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transcript sequence >TCONS_00004777 ID=TCONS_00004777|Name=TCONS_00004777|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2401bp CAGCGTTTATTAAATGCATTTCAAGTCAAGAAAAAGCTGCGTTTGTCATC TTGTAATTTGTGAGATCAGATGAGAGACTTGTCTCGCTAATGAGAGAGCA AGACTAGATTTTGAGGTTCATGATTTAAGAATTTGAGTTGAATTCGAAAA ATTTCAGCACGGAATAAAGATGGATAGATTTTCAAAAGATCATCAATTCA CAAAAGGGAAGATGTCACTGGGTTCCAATGAAGCTAAGGAGGCAGTTGCA ACACTTCGTGATCGTTTGAAACATGGGCAAAACATGACCAAGATATTGGA ATCACAACTGGATACAGCGCAACAGAATATAAGTTTATTGCAAGGGCAAG TGCGTTTAGCCAACGAAACCATTTTGAACTTGAAGAAATATTTCACCGAA ACGGAGAACACTTTGAATGATTTGTTTACATCGAATCATTCCTCAAGAAG TTTTCAATACAATGATGGTGCTACAAAGGAGCAATCAGATATggataaaa atcaacaaatgtCGAAAGTTGCTCGAGGTTCTACTAGATCACCAAGAACA CCAGAGTCGATGGATACTAAGACACACCATGACGACAAACGCAGGGAGCG TGAGCACAACAACAAATCACCATACGCACAACAATTACGTCAAGTTCTGG ATGCTCTACAAGACGAAGAGCCGAAGAAATCTTCACACACTCATCATCGT TTACACGAGAAAACAGAACCTTCAGAACACAGTCCATCACCTCCGCCTGC AGACCGTCGTTTGATGCAGGCTACAAAACATTATCACCATGAGAATGAAG GTGGTGCCTTTCAAAGACGACAACCTCATCCAGAAGAGGACTATCCAAAG ATGAAACACCATAAAATGAACGGTCATCCTTCAAGAGAATCAACCAATGG GAACCATCATGACCCAATCTCCCCTAAACCATCCTATTATCAACAACACC ATTCTAATGAGTTGTCACACGGTCATCATCAGCCACATCCTCATAGCAAC CATTGCATGGGACCATGTTGTCCCAGCGAAACGCCACCATCAAGCTACAA AATGATGGAGAAATCATATCATTATGGTTCAGATGAAAAACCGACACACT ATGTGGAGAAATCACCAAATGGAGGTGTTCACTATattgctgtacattca ccagagaGCACTACCAGCTCTGGCAAACATGGCGAAAGACATCATAGTCA TCATTATGTTCCTTATGCTTACCACATCCCTGGTGAGAATCCACATAAAA TGATACACGAAATGCCACCGCAACCACTTTCACCGACAACCAACAGTGGT GGTGGGCGCCGAAAGAGGGCGTACGCCCCATTGTTACCAAATGAAGAACC ACCACATTTGAAATACACCAAAGTGAAGCGAATCGATGGTAGCAAGTTGA CAGCACAAAAAGTCCTCCAAGATTTCACAAAGAGGCGATTCATTGCTTAT AATCCACGATACGATTTGGACTTATTAATTGTTCCTCCGCCCATCCCTGC ATCAGACCTCCTCAAGGGCGGTCATCAATTCAAAGGAACTGAACAAAAAA TGACCAACATTCGATCTCCAGTAGCCTCACcacaagaaaacaaaattcaa agcGAACGTCGATCAACAATTTACGGAAAACCATCCAATGAGAGTCACTC CGATAAAGAGGACGAGGAAGTTTTTACGGAACCGAGAAGTCCTCTTGATG ACGCAAACAATAATAATCACCATGACGataacaacaacaataacaaaact GTAAATAATAATTCATGGCCGCACAAGCCACAAATATATTCAGGGAAAGG TGTCTCTGTGTTACCAAGCATCAAAGAGGAGCCGAGGAGCAATAAATTGG AAGATCAGATTAATAAGTTGAGACATGATCAAGAAGCGAATACGATTCCA GCCGTCTACCGACAACAAGACAGTCCTTACAGTGATACCAACAATAATAA CGAAAACAGTCCCATGGTGGTCAGAGAGAATGCAGCTTCGCCGATTCCTA TTGTTAGACGTACCGAACAGTATTGCAGTTAGAAATGCGtttccattttt tccatttctaaaaactaaaaattttgaatttgtagTGAGTTTAGCGCGTC TTTATGTTAAATTTTGTAATCCTTAGGCTCGAAGTGGAGGTGTATTTACT TTACAGAGCAGAAGATAGATTAATCTTTGTATCAATGGTGATTTTTTTGT CACGTTGTCTTGTTGCATTTGGAGATTGGATTATAAAGCCAGTTGCTTTT GTTATTGTATATCCTCATTAAAAAAcgtaaatttttgaaactttgttgat atttttcctCTTCTTTTTGTATAGTTTACTAGATAGatataattttgaaa gtttttggatGATTAGACaactttgaaaatattgataaataaataattca t Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000048:126098..135721- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00004777 ID=TCONS_00004777|Name=TCONS_00004777|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9624bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000048:126098..135721- (Clytia hemisphaerica) CAGCGTTTATTAAATGCATTTCAAGTCAAGAAAAAGCTGCGTTTGTCATC
TTGTAATTTGTGAGATCAGATGAGAGACTTGTCTCGCTAATGAGAGAGCA
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GATCCTGAGACGCTTCACTACGTTCACAAAACTTACATAAATTTTCAAAT
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ATTTTTTGAATTTTTAACTTTATGGTTGAAATTTATTTTGACTATACAAT
TAAAGCTTCGGTTAATTAGTTAGTCATTAGGATTTTATGATATTTTTTGA
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CATTCTATGCGAGCCTGATTAACATTTCTCTTTGTTCTTTTCTGTTTTGA
TTGGCTGAAAGCCGAGTTGACATACTGTAATGCTTTTTTTGTTGATATAG
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TGGGAAAATTGGCCAATATATCGTCCCCAGTGGAATTATACACTAATTCT
TGTCCGCGCTGAAAATAATCCGATAAGCAAATCCTCACTGCAACGTATAT
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GTCAGTTTACATTTCTCGTGATTGACTTCAAATTGAATTTCAGCCTGTTG
TTTCAAGTGTTTAAAAAGTCACCCCAAGGTCATCAGCTATTTAATTTTGA
ACGTATTGAAATAAAACTCTTCCGTGAAGAAACAAGTACTATCTCTTAAT
TTCTGTGCCCGATGGAGGAGCTTACACGTTTTTTTTTATAAGAACAAACT
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CTTTGGAGACTTAAAAGCATGCATTTTCTTAAAAAATTACATCAAAATGC
TCAAAAAATGCTGAAAATAAGAACATTTTAAGAACATTTTTAGGCTTCAA
ATCCAAAAAACTAAGAACATCCGAAGGCTTCGAAAATTTTTGACGTTCTT
ATAAAAAAAAAAACGTGTATAAGGACATGGAAAATTCTTTTAACCTGTTG
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TCAGCACCACTCGAAAATTGACTTAGTTTTCAAAAATTGCAGTCCAAAAC
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TTTGATAGAAATTTTCATCCCCAATGTGGAAAGAAGTTCCTTCGGGGCTG
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ACCGTTTCAGCTGGAATGTTATCTGATTCTCCCAACAAGTTTTGACATGT
ATGAAGTAGATTTTCTTTAAATAGAAACTGAGTTACATCACCTTCAATAA
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GTGTTCAAGTTTTCATACCCCTCCTCTTACCTTTATGGAGGCTTCCATGA
ATTGCGTGAATGGGCGGATTTTGTTGTGTGAATGGGCGGCTTTTGTTGCG
TGGATTTTTAGTTCGTTTTCTCTTCTCCATATACCTCAAAACACTCGTTG
TAGCTTTGAAACAGGCCGTACATGAACCAGTGAGTATGTCTACGTCGCTA
TATAGACATTCAATTTCTTCGCATATTGAACCAAGTGTTAATGAAATCGA
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CTACTTACAAAACAATTCATACATTTGTCGTAAACATAAAATTACAGCTT
ATCAAAACTTCAATTTTCTCACCGCACATATTCTGAGTTTATCCAAACCT
TACATCGATATTTATCTAAAATACCAGCTGATCTTACAAAGGTTGTAAAG
GCTTCAATTTAATAAGGCTCTCTAAACTGCAAAATTTAATGAAGCCTCTA
AAAGTGCCATTATAAGAATTGACAAACGAACAAAATAACTAAATTGAAGC
TATTTTTTGTCCTTTCATAGGAAGATGTCACTGGGTTCCAATGAAGCTAA
GGAGGCAGTTGCAACACTTCGTGATCGTTTGAAACATGGGCAAAACATGA
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TTGCAAGGGCAAGTGCGTTTAGCCAACGAAACCATTTTGAACTTGAAGAA
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TGCTGTACATTCACCAGAGAGCACTACCAGCTCTGGCAAACATGGCGAAA
GACATCATAGTCATCATTATGTTCCTTATGCTTACCACATCCCTGGTGAG
AATCCACATAAAATGATACACGAAATGCCACCGCAACCACTTTCACCGAC
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GTGGGGCTATTATCTGAATATTAAGATATAAAGCAACATTTTCAAATTTA
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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TCONS_00004777-exon-sc0000048-1510915933:127388..128601 | TCONS_00004777-exon-sc0000048-1510915933:127388..128601 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00004777-exon-sc0000048-1510915933:126098..127077 | TCONS_00004777-exon-sc0000048-1510915933:126098..127077 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00004777-exon-sc0000048-1491911889:127388..128601 | TCONS_00004777-exon-sc0000048-1491911889:127388..128601 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00004777-exon-sc0000048-1491911889:126098..127077 | TCONS_00004777-exon-sc0000048-1491911889:126098..127077 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000048 | supercontig | sc0000048:126098..135721 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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