TCONS_00001605 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00001605
Unique Name	TCONS_00001605
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3315

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
protein sequence
transcript from alignment at sc0000011:786846..809560+
coding sequence from alignment at sc0000011:786846..809560+

transcript sequence

>TCONS_00001605 ID=TCONS_00001605|Name=TCONS_00001605|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3315bp
CAGAtccaataaaaataaaaacagataaAGTCCTAATAAATATACTGTAT
TTGACATCAAAATGAAATTGAATATTGATGGGCTGCTGGTTCTCTTTCCA
TATGACTACATATATCCGGAGCAGTATTCATATATGTTTGAGCTGAAGAA
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TGATGGTATGTGTCATGCGTTAACTGCTTCATATGTTCGTgcaaaacatc
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TGTTGTTTTTGATGAAGCTCACAATATAGACAATGTGTGTATCGAATCAA
TGACGTGCCATATAACCAGGAGGGCTCTAGATAAATGCCACAACAACATA
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ACTTCGCACAGAGTATGATAGATTAGTGCAAGGTTTACAAGATGCAAGAG
TAGCAAGAGATACAGATGTCCAGCTGGCCAATCCAGttttacCAGATGAa
gttttggaagAGGCTGTACCTGGAAATATCAGACAGGCCGAACATTTTGT
TGCATTTATGAGAAGGTTCATTGAGTATTTAAAGaCAAGACTAAGAGTAC
AACACGTAGTATCAGAGACACCGCCATCTTTTCTCCAACACATCAATCAA
CAAGTTTGCATTGATCGGAAACCTCTCAGgttttgtgCAGAGAGGTTACG
CTCCCTTCTCCAGACATTAGAAATCACAGATATAGCAGACTTTGGTGGAC
TTGGTCTAGTAGCTGGATTCGCAACACTCGTCAGCACTTATTCCAAAGGA
TTTGTAATAATTATTGAACCATTTGATGATCAGACACCAACAATACCAAA
CCCTATACTTCATTTCTGCTGTTTGGATGCTTCAGTGGCTATAAAACCTG
TTTTTGATCGATTTCAAACTGTCGTTATTACTTCTGGTactcTGTCACCA
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CTTTACAATGACTCTTTCCAGACAGTGTGTCATGCCAATGATATGCAGTA
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ATGGCTGTTATTCGTAATTATGGGAATCTTTTGGTGGAAATGACAGCTTC
GGTACCTGATGGCATTGTTTGTTTCTTTGTCAGTTATCTTTATATGGAAA
GCGTGGTGACGGTGTGGCACGAACAAGGAGTGATCAGTAATGTTCAAAAG
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TCTATATAACTACCAAAAGGCTTGTGAAAATGGGCGTGGTGCAGTCCTAC
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GAGAAAACGATTTCTTAACGTTCGATGCCATGAGACATGCTGCACAGTGT
GTTGGCCGAGCTATTCGTGGTAAAACTGATTATGGGATCATGGTGTTTGC
TGATAAGagATATTCGAAGGCAGATAAAAAAGGGAAACTCCCCAAATGGA
TACAGGAGCACATGAAAGAAGCTAATTGCAATCTGACAATTGATGAAGCT
ATCCAAGTATCCAAACGTTTCTTAAGACAAATGGCTCAACCTTTCAGTAG
GGACGATCAATTAGGTTTATCCTTACTAACGGTAGAACAAGTGGAAAGTG
ATGACTTCAAAGCTCGTATACGATCTGCTGCTCAAGCATAAAGCAACATT
CCTTTCTAGTGCTGGAAAAGACAAATCACGGTTGAGAGATAGGATTATGA
AGGACTGTCGTGTTTGAGGAATGAGTTAAGAAAGAAACGtgaaaggtgtt
taatttttttgactgtCGTGGTTTCATATATACGATCTAGTTTGTACTTC
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aatataaaaacgaaaattgaTAATTACATAATAGTTCTTATTTACATACA
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TTTCGGAGGGAAACCAATGTTGTGTGTGATTTTAAGAGTAACATCATTTT
GAGTTACAactaactctctctaattcgattttcaagggacgGGGAATCTT
TTTCGAATTAGAAtttcaagcttcccaaagtgcactgtgaGGGTCGAGAT
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cttcaattagggacaccctaggctgctggcatccactaacggattcgtgc
tccttatagaggatgcttaataagctatatttcctttgtccagagatttg
ccgcctttagccgat

Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00001605-protein

>TCONS_00001605-protein ID=TCONS_00001605-protein|Name=TCONS_00001605-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=759bp
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SLLSLIVAYLREKPQHLSKLIYCSRTVPELEKVLEELKKLMEYYEKETGE
PLKMLGLALSSRKNLCIKPEVASLKEGKKVDGMCHALTASYVRAKHQNQP
GIPVCSFFEDFDAKGREEPLPYGIYNLEDLKSYGQKMGWCPYFLARYAMS
HANIVVYSYHYLLDPKIAELVSKDIPRSCAVVFDEAHNIDNVCIESMTCH
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ARIRSAAQA

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000011:786846..809560+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00001605 ID=TCONS_00001605|Name=TCONS_00001605|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=22715bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000011:786846..809560+ (Clytia hemisphaerica)
CAGAtccaataaaaataaaaacagataaAGTCCTAATAAATATACTGTAT
TTGACATCAAAATGAAGTAAGTTCTTtatatttattataaacatagtttt
ttttaattttggagatataaacaaaatttttaacatttttgaaactTGGT
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TTGATGGGCTGCTGGTTCTCTTTCCATATGACTACATATATCCGGAGCAG
TATTCATATATGTTTGAGCTGAAGAAATCTTTGGATGCTAAGGTTTGTAT
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ATTGAATTTTTAATATACCGTTCAGGCAGGGAACCTGCTCAGCAAAGCTG
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AAAAACTCTTGAATATGTAGATAAATTAGTTATTGTTGcttataaacaac
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caatgttcttattcaaattactcaatttttttatgagatagatgttcttt
ttgctcacgagggcttacttttgaaaaatatgtgtgtttaaagatgcaat
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tttataagcacattatcaattacttaggtattagcttttctcgagattag
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AACACATGATTAGTTGTTGCTTTCTTAGCATTTATTATTTCAACTTCATC
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TCATATGTTCGTgcaaaacatcaaaatcaacCTGGTATCCCAGTGTGCTC
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ATGTATCTGAAAACACCATGATTTAAGTATCCTAGGGATGAACAATTTTA
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ATTGCTAATAaaagtttgatttgatttttattttgttatatttaGTTTTA
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GCTGGCCAATCCAGGTATTATGAGTCGTTAGAAATTACCCTCATTCCCTC
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TTGGGGGAACTAATATTTGCGGTCgaaaagaaaatcagaaaaattgcatt
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GGATTTTCGGGAAAACAGTGAACACAAAAACTTACAGTTATTTAGCTAGA
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ATGTTTTACATTGTGTACTTCATTTTAATACAAGTTGattattataatta
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GTACTTCATTTTAATACAAGTTGattattataattattgatttgtaattg
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TTTCACTTGTTATTCTTTGTCATGCgaggtcttttttttaaatataactt
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aattctCTCCACTATTTCAGCTGTTTGGATGCTTCAGTGGCTATAAAACC
TGTTTTTGATCGATTTCAAACTGTCGTTATTACTTCTGGTGTAAGTATAT
AAAAGTTTGATATAAAGGGCTAGACTGCAATTGTTGTTGTAATGATTCTT
GCTCACTTGATGGTAATACGAGTAAGAATGTTCAACATGACGGactttcg
agttaaaaaaaaccgtttttaatttttctttctctttctcaagaattatt
cctaatttactattttctttcaccaaaaattgattttttttcagactcTG
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TGCAACCTTTACAATGACTCTTTCCAGACAGTGTGTCATGCCAATGGTTT
GTGCtagttttatcatttttatgatTGGTTACTGCTACTAattaaaattt
aggaaaaaggaaTCTTTTATAACATATTAGACATGCTCACTTAAAGGCTG
AGATTTTCTCTAAAGAGGTCAGCGCATTGTCATTGTTTTAGAACTAATAA
ATCTGAAACCTTAGACTTTTTCTATCATTGCAACAAATAACTTCGTTGTT
AGGAAGGCAGCCAAATGATCCTTTATTTATTGGGTCTTATAATTTGGTTG
ATGGACAATCTTAATTAAGTACTAACACATACATAAATGCAATACATGAA
TGATTTTTACTCGgaaagaaaggtttttataaTTAGTTCCGTTTTTTAGG
CTACAGCCATCTTTTAATTAACCCTGCTTTATAATATATGTGTGGTTTAG
AGGAAGTCTAAGACTACAGTGAGGAGTGAATAGGGTGGCACTTTAAAAGT
TCTTGGTTTGCCGTCagtcggaaatttttttttattttggtcattcATGG
AATTTCTGTctacattttggaatttttgaagaaaaaaaattctcttcgtC
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ggctgacggcaaaccaacattttttaaagtcCAGCCTAGCTATAAATAAG
GTGTTTAGACCATAGCATTATAAATTTGATGACTTAACTACAATTCCTAA
TCCTGCTGAATCTTGTTGTTTTCAGATATGCAGTAAAGGGAATGACCAAG
TAGCCATCAGCTCTAAGTTTGAAACCAGAGAAGATATGGGTATGTGTTAA
GTATTAGCTTGGTGTCTATTCATCATGTCTGTTCtctgttaaaatattat
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TTGTTTTGCATTTTGGTTCACTGTTTATttctttcaaagatttttattAG
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AGCTATGACATTTTGTTATTTCTTTTCAGCTGTTATTCGTAATTATGGGA
ATCTTTTGGTGGAAATGACAGCTTCGGTACCTGATGGCATTGTTTGTTTC
TTTGTCAGTTATCTTTATATGGTATGACACTCAAATTCTTTACAGACGTT
ATTAAATAATTTCAGGTTGTTATATAAGGGAGCTATATAAATAAAGATTT
CTGCATGTGTTAagcataaaaagaaaattgctgAGGGTGTTGGGGAGGAT
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taataaaactattttgttactttttctaaaattttgaccaaattatctta
taaaaactccctCTCATCTGGAGGATAAACTGGAGTGTTCactgttttaa
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AACAGCACTTGCTCTATATAACTACCAAAAGGTTTCATTTTAtattattc
attaaaaaaattagataggtgtggtgcctaataaacggggAGGAGGGgga
tttgaaaaatatacctATAAATACCCCcgaaataaggtaaatatagacTA
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TAGAATTTTCgaatcagcctctttttcacctaatttctttcattccCCTA
AGGGTTTTGGCCAAAATAcgaatttcaaatatttcgcgatgattaaattt
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TTTCAGGCTTGTGAAAATGGGCGTGGTGCAGTCCTACTTTCTGTTGCAAG
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ttcaaaattgTTATTGATAGGAAATAAGATTTCTTCTAATTCTTATCTTG
GTTTTAATTATACGCACCGTTCTAATGAACAAATTTATGtactttttagg
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>TCONS_00001605 ID=TCONS_00001605|Name=TCONS_00001605|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=66120bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000011:786846..809560+ (Clytia hemisphaerica)
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ATATCCGGAGCAGTATTCATATATGTTTGAGCTGAAGAAATCTTTGGATG
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TGGCTGTTATTCGTAATTATGGGAATCTTTTGGTGGAAATGACAGCTTCG
GTACCTGATGGCATTGTTTGTTTCTTTGTCAGTTATCTTTATATGGAAAG
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TTGGCCGAGCTATTCGTGGTAAAACTGATTATGGGATCATGGTGTTTGCT
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TGACTTCAAAGCTCGTATACGATCTGCTGCTCAAGCATAAATGAAATTGA
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AAGaCAAGACTAAGAGTACAACACGTAGTATCAGAGACACCGCCATCTTT
TCTCCAACACATCAATCAACAAGTTTGCATTGATCGGAAACCTCTCAGgt
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CAGCACTTATTCCAAAGGATTTGTAATAATTATTGAACCATTTGATGATC
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TCAGTGGCTATAAAACCTGTTTTTGATCGATTTCAAACTGTCGTTATTAC
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TCCCCGCAAACATTGCAACCTTTACAATGACTCTTTCCAGACAGTGTGTC
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AGTTATCTTTATATGGAAAGCGTGGTGACGGTGTGGCACGAACAAGGAGT
GATCAGTAATGTTCAAAAGAATAAACTTTTATTCATTGAAACACAGGATG
GAACAGAAACAGCACTTGCTCTATATAACTACCAAAAGGCTTGTGAAAAT
GGGCGTGGTGCAGTCCTACTTTCTGTTGCAAGAGGAAAAGTCTCCGAAGG
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CTTATGTTTACACACAAAGTCGAATTTTAAAGgcTCGTTTGGAGTACTTA
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GAGACATGCTGCACAGTGTGTTGGCCGAGCTATTCGTGGTAAAACTGATT
ATGGGATCATGGTGTTTGCTGATAAGagATATTCGAAGGCAGATAAAAAA
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TGGCTCAACCTTTCAGTAGGGACGATCAATTAGGTTTATCCTTACTAACG
GTAGAACAAGTGGAAAGTGATGACTTCAAAGCTCGTATACGATCTGCTGC
TCAAGCATAAATGAAATTGAATATTGATGGGCTGCTGGTTCTCTTTCCAT
ATGACTACATATATCCGGAGCAGTATTCATATATGTTTGAGCTGAAGAAA
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GACTGGAGAACCTTTGAAAATGCTGGGCTTGGCTTTGAGTTCTCGTAAAA
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aaatcaacCTGGTATCCCAGTGTGCTCATTTTTTGAGGATTTCGATGCTA
AAGGAAGAGAAGAGCCACTTCCATATGGTATATATAATCTTGAAGATCTC
AAATCTTATGGACAGAAAATGGGATGGTGTCCATATTTCCTTGCAAGATA
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GTTGTTTTTGATGAAGCTCACAATATAGACAATGTGTGTATCGAATCAAT
GACGTGCCATATAACCAGGAGGGCTCTAGATAAATGCCACAACAACATAG
AAACCCTTACAGAAAATATAAATAGGTTAAAGAACCAAGATGCAGATAGA
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AGCAAGAGATACAGATGTCCAGCTGGCCAATCCAGttttacCAGATGAag
ttttggaagAGGCTGTACCTGGAAATATCAGACAGGCCGAACATTTTGTT
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ACACGTAGTATCAGAGACACCGCCATCTTTTCTCCAACACATCAATCAAC
AAGTTTGCATTGATCGGAAACCTCTCAGgttttgtgCAGAGAGGTTACGC
TCCCTTCTCCAGACATTAGAAATCACAGATATAGCAGACTTTGGTGGACT
TGGTCTAGTAGCTGGATTCGCAACACTCGTCAGCACTTATTCCAAAGGAT
TTGTAATAATTATTGAACCATTTGATGATCAGACACCAACAATACCAAAC
CCTATACTTCATTTCTGCTGTTTGGATGCTTCAGTGGCTATAAAACCTGT
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GTACCTGATGGCATTGTTTGTTTCTTTGTCAGTTATCTTTATATGGAAAG
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CTATATAACTACCAAAAGGCTTGTGAAAATGGGCGTGGTGCAGTCCTACT
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GACGATCAATTAGGTTTATCCTTACTAACGGTAGAACAAGTGGAAAGTGA
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CCATATGGTATATATAATCTTGAAGATCTCAAATCTTATGGACAGAAAAT
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GGAAATATCAGACAGGCCGAACATTTTGTTGCATTTATGAGAAGGTTCAT
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Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_000836	XLOC_000836	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
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Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
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Expression

Values :

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Annotated Terms

The following terms have been associated with this transcript:

Vocabulary: **INTERPRO**
Term	Definition
IPR001945	RAD3/XPD
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IPR006554	Helicase-like_DEXD_c2
IPR010643	HBB
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IPR010614	DEAD_2
IPR014013	Helic_SF1/SF2_ATP-bd_DinG/Rad3
IPR027417	P-loop_NTPase

Vocabulary: **Cellular Component**
Term	Definition
GO:0005634	nucleus

Vocabulary: **Molecular Function**
Term	Definition
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GO:0008026	ATP-dependent helicase activity

Vocabulary: **Biological Process**
Term	Definition
GO:0006289	nucleotide-excision repair
GO:0006139	nucleobase-containing compound metabolic process

GO Annotation

GO Assignments

This transcript is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00001605 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ERCC2 (TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit OS=Homo sapiens GN=ERCC2 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 1139.02 bits (2945), Expect = 0.000e+0
Identity = 540/732 (73.77%), Postives = 637/732 (87.02%), Query Frame = 2

Query:   62 MKLNIDGLLVLFPYDYIYPEQYSYMFELKKSLDAKGHCLLEMPSGTGKTVSLLSLIVAYLREKPQHLSKLIYCSRTVPXXXXXXXXXXXXXXXXXXXTGEPLKMLGLALSSRKNLCIKPEVASLKEGKKVDGMCHALTASYVRAKHQNQPGIPVCSFFEDFDAKGREEPLPYGIYNLEDLKSYGQKMGWCPYFLARYAMSHANIVVYSYHYLLDPKIAELVSKDIPRSCAVVFDEAHNIDNVCIESMTCHITRRALDKCHNNIETLTENINRLKNQDADRLRTEYDRLVQGLQDARVARDTDVQLANPVLPDEVLEEAVPGNIRQAEHFVAFMRRFIEYLKTRLRVQHVVSETPPSFLQHINQQVCIDRKPLRFCAERLRSLLQTLEITDIADFGGLGLVAGFATLVSTYSKGFVIIIEPFDDQTPTIPNPILHFCCLDASVAIKPVFDRFQTVVITSGTLSPVDMYPKLLDFVPANIATFTMTLSRQCVMPMICSKGNDQVAISSKFETREDMAVIRNYGNLLVEMTASVPDGIVCFFVSYLYMESVVTVWHEQGVISNVQKNKLLFIETQDGTETALALYNYQKACENGRGAVLLSVARGKVSEGIDFDHHLGRAVIMFGIPYVYTQSRILKARLEYLRDQFNIRENDFLTFDAMRHAAQCVGRAIRGKTDYGIMVFADKRYSKADKKGKLPKWIQEHMKEANCNLTIDEAIQVSKRFLRQMAQPFSRDD 2257
            MKLN+DGLLV FPYDYIYPEQ+SYM ELK++LDAKGH +LEMPSGTGKTVSLL+LI+AY R  P  ++KLIYCSRTVPE+EKV+EEL+KL+ +YEK+ GE L  LGLALSSRKNLCI PEV  L+ GK VDG CH+LTASYVRA++Q+   +P C F+E+FDA GRE PLP GIYNL+DLK+ G++ GWCPYFLARY++ HAN+VVYSYHYLLDPKIA+LVSK++ R   VVFDEAHNIDNVCI+SM+ ++TRR LD+C  N+ETL + + R+K  D  RLR EY RLV+GL++A  AR+TD  LANPVLPDEVL+EAVPG+IR AEHF+ F+RR +EY+K RLRVQHVV E+PP+FL  + Q+VCI RKPLRFCAERLRSLL TLEITD+ADF  L L+A FATLVSTY+KGF IIIEPFDD+TPTI NPILHF C+DAS+AIKPVF+RFQ+V+ITSGTLSP+D+YPK+LDF P  +ATFTMTL+R C+ PMI  +GNDQVAISSKFETRED+AVIRNYGNLL+EM+A VPDGIV FF SY YMES V  W+EQG++ N+Q+NKLLFIETQDG ET++AL  YQ+ACENGRGA+LLSVARGKVSEGIDF HH GRAVIMFG+PYVYTQSRILKARLEYLRDQF IRENDFLTFDAMRHAAQCVGRAIRGKTDYG+MVFADKR+++ DK+GKLP+WIQEH+ +AN NLT+DE +QV+K FLRQMAQPF R+D
Sbjct:    1 MKLNVDGLLVYFPYDYIYPEQFSYMRELKRTLDAKGHGVLEMPSGTGKTVSLLALIMAYQRAYPLEVTKLIYCSRTVPEIEKVIEELRKLLNFYEKQEGEKLPFLGLALSSRKNLCIHPEVTPLRFGKDVDGKCHSLTASYVRAQYQHDTSLPHCRFYEEFDAHGREVPLPAGIYNLDDLKALGRRQGWCPYFLARYSILHANVVVYSYHYLLDPKIADLVSKELARKAVVVFDEAHNIDNVCIDSMSVNLTRRTLDRCQGNLETLQKTVLRIKETDEQRLRDEYRRLVEGLREASAARETDAHLANPVLPDEVLQEAVPGSIRTAEHFLGFLRRLLEYVKWRLRVQHVVQESPPAFLSGLAQRVCIQRKPLRFCAERLRSLLHTLEITDLADFSPLTLLANFATLVSTYAKGFTIIIEPFDDRTPTIANPILHFSCMDASLAIKPVFERFQSVIITSGTLSPLDIYPKILDFHPVTMATFTMTLARVCLCPMIIGRGNDQVAISSKFETREDIAVIRNYGNLLLEMSAVVPDGIVAFFTSYQYMESTVASWYEQGILENIQRNKLLFIETQDGAETSVALEKYQEACENGRGAILLSVARGKVSEGIDFVHHYGRAVIMFGVPYVYTQSRILKARLEYLRDQFQIRENDFLTFDAMRHAAQCVGRAIRGKTDYGLMVFADKRFARGDKRGKLPRWIQEHLTDANLNLTVDEGVQVAKYFLRQMAQPFHRED 732

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00001605 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00001605 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
ERCC2	0.000e+0	73.77	TFIIH basal transcription factor complex helicase ...	[more]

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TCONS_00001605 (transcript) - C. hemisphaerica