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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00004283 ID=TCONS_00004283|Name=TCONS_00004283|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4017bp
CCCCTTAAAAAAAGGAGCAGTCTCTGCCCTTGAGATCTCAATGATTTCTG
CCATACTCTGAAAACTGGTAGGAGGGGAGTGTAGGCAGGTGTGTAGGGGT
CGTTATTGTCCTCTCAAGAGATTAATACCAtaaactgctctaacttggga
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ccaaagtcattttatttgagttaatgaacgacatattaaaaaatacacaa
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atttaacagtaagtgaaaatacagaccagatatcagccagtcccatgttt
cgaccaatcgtcccaagttagagcagttgacggtagttgactatgttcca
ttggttcgattgattttcaataacattcgattttgtttgattgagattat
gttcgatgagtttgattgcgattaaattaaattagatCACTCCTTTAAAG
CTTTTTAGagtgggcggccgagcgcttaagtaTCGCACGAAAGCAAATAA
AATCCAAATCAATCGAACATAattgaatacaatcgaacgtaattgaagca
atcgaacggcaaatcctgggtaataatcgattgcgattcgattgtgtttg
acaatcgaattgcaattattcgattgggttcaattgcgttcaattgattc
agcGTTCAATtcattcgattgacaccgtctggagaCAGTAGTGCACTCTT
GCACTCTCTTGGTGGCAGTGTATCCATCATACGTGCTGCTGATATGTGGG
GTCTTCCTTGCTACTTTGCAGACCAGTACTGAATGATCTTTATTTGAAct
caattttttgtaaaaaaattacaGTATCCAGGCGATTACTTAATCAAACA
GAATTgacaatcgaaccaaatcaaaTGCAGTTAGTCTccatcaggattag
aaactaggctagtcttataTACCTCTTTTATTTTAGGCGATTACTTAATC
AAACAGAATTgacaatcgaaccaaatcaaaTGCAGTTAGTCTccatcagg
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CAATACAAGGTGACAAGTTGATACAACACATTGACCACTCCCTGTTAAGT
TTgtatcgaaatctgcaacaaaaacaaaagtgatctcttctactgattgc
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CTGATCCAGTGGTGATTGCATGTACTGCTACTTGTAAATaccaaaaatta
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ATCAAGATGTCTCCAAAACTAGTAATCACTTTACAATACCAAGTATTGAT
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TTTTGCTAATTGATGGTAGAGAACTGGATTTATATTCCACGCAACATGTC
ATAACAGCAAAACATCATTCAATCTTTGGATCAGATagcaattttgtttt
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TGAATAAATCGTCAACTGATTCATTGTTAAAATTGCGGGCTGAAGTACAA
GAATATGTAGCAAGTGATGTTTTAGTGTTAGTGGAAGGTTTCGATCAATT
TCATTTGAACTACCCCTTTCTATGCACTGATAAACTCATAGAAACAGTTG
CTGATCGAAAAGAGCTGCTGTGTTACCCATCTATGGTATTGGATTCTAAG
CTTTTTCAAGGGCGAGGTGACCAAGCTACCAATGAGAATATTattgatgt
tttgaaaattactCACATTGTGAATATCACCTTGGAACATCAAAAcgctt
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TCAAACTTATTCGAACATTTCCATAAAACAtctgattttataaatgaagC
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AGTCTGGATCTTGCgttcaaaaccttaaaatccaGAAGATCTTGCGCTGC
GCCTAATGATGGTTTCTTGCAACAGCTCTCTAAGTGGGAAATAGAGATGC
TGGGACAAAAACTCACTGATATCGATTCCCTGTTTTAAGTTTCTGAAATT
CTGAATTGGGTGTAGTTTTGTCCCGTTAAATTCTAGAATTCTAGTTTAAA
ACACTTGCATCAGTTTGAAGTACTTGATTAGACTCTTCCTTTTCCTTTGT
TTTATCTTTTGTAGACGTATGGTCAAACCTAGTTTGTGTCGTAAAGCTGT
AGTATTTGATCGGTTTGATtggtttttattaaaattatagTTTTGATACT
TTTTCATATCTATTTAATAGAAAGTTTGTGAATAANGTCTATGGTATTGG
ATTCTAAGCTTTTTCAAGGGCGAGGTGACCAAGCTACCAATGAGAATATT
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TTGGGGAGTCAAACTTATTCGAACATTTCCATAAAACAtctgattttata
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GGGTGTTAGCCGAAGCTCTACAATCACTTTAGCTTATCTCATGAAGTACA
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TGCGCTGCGCCTAATGATGGTTTCTTGCAACAGCTCTCTAAGTGGGAAAT
AGAGATGCTGGGACAAAAACTCACTGATATCGATTCCCTGTTTTAAGTTT
CTGAAATTCTGAATTGGGTGTAGTTTTGTCCCGTTAAATTCTAGAATTCT
AGTTTAAAACACTTGCATCAGTTTGAAGTACTTGATTAGACTCTTCCTTT
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AAAGCTGTAGTATTTGATCGGTTTGATtggtttttattaaaattatagTT
TTGATACTTTTTCATATCTATTTAATAGAAAGTTTGTGAATAACATTGAA
GAATATTTTGTAAGATATAATAGCTATTTATAATGAACATTGTGgcataa
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CCTTGACAGGTGATTGTTAGCTCTGGTGAAATATCAACTTCACTGAGAAA
CACTTTTGCTTTGTTGAAGTCATAAAATAATTTACTCTTCACTCTTTCAA
GCAACCAGAGATTTAAAAACATTGGCTTTTGGTttccatttatttattta
atagTTTAGATTTATTATTTTCTGGTCTTAAATAGTTTtcacaaattttt
atttgtttgctCTGGGTTAATCTTTCTAGCTTAGCGGGTGTTGCtcatta
tttcaatttttaagatattaaattaTTTATAATAGTAGTGAGTATATGAT
TGAAAAGTCTTTTAATCAAATATAACAATCCTTTGGCTTCTAATTTAGCT
TTCGATGTTATCATTTTagtctttttatttggagcttttCCTTTTTTAAC
TGCTCTAGTTTTGACTG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000041:383784..388119- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00004283 ID=TCONS_00004283|Name=TCONS_00004283|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4336bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000041:383784..388119- (Clytia hemisphaerica)
CCCCTTAAAAAAAGGAGCAGTCTCTGCCCTTGAGATCTCAATGATTTCTG
CCATACTCTGAAAACTGGTAGGAGGGGAGTGTAGGCAGGTGTGTAGGGGT
CGTTATTGTCCTCTCAAGAGATTAATACCATAAACTGCTCTAACTTGGGA
CTATCTGACAAAACATGGGACGGCAATTCGGCCACCATTTCACCAAACCT
CCAAAGTCATTTTATTTGAGTTAATGAACGACATATTAAAAAATACACAA
TTTCTCTTTTGCACCGAGTAGGCTTTTAAATCGAAATATGAAAAAAATCC
GTAGTGGAACACACGCAAGTGTCTGTGCACTCTAAGAGGAACGAAGAAGT
ATGATTGATAAACTTGGTGGAGTTATCAAAACAAATTTGTTGTCAAAGAG
ATTTAACAGTAAGTGAAAATACAGACCAGATATCAGCCAGTCCCATGTTT
CGACCAATCGTCCCAAGTTAGAGCAGTTGACGGTAGTTGACTATGTTCCA
TTGGTTCGATTGATTTTCAATAACATTCGATTTTGTTTGATTGAGATTAT
GTTCGATGAGTTTGATTGCGATTAAATTAAATTAGATCACTCCTTTAAAG
CTTTTTAGAGTGGGCGGCCGAGCGCTTAAGTATCGCACGAAAGCAAATAA
AATCCAAATCAATCGAACATAATTGAATACAATCGAACGTAATTGAAGCA
ATCGAACGGCAAATCCTGGGTAATAATCGATTGCGATTCGATTGTGTTTG
ACAATCGAATTGCAATTATTCGATTGGGTTCAATTGCGTTCAATTGATTC
AGCGTTCAATTCATTCGATTGACACCGTCTGGAGACAGTAGTGCACTCTT
GCACTCTCTTGGTGGCAGTGTATCCATCATACGTGCTGCTGATATGTGGG
GTCTTCCTTGCTACTTTGCAGACCAGTACTGAATGATCTTTATTTGAACT
CAATTTTTTGTAAAAAAATTACAGTATCCAGGCGATTACTTAATCAAACA
GAATTGACAATCGAACCAAATCAAATGCAGTTAGTCTCCATCAGGATTAG
AAACTAGGCTAGTCTTATATACCTCTTTTATTTTAGGCGATTACTTAATC
AAACAGAATTGACAATCGAACCAAATCAAATGCAGTTAGTCTCCATCAGG
ATTAGAAACTAGGCTAGTCTTATATACCTCTTTTATTTTTTCCTTTGCAA
CAATACAAGGTGACAAGTTGATACAACACATTGACCACTCCCTGTTAAGT
TTGTATCGAAATCTGCAACAAAAACAAAAGTGATCTCTTCTACTGATTGC
TTTGTATTGTGGCGCTCCTTCGCGGAATGTTTATCAAATTTCATCACTTC
CTGATCCAGTGGTGATTGCATGTACTGCTACTTGTAAATACCAAAAATTA
CTTTCAATTCATTTTCTCATACAAAGAAGAAAGTTTGCACAATCATCATG
ACAACCATCACATCATGAAAAAGATGGGGTGTGGATACTCAAAGCTTCTA
TCAAAACAACACAAGTCTAGTACAAAGCCCTTCGATGAAGATGCTATGAG
AGATAGACATGTTTCAACAGAATCAAAGGAAAATCCATCATCTCAAGGTA
TTATTTTGTTCACTATTTTGTTTTGTTCAAATGTATCCGATGACAAAAAT
TTCAACTTAAACAGTAGCTTCATTTTTTCTGTCTTATCTATCAATTTGCT
ACTTCTACATTTTAAATTTTCTCTCTGATATAAGATTAAGGATGACTTTA
CTTTCAAGAATCTGAATTTTTTATGAGACAAAGAGTAGTTTAAAATTTTG
AAATGCTATGCTTTCTTTAGAGACATAGGTTAAATTTGAAGTAAACATAC
CATTTTTAATAAACTTTAAAATGGGAAGATGTTCGAAAATTTAATGAATT
TATTTAATGTTTTCAGGTCATCAAGATGTCTCCAAAACTAGTAATCACTT
TACAATACCAAGTATTGATGATTTACCACTAAACAAAGATAGTTGCATAA
CTATGCATGATTTGTACAATCTTTTAAATGATGGTGCTATGAAAATGTAC
ATTCATGATCCATTTAACCTTTTGCTAATTGATGGTAGAGAACTGGATTT
ATATTCCACGCAACATGTCATAACAGCAAAACATCATTCAATCTTTGGAT
CAGATAGCAATTTTGTTTTGAGACTTTCAAATTATGGAATGGTGATTATT
TATGGGTCAGAGCTGCAAGTGAATAAATCGTCAACTGATTCATTGTTAAA
ATTGCGGGCTGAAGTACAAGAATATGTAGCAAGTGATGTTTTAGTGTTAG
TGGAAGGTTTCGATCAATTTCATTTGAACTACCCCTTTCTATGCACTGAT
AAACTCATAGAAACAGTTGCTGATCGAAAAGAGCTGCTGTGTTACCCATC
TATGGTATTGGATTCTAAGCTTTTTCAAGGGCGAGGTGACCAAGCTACCA
ATGAGAATATTATTGATGTTTTGAAAATTACTCACATTGTGAATATCACC
TTGGAACATCAAAACGCTTTTCCAAAAAAGGTTAAGTATTTCCGATTGGA
ACTAGACGATGTTGGGGAGTCAAACTTATTCGAACATTTCCATAAAACAT
CTGATTTTATAAATGAAGCACTTTCCACGAAGATTGGTCGAGTATTAGTT
CATTGCAACATGGGTGTTAGCCGAAGCTCTACAATCACTTTAGCTTATCT
CATGAAGTACAAACAATGGAGTCTGGATCTTGCGTTCAAAACCTTAAAAT
CCAGAAGATCTTGCGCTGCGCCTAATGATGGTTTCTTGCAACAGCTCTCT
AAGTGGGAAATAGAGATGCTGGGACAAAAACTCACTGATATCGATTCCCT
GTTTTAAGTTTCTGAAATTCTGAATTGGGTGTAGTTTTGTCCCGTTAAAT
TCTAGAATTCTAGTTTAAAACACTTGCATCAGTTTGAAGTACTTGATTAG
ACTCTTCCTTTTCCTTTGTTTTATCTTTTGTAGACGTATGGTCAAACCTA
GTTTGTGTCGTAAAGCTGTAGTATTTGATCGGTTTGATTGGTTTTTATTA
AAATTATAGTTTTGATACTTTTTCATATCTATTTAATAGAAAGTTTGTGA
ATAANGTCTATGGTATTGGATTCTAAGCTTTTTCAAGGGCGAGGTGACCA
AGCTACCAATGAGAATATTATTGATGTTTTGAAAATTACTCACATTGTGA
ATATCACCTTGGAACATCAAAACGCTTTTCCAAAAAAGGTTAAGTATTTC
CGATTGGAACTAGACGATGTTGGGGAGTCAAACTTATTCGAACATTTCCA
TAAAACATCTGATTTTATAAATGAAGCACTTTCCACGAAGATTGGTCGAG
TATTAGTTCATTGCAACATGGGTGTTAGCCGAAGCTCTACAATCACTTTA
GCTTATCTCATGAAGTACAAACAATGGAGTCTGGATCTTGCGTTCAAAAC
CTTAAAATCCAGAAGATCTTGCGCTGCGCCTAATGATGGTTTCTTGCAAC
AGCTCTCTAAGTGGGAAATAGAGATGCTGGGACAAAAACTCACTGATATC
GATTCCCTGTTTTAAGTTTCTGAAATTCTGAATTGGGTGTAGTTTTGTCC
CGTTAAATTCTAGAATTCTAGTTTAAAACACTTGCATCAGTTTGAAGTAC
TTGATTAGACTCTTCCTTTTCCTTTGTTTTATCTTTTGTAGACGTATGGT
CAAACCTAGTTTGTGTCGTAAAGCTGTAGTATTTGATCGGTTTGATTGGT
TTTTATTAAAATTATAGTTTTGATACTTTTTCATATCTATTTAATAGAAA
GTTTGTGAATAACATTGAAGAATATTTTGTAAGATATAATAGCTATTTAT
AATGAACATTGTGGCATAATTTATAATTTTTAGATATTAATGATTTTTGT
ATATAAAAGAATGTTAATTCCTTGACAGGTGATTGTTAGCTCTGGTGAAA
TATCAACTTCACTGAGAAACACTTTTGCTTTGTTGAAGTCATAAAATAAT
TTACTCTTCACTCTTTCAAGCAACCAGAGATTTAAAAACATTGGCTTTTG
GTTTCCATTTATTTATTTAATAGTTTAGATTTATTATTTTCTGGTCTTAA
ATAGTTTTCACAAATTTTTATTTGTTTGCTCTGGGTTAATCTTTCTAGCT
TAGCGGGTGTTGCTCATTATTTCAATTTTTAAGATATTAAATTATTTATA
ATAGTAGTGAGTATATGATTGAAAAGTCTTTTAATCAAATATAACAATCC
TTTGGCTTCTAATTTAGCTTTCGATGTTATCATTTTAGTCTTTTTATTTG
GAGCTTTTCCTTTTTTAACTGCTCTAGTTTTGACTG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00004283-exon-sc0000041-1575043694:386523..388119 | TCONS_00004283-exon-sc0000041-1575043694:386523..388119 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00004283-exon-sc0000041-1575043694:383784..386203 | TCONS_00004283-exon-sc0000041-1575043694:383784..386203 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00004283-exon-sc0000041-1510915933:386523..388119 | TCONS_00004283-exon-sc0000041-1510915933:386523..388119 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00004283-exon-sc0000041-1510915933:383784..386203 | TCONS_00004283-exon-sc0000041-1510915933:383784..386203 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00004283-exon-sc0000041-1491911889:386523..388119 | TCONS_00004283-exon-sc0000041-1491911889:386523..388119 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00004283-exon-sc0000041-1491911889:383784..386203 | TCONS_00004283-exon-sc0000041-1491911889:383784..386203 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000041 | supercontig | sc0000041:383784..388119 - |
Blast
BLAST of TCONS_00004283 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: DUS1 (Dual specificity protein phosphatase 1 OS=Homo sapiens GN=DUSP1 PE=1 SV=3) HSP 1 Score: 101.679 bits (252), Expect = 1.443e-22 Identity = 74/257 (28.79%), Postives = 125/257 (48.64%), Query Frame = 1
Query: 1927 LKLRAEVQEYVASDVLVLVEGFDQFHLNYPFLCTDK---------LIETVADRKELLCY-----------PSMVLDSKLFQGRGDQATNENIIDVLKITHIVNITLEHQNAFPKKVKYFRLELDDVGESNLFEHFHKTSDFINEALSTKIGRVLVHCNMGVSRSSTITLAYLMKYKQWSLDLAFKTLKSRRSCAAPNDGFLQQLSKWEIEMLG---------QKLTDIDSLF*VSEILNWV*FCPVKF*NSSLKHLH 2610
L A +E A+ V L G++ F + P LC+ + L +V D E C P +L L+ G A+ ++++D L IT ++N++ N F +Y + ++D ++++ F++ DFI +++ GRV VHC G+SRS+TI LAYLM+ + LD AF+ +K RRS +PN F+ QL ++E ++L + +D + + N+ PV NS+L +L
Sbjct: 104 LAAGALCREARAAQVFFLKGGYEAFSASCPELCSKQSTPMGLSLPLSTSVPDSAESGCSSCSTPLYDQGGPVEILP-FLYLGSAYHASRKDMLDALGITALINVSANCPNHFEGHYQYKSIPVEDNHKADISSWFNEAIDFI-DSIKNAGGRVFVHCQAGISRSATICLAYLMRTNRVKLDEAFEFVKQRRSIISPNFSFMGQLLQFESQVLAPHCSAEAGSPAMAVLDRGTSTTTVFNFPVSIPVHSTNSALSYLQ 358 HSP 2 Score: 93.9745 bits (232), Expect = 3.985e-20 Identity = 56/179 (31.28%), Postives = 98/179 (54.75%), Query Frame = 1
Query: 2809 LFQGRGDQATNENIIDVLKITHIVNITLEHQNAFPKKVKYFRLELDDVGESNLFEHFHKTSDFINEALSTKIGRVLVHCNMGVSRSSTITLAYLMKYKQWSLDLAFKTLKSRRSCAAPNDGFLQQLSKWEIEMLG---------QKLTDIDSLF*VSEILNWV*FCPVKF*NSSLKHLH 3318
L+ G A+ ++++D L IT ++N++ N F +Y + ++D ++++ F++ DFI +++ GRV VHC G+SRS+TI LAYLM+ + LD AF+ +K RRS +PN F+ QL ++E ++L + +D + + N+ PV NS+L +L
Sbjct: 181 LYLGSAYHASRKDMLDALGITALINVSANCPNHFEGHYQYKSIPVEDNHKADISSWFNEAIDFI-DSIKNAGGRVFVHCQAGISRSATICLAYLMRTNRVKLDEAFEFVKQRRSIISPNFSFMGQLLQFESQVLAPHCSAEAGSPAMAVLDRGTSTTTVFNFPVSIPVHSTNSALSYLQ 358
The following BLAST results are available for this feature:
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