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transcript sequence >TCONS_00002854 ID=TCONS_00002854|Name=TCONS_00002854|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1656bp TGAAAATATCTTGAAATACAATGAAGCAAAGAATTTCATCGAGgtGCGAT CCTACAAAATGACTTGGTGATGTATATGATAATATGACAAATAACCGGAT TGTCAATCAAGTTCGATTATAGTATGCGCTCGCTTCGACGTggcattgtt ttgattttaacattTTGTATCATGGTCTTCTGGGTGAAAAAGAGGTACTC TGACTCCACACACAAAAGTTTCAAATATTCGTCCATTTCACATATCTATA ACCAAGAGGTTAATAGGAAAAGGTCTTTGTTGGAACTACAGCAGAAAGCT GATTTCTAtatcactggtcaaaatttgacaGTGCCTAAACGTCGGCAACC ATCAACTAAAGCTTTGAAAATATCGAAACAAGTCTCAGAAGTCGATTCGA ATTATCGATTAAATCGATTGTTGTATCAATTATGGGATCCATACACGAAC GAAAATGAACATAATATGTTCACATGTCAGCATTTAGTCAGCGAAAATCG TAAGATCTATCAACACGGAAAACGATTTGCTCgaaaactaaataaaaagt tCTACGAATATGCtaaattgcaaaatattttggaCGCGATTGGACCGACA TGTAACAATTTACGGAAACTGTTCCGCTATCAGACGCCGAATTTTGGACC GGCGTCTTATTCGGTTGCTTACACGGTAACACTGGAAAGGACCGCTGAGC AATCGTTACGTATGTTACTAAGCATATATCACCATGACAACGTCTATTGT TTACATCCCAACGCTAAATTTGGTATGAAGTACTATAACGTATTCCGAAA AGTATCGGAATGTATTCCGAATATTTATTTACCCGATCGGATTTTTGAGA TCAGAGTTAAAACACATAATCGGTTAAAAGCGGAAGCGCAGTGTTTCAAG AAAATGTTGAGCGTACCGGTACCCTGGAAATACGGAATCAACCTACCGTC CACAGTATTTCCGCTGTATAACCATTCGAAGATTGTACACTATTTACGCT CCAAACCATATGAGGTTTCGATCAACTGGAAAACTCCGAATGAAGCACAT TTTATGAGCCGTGTGCAGTTTGTGCACGTTGCAAGGAGTATCGAAGGAGG AGATCGTGCCCTTGTGAGGACTTCTAAACGGAAAGCTCCTCCCCCACATG GCATCAAAATTTATCGGAAAGGAACCTCTTTTATTGGTACTCGACAGTTT TACGAATTCCTAGTGAACGACCCGTTAGCGAAACAGTTCTTAGATTGGAC GCGGGATACGAAGAATCCTGAAGACTTTTATTATGCTAGCTTATATAAAC ATAGAACGAGAGAGCCTTGGTCCTCACCCGATTTTGACATTTCGGGATTG ATATCGGGATACAAAGTCCGACCGGAACACGAGCTGCAAGATGTGTCTGT AGACcctgaaaataatttgttaATTTCACTTTGGGGCAGTGATCGTGGGC ATCGGTGTCACGGGAAATACAGAGGCTCTGTATGTATCCTAGGATCTGCT GATTTGAAATGGCTTTTACAACAAGGATATTTATTTGCGAATTCGTTCGA TTTTCGAGTTGATCGACTGGTTGTTGATTGTTTATCGAAGAATTTGAAGG ATccgattttgaaaagtttgtgaGTTAGTGATTTAATGATTTATCTTTGC AGAAAG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000023:206502..258340- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00002854 ID=TCONS_00002854|Name=TCONS_00002854|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=51839bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000023:206502..258340- (Clytia hemisphaerica) TGAAAATATCTTGAAATACAATGAAGCAAAGAATTTCATCGAGGTATGTC
TTATATTTTTACTAAGTCTATGGTCATCGCCTAAATAAGATGGTTCGCCT
GAATAAACGTCGCCAGTTTTTTTGGCAACATCCAATTCTTAAGATCCTTG
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GAGGGTTCATCCCCCACGTTTAAAAGTAAATTATTAATCTTAAAAAATAT
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CCATGTGCAGTCAGATAAGTGTTACGCGTGGGCCTCATTGAACCGATCTA
GCCTTATTAAAAATCATTAATGTGATACCTTAATTCCATACCTCAATTAA
GATTTTCTTTCTGCCACAGATATTTTTTATACCACTGAAAGATTTTCGTC
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ATGGTTTTTATTGAAAAGTTTTAGTCGTCAAGGGAGAAAAAATTCAATCA
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TTAAGTATTATAAGACTCGTTGACAGCTTAATGCTTTCTGAAAGGTGTTT
GAAAGTTTTTCATTGCATCTCGTTATTTAAAGGTTTTTAATCGTGTGAAA
AAATTTTAAACGAAGTCATTTGAAGAAGGTAGATTTGAAAGATGGCTTTA
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GTGTGAAGGCTTTGGAATCGATTTGCTAAATTTCAAGATAAAAAAATCAA
AATTATCAAAATTATTAAAATGGGTCTGTTAAAAAGAGAATGTTACTGTT
CTCGATCATCTTGGCTTTCAAATCTTAGACATTTTACAAACATTTTTTAG
AAATCCCGTTCAAATTCTCAACTTTGTAGATACGTCCAACTTACATCCAT
TTAACATCCATACCGATAACGATAACGTCTGTTTAGTCGAAAAATTCAGA
CATTCGGAAAACAAGATCATCAAAATACCATCCACTAATGATATTACAAT
TTAACAAACAAAGATATATTATTTTCGAGTTAAAAAAATCATAGGGAATT
TTCTTTGATCATTTAAGCATGCTTTAAATTATACGTAAGCAATTTAAAGG
GTATATGGAACAACATGCCACTAGCATTCAAAAGACGTCCCGAGGATTTT
TATACGTATTTGGAATCAACTTAGTCATTTTCACAGCACATAGTTCTGTT
TTATCATTTTTTATAAATCTGAGTATTTGAAATCTTGAAGCTGTAAAAAT
ACACAAATTCAGTACACTTCTTGGTAAATTTTAAAATACAAGGTTTTCAA
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AAATAATTTTCGCCACGTGCACCTATTCCATAAAGAATTCTCCTTGCCAG
AACGTTTTCCTTAGTTGACAGCACTTTGAGATAAGTTTCAAGAATGCTTT
TGATTGGCTGCCTCTTAAAAATTAGCCAATCAAAGTGCAGCTTTCCTAGA
AGGTTTTGAACAAAATTAAGGAAGAAAGTCCAATATTGGGTTGTTTACTT
TTAATGACAAATTATTAGTGAGAAATTAAAAATTTTAATTTGTTTTAAGT
AGTGTTTATTTTCTTGTGGTCACGAAATCATTGAATTCTACAATAAAGAA
GCATGCTTTAAGAAGGTGTATGAAAAATTCGCCTTTAGCACTGTAAATTG
AACTGAAATGCTCAACAAACACGACTTGATCCAATTTTCCATTTTAAAAT
CAATGAAAATCGGTAAAATGTGTCTGCACTGCAGAAGATGCTCCAGTGTC
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AGTGTTTCTTTCCTTTTCATCGATCAGGTACTGAAGAGAACGAGAATAAA
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GTTTGTACACGTTGCAAGGAGTATCGAAGGAGGAGATCGTGCTCTAGTGA
GGACTTCTAAACGGAAAGGTCCTCCCCCACATGGTATCAAAATTTATCGG
AAAGGAACCTCTTTTATTGGTACTCGACAGTTTTACGATTTCCTAGTGAA
CGACCCGTTAGCGAAACAGTTCTTAGATTGGACGCGGGATACGAAGAATC
CTGAAGACTTTTATTACGCTAGCTTATATAAACATAGAACGAGAGAGCCT
TGGTCCTCACCCGATTTTGACATTTCGGGATTGATATCGGGATACAAAGT
CCGACCGGAACACGAGCTGCAAGATGTGTCTGTAGACCCTGAAAATAATT
TGTTAATTTCACTTTGGGGCAGTGATCGTGGGCATCGGTGTCACGGGAAA
TACAGAGGCTCTGTATGTATCCTAGGATCTGCTGATTTGAAATGGCTTTT
ACAACAAGGATATTTATTTGCGAATTCGTTCGATTTTCGAGTTGATCGAC
TGGTTGTTGATTGTTTATCGAAGAATTTGAAGGATCCGATTTTGAAAAGT
TTGTGAGTTAGTGATTTAATGATTTATCTTTGCAGAAAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00002854-exon-sc0000023-1575043694:258298..258340 | TCONS_00002854-exon-sc0000023-1575043694:258298..258340 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00002854-exon-sc0000023-1575043694:207889..209145 | TCONS_00002854-exon-sc0000023-1575043694:207889..209145 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00002854-exon-sc0000023-1575043694:206502..206857 | TCONS_00002854-exon-sc0000023-1575043694:206502..206857 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00002854-exon-sc0000023-1510915933:258298..258340 | TCONS_00002854-exon-sc0000023-1510915933:258298..258340 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00002854-exon-sc0000023-1510915933:207889..209145 | TCONS_00002854-exon-sc0000023-1510915933:207889..209145 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00002854-exon-sc0000023-1510915933:206502..206857 | TCONS_00002854-exon-sc0000023-1510915933:206502..206857 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00002854-exon-sc0000023-1491911889:258298..258340 | TCONS_00002854-exon-sc0000023-1491911889:258298..258340 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00002854-exon-sc0000023-1491911889:207889..209145 | TCONS_00002854-exon-sc0000023-1491911889:207889..209145 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00002854-exon-sc0000023-1491911889:206502..206857 | TCONS_00002854-exon-sc0000023-1491911889:206502..206857 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000023 | supercontig | sc0000023:206502..258340 - |
Blast
BLAST of TCONS_00002854 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: GCNT7 (Beta-1,3-galactosyl-O-glycosyl-glycoprotein beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase 7 OS=Homo sapiens GN=GCNT7 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 156.377 bits (394), Expect = 1.245e-41 Identity = 92/321 (28.66%), Postives = 156/321 (48.60%), Query Frame = 1
Query: 652 ASYSVAYTVTLERTAEQSLRMLLSIYHHDNVYCLHPNAKFGMKYYNVFRKVSECIPNIYLPDRIFEIRVKTHNRLKAEAQCFKKMLSVPVPWKYGINLPSTVFPLYNHSKIVHYLRSKPYEVSINWKTPNEAHFMSRVQFVHVARSIEGGDRALVRTSKRKAPPPHGIKIYRKGTSFIGTRQFYEFLVNDPLAKQFLDWTRDTKNPEDFYYASLYKHRTREPWSSPDFDISGLISGYKVRPEHELQDVSVDPENNLLISLWGSDRGHRCHGKYRGSVCILGSADLKWLLQQGYLFANSFDFRVDRLVVDCLSKNLKDPILK 1614
+S+AY +T+ + +++L +IY NVYC+H + K MKY + + C N+++ + ++ RL+A+ C K ++ W Y INL FP+ + +I+HY+RSK + +I H S+ H+ +G A ++ K PPH + IY ++ TR+F EF++ D AK L W++D ++PE Y+ +L + + P ++P+ G + K + E E N+ C G+Y +C+ G DL WL+Q LFAN F+ D LVV CL + + +L+
Sbjct: 107 GDFSLAYIITIHKELAMFVQLLRAIYVPQNVYCIHVDEKAPMKYKTAVQTLVNCFENVFISSKTEKVAYAGFTRLQADINCMKVLVHSKFQWNYVINLCGQDFPIKTNREIIHYIRSKWSDKNITPGVIQPLHIKSKTSQSHLEFVPKGSIYA-PPNNRFKDKPPHNLTIYFGSAYYVLTRKFVEFILTDIHAKDMLQWSKDIRSPEQHYWVTLNRLKD-APGATPNAGWEGNVRAIKRKSE----------EGNV---------HDGCKGRYVEDICVYGPGDLPWLIQSPSLFANKFEPSTDPLVVTCLERRHRLQVLR 406
The following BLAST results are available for this feature:
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