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TCONS_00001853 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00001853
Unique NameTCONS_00001853
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2675

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00001853 ID=TCONS_00001853|Name=TCONS_00001853|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2675bp
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GCCTATTATCGGTTTAGACGATATC
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000012:1002449..1018801+

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00001853 ID=TCONS_00001853|Name=TCONS_00001853|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=16353bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000012:1002449..1018801+ (Clytia hemisphaerica)
CATAACAATACCAAATGACGTAGCCACAGTCTAAAATTTTTTACATCCAC GACAAAACTATAAAGTAGGCGACAATACGCATTATAATATTTTGTTGTAG TATATAATTCCTATTAATCATTATgtatatagatttttttttcataacac cTTTATTATACGTATGGGTACTGTCCTTGGTCGTTGGCGGCGGtatttta tgtttataataCCTCTTTAAAGTACATATTTGATGGATGATGGTATTTAG TTGGAAATAGGGAAGCACTTGAGAAGCATGTTGGATGGAGCTTTTTGCAT CGACGAAGACAGGTAGGaacaattttactttttcaactGATATAGGGGTA GTCagatatctttttattatttcatgCTAATAGGTAATAAGTAAGACCAC CGAATTTATTTTCCAAACTGGAGATTTCCAAACAATGGTTGATTTTGtca tttagttttgatttattttgggATTTATTTCTGCTGTTACCTGTTGTTAC CTGCTTTTTCGTAGGGCTTAATCTTGAACGGTTTTGTCCGTAAGCANNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC ttaaataaaattattctttagcataaactttttaaacttttattagTTTG ATTATGATTTTCTTAGATATGCCTTAGCTTTCTGTACTCGGAGGAAAATG CTTGGTCATCGTTTTTAATCTCGGAAGTGAAGCTCATGGtagactttcaa aacttttttatggaaacTAGCGGATTAACGAAAATAAATTTCTCGTGTTG AATAAGCACTATACAATTATCCATTTCTGAAATGATTAAATAAATGGTCT GCGAATTATGAATTTGCTTTACATTTTCACAAAATCGAACCTTTGAGATT TGAActtatgaaataaattttgtaacTTTATTCCAATTCTTTATTGAAGA 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GAAGAATCAGCGCCTTTAGATTTTTATGTTGATGACGTTCAGTATGAAGA TGATCTAAGTGATGAAGATGATGAGAACCAATCAAAAGACCCATTGGAAA ATTTCTCATCCAAGCCACATAacaaagaacataaaacttttcttggtaaa ttttttaaaaggacACGCTCTTATTCGGTTTCACCAcaacttgaaaagaa aacaccGAAATCACGATTTAGTAGAAATTCGTTTCGAGCAAGCACTCGAT CGAATCCTGAAATGCCATCTAAAgaagataatttttcaaatgttggaCGA TATACATCGATGgataatttgaatttgaaagaagGTGGCCACCAACAAGA CTCTGAAAATTATACACCGAAAATGAACAGAAGTGAGACTTTTAGTGGAG CTATTTCATATAATCATGAAAATCGAACCATGTACGATTCAAACTTTAAT CGAAACCAATTGCCAACACAATCACCTACTATAATGCAAAAACAATGTCT CGGTATTCCGGCTCACGGTTCTGTTACTCCGAAAGCGAGCAGTCCAGATT TCTCGAAAGAATCACCAATTCCACCCCCTTCACCGACGCCAAGCGTtttt gatttagaaaaattccaaCAAGTACACATGCCGTTAGACCGTTGTAACTG TGAAGAATGTATGTACGCAGACTATCTAGACTATCTTGAGTTTCAACGAT TTCGAAGGTATTATTCTCAATCTTGTTGTGGACCGTGTTGTATGGCTCCA ACTGATCTCCCTGTATCTCCACATACACCACAAATGGCGNACCGTGTTGT ATGGCTCCAACTGATCTCCCTGTATCTCCACATACACCACAAATGGCGCC CATGCGTATTTCTCCACGCCATGTACACCCTGAAGCAAATATCATAGCAC CTTTACCGGTGACCaaagaaactgaaaaacaaGCCAAAAATCTTCGCACC TCAATTTACGAATCTTTTGTATAATACtatatttttaatgaaatcaatat ttttcttaaagcAGTTTTTATTTATAATGTTGAAATAATTAGAATAACCA TTTTTAATACAAAACTTCAGCCTCACTTCAAACGCAGTCAGGGATATATG TTCAAATTAGCCGATTATCGGTTGTTTAGCCTATTATCGGTTTAGACGAT ATC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_000980XLOC_000980Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00001853-exon-sc0000012-1491911889:1002449..1002760TCONS_00001853-exon-sc0000012-1491911889:1002449..1002760Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00001853-exon-sc0000012-1510915933:1002449..1002760TCONS_00001853-exon-sc0000012-1510915933:1002449..1002760Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00001853-exon-sc0000012-1575043694:1002449..1002760TCONS_00001853-exon-sc0000012-1575043694:1002449..1002760Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00001853-exon-sc0000012-1491911889:1014090..1014183TCONS_00001853-exon-sc0000012-1491911889:1014090..1014183Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00001853-exon-sc0000012-1510915933:1014090..1014183TCONS_00001853-exon-sc0000012-1510915933:1014090..1014183Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00001853-exon-sc0000012-1575043694:1014090..1014183TCONS_00001853-exon-sc0000012-1575043694:1014090..1014183Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00001853-exon-sc0000012-1575043694:1016533..1018801TCONS_00001853-exon-sc0000012-1575043694:1016533..1018801Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000012supercontigsc0000012:1002449..1018801 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0 0.378024 1.98831 1.52062 2.19995 2.74753 0.121018 3.16481 0.610709 0.505104 0 1.66935 0.19442 0.354766 0 0.403862 0 0.505361 0.372262 0.671475 0.899015 1.53085 0.658592 1.03402 0 2.25961 0 0 1.04124 0.927291
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00001853 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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