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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00004639 ID=TCONS_00004639|Name=TCONS_00004639|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5415bp GTTGCTGTTTCTTTTTGTCCAATGAATCGCCTTCAGATTCGATAATGTAT GGAGATGTTTGTGTCCATGTCTGTAAAGTCAGTGGTTCTtctttgacctt tttctttctGTTGGCGTCAAATTCAGAAGCGGTCGGTGTCGGGAAATTCG TTCCGATTTCGCGTCGCTGACACACCGGACAGAGGTTTGTACTAGTCGGC GCTTTTCCAGGTTTCTGTTCGGGTGACGGTCTTGGGACAGCACGTGTTTT GTCACGAGTGTTTGAGATATCAGTTAAACTTTGTCGCGGTGTGTGTGCTT CACAGTACGATATCGCCGACGTGTCAGTGTCATCTGTTAGTGACGCCACA TGTCGGCGTCGGAGGGAACgttcttttaaaagttttgagacGACTTCAAG TTTCTTTAGTAACGGGCTTTTCTCGTTATTCGTGATCGTATCACGGTAAG ATCTCTCAAAAGATTCCCATAGTTGATTCAAACTTGCGTTTTTCAAATTC TTCCGTCGTTCTTCGTGTTTGCTTCGATCAGAGTCTGTCGTTTCATTGCC CACATAACTCGAATCTGAATTCAAATGTGCTAAAGATTTCGGGTAGACGC GAGATCGTTTAGGTAAGGTTTTAGGTGTTGGGTGATCATCTTCATGTCTT GAGCTGGAGTATTCCAGATGGTTATTGTTCTCGTTTGAAGACAAACGAGA GTAAGATAGAGGAGGGACTTCTTCACTATCTTGCTTCACCCTTGGTCGGA CGGGCGAATCAGGAACGTGATGAGCTGACTCTGGTGTATCTATGTTTCGG TATGCAGACAACGTCATGTCTTTTGATGGACTATGTTTGTGCGAGCTTCT TTTCGCAGTATCGGCATGAATGCTTAAACTCAAATGCGAAACTTCTGATG CAGGGGCaatttcacttttctttgatgttGTTAAGTTTGAGTAAGAAGCC TCTGATACAGGTTCTAATGGACTTCTGGTGGTTGTAGATTTACTGCTTTT CGACACAGGCTTGATTGAACTTCTTTTCGGTGTTTGAGAATGAAGGTTCT CTTCTTGAACATGTCTACGTGAGCTTTGTTTCGTTGGAGCAGTTTGAGAA TGGAGGCTCTGGTAAGACGCTTCTGAAGGAGGGTAGTTGTGATTTTTCTT GGAAACTGGAGTATTGGTGAATTCAGACACATCTGATACGCTTCGTTTAG ATGCAGCATTGGTGGTCAGGCTCAAATGTGACACTTCTGATTGTGGATCT AAAGATGCTGTCTCTGCTCTTTGAGAGCCTTCAGAAACGTAAACTTTGAA TGGATCTGTAGGTTGTTTAGAATATCGATGATGCAAATGAGCCACACTTT TAACCATTCGTTTACGGTTTGTGCTACCAGGACTTGTTGAATCTTTCATA TCGTAGATTCCTTTGGTGGATGGTCTACCAGAAGCACCAAGGTTTGGAGT AGAGGTTGAATTCATCATACGATGGTGCAATGGAAAGTGATTTCTGTTAT TGATGCTCTTTTCTGGTGACAAAACTTCTTTGATCGGCTCCAAACTTGAA GTATGGCTTGTCGAAGTAGTTTTAGATATTGATGATCGACGTCGAGCCGA TGCTTCTTGAGAAAGTTCGCTAATCAATAACTCCCCTTCTGAATGTTCGT CATTGCTTGGTGATTGGTTTCTTCCACCAAAAGTGGTGTTGCCAACGATG GAATTAGCCTCTGTAACGTCCACTATGGAAGCTGATGCTATATCTTGTTC TGTGAGGTTATCAGGTGATGGaagattttgttgaaaagaattttttgaag TCATGCTTTTACCAAACTGCATTGATTCGTTATTGGTTGACACACTCATT GAAAGTTTGGAATGTGCAGTCTCATTAAATCCCTGGTCACTGTGGTTAGT TTCATTGTTTGTGTAAGAGAGTTTAGCATGTTGTAAATCTTTCAAGAATC GTTCAGTTTGTTTGTAAGCCGGTCCCAGAAGCTTGGTAACGGGTGTTTCA TTTGAGAATCGACTTGCTACGAAATGTCCTTCGGATGATGAGCTGAATTC TGATTTTTTACCAGAAGTTGAGCTCAATCCAGACAAAGCTCCGGTGGAGT AGGATTGTTGTAAAGAAGGGTCTTGAATGTGACTCAGCTTTTTGTTGGTA GGTTGTTGTTGGTGTTTAGGATCTGGTAATGATTGAGTGTAAGATAGTTC TTGGATATCACTATCTGTTGTCGTCTTGGATTTGATGGAAAGCTTTGACA TTGTATCGGTTATGTCATCGTGTTGGTGATTTGTTGAATATGTTGGTGAT GAAAAATCAGATGTTGAACGACCAAACGATCTTTGTTGGGTGTGATGAGA AGTTTGTTGAAAGTGATTGGAGTTCTGTTGGATGTGATGAGAATTTCGTT CAATATCGTTTGAGTTTTGGGTTGAGCGTTTTTGTTTGAAGCTGATACGA TACTGTTGAACTTGGTATGGAGAATAAGTATCGGGCAACTCTTGTTGACT TATATCTGCGTTTTGGTGGCTTTGACAAGACTTGTGAGGTTGTTGAACTT GTGGTAAATCATATTGACTTTGAAAGCTTACAGGATCCATGCGAAACGCC GAGTGACTTGCAGCCCCCAGTTCAATTTGAGGAACATTTTGGTGGGTTTG ATGAAATCCTTGTTGCATAGAATGTTGAAATTGTGGTGAACTTCGCTGAG CTTTTGGAGAAGATTGAGGACTTTGGCTGAATGGCGAATGACTGGCTGCT CGTTTTGGACTTTTTTGGGAGACTTGTTGAGTGTATTGTGGAGCCCAACT TTGGTTCCGGCTTTTAAAGTGCTTTTGACTTCTTGGTGATCCATTCTGAG AATCTTGTGGACTCTCTGAGACTTGTGGTAGATTTCGTGCCTCGATTGAT GTTGCTGTATGGCGAGAACTTGGTCGAGCTTGAACATTTGATGTTGAATT ACTGGAAGGTTTCTGTTGAGCATGTCGAGAGCTCTGCTGATTCGGGATGG TATCTTGTTGAAATTGCGGTGAACTTTGTTGAGCTCTTGGGGAACTTTGA GGACTCCAGCTTGATGGTGAGTGACTTGCAGATCGTTTTCGGTCTTGCAG AGGTCCAGGCGACATTTGTTGATGACTTTGATGTTTTGGTTGCACATCAT TGCAAATATCGTCAGAAGCTATTGAGGATCTTGGTGACTTTGGAGATGTG CCAACAGCTTGTGTTGATTCGGTGCGATGAGATCCACGGCTTCTAGTGGT TTGTTGATGAGAGATTTGTTGATTTACATCCGATGTTTTGACACTTGACG GTCTTTCTTGAACATGTCGAGAATGTTGTTGAGTTGGAAGAAAACCTTGT TGAGGTGACATTTGTTGAATTCTCGGGGAGCTGCCAGAACTCCAACTTGA CGGCGAATGGCTCGTTGATCTTTGTTGAAAGTTTTGAGATCCTTGTGGAG TTTGTTGGGTCCAACTGTGACGTTGTGTTTTCCTTGGAACCTTGTCATCT GGCGTATTATCCATAGCTGAAGTAACATCTGGAGAATCTTGAATAGTTTG ATTGGACAACGTCGAATCTTGCTCTTGTTGTGTATTTATCACCAATTCTT TATAGTGATGAGAGCTTGACTTGAATTGTCCAGACTTCAAATTAGATGTT GATTGCATGGAAAGTTTTGGTTGTActggaaaaaaatcttgctGAACTTG 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AATCTTGTTGAAAATGGCTAATATCTTGTTGAAATTGTGGTGAACTTCGA TCACTTAAGTTTGATGATGGTGAATAACTGGCAGACCGTTTTGTGACTTG TTGTGTTTGTAGAACATCTTGAAGGCCTCTTGGCGAAGTTTGTTGAGGAG CCCAGCTTTTTTGTCTTTCTTGTGTCCTTTTGTTGGGCACGTGTGAACTT GTTCTGTCAGCCGTCGGCGATAATCGAGTTGTAGTTCCATCAGAAGTTGG AGATTGTTGATTATGTCCGTCAAATGACGATTCAACATGATTTGTTGGAG ATATCTGTTGCTTACGATGAGAGTCTTGTTGATTACGGTCAATATCTTGT TGAAATTGTGGTGAACTTCGTTGAGCTCTTGGAGTACTTCGATCACTCAA GTTTGGTGGTGAGTGACTTGCAGATCGTTTTGGAATTTGTTGTTGAGTTT GCAGAACGTCTTGATGGGATTCTCCTTGAATATCGTGGCGTTGACCCGAT GAATGTCGTGGAGAAATCTTGAGAAGTCCAGTAGATTTTGAATGGACTTG TTTCTGATTAAGCACATCGATGTTTAATTCTGTACGACCAATGGGATCTG GGCGATCAACGTCTTGCATATTACTAGCATCAGTCAGGTTGATCCATTCA TGATTGTTTGGATCTTCATCACCTTgatgtttggactttgttgcAAGAGG TGAAAAGCTGTTGTTggttttttgataattttttgttgATCGTGATGCAC TACGAAAATCATTCC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000047:483613..489846+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00004639 ID=TCONS_00004639|Name=TCONS_00004639|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6234bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000047:483613..489846+ (Clytia hemisphaerica) GTTGCTGTTTCTTTTTGTCCAATGAATCGCCTTCAGATTCGATAATGTAT
GGAGATGTTTGTGTCCATGTCTGTAAAGTCAGTGGTTCTtctttgacctt
tttctttctGTTGGCGTCAAATTCAGAAGCGGTCGGTGTCGGGAAATTCG
TTCCGATTTCGCGTCGCTGACACACCGGACAGAGGTTTGTACTAGTCGGC
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CGACACAGGCTTGATTGAACTTCTTTTCGGTGTTTGAGAATGAAGGTTCT
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TGATGCTCTTTTCTGGTGACAAAACTTCTTTGATCGGCTCCAAACTTGAA
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TCATGCTTTTACCAAACTGCATTGATTCGTTATTGGTTGACACACTCATT
GAAAGTTTGGAATGTGCAGTCTCATTAAATCCCTGGTCACTGTGGTTAGT
TTCATTGTTTGTGTAAGAGAGTTTAGCATGTTGTAAATCTTTCAAGAATC
GTTCAGTTTGTTTGTAAGCCGGTCCCAGAAGCTTGGTAACGGGTGTTTCA
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AGGATTGTTGTAAAGAAGGGTCTTGAATGTGACTCAGCTTTTTGTTGGTA
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TATATCTGCGTTTTGGTGGCTTTGACAAGGCTTCTGAGGTTGCTGAACTT
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TGAGAGCTTTGTTGGGTTTGTTGAATGTGACGAGAGCTCTGTTGGGTGTT
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TTTGTTGGATGTGATTGGAATTTTGTTGGATGTGATGAGAACTTCGATCA
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AATCTCTATTTTGCTGGTTATCAATTACGTTTTGGTGGCTTTGACGAGAC
TTGTGAGGTTGTTGAACTTGTGGTAAATCATATTGACTTTGAAAGCTTAC
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TGTGGTGAACTTCGCTGAGCTTTTGGAGAAGATTGAGGACTTTGGCTGAA
TGGCGAATGACTGGCTGCTCGTTTTGGACTTTTTTGGGAGACTTGTTGAG
TGTATTGTGGAGCCCAACTTTGGTTCCGGCTTTTAAAGTGCTTTTGACTT
CTTGGTGATCCATTCTGAGAATCTTGTGGACTCTCTGAGACTTGTGGTAG
ATTTCGTGCCTCGATTGATGTTGCTGTATGGCGAGAACTTGGTCGAGCTT
GAACATTTGATGTTGAATTACTGGAAGGTTTCTGTTGAGCATGTCGAGAG
CTCTGCTGATTCGGGATGGTATCTTGTTGAAATTGCGGTGAACTTTGTTG
AGCTCTTGGGGAACTTTGAGGACTCCAGCTTGATGGTGAGTGACTTGCAG
ATCGTTTTCGGTCTTGCAGAGGTCCAGGCGACATTTGTTGATGACTTTGA
TGTTTTGGTTGCACATCATTGCAAATATCGTCAGAAGCTATTGAGGATCT
TGGTGACTTTGGAGATGTGCCAACAGCTTGTGTTGATTCGGTGCGATGAG
ATCCACGGCTTCTAGTGGTTTGTTGATGAGAGATTTGTTGATTTACATCC
GATGTTTTGACACTTGACGGTCTTTCTTGAACATGTCGAGAATGTTGTTG
AGTTGGAAGAAAACCTTGTTGAGGTGACATTTGTTGAATTCTCGGGGAGC
TGCCAGAACTCCAACTTGACGGCGAATGGCTCGTTGATCTTTGTTGAAAG
TTTTGAGATCCTTGTGGAGTTTGTTGGGTCCAACTGTGACGTTGTGTTTT
CCTTGGAACCTTGTCATCTGGCGTATTATCCATAGCTGAAGTAACATCTG
GAGAATCTTGAATAGTTTGATTGGACAACGTCGAATCTTGCTCTTGTTGT
GTATTTATCACCAATTCTTTATAGTGATGAGAGCTTGACTTGAATTGTCC
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aaaaatcttgctGAACTTGAGGTGAACTTTGTTGAACTCTTGGAGAAATT
TGAGGACTTCGGCTCACTGGTGAGTGACTTGCAGACCGTTTTGTATATTG
CTGAGATTGAAGAGAATCTTGTTGAGCACGGGTTGAAATCTGCTGGAGAC
TTTGGTGTTGTCGActcttttgctttctttttggaatatcttcatTTGGT
GGTAGATCTTCTGGGGAGAGTTTGCTGCTGGTTCCAGACGAAAGGGAGTT
GCTTTGTCGTGCGTCCATTCTACTGGCCATCTGTAGATCAATCTGTGCAA
CGTGTTGAGAGTCTCTTTCTTGTTGTTGAAAAGAATGTTGGACTTGAGGT
GAACTTTGTTGAGCTCTTGGAGAACTTTGAGGGTTCCAGTTTGATGGTGA
GTGGCTTGCAGATCGTTTTGTGACTTGTTGTGTTTGTAGAAGATCTTGAT
GGCCTCTTGGCGAAGTTTGTTGAGGAGCCCAGCTTTTTTGTCTTTCTTGT
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00004639-exon-sc0000047-1491911889:483613..486141 | TCONS_00004639-exon-sc0000047-1491911889:483613..486141 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00004639-exon-sc0000047-1510915933:483613..486141 | TCONS_00004639-exon-sc0000047-1510915933:483613..486141 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00004639-exon-sc0000047-1575043694:483613..486141 | TCONS_00004639-exon-sc0000047-1575043694:483613..486141 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00004639-exon-sc0000047-1510915933:486961..489846 | TCONS_00004639-exon-sc0000047-1510915933:486961..489846 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00004639-exon-sc0000047-1575043694:486961..489846 | TCONS_00004639-exon-sc0000047-1575043694:486961..489846 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000047 | supercontig | sc0000047:483613..489846 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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