TCONS_00002499 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00002499
Unique NameTCONS_00002499
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1990

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00002499 ID=TCONS_00002499|Name=TCONS_00002499|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1990bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00002499-protein

>TCONS_00002499-protein ID=TCONS_00002499-protein|Name=TCONS_00002499-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=483bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000020:383816..405142-

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00002499 ID=TCONS_00002499|Name=TCONS_00002499|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=21327bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000020:383816..405142- (Clytia hemisphaerica)
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CTCGCAACCCTAGTACCCCCCCGGGTTATAAACTCAGTAATGGGTACTTG GTATGTGCATGCCTCAAGGGCAGTTTTCCTTTTTTGCCTCTCTAAGGTAT ATCGAAACATAAAAAAGTCAAGATTTGGCTCTCCAAGGTTCGGAAAGAAA TAGGAAGCAGGAAATTATGAATTATAAATGAAAAATTTTCATTCAAAATA CAATGAAACCTTTATGAAAACTTTCTCTAACACCCCTATTACATAGACCC GCTGGGACCCTAACCACACCGGAAAATCTAAATTTTGTTCCCGGTGAAAA AATACCCTGGAATTTCAGCCCCGCTGGGAAATTTAATGTTTAAAAATTAC ACTCCAAAACCATCCTTACTGGATTTTTGAACGTTGGAACAATAGAATTG CTTTCCCCATTGGGATTTAGATAAAAAAAATTATCTCCACCTAGGAAAAA AGTTCCACCGGGGCTGTCTCTAAGAGTAACCTTTTTATCAAGAATCATAA TTCATTTAAGGGTCAGGTTCAGGAGTCGGGTCGTGCATACCCAGAATCCC CCAAATCTTAGAACCCCTGGCTAGTATAACACAATATATGTAGTTGACTT CCTTCTTATCTATAGCATCTGTAATCGTGTTTAGTTTGTTTATGCAACAC AATTTACAGATTTCCACTTGATTGATTGACTGACAAATTCGATAATTGAG GGGTTTTAACAGAAACCTACATTTTAAAGATTCATAATTTTAAAATCTAT TTTCAAATGTTAGTGGAGTTCCTCACAAACCACATATTGATGTGTATGAC AAAAGTTTTCAAAACCGGGATAATTTGAATATCCGTTTAAAACAAAATAG GGATAATGATATTAATTATCAGATTATAAAATCTCAAAAGATTCTTTAAG TGTTGGACGTCATTAGAATGTTCTTAAAACCTCGAGATTCTTGAAATACG 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000020:383816..405142-

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This transcript is a part of the following gene feature(s):
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00002499-proteinTCONS_00002499-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000020supercontigsc0000020:383816..405142 -
Expression

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Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
20.1791 19.7555 6.51828 5.34001 3.86833 3.354 6.27456 6.20984 3.6762 6.02984 5.20689 2.97174 20.1241 17.9548 10.8475 6.78557 18.3485 29.9956 25.94 33.4596 12.0567 11.9777 19.7338 18.6053 6.0954 6.37529 8.54942 5.07222 46.0326 45.3681
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR002350Kazal_dom
IPR001507ZP_dom
IPR000867IGFBP-like
IPR009030Growth_fac_rcpt_
Vocabulary: Molecular Function
TermDefinition
GO:0005515protein binding
GO:0005520insulin-like growth factor binding
Vocabulary: Cellular Component
TermDefinition
GO:0005576extracellular region
Vocabulary: Biological Process
TermDefinition
GO:0001558regulation of cell growth
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0001558 regulation of cell growth
cellular_component GO:0005576 extracellular region
molecular_function GO:0005520 insulin-like growth factor binding
molecular_function GO:0005515 protein binding
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00002499 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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