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TCONS_00001854 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00001854
Unique NameTCONS_00001854
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3141

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00001854 ID=TCONS_00001854|Name=TCONS_00001854|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3141bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000012:1003078..1018801+

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00001854 ID=TCONS_00001854|Name=TCONS_00001854|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=15724bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000012:1003078..1018801+ (Clytia hemisphaerica)
ttttaaacttttattagTTTGATTATGATTTTCTTAGATATGCCTTAGCT TTCTGTACTCGGAGGAAAATGCTTGGTCATCGTTTTTAATCTCGGAAGTG AAGCTCATGGtagactttcaaaacttttttatggaaacTAGCGGATTAAC GAAAATAAATTTCTCGTGTTGAATAAGCACTATACAATTATCCATTTCTG AAATGATTAAATAAATGGTCTGCGAATTATGAATTTGCTTTACATTTTCA CAAAATCGAACCTTTGAGATTTGAActtatgaaataaattttgtaacTTT ATTCCAATTCTTTATTGAAGACCCTTATTAGAATTTATGTGTAAAATACT AAATTTAGCCTTTTAAATTGGTCAAGTCCATCGTGAGTTTTTAAGAATCA GACAAGCGAGATAGCATAACGTTCTTACAAGCTGTTCACTTCCCTCTATT CGAGAGATCTTGTTTACATAACAATACCAAATGACGTAGCCACAGTCTAA AATTTTTTACATCCACGACAAAACTATAAAGTAGGCGACAATACGCATTA TAATATTTTGTTGTAGTATATAATTCCTATTAATCATTATgtatatagat ttttttttcataacaccTTTATTATACGTATGGGTACTATCCTTGGTCGT TGGCGGCGGtattttatgtttataataCCTCTTTAAAGTACATATTTGAT GGATGATGGTATTTAGTTGGAAATAGGGAAGCACTTGAGAAGCATGTTGG ATGGAGCTTTCTGCATCGACGAAGACAGGTAGGaacaattttactttttc aactGATATAGGGGTAGTCagatatctttttattatttcatgCTAATAGG TAATAAGTAAGACCACCGAGTTTATTTTCCAAACTGGAGATTTCCAAACA ATGGTTGATTTTGtcatttagttttgatttattttgggATTTATTTCTGC 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ATGACATCTACAGCTTCTACAATCAAAGCTGATAACGAGAATATTTCAGC CACCGATCCTGAGAAATATATAGATATGCAATTAAGGTTATATCAAAAGC AAAAACAACAAACGAATAAATGTCAAAAACAATCACATTCTCGTAAAAGA AGCAACAGCCTCATTCAGAAATTCAAATCGCATTTTCATAAATCAAAACA GCAGAGTCCGAATCGTAGCTCCAAAGATGTGTCGTCAGAATTCTCCTTtg agaaagttgaaaaagattCTAATCAGAAATATGAAGTCATTACGACTGAT TTTCTAAAGAAACTGAGAGACGAAGAATCAGCGCCTTTAGATTTTTATGT TGATGACGTTCAGTATGAAGATGATCTAAGTGATGAAGATGATGAGAACC AATCAAAAGACCCATTGGAAAATTTCTCATCCAAGCCACATAacaaagaa cataaaacttttcttggtaaattttttaaaaggacACGCTCTTATTCGGT TTCACCAcaacttgaaaagaaaacaccGAAATCACGATTTAGTAGAAATT CGTTTCGAGCAAGCACTCGATCGAATCCTGAAATGCCATCTAAAgaagat aatttttcaaatgttggaCGATATACATCGATGgataatttgaatttgaa agaagGTGGCCACCAACAAGACTCTGAAAATTATACACCGAAAATGAACA GAAGTGAGACTTTTAGTGGAGCTATTTCATATAATCATGAAAATCGAACC ATGTACGATTCAAACTTTAATCGAAACCAATTGCCAACACAATCACCTAC TATAATGCAAAAACAATGTCTCGGTATTCCGGCTCACGGTTCTGTTACTC CGAAAGCGAGCAGTCCAGATTTCTCGAAAGAATCACCAATTCCACCCCCT TCACCGACGCCAAGCGTttttgatttagaaaaattccaaCAAGTACACAT GCCGTTAGACCGTTGTAACTGTGAAGAATGTATGTACGCAGACTATCTAG ACTATCTTGAGTTTCAACGATTTCGAAGGTATTATTCTCAATCTTGTTGT GGACCGTGTTGTATGGCTCCAACTGATCTCCCTGTATCTCCACATACACC ACAAATGGCGNACCGTGTTGTATGGCTCCAACTGATCTCCCTGTATCTCC ACATACACCACAAATGGCGCCCATGCGTATTTCTCCACGCCATGTACACC CTGAAGCAAATATCATAGCACCTTTACCGGTGACCaaagaaactgaaaaa caaGCCAAAAATCTTCGCACCTCAATTTACGAATCTTTTGTATAATACta tatttttaatgaaatcaatatttttcttaaagcAGTTTTTATTTATAATG TTGAAATAATTAGAATAACCATTTTTAATACAAAACTTCAGCCTCACTTC AAACGCAGTCAGGGATATATGTTCAAATTAGCCGATTATCGGTTGTTTAG CCTATTATCGGTTTAGACGATATC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_000980XLOC_000980Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00001854-exon-sc0000012-1491911889:1003078..1003855TCONS_00001854-exon-sc0000012-1491911889:1003078..1003855Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00001854-exon-sc0000012-1510915933:1003078..1003855TCONS_00001854-exon-sc0000012-1510915933:1003078..1003855Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00001854-exon-sc0000012-1575043694:1003078..1003855TCONS_00001854-exon-sc0000012-1575043694:1003078..1003855Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00001854-exon-sc0000012-1491911889:1014090..1014183TCONS_00001854-exon-sc0000012-1491911889:1014090..1014183Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00001854-exon-sc0000012-1510915933:1014090..1014183TCONS_00001854-exon-sc0000012-1510915933:1014090..1014183Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00001854-exon-sc0000012-1575043694:1014090..1014183TCONS_00001854-exon-sc0000012-1575043694:1014090..1014183Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00001854-exon-sc0000012-1491911889:1016533..1018801TCONS_00001854-exon-sc0000012-1491911889:1016533..1018801Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00001854-exon-sc0000012-1575043694:1016533..1018801TCONS_00001854-exon-sc0000012-1575043694:1016533..1018801Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000012supercontigsc0000012:1003078..1018801 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.188221 0.222722 0.258603 0.936115 0.718677 0.567924 0.684627 0.183268 0.322182 0.317873 0.323412 0.611141 0.506371 0.424445 0.0801569 0.185573 0.262155 0.292896 0.647434 1.10093 0.515262 0.544131 0.174583 0.398287 0.21135 0.218854 0.0933602 0.207274 0.426103 0.605507
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00001854 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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