TCONS_00004638 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00004638
Unique NameTCONS_00004638
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length5919

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00004638 ID=TCONS_00004638|Name=TCONS_00004638|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5919bp
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TTGTTGAGCTCTTGGGGAACTTTGAGGACTCCAGCTTGATGGTGAGTGAC
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GGATCTTGGTGACTTTGGAGATGTGCCAACAGCTTGTGTTGATTCGGTGC
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GGGAGCTGCCAGAACTCCAACTTGACGGCGAATGGCTCGTTGATCTTTGT
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TGTTTTCCTTGGAACCTTGTCATCTGGCGTATTATCCATAGCTGAAGTAA
CATCTGGAGAATCTTGAATAGTTTGATTGGACAACGTCGAATCTTGCTCT
TGTTGTGTATTTATCACCAATTCTTTATAGTGATGAGAGCTTGACTTGAA
TTGTCCAGACTTCAAATTAGATGTTGATTGCATGGAAAGTTTTGGTTGTA
ctggaaaaaaatcttgctGAACTTGAGGTGAACTTTGTTGAACTCTTGGA
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ATATTGCTGAGATTGAAGAGAATCTTGTTGAGCACGGGTTGAAATCTGCT
GGAGACTTTGGTGTTGTCGActcttttgctttctttttggaatatcttca
tTTGGTGGTAGATCTTCTGGGGAGAGTTTGCTGCTGGTTCCAGACGAAAG
GGAGTTGCTTTGTCGTGCGTCCATTCTACTGGCCATCTGTAGATCAATCT
GTGCAACGTGTTGAGAGTCTCTTTCTTGTTGTTGAAAAGAATGTTGGACT
TGAGGTGAACTTTGTTGAGCTCTTGGAGAACTTTGAGGGTTCCAGTTTGA
TGGTGAGTGGCTTGCAGATCGTTTTGTGACTTGTTGTGTTTGTAGAAGAT
CTTGATGGCCTCTTGGCGAAGTTTGTTGAGGAGCCCAGCTTTTTTGTCTT
TCTTGTGTCCTTTTGTTGGGCAAATGTGAACTTCTTCTGTCAGTAGCTGG
TGATAATTGAGGTGTAATCCCATCAGATTTCGGAGATGGTTGATCATGTC
TGTCAGCTGCTGATTCAACATAATTTTCTGATGGCATCTGTTGCGTATGG
TGAGAATCTTGTTGAAAATGGCTAATATCTTGTTGAAATTGTGGTGAACT
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GGAGCCCAGCTTTTTTGTCTTTCTTGTGTCCTTTTGTTGGGCACGTGTGA
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GTTTGCAGAACGTCTTGATGGGATTCTCCTTGAATATCGTGGCGTTGACC
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TTCATGATTGTTTGGATCTTCATCACCTTgatgtttggactttgttgcAA
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000047:483607..489846+

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00004638 ID=TCONS_00004638|Name=TCONS_00004638|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6240bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000047:483607..489846+ (Clytia hemisphaerica)
CTGTTCGTTGCTGTTTCTTTTTGTCCAATGAATCGCCTTCAGATTCGATA ATGTATGGAGATGTTTGTGTCCATGTCTGTAAAGTCAGTGGTTCTtcttt gacctttttctttctGTTGGCGTCAAATTCAGAAGCGGTCGGTGTCGGGA AATTCGTTCCGATTTCGCGTCGCTGACACACCGGACAGAGGTTTGTACTA GTCGGCGCTTTTCCAGGTTTCTGTTCGGGTGACGGTCTTGGGACAGCACG TGTTTTGTCACGAGTGTTTGAGATATCAGTTAAACTTTGTCGCGGTGTGT GTGCTTCACAGTACGATATCGCCGACGTGTCAGTGTCATCTGTTAGTGAC GCCACATGTCGGCGTCGGAGGGAACgttcttttaaaagttttgagacGAC TTCAAGTTTCTTTAGTAACGGGCTTTTCTCGTTATTCGTGATCGTATCAC GGTAAGATCTCTCAAAAGATTCCCATAGTTGATTCAAACTTGCGTTTTTC AAATTCTTCCGTCGTTCTTCGTGTTTGCTTCGATCAGAGTCTGTCGTTTC ATTGCCCACATAACTCGAATCTGAATTCAAATGTGCTAAAGATTTCGGGT AGACGCGAGATCGTTTAGGTAAGGTTTTAGGTGTTGGGTGATCATCTTCA TGTCTTGAGCTGGAGTATTCCAGATGGTTATTGTTCTCGTTTGAAGACAA ACGAGAGTAAGATAGAGGAGGGACTTCTTCACTATCTTGCTTCACCCTTG GTCGGACGGGCGAATCAGGAACGTGATGAGCTGACTCTGGTGTATCTATG TTTCGGTATGCAGACAACGTCATGTCTTTTGATGGACTATGTTTGTGCGA GCTTCTTTTCGCAGTATCGGCATGAATGCTTAAACTCAAATGCGAAACTT CTGATGCAGGGGCaatttcacttttctttgatgttGTTAAGTTTGAGTAA 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GTTAGTTTCATTGTTTGTGTAAGAGAGTTTAGCATGTTGTAAATCTTTCA AGAATCGTTCAGTTTGTTTGTAAGCCGGTCCCAGAAGCTTGGTAACGGGT GTTTCATTTGAGAATCGACTTGCTACGAAATGTCCTTCGGATGATGAGCT GAATTCTGATTTTTTACCAGAAGTTGAGCTCAATCCAGACAAAGCTCCGG TGGAGTAGGATTGTTGTAAAGAAGGGTCTTGAATGTGACTCAGCTTTTTG TTGGTAGGTTGTTGTTGGTGTTTAGGATCTGGTAATGATTGAGTGTAAGA TAGTTCTTGGATATCACTATCTGTTGTCGTCTTGGATTTGATGGAAAGCT TTGACATTGTATCGGTTATGTCATCGTGTTGGTGATTTGTTGAATATGTT GGTGATGAAAAATCAGATGTTGAACGACCAAACGATCTTTGTTGGGTGTG ATGAGAAGTTTGTTGAAAGTGATTGGAGTTCTGTTGGATGTGATGAGAAT TTCGTTCAATATCGTTTGAGTTTTGGGTTGAGCGTTTTTGTTTGAAGCTG ATACGATACTGTTGAACTTGGTATGGAGAATAAGTATCGGGCAACTCTTG TTGACTTATATCTGCGTTTTGGTGGCTTTGACAAGGCTTCTGAGGTTGCT GAACTTGAGGTAAATCATATTGACTTGGGAAGCTTTCAGGATCCATGCGA AACGCTGAGTGACTTGCAGCTCCAAGTTCGATTTGAGGAACATTTTGGTG AGTTTGATGGGATCCTTGTTGCATAGAATGTTGAAATTGTTGAGAGCTTC GCTGGGTGTGATTGGAATTCTGTTGGATGTGATGAGAATTTCGTTCAATA TCGTTAGAGTTTTGGGGTGAGCCTTTTTGTTTGAAACTGATACGATACTG TTGAGCTTGAAATGGTGAATTCGAAGAATAAGTTCCAGATAAATCCTGTT 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GAGTTGTAGTTCCATCAGAAGTTGGAGATTGTTGATTATGTCCGTCAAAT GACGATTCAACATGATTTGTTGGAGATATCTGTTGCTTACGATGAGAGTC TTGTTGATTACGGTCAATATCTTGTTGAAATTGTGGTGAACTTCGTTGAG CTCTTGGAGTACTTCGATCACTCAAGTTTGGTGGTGAGTGACTTGCAGAT CGTTTTGGAATTTGTTGTTGAGTTTGCAGAACGTCTTGATGGGATTCTCC TTGAATATCGTGGCGTTGACCCGATGAATGTCGTGGAGAAATCTTGAGAA GTCCAGTAGATTTTGAATGGACTTGTTTCTGATTAAGCACATCGATGTTT AATTCTGTACGACCAATGGGATCTGGGCGATCAACGTCTTGCATATTACT AGCATCAGTCAGGTTGATCCATTCATGATTGTTTGGATCTTCATCACCTT gatgtttggactttgttgcAAGAGGTGAAAAGCTGTTGTTggttttttga taattttttgttgATCGTGATGCACTACGAAAATCATTCC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_002612XLOC_002612Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00004638-exon-sc0000047-1491911889:483607..488884TCONS_00004638-exon-sc0000047-1491911889:483607..488884Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004638-exon-sc0000047-1510915933:483607..488884TCONS_00004638-exon-sc0000047-1510915933:483607..488884Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004638-exon-sc0000047-1575043694:483607..488884TCONS_00004638-exon-sc0000047-1575043694:483607..488884Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004638-exon-sc0000047-1491911889:489206..489846TCONS_00004638-exon-sc0000047-1491911889:489206..489846Clytia hemisphaericaexon
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000047supercontigsc0000047:483607..489846 +
Expression

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Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00004638 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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