TCONS_00002316 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00002316
Unique NameTCONS_00002316
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2507

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00002316 ID=TCONS_00002316|Name=TCONS_00002316|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2507bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00002316-protein

>TCONS_00002316-protein ID=TCONS_00002316-protein|Name=TCONS_00002316-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=504bp
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GKIV
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000019:528105..542524-

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00002316 ID=TCONS_00002316|Name=TCONS_00002316|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=14420bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000019:528105..542524- (Clytia hemisphaerica)
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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000019:528105..542524-

>TCONS_00002316 ID=TCONS_00002316|Name=TCONS_00002316|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=6060bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000019:528105..542524- (Clytia hemisphaerica)
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AAACTTTCGATGTTGATATTATCCGGAATGAAAAGGAGTCATTGTCCTCA
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AAGCGGAGTGGTCAGCATTGCAGCTTATTTTGCCGACAATACATGGAGTT
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GTTTGACAAATACCAAACGCAAGCTACTACTTTTATGATGATTGGAGCTC
CAATAGGGTCGCTTATATTTAACCCGCTGATGGAGAAAATCATGGAGAAT
TATAACCTAAGGTCTGCGATGAATCTCTATGGTATTATGTTCCTGGGAAT
AACATTTATATGCTCTTTTGGTTATCTTCCCTTCAGCCAAAAGCTTATCA
AAAAAGATGTTGATATAGAATCTAAATTGGAAAAGAATAAAATTGATTGT
GGATTCAAGTTCCGTAAGAAATTGCTTAGGAACAACGCATTTTGGTTGTT
CTGCGTGTGCAGATTCTTTGCAATCCTGGCTTACTACGTCCCCCTGTTTC
ACTTGATGTTAAGATTCAAATCACCGACCGTTGACGCAGGTTTTTGCTGG
CCTATGCTTGTTATGTCTTCTACAATTTATTTTCTCTTGTTTGGAACATT
GTATTCTTATGGTGTTTGGTTGCCAAGAATCATGGAAGAATTCAATTGTA
ATCAAGAACAAGCTGGTGCGATGAACGATGCGAAATTATTGAGTGCAAAT
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GAGTCATTGTCCTCAGTTGATTTTTCTAAAGATACACAAAATGGGAAAAT
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GTCTTATGTTAGCTGTATGGTCTGGAAGTAATTTGTTTGGTCGGATCTGT
TATGGCTGCTTTATTGCAAATCACCGAGAAAAATTATTGGCAACATATCA
AATCTCGATGTTTTTAAGCGGAGTGGTCAGCATTGCAGCTTATTTTGCCG
ACAATACATGGAGTTTGTTTCTCTATTGTTGTGTTTATGGAATTTTTGAT
AGTTCGAATATTGGACTAGCCAGTCTGGTGACGATTGATTTGACAAGTCC
ACTTGATTTGGGAGCAGCTTGGGGTATACAACAAACGATCAATGGGATTC
CAAGCATTGCTGGTCCTGTACTGATCGCTTGGGTTGGTTCAATGGCCAGT
GGTTTATTGGTGTTACTTGCAATGCCTGCATCTATATCGTGTAATTATCT
TGGAGTTTTCACGATGTCCATACTCGGTTCAATTATGTGCGGATCAGGAC
TCATAATATCGTCACATCTTCAAAATATCTATCATCTTTATTTATCGTTT
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CATGGTTGGACGATGGTTTGACAAATACCAAACGCAAGCTACTACTTTTA
TGATGATTGGAGCTCCAATAGGGTCGCTTATATTTAACCCGCTGATGGAG
AAAATCATGGAGAATTATAACCTAAGGTCTGCGATGAATCTCTATGGTAT
TATGTTCCTGGGAATAACATTTATATGCTCTTTTGGTTATCTTCCCTTCA
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AATAAAATTGATTGTGGATTCAAGTTCCGTAAGAAATTGCTTAGGAACAA
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ACGTCCCCCTGTTTCACTTGATGTTAAGATTCAAATCACCGACCGTTGAC
GCAGGTTTTTGCTGGCCTATGCTTGTTATGTCTTCTACAATTTATTTTCT
CTTGTTTGGAACATTGTATTCTTATGGTGTTTGGTTGCCAAGAATCATGG
AAGAATTCAATTGTAATCAAGAACAAGCTGGTGCGATGAACGATGCGAAA
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ATCCGGAATGAAAAGGAGTCATTGTCCTCAGTTGATTTTTCTAAAGATAC
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CGATCAATGGGATTCCAAGCATTGCTGGTCCTGTACTGATCGCTTGGGTT
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CTTTATTTATCGTTTGGAGTGTTGCTAGGCATTGGTTTAGCCCTTCTTTA
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AAGCTACTACTTTTATGATGATTGGAGCTCCAATAGGGTCGCTTATATTT
AACCCGCTGATGGAGAAAATCATGGAGAATTATAACCTAAGGTCTGCGAT
GAATCTCTATGGTATTATGTTCCTGGGAATAACATTTATATGCTCTTTTG
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ATGAACGATGCGAAATTATTGAGTGCAAATTACATGTTTGTTTTTACTGG
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TACAATACTGACCAGAACGAGAGCTTGGACGAATCACACTTACAAAAGGA
TGTGTATATTACTAACCAGAAAATTTCTAAAGAGAACGTAAAGTCTTCGG
AATTGCCAAAACAAACCTCAGTGGAAAATTTTTCATTTGATAATAAAACT
TTCGATGTTGATATTATCCGGAATGAAAAGGAGTCATTGTCCTCAGTTGA
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TGACGATAGGAATCAGCAGTTCAACAGCTAGTCTTATGTTAGCTGTATGG
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GAGTGGTCAGCATTGCAGCTTATTTTGCCGACAATACATGGAGTTTGTTT
CTCTATTGTTGTGTTTATGGAATTTTTGATAGTTCGAATATTGGACTAGC
CAGTCTGGTGACGATTGATTTGACAAGTCCACTTGATTTGGGAGCAGCTT
GGGGTATACAACAAACGATCAATGGGATTCCAAGCATTGCTGGTCCTGTA
CTGATCGCTTGGGTTGGTTCAATGGCCAGTGGTTTATTGGTGTTACTTGC
AATGCCTGCATCTATATCGTGTAATTATCTTGGAGTTTTCACGATGTCCA
TACTCGGTTCAATTATGTGCGGATCAGGACTCATAATATCGTCACATCTT
CAAAATATCTATCATCTTTATTTATCGTTTGGAGTGTTGCTAGGCATTGG
TTTAGCCCTTCTTTACACACCGACTTTGGTCATGGTTGGACGATGGTTTG
ACAAATACCAAACGCAAGCTACTACTTTTATGATGATTGGAGCTCCAATA
GGGTCGCTTATATTTAACCCGCTGATGGAGAAAATCATGGAGAATTATAA
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TTATATGCTCTTTTGGTTATCTTCCCTTCAGCCAAAAGCTTATCAAAAAA
GATGTTGATATAGAATCTAAATTGGAAAAGAATAAAATTGATTGTGGATT
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_001224XLOC_001224Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00002316-proteinTCONS_00002316-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000019supercontigsc0000019:528105..542524 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR011701MFS
IPR020846MFS_dom
Vocabulary: Biological Process
TermDefinition
GO:0055085transmembrane transport
Vocabulary: Cellular Component
TermDefinition
GO:0016021integral component of membrane
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0055085 transmembrane transport
cellular_component GO:0016021 integral component of membrane
Blast
BLAST of TCONS_00002316 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: MOT12 (Monocarboxylate transporter 12 OS=Homo sapiens GN=SLC16A12 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 131.339 bits (329), Expect = 4.843e-32
Identity = 105/400 (26.25%), Postives = 191/400 (47.75%), Query Frame = 2
Query:  164 FNCNQEQAAWVGSMASGLLVLLAMPASISCNYLGVFTMSILGSIMCGSGLIISSHLQNIYHLYLSFGVLLGIGLALLYTPTLVMVGRWFDKYQTQATTFMMIGAPIGSLIFNPLMEKIMENYNLRSAMNLYGIMFLGITFICSFGYLPF----------------SQKLIKKDVDIESKLEKN----KIDCGFKFRKKLLRNNAFWLFCVCRFFAILAYYV-PLF-HLIKYAMTIGISSSTASLMLAVWSGSNLFGRICYGCFIANHREKLLATYQISMFL-----SGVVSIAAYFADNTWSLFLYCCVYGIFDSSNIGLASLVTIDLTSPLDLGAAWGIQQTINGIPSIAGPVLIGAMNDAKLLSANYMFVFTGGTFILGSIFMNFARITHNRTRQSEI 1282
            F  +  Q AW+ S+   + +L A   S+  N+L      +LG ++  +GLI+SS   ++ HLYL+ GVL G+G AL Y+P + MVG++F + +  A    M G+ IG+ I  P+++ ++E ++ R A+ + G   L +  +C     P                 +QK   K V   S L K      + C  +     L  + F +  V   F  +AY   PLF +L+ YA+++G+S   A+ ++++    ++ G I +G ++ + R   L  YQ   +L      G+  +      +   L  + C +G FD + + L  +VT ++     L +A G+   ++ +P +  P + G + D    S    F+  G + I  S+ + FAR+   R R++++
Sbjct:   50 FTQDYAQTAWIHSIVDCVTMLCAPLGSVVSNHLSCQVGIMLGGLLASTGLILSSFATSLKHLYLTLGVLTGLGFALCYSPAIAMVGKYFSRRKALAYGIAMSGSGIGTFILAPVVQLLIEQFSWRGALLILGGFVLNLC-VCGALMRPITLKEDHTTPEQNHVCRTQKEDIKRVSPYSSLTKEWAQTCLCCCLQQEYSFLLMSDFVVLAVSVLF--MAYGCSPLFVYLVPYALSVGVSHQQAAFLMSILGVIDIIGNITFG-WLTDRR--CLKNYQYVCYLFAVGMDGLCYLCLPMLQSLPLLVPFSCTFGYFDGAYVTLIPVVTTEIVGTTSLSSALGVVYFLHAVPYLVSPPIAGRLVDTT-GSYTAAFLLCGFSMIFSSVLLGFARLI-KRMRKTQL 441          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00002316 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
MOT124.843e-3226.25Monocarboxylate transporter 12 OS=Homo sapiens GN=... [more]
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