TCONS_00002975 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00002975
Unique NameTCONS_00002975
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2514

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00002975 ID=TCONS_00002975|Name=TCONS_00002975|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2514bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000024:854185..888624+

Legend: exon
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>TCONS_00002975 ID=TCONS_00002975|Name=TCONS_00002975|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=34440bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000024:854185..888624+ (Clytia hemisphaerica)
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000024supercontigsc0000024:854185..888624 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast
BLAST of TCONS_00002975 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: BMP1 (Bone morphogenetic protein 1 OS=Homo sapiens GN=BMP1 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 96.2857 bits (238), Expect = 2.839e-20
Identity = 64/178 (35.96%), Postives = 97/178 (54.49%), Query Frame = 2
Query:  680 FNQALNCQDK----PWIVRTDEEEFIQFR-RGDGCESYVGKVTQDPALGGVQPIYLHSNCILQPGKVIHEMMHALGYIHEHMRFDRDQYIKIHKENIIQKFAPQFMKI-PQKYLMTSKKYDLLSIMQYEKNAFARSSELVTIETLDPAFQ-----DKIGQRNQLSKLDLVGLNEYFAC 1180
            F QA+   +K     ++ RTDE+ +I F  R  GC SYVG+       GG Q I +  NC  + G V+HE+ H +G+ HEH R DRD+++ I +ENI       F+K+ PQ+     + YD  SIM Y +N F+R    + ++T+ P ++       IGQR +LSK D+    + + C
Sbjct:  151 FRQAMRHWEKHTCVTFLERTDEDSYIVFTYRPCGCCSYVGRRG-----GGPQAISIGKNCD-KFGIVVHELGHVVGFWHEHTRPDRDRHVSIVRENIQPGQEYNFLKMEPQEVESLGETYDFDSIMHYARNTFSRG---IFLDTIVPKYEVNGVKPPIGQRTRLSKGDIAQARKLYKC 319          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00002975 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
BMP12.839e-2035.96Bone morphogenetic protein 1 OS=Homo sapiens GN=BM... [more]
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