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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00003759 ID=TCONS_00003759|Name=TCONS_00003759|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=956bp
CTTTATTGATGTGAACAGGGCCTTCGGTATATTTAATGACCacaattttg
atttgaatagtaaattgagaaaataaaataaagatactTATACTAGATTA
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caaaaa Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000031:742369..750248+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00003759 ID=TCONS_00003759|Name=TCONS_00003759|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7880bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000031:742369..750248+ (Clytia hemisphaerica)
CTTTATTGATGTGAACAGGGCCTTCGGTATATTTAATGACCacaattttg
atttgaatagtaaattgagaaaataaaataaagatactTATACTAGATTA
GAAAATAGCTTTTGTTATTGAAAGAAATAAGTTGGTGATTGTTTTAATGT
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ttctctttctGGTCAACCTCTTTTGTCAGATTTAAGCTTGTAATGaggaa
attccaaaaatgaaagtaaccataatgatgtttttcctcttttcagtaTG
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ATGTTGTTGGAAATAAGCATTGTAAGCTCAGTTAAGTTGAAAGTGTGCTT
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TATTCAGTATTTTGTTTTCGCTGGCACAAAGACTGAAATTGGAATTAGAG
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GGACGGCAGAGTATCTGAAACGATTCGGAACAACTCAGTCATTCGGGATC
TAGAACTGGGCCCACgccttgaatttgaaaatggagGGTCTAATAAATAT
AGAGTCTAAGTTTAATCTTCCCTGAAATTTTAACTTAGCATAAAAGTGGG
GGGGAGCGGGGCATGGCCTCCTGCCTCCCCCCGGTTGCGTGGACCCTGTA
GAACAAATTAGAAAGTAACCGTGTCCATCGGAGCAAAAAAGCAAAGATAT
ATAAACACTCTACTATTACTTCAGTGAGAGGCTTAATAGGCTAGCCGCTG
TATCGAGAAAATATAAGCATACTttataaaaaggaaaagaaTGTATTTTA
CTGTCGTCATGTTACATATTTACTTTCCCAACAATTTTGCTAATGGCGGA
ACGTGAAACATTTTGGGTCAAGATAATTGACCTATGAACCTCTTTATCTA
AAAATAGTTCgaggaaaatgaaatttttggttAAGGTGGCGCCCCCTCCC
TTCATTCTTGGGTAAATTTGTTCGCCTACGTTTCAATTTACCTGACGCCA
CGTGTAGTATCATTTTGAGAAACGTAAAacatgttgttttttataagaac
atccaaaatttttgaagccttcgaatgttctcaacttttttagttttatg
cctaaaaaatgttcttaaagtattcttattttcaccaattttttgagcat
ttgtgtgctatttcctaagaaattgggtgttttatgTTCTGTAAAGcttt
ataatgttcttaacttgctcttgatattttggctatcgaaaccttatgtt
cttatatagtttgttcttgtaaaacaTGTATGCAATATCAATGATTCTCA
TACCACAACTATACCACGAGTTTTCAATCTCTTCTTGATTGATTGAATGA
GAGGTTGGATGAATTATAAGTGATCATTTCCTCTTAAGAGTtgcgagaga
aaaaaattctgatCATTACTAGTAGTACATATGACAAAATTTCGGTTTGT
TTACGTTTGGACGTTCATAGTTTACTGTAGTCTTTATCGAAAATTAGAAT
TATAAGCAAGTTTTACTGAAGTCTACTATTAATTTAACTCGGATTATACT
TTAAATTCATTTAAAACTTGATTCCCTACTATGTCTTCGAGCTGTAGGAA
ATGGTAAATGGCTGATATTTGATATTTGGATAGACTGGCTTCAGTTCAGA
GTCTCTCTCTCTGTGTTATGTGAAATTACAGTGTTTGTAAAATTGAATGA
GGTAGCTAAGTGTACGGTGGGGAGGGGGAGGCATACGGGTTTCACGGTGC
GGCggtattagctttttttttctctgtcggtgtttcggtgtttgaagaaa
agaTGACGGTGtttcggtgtcaaacatgccatgcggtgacaaaataagga
aattttctTGTCAGTCAGGTTGATGTAAATGatatgcgtcggtatttcga
tgTTAGTGATCCCTGTTCGCCCCCCCCCCATCGGTGCGATTACAAATTTC
AAATCAGTTGGAGTAACTATACCCACCTGGTACTAGTTTATACAGAGTTT
TAACTTTAAAGCTTTTTGTAGGGTCCTATATTTGTATTTGGTCTGAGCTC
AGGTTACTTGGACTTAAATTGATCTCTGTTTGATTGTTGACTAGTTCTCA
TCGTTAGGCATAGTAAGACAGGGACGAAAATATATATAATGACCTAATTA
ACATCCAGCTTTATTATACCTTAACTTTGAATAGTTTGTTAATAACGATA
TGCTCCACCCAGTAATTGAGATTGGAAAACATTTCTTAAATCACTGACAA
GTGGCCAACAATTAACAGATAACTGATCACAGAATATTACTACTAGATTT
TTGGCTCGGAATTGACCTGTATTGCTTGCTTTATTGGCAAGAACGTTACG
TAATGACATCATAGAATTAAtggtaattgtttttttttgcttcagtTGAA
CAAActacacaaagaaaaaaaatcaaacaaacaaaaaataaaaaagaagt
gaAGGAAAAAGAAGACTCTTGGCAAGTTTTCTACACAAGAAATTAAACTG
GATTCCATCAAAAGATACTTCAATAACTGTAAGTAGTAGCTTTTTGTTCA
TTCGTCCCTTTGTCCACTCCTTCCCCGACTCCTTTACTCTACCCGTTTCT
TTAAGGCCCTGCATTCTTTATTTTCGTTTATTCGTTCTTTTCACTCTTTC
gttattttctttattcgtTTGTGTTTTATTCTTTccctttttgatttctt
cattCATTCGCTCTTTCAGGGGTAGTTCGTTCGATATTTTGTTGCCCTCA
TTCTTTCTTCCAATTCATGACTTTTCATTTTCGCTCTATTTTTTGACCAT
CTCTTCGGTTCTTCAATCACTCGCTCACTCATGCTTGCTGTGGGGATTCT
TATTATGTTCTCATATTTTCCTAATAGTTTCTACCTACCGCACATTTTTT
TCCTAGGGGGAGGAGGGATAGCCACTTCagggggtcttgacccctctagg
aACTATCTTTGTCCATTTGCTTCCTCCTTTCTTCTTGCTTTCCTCCTTTC
TTCTTGCTTTCCTCCTTTCTTCTTGCTTTCCTCCTTTCTTCTTGCTTTCC
TCCTTTTAAAAGTTACATCTATGTTATGCAACAcaagttttcaaaagaaa
ggAAATGTCCTGCTGGTCTTATAGTTAATATTGTTGACTCAAATTaagct
tgtttactttgaaagccAGTCGTCGAGACTTGGCTTAAAGTCAATGTTAT
AAAGCTTAAAGGAGTATAAAAGCTTTTAAAGTTTAAGAACTTTCCCTATC
AGTGTGGTATCAGGTTGGGCGGTATTAAGTGAGAGCCTTTTGTCAATACA
GTATTCAATCTAGAGGATTTCCTAGGTTTGAAATAAGTCAACATAAACAA
ATGTAATGACACGCGATGGATTCGAACCACATTCTAGGTTTTAAATCAGT
TGACTTGTTTTAGGCTAGACGATGTTACAAAAGGGTTGATGCGCGAGAAG
AAATATGGTGCGTGTGATTAAAGCCGTTTATAAGTTTATAGCGATATAAC
ACGGTGGGGCTGTTACGGAAAAACTCCGGTCTCGCGTTATTAGATGAAAC
TCATCTTAGGGGGCCATTTTAGGTTATATTATAGTTTTAGGAGAACTAGA
GCAATCTGTATTGCTGAATGAATCTTTAGACTGTATTCGCATAGTATGTA
TGCGGGTTTAGCCTCGTGACTTCATAGCATGATCGTGTATATGTGTAGGA
TAGCGACCTCCGCTTCGtacattcaaagaaaaaaaatcgtctTGTTTTGA
TCACATGATTggaagtatttttttcattgatgagtcaattaacaagaaaa
caaaccCTATTGCACAGTGTGCGCAATTTTCGTTCCTCAATGAAAAATAG
TTCCCTCTATTCACATTGACGTCAGTCTTTCTATTTTCTGACCAAATACT
AGTTCATAACCAACTGAGAACGCTCCGGGGAGTATCATATAAGACTGAGG
CAGTTGCGGTGAAAAGGATAAACCAACAAAGCTACCTTTGTTTATGTGCA
TAGAGCTTTATAGCCTTTGTTTTTATGCTTATAGCTTAGACTGTAATCAC
ATTACGAAATTAATTAGATGTAAGGTGACATAGATAGCGATAAGATCaag
ttttattatatttttcaagtttgaacatgCTTTGAAATCAGATCAAAAGT
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TATACAAAGACAGGAGCTTGCAGAAACAGATTTTTGAAGAGCAGAAGAGA
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TAAGAAATTCTTTCTATATTGTAGCTCTCCACTATTGTTAAGTCAACATT
GCATAAGAGCCTGAGAATTTCCTTCCTTGGGTACCTCTTGACTTTTTGAC
ATCCGATTTCAAGTACTGCAGGTCTTTTTTCCCGTATATACCTGACTGGA
TGATAGTGAAAGCAAatttattttatcattctatttGAGCGTTTAGAAGA
GTATGAACTTGCTGAAATATTAATATTGTGCTTTTCAACTTAGCGAAAAA
ATAGACGTCTGTTTGAATGATTGGGATGAATATTCTCttactttgaaaaa
tttatcaagatttttttatagACTTGTGTCCAGGCTCTTAAGTTTACTTT
TCATTATTCTTGTGAAAGATCAGAAATTTGCAAggtcataacttattttc
tttttatgtttgtttttcAGCTAATATCTACTCCAGTGAGATGTCTACTT
TGAACAAATCCGGATCAGTCAATTACGGAAAGATTGTTTCATTCGGGAAC
GCCCTAAGCAAAGGCGGTGACGCCCTGAACAAGAAATATGAGGTTAAACG
CCAAACCAGTTTATCGGGTCCTTCCGGGTTGAGCAGCGGGAATCGTTCCG
GTGTTTTATCGCGACAAACATCACTTTCGCTTACCAAGAAGTCTGGGACT
AGCGTTTGATTGGTTGTGTTGTTGGGTTTTTATGTTGATCCTATTCTGAC
GGAATTGTATGGTAATTTTGGGAATTCTTTTAATCAGCTAATCAAACACT
TTCGACATTCGACCGCAGAAACTGGAAGATCCTTAGGATCATACGCTAAG
TGCTTTATGTGATGTGCAGCTACCactgtagtctagcaagctagacgact
aattcagacatattagaaataaagcaaaaaagtaaattttagtcgtctag
aaacctttgtgcactaactccaaacaaaaa
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00003759-exon-sc0000031-1491911889:742369..742681 | TCONS_00003759-exon-sc0000031-1491911889:742369..742681 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00003759-exon-sc0000031-1510915933:742369..742681 | TCONS_00003759-exon-sc0000031-1510915933:742369..742681 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00003759-exon-sc0000031-1575043694:742369..742681 | TCONS_00003759-exon-sc0000031-1575043694:742369..742681 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00003759-exon-sc0000031-1491911889:747414..747546 | TCONS_00003759-exon-sc0000031-1491911889:747414..747546 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00003759-exon-sc0000031-1510915933:747414..747546 | TCONS_00003759-exon-sc0000031-1510915933:747414..747546 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00003759-exon-sc0000031-1575043694:747414..747546 | TCONS_00003759-exon-sc0000031-1575043694:747414..747546 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00003759-exon-sc0000031-1491911889:749739..750248 | TCONS_00003759-exon-sc0000031-1491911889:749739..750248 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00003759-exon-sc0000031-1510915933:749739..750248 | TCONS_00003759-exon-sc0000031-1510915933:749739..750248 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00003759-exon-sc0000031-1575043694:749739..750248 | TCONS_00003759-exon-sc0000031-1575043694:749739..750248 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000031 | supercontig | sc0000031:742369..750248 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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