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Sequence
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transcript sequence >TCONS_00001857 ID=TCONS_00001857|Name=TCONS_00001857|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2732bp
AGCGCATCGGTATGTAGAAGGCATTTCTCAATACTTTCAATTGGTTAGGG
TACACTGTTACTGCTGCTtgcttttgatgtttttttatgcCGGATTCAAA
TTGAGATAGCATTTTATTTGAGAGTATTCCTCTAGTGAATTTGAcggaaa
acaaaataattttttcctaaTTATTATGATGCAGTAGCATTTATGAGAGA
ACTCGATGTGAtacttttggtattttttatgaggatttatTTTGATGGTT
ATGATAAGAATTAGATGGTTTCTAATTGGAtttaaaaaaacgaaaactta
TTGATTACCAGACTTCGAGAAAatgaaaagcaaaacaaaagctACTACAT
TTGCGTTGATTGTTATGAGaaaattatccGATACACAACAACAACAGTCA
CAAGTGGATAACGGAGAAATAAACGCCTGTCGTGATAGCGGAAGAAAAAT
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AGATCGTGGACTGATTCGGGTGTTTCACTTTCGTTATCGAGAACTGACCA
ATCGAGATGTGGAACTTTTGATCACGGTGTATCGATTAGAAACACtgaaa
tggaaaatgaaaacCAAACACATTTAGAAGTTCCTTTACGGCGTCGAACG
GCTAGTCAACTTCGAAAGACATCGACTGAAGCAACTAAATCGTTTAATCG
ATTGTCTCAAATCACGAATCGAAGCTCTTTAACGAATGTATCGATCTTAA
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GAATATATTTCAGAATCTGAAAGTTATAGTTCATctgatgatgatattct
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ATTTCAGCCACCGATCCTGAGAAATATATAGATATGCAATTAAGGTTATA
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CTCCTTtgagaaagttgaaaaagattCTAATCAGAAATATGAAGTCATTA
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acaaagaacataaaacttttcttggtaaattttttaaaaggacACGCTCT
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GTATCTCCACATACACCACAAATGGCGCCCATGCGTATTTCTCCACGCCA
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TTATAATGTTGAAATAATTAGAATAACCATTTTTAATACAAAACTTCAGC
CTCACTTCAAACGCAGTCAGGGATATATGTTCAAATTAGCCGATTATCGG
TTGTTTAGCCTATTATCGGTTTAGACGATATC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000012:1009166..1018801+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00001857 ID=TCONS_00001857|Name=TCONS_00001857|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9636bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000012:1009166..1018801+ (Clytia hemisphaerica)
AGCGCATCGGTATGTAGAAGGCATTTCTCAATACTTTCAATTGGTTAGGG
TACACTGTTACTGCTGCTtgcttttgatgtttttttatgcCGGATTCAAA
TTGAGATAGCATTTTATTTGAGAGTATTCCTCTAGTGAATTTGAcggaaa
acaaaataattttttcctaaTTATTATGATGCAGTAGCATTTATGAGAGA
ACTCGATGTGAtacttttggtattttttatgaggatttatTTTGATGGTT
ATGATAAGAATTAGATGGTTTCTAATTGGAtttaaaaaaacgaaaactta
TTGATTACCAGACTTCGAGAAAatgaaaagcaaaacaaaagctACTACAT
TTGCGTTGATTGTTATGAGGTATGTAGTAGCAAAAGCTGCATGTATGAAA
AGATATTGAACTCAAGATCTCTGTCAAGATTAAAGTCTAGAGTTATAACA
AAGTCCTGGAGTTACTATACAGTAgagtctttttaactcgaacctcttta
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CCTTACAACAAcattactccataactcaaGGCGTGATTTGGCCTTTTTAT
CGTGATGGGCGtgatctttgatttcaaaaagcgTGAAAAGTGATTAATAA
AATTATGTTTTTGGTTTGATGACTTGATAGCCTGATTAGCGATCAGGGCA
TCTGCTAGGGAGGGAGGGGGTCTCTGATGATCTATCTACCAACATGCACA
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TAACTACACTTCCTTGTTCCAATTGACTGACATAAATAATTAAGGTTTTC
TAGCCTTCAGAGCTTGCAATTTCTTCCTTGCaaacaataatcactttttc
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ATCTATTAAGTATGTATTTCATCGAAGCTTGAGAGTGGTGCTCAAGAATA
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tttttgagtttttcattttatcagTGGAATTAACTTTCTATCTATTAAGT
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TTCAGCAAAAACACAAGCAGTTATATCATTTATAGGTGTTACTTTAAATA
ActgttcctgtttcatatcaggcacgTGTTTTATATCAGGACGGTGTCTC
CTATTGATATATTGTGCTGaataagcaaaaaattgtttttcttttccacc
TTCTGACCTATCTTGTTCCACGCCTGTGTTAATTCAATATGAAAAAGCTT
TTAGTTTAATCAAAATTGCtgaataagcaaacgatatcactcttattcaa
aaacaataCTTGTAACCAGAACCAAAACAGTGTCAAGATAAGGTGCAAAA
TGACACGTGGCTACTCTCATCTCAATTTGATTTACAAGTGCATTGAGGGT
AGCGGCACATTTATGTTTATCAAGTGTTTGTTTTGGGCAAAACAAGGTTG
AATGTAATTACAACTTGGCAATAAGTCTTTCTATTTTTGGTTTTCTCTGT
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GTTTTAATAAAAGTCTTAAGTTGGTAGTTATACCAGTGCTAAGATTTGAA
CCTCACCTTTTTAATTGAGTGTAACGCTTCTGAGTGTCTCTTAATCTAAG
ATTTTACAGAAGATGCCTCCAGGATAGTCTAGAAAGCTCATCTTtcaatg
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ATCAAATTTAAGATTACCATGTTAagactttcacaacaaacttgTAATTT
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CATAAATTTCCGTTTGTAAAAATCTGAACATGAGGACACCAAAGGTTTTG
CTGTGAATTCGGTTATCTATTTAGTTGGTTCGTCTTGGTTTGATTTTGTT
GGTTCTAACTTCTGTAAATGGTGTAAATCATTGTAAATTAACAACTCCTT
GCTAAATTGAGTTGTAAACAGACTTACAGGATATCAATATGGCGTCGAAt
gaattttatggatttttgtgAAGATTGTTGGTTACATAAGTTATAAAGTC
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AGTCCAGTCTAGCGTACTGTAAAAATGCGCTAATCACGTAGAATTTATAG
TTTCAAAAAGAGTTTTGAAACTGTTccaaaagttttgttttgattttccc
tCCTTTGACCACCCACTTGAGGCAACGTAAACAGGCTTAAACGGAATAAA
GTCCTTTTAAAAATCactgtttcccttccctttaaaaacgataaaaattt
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tgagcgATCGTTTATCTTGAAAGTCTCGTCAGCATGGTGGTTGGTCTGTG
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TATTATTAGCACGtttaagattttcttttcttactGATGTATACTACAtt
tctaaagattttttgtCTTCCTATATCCTTGTTAGACTACTACTGATACA
GAGGAGCCGAATCTGCTCAAATCCCTTGTTTTCAATCAGATTATAGAGCT
TTCAGCGGTTAAATGATCTTTGGAGTTAGTCCTTATACTTTTATCATACT
TTCTAGTCAGTAATTGGGAAAGTTTTAGGGTTTATTTAATTAGTACGTGC
TGTGGTTAACTGGTTAAAATCTCATCTTACGTTTACTTATCAAGTGTTTG
TTGAGCCCACATACTTAAGAAACAAAACTCGCTCCCAGTTTCCGTTTCAC
TAAGAGGCGTCGGTGGAGTTCTGAAGGGTTCTAAAGAGGATTCTTTGACT
CCCTGACCCCCTTATTTTCGATATTTAGGTCTAAcggttttttattgttt
ttgataaAGTCTAGCTTTCATGTTTATGTTTTCATTTGCTATCTTTTCCC
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TCTCTTTTGTCGACTTAAGGATTTTGTTGGGATttgtacttttgaatttg
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TCATTTGGAGCCTGGATGAGGTACCAGCTCTTGACGTTGTTTGCAAAGTC
TTGAATATTGTGTCTTTTTACATTTGATGAACTTTATGGAATAAGCGGTT
TTTATTCGTTGATGGGAGCCATGAAGAGCTTTTTTGCGAGCTTCGGTTGG
ATGTACTtattttgagtttgaaatttgttACATTCAGATCATAATTAGAA
TCTCTAAGAAAATTTCAGACGTCCTGGTGCCACTTTAAGAATGACATGGA
TTTTTTAGTGATCATAAAAAAGCCCTGACGGCAAGAAAGTTCGGAAAACT
AGCTCTTCCATGTTACTTTGAAACCACAGTACCGGGTGGGGCAACAAATT
GATAGTCGAAGAAATACTAGatagcagaaatgcactgtaagggtggactt
ttgatgaATGCACTGCAATGGAGGCAATTTCAGCAAATccaggaaaaatt
gcaaatttttgcccgAAAATTCCGATTTTTCGGCTTtaaaagagttgaaa
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cactgtaagggtacgattctAAAAGCCAGATTTTTCGCCGCACTTACCCT
CAGTTGGTAAACTCACTGCACCGACCCCCGCCGGTCACGATATCAGTGTA
GAAAGTTAAGTTTAGTTCCCATGCTTTCTAGAGGCGGTAGAAAAACCCTA
CGTATGCGAGGATAGTACAAATCAATTTCTCATTCATGACGAGAGTAATC
TAATTGGAAGTTTCTTTATCTAATGAAGTTTAATGAGATACTTAATGAAG
AAGGCAATGTAATTATTTGGATCAGTTAGATCATTAAGAGAAAGATACAT
GAGCCGGATTTCTTATAACTCATTATCTTGTCAATCGCTTAACGGCTGCG
GATTCAGAGGTTTCTCAAACTTTCTATTGACATACAAAGTTTACAAGGGA
AATGAGGCGTCTTGCTTGGGACGTCTCTTTTTTTGTCActtaatttattt
ttacatcgaagtctccgtaattcgaaatttccacaATTCAAATGAATTTT
CAGCTCAAGTTATGGAAACTCCACTGTATTTTGAATGTACTCTCAATGAA
GGAACCCTTTCAGAAATTTCCGGACCCAGTCAATAAACAGCCCCTtactt
tcttaatttttttatcaaacgaCGTAATATGTcagcaaaaagttttttca
actttttcgtttttctattttcagaaaattatccGATACACAACAACAAC
AGTCACAAGTGGATAACGGAGAAATAAACGCCTGTCGTGATAGCGGAAGA
AAAATGATTGATCGTCAGGTAAGGTGTTCTAAGGATTTGTAAGGATTAAC
TTGTTCACTTTGTTACCCCTTCTCAAAGTGTGGCTTGGGATTTGATTTTG
GGGTGTTGAGAATAAAGAAAATCGTGTTGTTCCAAGTTATAtctatacac
ccctgtgtcacagacccactgagaccccagccccactggaaaatttggca
aaactttcgtccccggtgaaaaaaatacccttaaatttcagccccactgg
gaaattgactttgatttcatccccatttgaaattcaatgtttaaaaatta
tactccaaaCCCATCCCTAtgcactggattttttaaccttggaacaatag
aatttctatccacattggaatttcaataggagtttttatcccaactgagg
aaaaaattccaccggggctgtgagacaggtgtGTATCCATATATCTTGAG
TTAACACAAATGTTACCAACTCCGGCTATTATTCTGCTAAAATGGCACAC
GTATGAATTTAAAACGACGTTAAAATGAGTTTAGTAGGCTCACTGAAGAA
ACATGTATATAAACAGTTTGAGTTACGTAAAACCCTATCATGTGGAGTAG
CTCTCTGGGTTAACTGTGAGCTTAGCGTCCATTTTTGTTTgtccttttgt
tttgtttatttcgtGACGTCATCATAATGGCGGCTCTATTGAGTGACTCG
CAGTCAGTGTACTGCTGTGCTTCAAACAGGTTTTTTTGTATTGCAATTGA
TTTGTAGACTAGAACTTAACCTCGTTAAAGCTTGGCGGTGAGCTAGCCGG
GTGATCATAGATTAATGAAAGCTTgttgttttataagaatacctAACTGA
GCCTCCAAAATCAATAATTATTTCAAGATGGGTGATTTATGTCTTAACCC
TTTTGAACCCTTGGAATCAAAACTGACTTGGCGCCTACTCATAAAATTTT
CACAATGTGTCTTGATTTTCGAATGACCCTGATTTCACAATCTAAAGGTC
AATGTCAACTAATTTGTTTTGGCTAAAACACCACGTCAAATTTGCAGTGC
GTGCTTATCATCACAAATTCTGTCAAGGACAAAAAAGAACATCAAACATC
TGTtccagtaaaattttcaaggGTTTAATggcttattttgaatttgtctt
TTTACAAAGCCTGTTTAAGATTGAGAAGAATCTCCTGGATTTTCCCATAT
GTTTGTTtactttaaatgttcttataagataTATTATCCTTACAATAAAT
TCATTTTATCTTATGACATTAAAAGCAATTAAGTCGTCTTACCGGTTTGT
ACTATTTTGTAATTGGGTTAATTTGTGGGTAACCCatctcttcatttttt
tattatgtACAATCTTTTGGCAGCCATCTTGTCTTTTCCTTTTCCTCTGT
CATCATATCAACACAAagagatatttcatttttgatgaattcttgaaagt
tttagtttttatttatttctctgGTGAGGAAAGGCAGTTGGTTTTTGTTG
ATGTTGAAGAGTATTGTAAAATTTGTAAAGACTTTTTACCAAGATGGTGT
ATTTATAAAGATTGGAAAAGGATTGCTCTATACTGTAAAGAGACAAATTT
AAGCTCGGTGCAGacattttggagaaaatatttgTTGTTGATTGTGTAGC
AACAAAGTTTTTAAGACTTTTGTTGCTTAATTTATATTGCGTAGAACAAT
GAGTACTTTCGATTTCGAGAAGGTTTACAGCTCGTTTTGTGAGAAAGCTT
TACATCGCTATTCAATTGATTTGGGAAAGGTGGGTGCTTTTTAGAAGTAT
GATTCGAAGCATTTATTGGGTTCAATGCTAGGGCTGTACACCATAAACAA
AACTTGTTTTTCTGCTATTTTATATTGCGTGAGCATTTTCGTTGGAAATA
TAATGCTAAATGGCATATCAAATTATTTAGAGAGGCTGATGATTAAACAC
CAAGCAATTTTACTGCAGCAGGATGAAAAGGTTTTTGGTGTTCTTAGAAA
ATATCCACTCTCTTATTTTATCTTTGTCCGATGAAATTGGCCTTTTTCAA
CTGTTTCACGGACCAAGTTTATGTCccagttttttcttttgttcgtCGAG
ACGAGCTATTAACTGTGAATCATCATTATCAAAAtttgttcttagaaaaa
aacgGCTCGATTTCATGAGATCTGATAAAGACGAGGTTATCTTAGTCTTT
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tttttgattttttttagccTGGAACAAAACGGTTTTACAACTTGACATCT
GAATATGAGAAGACGGCGGCTGGTGATCATGAAGATGTTTCGGACTCCGA
TGAAAGCCGCTTATTTGTAGTAAACGACGGTTATTCATCCGACTTATCCG
ACATGTCGTCAATTCAtcgtcatcaaaataatttgtcaACAAAACGCGTC
TTAAAAACACGACAAGTGCTCGATTCAAAACGAAACAGCGTGGTTATCGA
CGAATATTTATCCGATACAGATCTTGATTCGTTAAGGACATCAACTCGAA
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TCGAAGATTTATcgagaaaatttgttcgagaAAGACGATAAAGATCGTAA
ACGAAGATCGTGGACTGATTCGGGTGTTTCACTTTCGTTATCGAGAACTG
ACCAATCGAGATGTGGAACTTTTGATCACGGTGTATCGATTAGAAACACt
gaaatggaaaatgaaaacCAAACACATTTAGAAGTTCCTTTACGGCGTCG
AACGGCTAGTCAACTTCGAAAGACATCGACTGAAGCAACTAAATCGTTTA
ATCGATTGTCTCAAATCACGAATCGAAGCTCTTTAACGAATGTATCGATC
TTAACAACGACATCGATGACTTCTCTCAGTTCGATCATCTCACCATCGGA
ATTAGAATATATTTCAGAATCTGAAAGTTATAGTTCATctgatgatgata
ttcttaCTGATTCCCTCTTGAGAAATTTGAAACATACTCCTGGCGGTGGC
TCACAATTATCAATGACATCTACAGCTTCTACAATCAAAGCTGATAACGA
GAATATTTCAGCCACCGATCCTGAGAAATATATAGATATGCAATTAAGGT
TATATCAAAAGCAAAAACAACAAACGAATAAATGTCAAAAACAATCACAT
TCTCGTAAAAGAAGCAACAGCCTCATTCAGAAATTCAAATCGCATTTTCA
TAAATCAAAACAGCAGAGTCCGAATCGTAGCTCCAAAGATGTGTCGTCAG
AATTCTCCTTtgagaaagttgaaaaagattCTAATCAGAAATATGAAGTC
ATTACGACTGATTTTCTAAAGAAACTGAGAGACGAAGAATCAGCGCCTTT
AGATTTTTATGTTGATGACGTTCAGTATGAAGATGATCTAAGTGATGAAG
ATGATGAGAACCAATCAAAAGACCCATTGGAAAATTTCTCATCCAAGCCA
CATAacaaagaacataaaacttttcttggtaaattttttaaaaggacACG
CTCTTATTCGGTTTCACCAcaacttgaaaagaaaacaccGAAATCACGAT
TTAGTAGAAATTCGTTTCGAGCAAGCACTCGATCGAATCCTGAAATGCCA
TCTAAAgaagataatttttcaaatgttggaCGATATACATCGATGgataa
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CGAAAATGAACAGAAGTGAGACTTTTAGTGGAGCTATTTCATATAATCAT
GAAAATCGAACCATGTACGATTCAAACTTTAATCGAAACCAATTGCCAAC
ACAATCACCTACTATAATGCAAAAACAATGTCTCGGTATTCCGGCTCACG
GTTCTGTTACTCCGAAAGCGAGCAGTCCAGATTTCTCGAAAGAATCACCA
ATTCCACCCCCTTCACCGACGCCAAGCGTttttgatttagaaaaattcca
aCAAGTACACATGCCGTTAGACCGTTGTAACTGTGAAGAATGTATGTACG
CAGACTATCTAGACTATCTTGAGTTTCAACGATTTCGAAGGTATTATTCT
CAATCTTGTTGTGGACCGTGTTGTATGGCTCCAACTGATCTCCCTGTATC
TCCACATACACCACAAATGGCGNACCGTGTTGTATGGCTCCAACTGATCT
CCCTGTATCTCCACATACACCACAAATGGCGCCCATGCGTATTTCTCCAC
GCCATGTACACCCTGAAGCAAATATCATAGCACCTTTACCGGTGACCaaa
gaaactgaaaaacaaGCCAAAAATCTTCGCACCTCAATTTACGAATCTTT
TGTATAATACtatatttttaatgaaatcaatatttttcttaaagcAGTTT
TTATTTATAATGTTGAAATAATTAGAATAACCATTTTTAATACAAAACTT
CAGCCTCACTTCAAACGCAGTCAGGGATATATGTTCAAATTAGCCGATTA
TCGGTTGTTTAGCCTATTATCGGTTTAGACGATATC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00001857-exon-sc0000012-1491911889:1009166..1009534 | TCONS_00001857-exon-sc0000012-1491911889:1009166..1009534 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00001857-exon-sc0000012-1575043694:1009166..1009534 | TCONS_00001857-exon-sc0000012-1575043694:1009166..1009534 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001857-exon-sc0000012-1491911889:1014090..1014183 | TCONS_00001857-exon-sc0000012-1491911889:1014090..1014183 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001857-exon-sc0000012-1510915933:1014090..1014183 | TCONS_00001857-exon-sc0000012-1510915933:1014090..1014183 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001857-exon-sc0000012-1575043694:1014090..1014183 | TCONS_00001857-exon-sc0000012-1575043694:1014090..1014183 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001857-exon-sc0000012-1491911889:1016533..1018801 | TCONS_00001857-exon-sc0000012-1491911889:1016533..1018801 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001857-exon-sc0000012-1510915933:1016533..1018801 | TCONS_00001857-exon-sc0000012-1510915933:1016533..1018801 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001857-exon-sc0000012-1575043694:1016533..1018801 | TCONS_00001857-exon-sc0000012-1575043694:1016533..1018801 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000012 | supercontig | sc0000012:1009166..1018801 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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