TCONS_00002354 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00002354
Unique NameTCONS_00002354
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length4255

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00002354 ID=TCONS_00002354|Name=TCONS_00002354|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4255bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000019:1076222..1096060-

Legend: exon
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>TCONS_00002354 ID=TCONS_00002354|Name=TCONS_00002354|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=19839bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000019:1076222..1096060- (Clytia hemisphaerica)
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TGGTACAGGAAAAGCCCCCCCTAGTTCTGAACCGCCCCTAAAAGCCTAGG TTGAATAGGGTTAAGGTATGTACTTTCTGTAAATTTAGGTTGAATTTGGA TCGATGAGAATATTTTAGGATGATTTCCCCAAAAAGCATATCCATGATGA AATACATCGTTCTTATAAAAATGCGTATACTTTTCAGCTATCAATAACGG CCATCTTTTTCATTAAAAGGTGTCGATTATATAATTTTGTCGGAGTTTGT TTATAGCCATAGATATTGGATCTGTTCTGGTGATAACGGAATTCCAATTT CAAGGGAAGCTAAATTGAGACAATTAATTCTCCTTATCAGGGAAAAAGAG ACAGAAAAATAGTAATTTTTCTTACGTAATTTTTCGTAACTTTTTCACCC CATTTCACATATAACGGGCATTTTATGGTCCAGACGATATCAGACCAAAC GTTCACGCAGAATAAACCGAATACTTTATGAATGAAAGACTAAAGCTTTG GGAATCATTGTACTAGAGAAGAAGAGTTATTTTGCAAAGCACTCTTTTTA CTTATTGGTTTATTTCAAATCGCAGAATATTATTACGAAGGTTTTTCATT TCTTTCGAAATATGTAAGAAATACGGAATTCCCTATCCACTGAACTGTAA CGGTCTAGCTTTTAAGCGCGGCGTTTTTGCCTTTTTTGTAATGCTTTGAC TTGAATACCAAAAAACGTAGCCTCAACCTTCTTATCAGGGGTATCACCTC AATTTTTGCGAGATTGATTAAAACTACTAGTTTTTGGATTATTGTCACGC TAATTTTGGTTACGTGCTGTGCTGGTTTGTGTGGCACAGTTCTCCAGGCT TTTTCGATTTTCTCTTCTCTTCCATATTCACTGGTTATTGAGGTACATCT CTATTATCGTTCCTATTTTCATTTTTCAAATATTTCTATTAATATTGATT ACATTACCCGATATTTTGAAGTCTGATTTGGGAAGGTGTATTTTCTTTCC AATTTAATAGCTCAATTTTTATTAGATGGTTGGATAATAATGTTATGTAA CGGAATGAACTTCACTTTTTTTATAAGAACCAGAAATTTTTTGATGGGAC TCAACTGTTCTTATTTTTCATCACTTTGAACTCCAGGCGCAACATTTTTC TTAAATAGTTCATTTTTAGCTCATAGGCATTTTTGGACCTCGTTGTACTT ATAAAATTGTTCTTATAAAAAAGAGTTACTTTATGTATGTAAAGGGACAT AGCCGGTGTAACTGTCATTCACGAATTTATTTGTATACCACAGTAATTTC AATAATTTTTAGTTAATTCTAGCCATATTTTGTTCCATAACTCAGAGGCA CTTAGGGAAAACCATTTTGATTCTGCCTGAATTTCTTTCTCTGGTAAGTA TGGGATGATTTACCGTCCCGCTATTTGTTATAACCGAATTTATGTATCGG AGGATATCGAAGGCGACGATAAGTGGAGTCTGTGCAAAACAAAGTCGATA GTTGATGTACGGCTCTATATCGCCTTTGCTTACCTTAACGGATGACGGTA TTTTGGTGTTTTTACCGTCGTCGAGCAAAGTGGACTGCGATTTTGAAGAC ATGTCAACTTTGCTTTATACCGTCTCCTTCGATTCATCTCGAATACATAA ACTCGCTGTAATCGATTAGAAGGGAAACACTCATACGTGTAGTATATGAT TGTGTAGAGCGAATATAGCTTTATTTTAAGCCAGGTCCTCGAAAAAAGAA ACTAAGAATATTATAAGAACATCTTAAAGACATAACACACCTTAAAAATT CTGAAAAATGAGAATAGTCGAGGCTGAGTTAAAATTTACTGGCTCAGTCA AATAGACCACTTTATGGATATCACGCTTTTTCATAAGATGTGTGTTTTTT ATTATTTTGTATAAATTTTAAATTTTTCGGGAAAATCATTCTAAAATATT CTTACGGTATTCTTTGGCTAGGTAACAGACCAAACCTGAATTTAACATGT AATGCATAACTCAACCAAAGGTTATGGCACTTTCGTGAAAGTCTTGAGCA TTACTTGGAGATAATCGAATATTGATTGGTGAAAATACTCTAAAAATAAT AATCTTAGGTTACGTCGTCAAATTCTACGATGCTGATATTTGNTAAATAC TCTAAAAATGATAATCTTAGGTTACGTCGTCAAATTCTACAATGCTGATA TTCTTAAATGGATAATCAAAGTGATTTGGGATATTTGGCATGTGGAATCC TTCTATTGTTCTGAGCAAAACCTCAAAATATTTTTGCCTAAATATTTCCC AAAGTCGAGATAATTAAAAGCATATTTTTGATATTTTTTGACCTATTTCA TCATGAATATTCTTATAGAGTATATTATTCTAGCAAAAACGTGCATTGTT GACAATATTATTGAAGATTTTGTGAACTTTTAACGTTGGTACTTTGTCAG CTTGATTGGGTGTCCAAAATAGTAGTTCGGTGTTTCGCTTGGAATGAAAA TTTAGCTATTAGTTTGAAGCTTGGCACACAACTGACTCAATTTATTTCAC CCTTACAAGTAAAAGAACAAGAATTTATTAAACGTTTTCTGTTGAATGGG ACCCTTCGGTTCAAACCACACTGGGCACGTTCTAGCTTGAAGCCACGGGT TTTAAACATACAGATACTTTTTCAAAAACGCATTTATTTATGTTTTTTTC TTCTGAAGTCGAAATTTTATTGCAAGTATTGGACGCAAGTAAGATAAAAT CTTGCACGTTGTCAGAAAATCCCTTTTATCTCAACGGAAATAGAAAAAAA ATGCCCACGTTAGAGAGACTAGAAATCGTAACTCGAAGTATATCTTGATA AAATTGAAATTCGGTAGTTGTAGGGAGATCTTTCTTTAAAAGGAAATCGT GCAATCTTATCCCGTGCATTACTTTACATTACCAAGATTACACCTATAAA CAGGAAATTAGTGAACCGCATCTTCTTCGTCAAGATCCCCATCTTTTTTT GTTTTAGAAGGGATATATTTATTCTGCTTGCAGCAATAACGGAAGAAATT TTCATTCTAATTCCGCTTGAAGGAGACCCTTACTGTGGACTGTGTGTGAC ACGGAATCGTCTTAAATATCGTCGTTGTTGTAAAGTGGTGCATAAGTAGT AAAAGTTTTAACTCAAAAGTAGGAAAGAATTAATTTTGACCAAAGCCGAT ACTTTGTAAGTTAAATGAGTTTGATTTCACTCTAATTGAATAGCATTGTC ATACCGTATAAAGGAGGGCGCTAGTATCTATTTTTTCTCCGATAATTTTG ACGTTTGTAATCTAATCAGGATCACTTCACGGGAAATATTGCAGTTGACG CTCTCTAATTTGATGTTCTACGATACGCTCCATTATTCGACATGCTCTTT TATTCGACACACTCTCATACGCTTCCATATTCGATATGCTCCCTTATTCG ATGAAAAATTTCCTTTGAAAATCGAATTAGAGAGCGCAAACTCTAGTTTA AAAGATTGATGATTTTGAAGCACGTTTTAAGTAAGGGTGAACGAGAAAAA GACAGGATTCAAGAATTTTTGTTTTTAAAATTCCTTAGCATGAGACCTTT TGAATGCAAACGAAAACATTGGGCACTGTTATTGTATTTTCCTTATTTTT AAAAATAAAATGTGTGTTTCAGAATTTCCTCTTCTCGGCGTTTCATATTT TAAATTTTCATTGTACACTAACGTGAAGAATATTTTTCGAAATTTTTATT ATTTTTTCGTGAAATTTTAGTTCCACGACGGGTCGTTTTTAAAAATTACC TAATACTTATTTACGCTGTCTCCTCGGATGTGTGGTTGGTTGAAAATTCC TCTTAGAGCGAGATGGGTCACAGTATAATATGAAACCCCTTTTGAAGCAA GCTTTTTCTATAATGATAAATGATTGATATTTTATTTCATTTTATCTCTT ATCATTTAGTTTCCCCCATAAACCACAAGAAATCGTGAGTCCGAAACCTT TAAGTTTCCTTCAATTCTGTCTACAAGTCTTCAAAGAAATTTCTTCTTCA AAACATATAGAATTTTTTTTTCATTTTCTTTTTTCTTCTTTAGACAAACA CAGAAGATTTAAAACAAAGAAAAGATAACAGTTTCTGGTCAACATTGGTT CACCGTTCCAAATATAAAGGAAATTTTAAGAAAAACATCTCATCGCTTAT TCGCATTTGTAATTCCGGATTCTCGAAAGTAAAACAACTTAAGGATTTAC AGAGGAAAAACATCAGATTTTAAGATCAGTCTAATGAAATACAAATTGCG ACTGTGAATTTTATGGAAAGCACATAATGTGGAATTCAACAGCTTTGGAA TCCATCTTACCCTCACCGTCGTCGTCATTCATAGAGACCAACACAATACT ACCGTCATCGGCTTCAGTATATTTTGATCAATATGCATCCAGCGAACCGA CACCCGTATCGTCGCATACATCCAGTGAAACAAGAACGCTTCAATCATTA ATGTCGGATCGTAGTTATTTAACTACAAAAACATTTAGCGCATTAACGTC TACAATAACTCCCTGCAGCGCTTCCATTTTAGCTGACTCAGCATCGTCAT CGATATTCAGTAACTGCACTACATACCATAATGACAGTTTCAAAAACAAA ACAACCGCTTCACCTCCGATGAGTAATGATGTAACTGGGCCTTTAAATTC GGAAGAGATTGCTTTACTTTTTGCTTTCACTTTCATATTGATCATCGGTA CCCTTGGTAACGGATATATTTACTATTATTTTGGAATTCGTAAAAAATCT AAACGTACCATTCCGGAAATGTTGTTTTCCTATTTAGCCATCACCGATTT CACGGCTTCCGTTCTCAATCCGATATTGTATATCAATTTCACGGTGAACC GTAATAAATGGCTTTACGGTGAATTCCTGTGTAAAACAAGCTTAACCCTG GGAGCGGCTGTAACGACGATTTCCGGTGGTATATTCATCATTATTGCATT CGATCGTGAGAGATGTATCGTGTTTCCGTTCAAAAGTCATTTCAAACCGC GAACAATCAAGATTTGTGTGTTTTGTTCTATATTGTACGCCATGTTCATG AATTTCCATTATGCCTTGCATTTGACCGTTGTGCCGGGTCAACAACGTTG TACTGTTGAAAACGTAACCAATATATCTTACTGGCTTCCGACCATCATTT GTTTTGTGATTCAAGATTTAACGCTTATTTTTGTATTCGCCTTCACCAAT ATGCGTATCTTTGATCACATCAAGGCTAAGGACACTTCTCTAGCTTTAGG TGCATTCCTCGGCAAACGAAAGAAAGACAGTGCGAAAATTATCCGATTGT TGGTGGTGTTAGCAACTGTGTTTTTCGTGTTAACTCTACCGAGAGATTTA TTTATAAGCGCGCATATGATGTCTTGGGTGTTCAGCCCACCTGGAATTAA AGTGACCCCTACCGTCAATAGTGCGTATTATTTCATCAAAGTGTTACACA TTGCGAACTCAAGTGTCAATATTTTCATTTATTATCATATGCATCGAGGC TTCCGACGACATATGAACCATCATTTATTGTGTTGTATATTTGGGCCACC ACAGAAATTGAAAACTCATTTCTTAGACACTATCACTCGGTCAACTGAAG GATCACCTAACCTGATACAGAAACTGTCTCCGCTTTCAATACGGTCATCT TCACGCAGCCCGCACATCAAGCGCAGCAGAAACGCAGCTGTTAATGAACG CATGATTGACGAGTCAAATATAGGACGTAAAAGGAACGCTCGGGATATAG CAAGCCCGAAATCTGAAATGAAACAACTTCTAAACATTCCAGATAATGGT TTCTTCTCTGCATCTAGTGATTCTGACATTAGTATTTAAGTATTAAGATT CCTCCGACAGTTAGGAATCATTCTGATTTTGTGCTAATCTTAAAGCTTGG AATACCGATGCTATCGTCCGTATGATATATTATTATCATATAACATAGTT TGTATATTATAAAACGTAATATGTTGCGCGGCGGAAAATAGAGTCTGTGT TTACGACATTGAGCCCCCTCCGCGGATAAAATTACCGCCGAGCTTTTTAT TTCCCGCAAGCATAGTCTAAGCTTGGAACTGCCATAAGGCCTTTAGCACC CGTTGAACATTATCATATACACCCGGTCGTATTTTTTCAAAAGGTATACC AAAATTGGAGTGCCGAAAAGGTGAATTGGATCAAAATTCTTTCAGAGACC TAACTCATATGGAAACTTTTTGACTCATAAATGAATTACTCTATCCAGAC GGCAAATCATATGTTGCCTTGTTTTTTGCTGTCTCAGAAATCGAACCGAT AGAACTCTTATCATCATTTAACGTGTAAAATTCATTTTACGAATTACCTA CTGTTAAAAAACAACGTCAACAGTTTGTATAATATATATTTTGTCTCTTT AGTTTGTGCACAATTTTTCATATCAAATAACAATTGAACTATTTTAAAGA TATTTATTTTCAGAATACGTTTTAAATGTCAAGCAATTG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_001241XLOC_001241Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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TCONS_00002354-exon-sc0000019-1575043694:1092111..1093703TCONS_00002354-exon-sc0000019-1575043694:1092111..1093703Clytia hemisphaericaexon
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000019supercontigsc0000019:1076222..1096060 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.739 0.195308 0.0175377 0.00781472 6.73006e-06 0.0503108 0.0265804 0.000323231 0.402491 0.0708585 0 0.00732361 1.34294 0.108281 0.19428 0.912392 1.22678 3.46789 1.55487 0.0140729 1.90121 2.14425 0.361853 1.9843 0.013645 0.0128853 2.50544 0.0765686 0.0160795 0.0351519
Blast
BLAST of TCONS_00002354 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PDE12 (2',5'-phosphodiesterase 12 OS=Homo sapiens GN=PDE12 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 159.458 bits (402), Expect = 3.086e-40
Identity = 109/319 (34.17%), Postives = 171/319 (53.61%), Query Frame = 2
Query:  854 LRVVCYNVLADIFATSDYARNTLFPYAPEYVLSLSYRKLLLIKELLGYNADLISLQECGMKLFNSYLNPVMNLNGYQGLYFGKLGTMPEGEALFYRTDRYRHIKELSIPIREVLYLE-CNIEILSALSEVPELLEKFHKKTAVGQIHILEEI-ETKRQLCIFNTHLYYKRYYQHIRVMQIAVLMNYLS-TKIDA-SKMSVIVNGDLNSLRNDDLLPYLSGTEIDSHSPLWHPIRETNPDFTLSLKSPILLQNASGCPPYTSFVPHCMETLDYIFCD-SDFEVTALLXXXXXXXXXXYVGLPCIGSPSDHLALVLDLKWN 1795
            +R V YN+LAD +A ++++R  L+PY   Y L L YR+ L+ KEL GYNAD+I LQE    +F+  L P +   G +G++  K     EG A FYR  ++  + +  I   E L  +  + E+L  L   P   EK  ++++V Q+ +L+   ++ +++C+ NTHLY+     +IR++Q+AV + ++     D    + VI  GD NS  +  +  ++    I      W    E      +SL     L++A G P YT++V      LDYIF D +  EV  ++P+P  EE   +  LP +  PSDH+ALV DLKW 
Sbjct:  295 IRTVSYNILADTYAQTEFSRTVLYPYCAPYALELDYRQNLIQKELTGYNADVICLQEVDRAVFSDSLVPALEAFGLEGVFRIK---QHEGLATFYRKSKFSLLSQHDISFYEALESDPLHKELLEKLVLYPSAQEKVLQRSSVLQVSVLQSTKDSSKRICVANTHLYWHPKGGYIRLIQMAVALAHIRHVSCDLYPGIPVIFCGDFNSTPSTGMYHFVINGSIPEDHEDWASNGEEE-RCNMSLTHFFKLKSACGEPAYTNYVGGFHGCLDYIFIDLNALEVEQVIPLPSHEEVTTHQALPSVSHPSDHIALVCDLKWK 609          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00002354 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
PDE123.086e-4034.172',5'-phosphodiesterase 12 OS=Homo sapiens GN=PDE1... [more]
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