TCONS_00002854 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00002854
Unique NameTCONS_00002854
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1656

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00002854 ID=TCONS_00002854|Name=TCONS_00002854|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1656bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000023:206502..258340-

Legend: exon
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>TCONS_00002854 ID=TCONS_00002854|Name=TCONS_00002854|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=51839bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000023:206502..258340- (Clytia hemisphaerica)
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TTTACGAATTCCTAGTGAACGACCCGTTAGCGAAACAGTTCTTAGATTGG ACGCGGGATACGAAGAATCCTGAAGACTTTTATTATGCTAGCTTATATAA ACATATAACGAGAGAGCCTCGGTCGTCACCCGATTTTGGCACTTCGGGAT TGATATCGGGATACAAAGTTCGCCCGGAACACAAATTGCAAGATGTATCT GTAGACCCTGAGAATAACTTGTTAATTTCACTTTGGGGGAGTGATCGTGG GCATCGGTGCCACGGAAAATACAGAGGCTCTGTATGTATCCTAGGATCTG CTGATTTGAAATGGCTTTTGCAGCAAGGATATTTATTCGCGAATTCGTTC GATTTTCGAGTTGATCGACTGGTTGTCGATTGTTTATCGAAGAATTTGAA GGATCCGATTTTGAAAAGTTTGTGAGTTAGTGATTTAATGATTTATTTTT GCAGAAAGATCTATGATAAATGTTTTAAATTACTTTGTTTCTCAATTCAA GCCAAGGGATTATCGCTCCAGAAATAATGACGATGGTTACGTGAAAGTCT TTTCCGGCTTATTTGGACATTTTTAGGAATCAGTTATTAGGCCAGTACAG TACACTAAGGTCCCGAAAAAACATCTCCCCCGGTTATAAATTTTCAGAAA TGTCATTTATTTATTTTTGAAAGTATTTTCAGCTATCAAGAATTGCTCTA AATAGCCTGGTTTTAGTATANGAGTGTTTCAAGAAAATGTTGAGCGTGCC GGTACCCTGGAAATACGGAATCAACCTACCGTCCACAGTATTTCCGCTGT ATAACCATTCGAAGATTGTACACTATTTACGCTCCAAACCATATGACGTT TCTATCAACTGGAAAAGTCCGAATGAAGCACATTTTATGAGTCGCGTACA GTTTGTACACGTTGCAAGGAGTATCGAAGGAGGAGATCGTGCTCTAGTGA GGACTTCTAAACGGAAAGGTCCTCCCCCACATGGTATCAAAATTTATCGG AAAGGAACCTCTTTTATTGGTACTCGACAGTTTTACGATTTCCTAGTGAA CGACCCGTTAGCGAAACAGTTCTTAGATTGGACGCGGGATACGAAGAATC CTGAAGACTTTTATTACGCTAGCTTATATAAACATAGAACGAGAGAGCCT TGGTCCTCACCCGATTTTGACATTTCGGGATTGATATCGGGATACAAAGT CCGACCGGAACACGAGCTGCAAGATGTGTCTGTAGACCCTGAAAATAATT TGTTAATTTCACTTTGGGGCAGTGATCGTGGGCATCGGTGTCACGGGAAA TACAGAGGCTCTGTATGTATCCTAGGATCTGCTGATTTGAAATGGCTTTT ACAACAAGGATATTTATTTGCGAATTCGTTCGATTTTCGAGTTGATCGAC TGGTTGTTGATTGTTTATCGAAGAATTTGAAGGATCCGATTTTGAAAAGT TTGTGAGTTAGTGATTTAATGATTTATCTTTGCAGAAAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_001556XLOC_001556Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00002854-exon-sc0000023-1575043694:258298..258340TCONS_00002854-exon-sc0000023-1575043694:258298..258340Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002854-exon-sc0000023-1575043694:207889..209145TCONS_00002854-exon-sc0000023-1575043694:207889..209145Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002854-exon-sc0000023-1575043694:206502..206857TCONS_00002854-exon-sc0000023-1575043694:206502..206857Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002854-exon-sc0000023-1510915933:258298..258340TCONS_00002854-exon-sc0000023-1510915933:258298..258340Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002854-exon-sc0000023-1510915933:207889..209145TCONS_00002854-exon-sc0000023-1510915933:207889..209145Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002854-exon-sc0000023-1510915933:206502..206857TCONS_00002854-exon-sc0000023-1510915933:206502..206857Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002854-exon-sc0000023-1491911889:258298..258340TCONS_00002854-exon-sc0000023-1491911889:258298..258340Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002854-exon-sc0000023-1491911889:207889..209145TCONS_00002854-exon-sc0000023-1491911889:207889..209145Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002854-exon-sc0000023-1491911889:206502..206857TCONS_00002854-exon-sc0000023-1491911889:206502..206857Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000023supercontigsc0000023:206502..258340 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
3.67031 3.13734 3.5103 2.93055 0.399314 0.309962 0.768118 0.916042 0.432313 0.461666 1.09903 0.40992 0.495903 0.763834 2.34754 3.28619 1.50536 2.0109 0.031832 0.248471 0.879833 0.164433 3.54916 1.50959 0 0.339213 0.494171 0.179397 0.843034 0.486918
Blast
BLAST of TCONS_00002854 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: GCNT7 (Beta-1,3-galactosyl-O-glycosyl-glycoprotein beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase 7 OS=Homo sapiens GN=GCNT7 PE=2 SV=2)

HSP 1 Score: 156.377 bits (394), Expect = 1.245e-41
Identity = 92/321 (28.66%), Postives = 156/321 (48.60%), Query Frame = 1
Query:  652 ASYSVAYTVTLERTAEQSLRMLLSIYHHDNVYCLHPNAKFGMKYYNVFRKVSECIPNIYLPDRIFEIRVKTHNRLKAEAQCFKKMLSVPVPWKYGINLPSTVFPLYNHSKIVHYLRSKPYEVSINWKTPNEAHFMSRVQFVHVARSIEGGDRALVRTSKRKAPPPHGIKIYRKGTSFIGTRQFYEFLVNDPLAKQFLDWTRDTKNPEDFYYASLYKHRTREPWSSPDFDISGLISGYKVRPEHELQDVSVDPENNLLISLWGSDRGHRCHGKYRGSVCILGSADLKWLLQQGYLFANSFDFRVDRLVVDCLSKNLKDPILK 1614
              +S+AY +T+ +     +++L +IY   NVYC+H + K  MKY    + +  C  N+++  +  ++      RL+A+  C K ++     W Y INL    FP+  + +I+HY+RSK  + +I        H  S+    H+    +G   A    ++ K  PPH + IY     ++ TR+F EF++ D  AK  L W++D ++PE  Y+ +L + +   P ++P+    G +   K + E          E N+            C G+Y   +C+ G  DL WL+Q   LFAN F+   D LVV CL +  +  +L+
Sbjct:  107 GDFSLAYIITIHKELAMFVQLLRAIYVPQNVYCIHVDEKAPMKYKTAVQTLVNCFENVFISSKTEKVAYAGFTRLQADINCMKVLVHSKFQWNYVINLCGQDFPIKTNREIIHYIRSKWSDKNITPGVIQPLHIKSKTSQSHLEFVPKGSIYA-PPNNRFKDKPPHNLTIYFGSAYYVLTRKFVEFILTDIHAKDMLQWSKDIRSPEQHYWVTLNRLKD-APGATPNAGWEGNVRAIKRKSE----------EGNV---------HDGCKGRYVEDICVYGPGDLPWLIQSPSLFANKFEPSTDPLVVTCLERRHRLQVLR 406          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00002854 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
GCNT71.245e-4128.66Beta-1,3-galactosyl-O-glycosyl-glycoprotein beta-1... [more]
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