_00004779|Name=TCONS_00004779|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2318bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000048:126098..137272-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00004779 ID=TCONS_00004779|Name=TCONS_00004779|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=11175bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000048:126098..137272- (Clytia hemisphaerica)
GAAAGATTCGTCACTTATTGGTAACTTTGGTAATGACAGAGGAAGGTAGA TGACTAATCACGGAAAATTTGGAAAACACTTCAAAAATGAGTTCAAAACA AGAAAAATGGAAATATAAGATGATGTAAGGTTACCTATTTTTTCCTCAAT TTTCATATGATAAACTCGTTTGGTTATTTGGTTTGTTGCTTTGGATAGAA ATTTTTTCAGAGCAGTTAAAGTTAAGGTGGTTATGAAATTCTAATGTTTG CAAAAATTATTCACTTTCTTGCATTGGACATCAATGTGGCTATTATCCAG AGTACAGATTTCTGTAAAGTCCGAAAGACTAAGATTTTCCAAGCAAAAAA AAATTGAATATCGCAAAAAATATTGTTACTATTGTGTATGAAAAGCCGCG GAGCTTCTGATTAATTAAGCACTGAAATTCTATTGTAATGTCGCGTGATC ACGGTACACTTTTCAACTAAAGGCTATCTAGCCCTTCTAGCTTTATATAT CTGTGTTACCCAGAAAATTTAATCCGGAGATTTAATTCTTAATATTTTCG AGCCTAAATTTAAAATTACAAACTCAAATAAGCTCGACAAGTAGCCAACA ACTGTTGGAGGCTTTGTCGCATATTAGACTAAATTTAATTTTAATCTATT ACATCGATTGCTTATAAACCCGGAAACACTTGATCTGAAAGCTACTGTAC ACATACGGACGAAAATTTGGGTTCCCAAATTGGACCATTGTCCACTTAAA GGAAAAAATATGCATCTTTTGGAACCAAATGGCCGGTAGATTTCTTGCTT GATTTCTTGCCTCAGTATCAACTTTTTACTTTATTCTTTTCAAAAATAAC GAAGATATGATCCGACAATTGGTGCTCTGTAGGGGTCTTCAGATATTTCA TCAACATTTTTAATTAAAACCAAATTTTTGACGTTTGAGAGTAGCACGCT 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TCATCATATTCATATTTATTTATATCATGTTTATTCAATAACAATAAATC TTTTGTCCCTCTAAAGCACAATATCATATTATGAGAATGCGAGTAAAGTA CGCATGCGCCGCTTCTAGTTTTTTTTTTGGAGAAATTGTGCATCGAAATT AGCCTCGCCACTTTTTTATGGAAATTTTCTATTCTAAAGTGGTTCTTCAA TAAAAAAGCAGGCTTAAAAGTTTATTCCTTCATTTTCGTACATCGTTGTC CTCTCATCGCACTTATTTTTTATGAAAGGAATTCTTAAGCTCTAAAATTG TATACTTTTGCAGCGGTGAAATATCTTCTCTGAAATTGTTTCATTACGTC ATGCCAGGTGACATGGCATGTCATTAACATCAATGTTTTTTGGTAAAAAT GTAAAAAAGTGGACCTTTCTGACTCGTGAAAGAGGATTGGGTACCAGGTT TTCATAGCCAATTAACATCCAAAGTTTGAACAAATGTGACATCACTTGAC AATACTGAAACCCACAAAGAAAAGATAATTCTAAAAAATATTGTAATTGA CGTCAATTTTGATTTCATTTTTTTAGAAAATCTTTAAACTTTACAAAAAT TTAGTTCAAATATTATATGTTGGCCAAGCGAAATTTTACTTAATCAACTT ATGGAAAATGGTAAAGAGCATTAGAATAAACACCCCAAGGCCTCTGTCGC ACCCTACACAAGCTTAATTACTAATTGAGATGGCCTGATAGTATCTGCCA ATTAATTTGCCTGCAATGACGGATTTCATTATTATCCGTGATTTAAGAGG GAAATAAAGTCACTTCTTGTCTAAGTGAATTCATTAATTTTGGTCTAATT AAGGCGTAATTAGTGTATCTGTCGACCTAATTAGCAGATTTGAAGATAAA AGGTTTATTTTAAGAGAGAAAGCGCGTTATTCTGCTGTCTTTAAAGACGG 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ATTTCTTTACAAATACATCATTGAATGGGGGCAGGGATTATTCTGTTACT GTTAAAATAACACCCCTGTCTCTCGGAAGCCTAGTGAGGTTTTTAAGTCT ATAGTGATAAAATGAATGCTAAATGCCAAAAGGGATGGATGATCGCTTAA TCAGGGGTTTCAAGTTATAGCGTGGGGTTCCTCTCTAACTTGGATGAAAT TTCTAGGTATTTTTCTCACCGGGACCGAATTTTGACCGATATTTCGATTG ATTTGCAAGGGTCCCACCGAGGGTGTCACTTTAGAGTTGACGTAATGATT ATAGCTTAAATTCCTATCCAGTCCCTTAGTTCACTTTTTTGATAATTCTG CACACCCCTGTGTCACAGACCCGCTGGGGCCCCACTGAAAAATTTGGCAA AAATTTCGTTACCGGTTGGAAAAATACCCAGGAATCTCAGCCCCATTGGG AAATTGACTTTGCTTCCATCCCCATTCGAAATTCGNCAGGAATCTCAGCC CCATTGGGAAATTGACTTTGCTTCCATCCCCATTCGAAGTTCGTTGTTTA GAAATTGCACTCCAAAACCATCTCCAGTGGATTTTTTAACCTTCGAACAA TATAATTTTTATCCCCATTGAGATTTCAATCGCAAATCTTTATCCGTGCT GTAGAAAAAAAAGTTTCACCGGGGCTGTGAGACAGGGGTGTTTCTGATAG CGTTCACTAAAGGATTTTATCACGTCCATTAGTAAAATCAAAAAGTGGTG TAAGTTGCTCTGGGTACAAGATTGCCTATAGCTAAATGGAAACTCTACTT TCATTCAAAGATTGCAAATTCCAAATTCCAAATCATTCCTTGAAGTTTCC TCCCCTAACTTGTTTTTTATCAAATATTTCAATACGCTTTTTGCTTATCT TGATCCTGAGACGCTTCACTACGTTCACAAAACTTACATAAATTTTCAAA 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TTTTGATAGAAATTTTCATCCCCAATGTGGAAAGAAGTTCCTTCGGGGCT GCAGGGCAAGGTTAAACACTCTTGGGTTTTAAAACTATTGCCTTGAAGCC TATTACACTTATATATACTTTGTTCTTTATGAAACGAATGCTAAACAAAT GATAATCAAAAGCAATAGCCTGAACAATGAAAACACTCATAAAAGTCTTT GTTTACCACTGGCCAATCAGAGAGGCTTTTGCTTTAAATTTCAGCTGTCA AACCGTTTCAGCTGGAATGTTATCTGATTCTCCCAACAAGTTTTGACATG TATGAAGTAGATTTTCTTTAAATAGAAACTGAGTTACATCACCTTCAATA AATGACATTGTATATCTCCTTAATTTTTACCCTTCCTTCATTAAGCCACT AGTTGAAGTGTCCTCAAGTGTTTTTTGTCTCACAGCATTGCAAGCATACT TAAATGTCTCGTTTTTCTGTACCAATTGCCAAATGAGAGGTCAAGTTTCA CGTGTTCAAGTTTTCATACCCCTCCTCTTACCTTTATGGAGGCTTCCATG AATTGCGTGAATGGGCGGATTTTGTTGTGTGAATGGGCGGCTTTTGTTGC GTGGATTTTTAGTTCGTTTTCTCTTCTCCATATACCTCAAAACACTCGTT GTAGCTTTGAAACAGGCCGTACATGAACCAGTGAGTATGTCTACGTCGCT ATATAGACATTCAATTTCTTCGCATATTGAACCAAGTGTTAATGAAATCG AAGAATAGTCAATCATGTGATTAGTTAATTCAAACTCCATTCAGCTCCAT ACTACTTACAAAACAATTCATACATTTGTCGTAAACATAAAATTACAGCT TATCAAAACTTCAATTTTCTCACCGCACATATTCTGAGTTTATCCAAACC TTACATCGATATTTATCTAAAATACCAGCTGATCTTACAAAGGTTGTAAA 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CCATCAAGCTACAAAATGATGGAGAAATCATATCATTATGGTTCAGATGA AAAACCGACACACTATGTGGAGAAATCACCAAATGGAGGTGTTCACTATA TTGCTGTACATTCACCAGAGAGCACTACCAGCTCTGGCAAACATGGCGAA AGACATCATAGTCATCATTATGTTCCTTATGCTTACCACATCCCTGGTGA GAATCCACATAAAATGATACACGAAATGCCACCGCAACCACTTTCACCGA CAACCAACAGTGGTGGTGGGCGCCGAAAGAGGGCGTACGCCCCATTGTTA CCAAATGAAGAACCACCACATTTGAAATACACCAAAGTGAAGCGAATCGA TGGTAGCAAGTTGACAGCACAAAAAGTCCTCCAAGGTATACCTACTTTTC AATATTTCTTTCTTTCTCTTTTTAAACTGTTAACGATCGAAGAAACAACA AAATACAACAATTCAAACATTCAACATCGAAGAATTGTTATTTCTATCCT TTCTATCCTTACTTGAAATTAAGGGACAATCTTAATTAGTATAAAGTTTA CGTGGGGCTATTATCTGAATATTAAGATATAAAGCAACATTTTCAAATTT AACAGTCTACTTTCAGAGTTATTTTTCAACCAGACTTGATTTGACCAGAA CATTGATACAGGAGAATATATATTTTTATTTGCTTTTTGTTTCAGATTTC ACAAAGAGGCGATTCATTGCTTATAATCCACGATACGATTTGGACTTATT AATTGTTCCTCCGCCCATCCCTGCATCAGACCTCCTCAAGGGCGGTCATC AATTCAAAGGAACTGAACAAAAAATGACCAACATTCGATCTCCAGTAGCC TCACCACAAGAAAACAAAATTCAAAGCGAACGTCGATCAACAATTTACGG AAAACCATCCAATGAGAGTCACTCCGATAAAGAGGACGAGGAAGTTTTTA CGGAACCGAGAAGTCCTCTTGATGACGCAAACAATAATAATCACCATGAC GATAACAACAACAATAACAAAACTGTAAATAATAATTCATGGCCGCACAA GCCACAAATATATTCAGGGAAAGGTGTCTCTGTGTTACCAAGCATCAAAG AGGAGCCGAGGAGCAATAAATTGGAAGATCAGATTAATAAGTTGAGACAT GATCAAGAAGCGAATACGATTCCAGCCGTCTACCGACAACAAGACAGTCC TTACAGTGATACCAACAATAATAACGAAAACAGTCCCATGGTGGTCAGAG AGAATGCAGCTTCGCCGATTCCTATTGTTAGACGTACCGAACAGTATTGC AGTTAGAAATGCGTTTCCATTTTTTCCATTTCTAAAAACTAAAAATTTTG AATTTGTAGTGAGTTTAGCGCGTCTTTATGTTAAATTTTGTAATCCTTAG GCTCGAAGTGGAGGTGTATTTACTTTACAGAGCAGAAGATAGATTAATCT TTGTATCAATGGTGATTTTTTTGTCACGTTGTCTTGTTGCATTTGGAGAT TGGATTATAAAGCCAGTTGCTTTTGTTATTGTATATCCTCATTAAAAAAC GTAAATTTTTGAAACTTTGTTGATATTTTTCCTCTTCTTTTTGTATAGTT TACTAGATAGATATAATTTTGAAAGTTTTTGGATGATTAGACAACTTTGA AAATATTGATAAATAAATAATTCAT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_002702XLOC_002702Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00004779-exon-sc0000048-1575043694:137149..137272TCONS_00004779-exon-sc0000048-1575043694:137149..137272Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004779-exon-sc0000048-1575043694:127388..128601TCONS_00004779-exon-sc0000048-1575043694:127388..128601Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004779-exon-sc0000048-1575043694:126098..127077TCONS_00004779-exon-sc0000048-1575043694:126098..127077Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004779-exon-sc0000048-1510915933:137149..137272TCONS_00004779-exon-sc0000048-1510915933:137149..137272Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004779-exon-sc0000048-1510915933:127388..128601TCONS_00004779-exon-sc0000048-1510915933:127388..128601Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004779-exon-sc0000048-1510915933:126098..127077TCONS_00004779-exon-sc0000048-1510915933:126098..127077Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00004779-exon-sc0000048-1491911889:126098..127077TCONS_00004779-exon-sc0000048-1491911889:126098..127077Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000048supercontigsc0000048:126098..137272 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00004779 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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