TCONS_00004639 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00004639
Unique NameTCONS_00004639
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length5415

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00004639 ID=TCONS_00004639|Name=TCONS_00004639|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5415bp
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TGTTGAGCACGGGTTGAAATCTGCTGGAGACTTTGGTGTTGTCGActctt
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CTACTGGCCATCTGTAGATCAATCTGTGCAACGTGTTGAGAGTCTCTTTC
TTGTTGTTGAAAAGAATGTTGGACTTGAGGTGAACTTTGTTGAGCTCTTG
GAGAACTTTGAGGGTTCCAGTTTGATGGTGAGTGGCTTGCAGATCGTTTT
GTGACTTGTTGTGTTTGTAGAAGATCTTGATGGCCTCTTGGCGAAGTTTG
TTGAGGAGCCCAGCTTTTTTGTCTTTCTTGTGTCCTTTTGTTGGGCAAAT
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GATTTCGGAGATGGTTGATCATGTCTGTCAGCTGCTGATTCAACATAATT
TTCTGATGGCATCTGTTGCGTATGGTGAGAATCTTGTTGAAAATGGCTAA
TATCTTGTTGAAATTGTGGTGAACTTCGATCACTTAAGTTTGATGATGGT
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ATGGCCTCTTGGCGAAGTTTGTTGAGGAGCCCAGCTTTTTTGTCTTTCTT
GTGTCCTTTTGTTGGGCAAATGTGAACTTCTTCTGTCAGTAGCTGGTGAT
AATTGAGGTGTAATCCCATCAGATTTCGGAGATGGTTGATCATGTCTGTC
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AATCTTGTTGAAAATGGCTAATATCTTGTTGAAATTGTGGTGAACTTCGA
TCACTTAAGTTTGATGATGGTGAATAACTGGCAGACCGTTTTGTGACTTG
TTGTGTTTGTAGAACATCTTGAAGGCCTCTTGGCGAAGTTTGTTGAGGAG
CCCAGCTTTTTTGTCTTTCTTGTGTCCTTTTGTTGGGCACGTGTGAACTT
GTTCTGTCAGCCGTCGGCGATAATCGAGTTGTAGTTCCATCAGAAGTTGG
AGATTGTTGATTATGTCCGTCAAATGACGATTCAACATGATTTGTTGGAG
ATATCTGTTGCTTACGATGAGAGTCTTGTTGATTACGGTCAATATCTTGT
TGAAATTGTGGTGAACTTCGTTGAGCTCTTGGAGTACTTCGATCACTCAA
GTTTGGTGGTGAGTGACTTGCAGATCGTTTTGGAATTTGTTGTTGAGTTT
GCAGAACGTCTTGATGGGATTCTCCTTGAATATCGTGGCGTTGACCCGAT
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TTTCTGATTAAGCACATCGATGTTTAATTCTGTACGACCAATGGGATCTG
GGCGATCAACGTCTTGCATATTACTAGCATCAGTCAGGTTGATCCATTCA
TGATTGTTTGGATCTTCATCACCTTgatgtttggactttgttgcAAGAGG
TGAAAAGCTGTTGTTggttttttgataattttttgttgATCGTGATGCAC
TACGAAAATCATTCC
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000047:483613..489846+

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00004639 ID=TCONS_00004639|Name=TCONS_00004639|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6234bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000047:483613..489846+ (Clytia hemisphaerica)
GTTGCTGTTTCTTTTTGTCCAATGAATCGCCTTCAGATTCGATAATGTAT GGAGATGTTTGTGTCCATGTCTGTAAAGTCAGTGGTTCTtctttgacctt tttctttctGTTGGCGTCAAATTCAGAAGCGGTCGGTGTCGGGAAATTCG TTCCGATTTCGCGTCGCTGACACACCGGACAGAGGTTTGTACTAGTCGGC GCTTTTCCAGGTTTCTGTTCGGGTGACGGTCTTGGGACAGCACGTGTTTT GTCACGAGTGTTTGAGATATCAGTTAAACTTTGTCGCGGTGTGTGTGCTT CACAGTACGATATCGCCGACGTGTCAGTGTCATCTGTTAGTGACGCCACA TGTCGGCGTCGGAGGGAACgttcttttaaaagttttgagacGACTTCAAG TTTCTTTAGTAACGGGCTTTTCTCGTTATTCGTGATCGTATCACGGTAAG ATCTCTCAAAAGATTCCCATAGTTGATTCAAACTTGCGTTTTTCAAATTC TTCCGTCGTTCTTCGTGTTTGCTTCGATCAGAGTCTGTCGTTTCATTGCC CACATAACTCGAATCTGAATTCAAATGTGCTAAAGATTTCGGGTAGACGC GAGATCGTTTAGGTAAGGTTTTAGGTGTTGGGTGATCATCTTCATGTCTT GAGCTGGAGTATTCCAGATGGTTATTGTTCTCGTTTGAAGACAAACGAGA GTAAGATAGAGGAGGGACTTCTTCACTATCTTGCTTCACCCTTGGTCGGA CGGGCGAATCAGGAACGTGATGAGCTGACTCTGGTGTATCTATGTTTCGG TATGCAGACAACGTCATGTCTTTTGATGGACTATGTTTGTGCGAGCTTCT TTTCGCAGTATCGGCATGAATGCTTAAACTCAAATGCGAAACTTCTGATG CAGGGGCaatttcacttttctttgatgttGTTAAGTTTGAGTAAGAAGCC 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TTCATTGTTTGTGTAAGAGAGTTTAGCATGTTGTAAATCTTTCAAGAATC GTTCAGTTTGTTTGTAAGCCGGTCCCAGAAGCTTGGTAACGGGTGTTTCA TTTGAGAATCGACTTGCTACGAAATGTCCTTCGGATGATGAGCTGAATTC TGATTTTTTACCAGAAGTTGAGCTCAATCCAGACAAAGCTCCGGTGGAGT AGGATTGTTGTAAAGAAGGGTCTTGAATGTGACTCAGCTTTTTGTTGGTA GGTTGTTGTTGGTGTTTAGGATCTGGTAATGATTGAGTGTAAGATAGTTC TTGGATATCACTATCTGTTGTCGTCTTGGATTTGATGGAAAGCTTTGACA TTGTATCGGTTATGTCATCGTGTTGGTGATTTGTTGAATATGTTGGTGAT GAAAAATCAGATGTTGAACGACCAAACGATCTTTGTTGGGTGTGATGAGA AGTTTGTTGAAAGTGATTGGAGTTCTGTTGGATGTGATGAGAATTTCGTT CAATATCGTTTGAGTTTTGGGTTGAGCGTTTTTGTTTGAAGCTGATACGA TACTGTTGAACTTGGTATGGAGAATAAGTATCGGGCAACTCTTGTTGACT TATATCTGCGTTTTGGTGGCTTTGACAAGGCTTCTGAGGTTGCTGAACTT GAGGTAAATCATATTGACTTGGGAAGCTTTCAGGATCCATGCGAAACGCT GAGTGACTTGCAGCTCCAAGTTCGATTTGAGGAACATTTTGGTGAGTTTG ATGGGATCCTTGTTGCATAGAATGTTGAAATTGTTGAGAGCTTCGCTGGG TGTGATTGGAATTCTGTTGGATGTGATGAGAATTTCGTTCAATATCGTTA GAGTTTTGGGGTGAGCCTTTTTGTTTGAAACTGATACGATACTGTTGAGC TTGAAATGGTGAATTCGAAGAATAAGTTCCAGATAAATCCTGTTGATTTT 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TAGTTCCATCAGAAGTTGGAGATTGTTGATTATGTCCGTCAAATGACGAT TCAACATGATTTGTTGGAGATATCTGTTGCTTACGATGAGAGTCTTGTTG ATTACGGTCAATATCTTGTTGAAATTGTGGTGAACTTCGTTGAGCTCTTG GAGTACTTCGATCACTCAAGTTTGGTGGTGAGTGACTTGCAGATCGTTTT GGAATTTGTTGTTGAGTTTGCAGAACGTCTTGATGGGATTCTCCTTGAAT ATCGTGGCGTTGACCCGATGAATGTCGTGGAGAAATCTTGAGAAGTCCAG TAGATTTTGAATGGACTTGTTTCTGATTAAGCACATCGATGTTTAATTCT GTACGACCAATGGGATCTGGGCGATCAACGTCTTGCATATTACTAGCATC AGTCAGGTTGATCCATTCATGATTGTTTGGATCTTCATCACCTTgatgtt tggactttgttgcAAGAGGTGAAAAGCTGTTGTTggttttttgataattt tttgttgATCGTGATGCACTACGAAAATCATTCC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_002612XLOC_002612Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00004639-exon-sc0000047-1491911889:483613..486141TCONS_00004639-exon-sc0000047-1491911889:483613..486141Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004639-exon-sc0000047-1510915933:483613..486141TCONS_00004639-exon-sc0000047-1510915933:483613..486141Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004639-exon-sc0000047-1575043694:483613..486141TCONS_00004639-exon-sc0000047-1575043694:483613..486141Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004639-exon-sc0000047-1491911889:486961..489846TCONS_00004639-exon-sc0000047-1491911889:486961..489846Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004639-exon-sc0000047-1510915933:486961..489846TCONS_00004639-exon-sc0000047-1510915933:486961..489846Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004639-exon-sc0000047-1575043694:486961..489846TCONS_00004639-exon-sc0000047-1575043694:486961..489846Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000047supercontigsc0000047:483613..489846 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00004639 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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