TCONS_00001379 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00001379
Unique Name	TCONS_00001379
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	6987

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000010:749360..782620+

transcript sequence

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GAAAATAGCAAAATCAAGATTTAACTTTATAGGTTAC

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transcript from alignment at sc0000010:749360..782620+

Legend: exon

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>TCONS_00001379 ID=TCONS_00001379|Name=TCONS_00001379|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=33261bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000010:749360..782620+ (Clytia hemisphaerica)
TTATAGAATGTCTTCTACTAAGAAGgtcaaaaaagaacattttaaaaagc
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tggctaaAAAGATACCCTGTCAGTGCATTTCCTCTTGATTTACCCATCCC
CTATAGTGTACtgtatttctcagctgtaaatttgtgtgaaaaaagaagct
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tgtaattatcatacaatagaaactttttcaaacaaacgagaagtaaaaat
ttttttctttatcaaattattttgattttgttttaaaattctacccttgc
agtgcaatctcacaggaACACACACTTACAGTGCATTCTGGATGCTGAAA
ACCcaacccttaagcgcggcacatgacgtaggccagatcatatgagtgtc
CCCCCGGGCTGCTTACGCactcatcagttgattagaaacttactttactc
tccataGTTTGCTTGATGATTTGAATTGGGTGTTCATTCATAAGCGATga
actttttattcatttttcatttttttagacTTGGAAAACAAGAAAGAAAT
TCATTCCACGCTCTACGAACTGATTCAACATTTACCAAAAGAGAATAAAT
TATTATTAGAAAGACTTATCGTACATTTAGGAAGGTGAGAAGGATATAAG
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TTCATTTCTATCTTTCGAAAGTAGTCTTCGGCTGGAATTTCAAATGGTCG
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ATGCAGTACTTTGACACAAAACTTTCAGCTCTCTTGCCGTCTATCGACTT
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CCCACTCATCCTACAGGTTTAGAATACcttcctaaaatatttttttttct
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tttttttcgaaattcacgcattcacgcaaattttcctcgagtttcacgca
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ttcacgtattcacgcacaaaatagcccagattcacgcattcacgcaatcg
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ctttttttttttaattttcacgcattcacgcattcgaaaagtacattttc
acgttcacgcaagtttttttaattcacgcattcacgctttttttttttaa
ttttcacgcattcacgcaaccaaaaatgcccattcacgcaatcacgcaaa
ccgcGGGGCCTCTGTAATATCAATCTAGTACCGGTCTCCTTTTTTTAGAT
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AATGATATACAAGCTTTGTACAGGGCTGAAAGTACAGCAGGAGAGAAGCT
GGACGACATCATTGTAAGTATTATCGATGAATTTGTACTTTAATggttta
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TAAATATGCGTTTATAAATCTTCTGACTTccacatcaaaacaaacactgC
CTCGATTTTTTCAACAAACCTATGTCGATACATAATTTCGGTATATAATT
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ttGAAAGCTCAAATACAAAACATGAGCACAGAAAGGTAAGAGTGCGTGCA
ATTCAACTCAATTCTAGAGCAAACATTCAATGGACCAACCCCTAATGGTC
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ATTATAACTCACTCTGAGGGCATTGTAgtgtatttgacgtcaattttgct
GGCATAAATGATAGCTAACCGGGCTAAATACAATTTCAGATTTTGCTTTC
TAAAgtcaatattttgttttgaaaagtagaaaaaagcATTCATCTTAATT
GTCCATAGAATGGACCCTTTATTGTTAAGTATGCCCTCTTCTTCGACTAA
GACATAAATATCACTGGCGGGCCATAAATGAACAATCGCGGGCATAGCGT
TATTGGTATATTTAAGGTTGGTTTGTATAATAAGAGAAGGATTTTAAAAC
AACAAATGTATTTTTTGAGAACGATAGTTTACTTAGCCTGACCAAAGCCG
CTGACATCTCTTAAAATATAGGCAAATGTTGAAAGCTAACTTTGTGAtat
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ATTTCACCGCCCAAGACACGCTCTTTAGATTCTGTCGATGATCTAACGGA
TATGGACTATCATTTAAGAGATAGTTTTGAAGTACTGCATTTCCCTGAAG
GTATGTGCTGATGCTCTGATTTCAGTATTTTGTATTTTAGCTTATTGGCT
CTTTTTACGTCGCCCCTTATTAGCATGATTATTCCGTCATTGGTGTAATA
ACGGCTGATGTAAGAGATCGGTATTGAATTAGGGCCGggttaaaatggaa
aaaatttagCTTTGGTGTAATAAATGCCGCCAATTATGGGGACGATGAGG
TATGTAATTAACGCCATTAACCTTGTTTTTCggtcaaattttttggatga
aattgttaccttattggtatatattttcgcgtgttacaaattttcgcggg
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNaaatcagtctttttcttgct
ttatattccgaatcgcgaaatttaatacacgcgaaaattttccagaagtc
tgcaatcgcgaaatttaatacacgcgaagcacgttttttcgaaaaaattt
tgcgattcgcgaaaatttgtaacacgcgaaaatatataccaataaggtag
tcTAGTATGCTATGCGACATAGTCAGATAAAGTAAGAAATAGGAGAAAGA
ACAACAAATTGATATTATTCCTTAACAATAATGGTATAATACATACAATA
CCTATATTTCTGTATTACACGATTGATTTACATTGATTTCTCTACCACTT
TTAATGAACGAATTTGTTCTGATATTGTTAGCTCGTTTGTGTAAAGCTTC
AATTACTTTTTCAAGTTGATGATTTATCATATATACTTATTGATTAATTT
CGattttctctgttttttttttctattagatGGTGACCATATTTCTGTTA
CACGACAATCTAGCGTTATGGACATTTCAAACGAAACACCGTCGACGCCG
ACGTCAACAGAAAAACGACACGTCGACGGCAATTCGTCATCATTTGAAGA
TTTGTCGTGTGTTGGTACGTCAAAGTAATCTCCTGCTAAAACGtaacttt
aatttttctaaaggaTCTTCTACTCATTTGTCTgtctttcttatattttt
tcaaacaatgtgttctttttttaaaagataatttaaattattttagaaat
tcTTCTAGTTTACCCTTTCTCTTCTTTTTCGGTCCTTGTTGAATTCGAGT
CGagtcatccaaaaaataaaGCTTTGTTACGTCCATTGAGGCACTAGCtg
acttttttaaagaaatatttcaaattttttgtcttttgactTTTTTCCAG
GGTTTCATCGGGCTCATCTACGGGGTTGGAATAGAAAATAATAGggatat
aaaatattttttaacattttaaaaagACATGGCTTTTATTACAAACTTCG
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tcagTCAGAAAGATGTTTTTTATATTGTGAAACAGAAATGATCAAATAAT
GAAGCTACATtgtaaagaaatcaaaaagaaagcaAAGGTTGACTAAATGA
ATACACGTGTTTCTATGTAAGAATAATGAAAGTTTGAGGCCAAATCATCC
TCTCAGGACCTGATTAGTCATCCTATCTATACTCGATTtagaagaatatt
ttttgaagaatttttaatgattcaatttAATAATTTAATGATAATAGCAA
CAgtaaataaatgtttttttgttattattgttatttttaacagttttttt
ttttgctacaaAATCGAAATCAATCTTCTGCCTGTGTACGAAATTTCTGA
AAGCTCAATACTCTGAATTCACAGTCTGTGCCGTCATAATGAGTTAAAcc
ttttcaaattgaatttgagtttttatttttcttgtaaaatataaatgaaT
GTCATGAAAAAGGGTTTTAAAGAGGTACACTTATGGTAGATCTAGAATGT
GTTAATATAAAAGATTTTAATTCCAAAATACCTAGATGATTTTCAAAACC
AAACCCACTtactttatgaaaaaataattatctaCACACCTTTTTTTTCC
TTTGTACATAGCTCAATTTTCATGaggttgtttgttttttgaaacTATAA
AGAAAGCGCTCAGTGGGTTTTTATGCGCGATAATAGATAGTCAGTAGGGA
AGGCTAGTTCGTGCAGAATGTTACGCTTATACACGCGTCTGTTCTCTTTA
ATAGGGACATACGAAACTTATCagaaatttgttttataaagaAATACATT
TATTAAATACAATAATTTATAACCACTTTACAATTTACTTTTTGTGTACT
TTTTTGCTAATTTTCAACGAGATTGAAAATAGCAAAATCAAGATTTAACT
TTATAGGTTAC

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_000735	XLOC_000735	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000010	supercontig	sc0000010:749360..782620 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00001379 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: MYO9B (Unconventional myosin-IXb OS=Homo sapiens GN=MYO9B PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 751.895 bits (1940), Expect = 0.000e+0
Identity = 413/937 (44.08%), Postives = 607/937 (64.78%), Query Frame = 3

Query:  618 LYREKTDIDDLVALPVLNETVLLDQLCTRFCKGRIYTYVGGILIAINPFKYFPIYNPKYVNAYQNKKLGELPPHVFAIADAAYNRMLISKQNQCIVIXXXXXXXXXXXXXLILHHLTALSHKTKATVLEKTILAAGPVLEAFGNAKTSYNNNSSRFGKFTQINYRADGVVCGAVLKKYLLEKSRIVQQGINERNYHVFYSMLAGASQTERETLHLLTPQEYFYLNQTQCYTIEGMDEVYEFARLKNSIKNIGIPSITQQRMFAVLSAVLHIGNITFRKRSFP-EDSVSVADEKIIEIIAELIQVDKQELIVPMTMRKTITRGEEFVRQYKKDEAIATRDSMAKCLYASLFDWIVLQTNHIMVSKQGRKVDKKAFSIGVLDIFGFEDFERNSFEQFCINLANENLQFYLNQHIFKIRQDEYVEEGLDWDHVDYADNSTCLNLMVGKPTGLILLLDEECSLTIGTDESLLDKFNQHHSNNTCYEMPPTREPVFSILHYAGKVKYQIEGFRAKNRELMRNDVVSVFRNSRMLFVRELMGSDPVAIYYWSILRHTIKAVSIFXXXXXXXXXXQRMFEPKASVSWMKSKTPPNK--------SKALMRQLTEAEIDTTG---------QAMMRRATKVMNRRVLDM-AKRIQS----PSRMRSGLEARRTISGGMSEYARRGGL-----KQPPTVVAQFQSSLMELMDALNQSHPFFVRCIRSNAVKAPLKFEAELVLRQLRYTGMLETVKIRQAGYPVRIFVKQFVNQFRILLRAKDLDRISEDELTQMLTDLGLDTDEFQVGANKVFMRESQYQLLRDKMQQAVDRAATTIQVWY----HRRYLRKLKELEISSAIIIQKYWRGFVCRREYVYYQETRLRNRSARRIQNFWRTHEQTAARKPNKFNRFKRNVIKLQSIWRGYKCRNDYPKLLAERKEAEE 3332
            L R++ D DDL  LP L E  LL  L  RF + +IYTY G IL+AINPFK+ PIYNPKYV  Y+N++LG+L PHVFA+AD AY  ML  + NQCIVISGESGSGKT+ST  ++H LTALS K  A+ +E+TIL AGPVLEAFGNAKT++NNNSSRFGKF Q++Y   G+V GAV++KYLLEKSR+V Q  +ERNYHVFY +L G S+ ER+   L  P++YFYLNQ      +G D  ++F RLK +++ +G    T++++FAVLSA+L++GN+T++KR+   E+ + V   ++++ +++L++V ++ L+  +T RKT+T  ++ +  Y   EAI  RDSMAK LY++LFDWIVL+ NH +++K+  +      SIGVLDIFGFEDFERNSFEQFCIN ANE LQ+Y NQHIFK+ Q+EY  EG+ W ++ Y DN  C++L+  KPTGL  LLDEE +    T ++LL KF Q H +N  +   P  EP F I H+AGKVKYQI+ FR KN + MR D+V++ R S   +VREL+G DPVA++ W++LR  I+A+++ ++AG  RA+     E  A +S   +++ P +        S+ L R L    I +           +++++  +++   R   + +K I+     P  +      +  IS  + +   +  L     K+PP++ AQFQ+SL +L++AL ++ PFF+RCIRSNA K  L F+ ELVL+QLRYTGMLETV+IR++GY  +   + F  QF++LL  KD     E  ++ +L  + +D   +Q+G  KVF++E++ Q L++ + + V R    +Q W+     RR+  ++K     +A+ IQ  WR +  RR          R ++A  +Q  WR + Q   RK   +   K+++I+LQS+ RG+  R  + ++++E+++AEE
Sbjct:  141 LPRQQADFDDLCNLPELTEGNLLKNLKHRFLQQKIYTYAGSILVAINPFKFLPIYNPKYVKMYENQQLGKLEPHVFALADVAYYTMLRKRVNQCIVISGESGSGKTQSTNFLIHCLTALSQKGYASGVERTILGAGPVLEAFGNAKTAHNNNSSRFGKFIQVSYLESGIVRGAVVEKYLLEKSRLVSQEKDERNYHVFYYLLLGVSEEERQEFQLKQPEDYFYLNQHNLKIEDGEDLKHDFERLKQAMEMVGFLPATKKQIFAVLSAILYLGNVTYKKRATGREEGLEVGPPEVLDTLSQLLKVKREILVEVLTKRKTVTVNDKLILPYSLSEAITARDSMAKSLYSALFDWIVLRINHALLNKKDVEEAVSCLSIGVLDIFGFEDFERNSFEQFCINYANEQLQYYFNQHIFKLEQEEYQGEGITWHNIGYTDNVGCIHLISKKPTGLFYLLDEESNFPHATSQTLLAKFKQQHEDNKYFLGTPVMEPAFIIQHFAGKVKYQIKDFREKNMDYMRPDIVALLRGSDSSYVRELIGMDPVAVFRWAVLRAAIRAMAVLREAGRLRAERA---EKAAGMSSPGAQSHPEELPRGASTPSEKLYRDLHNQMIKSIKGLPWQGEDPRSLLQSLSRLQKPRAFILKSKGIKQKQIIPKNLLDSKSLKLIISMTLHDRTTKSLLHLHKKKKPPSISAQFQTSLNKLLEALGKAEPFFIRCIRSNAEKKELCFDDELVLQQLRYTGMLETVRIRRSGYSAKYTFQDFTEQFQVLL-PKDAQPCRE-VISTLLEKMKIDKRNYQIGKTKVFLKETERQALQETLHREVVRKILLLQSWFRMVLERRHFLQMKR----AAVTIQACWRSYRVRRALE-------RTQAAVYLQASWRGYWQ---RK--LYRHQKQSIIRLQSLCRGHLQRKSFSQMISEKQKAEE 1056

HSP 2 Score: 234.187 bits (596), Expect = 2.393e-61
Identity = 159/497 (31.99%), Postives = 250/497 (50.30%), Query Frame = 3

Query: 4038 ELEALNGFLMKKVADMNKPDPEKKNDSGADVTFKHALHKYHGNL--LFTCANASVNRKEEILLKFNDLVHGFQETLEQIINQADSGVSKEFSVMGVNLFRGILEEFQKNKDKLVVKTRSNIKHVKKKRRKTAEFYEHKGHVYTFQNFNIRTYCEYCNSYIY--DKGLVCQACAFTCHKKCHSKYPKTCK---GRRPSLCGPSTLFGTPMSELTSPNNPIPETVIKLMIEIEKRGLYTLGIYRKPGPQAAINNLKSVLTSTEAEELILEDEKPHTLASILKLFFRQLPQPIIPFNYYDDFIRSTDLENKKEIHSTLYELIQHLPKENKLLLERLIVHLGRVTSLVEHNKMSPNALAIVWAPCLLRASEDADPLESLAQLPKQTKCVEILIEFQVKSRKDMLNDIQALYRAESTAGEKLDDIIQ----------SEETDGDPEKNK---------------------ENDEMKEILKAQIQNMSTERERITNNMAAISP 5414
            EL+ L+ FL+ K+ D+      +   +  +  F  A  K+  N+  +++  N  ++      + + DL+  +Q     + N A     K+ +++ +NLF+ +L+EF +   K   +     K  KKKR++     EH GHV+     +I   CE C SYI+  DK L+C  C  TCHKKC  K    C    GR+         FG  +  LTS    +P  + KL+  +E  GLYT G+YRK G       L+  L  T+   + LE+   H +  +LK + R+LP+P++ F  Y DF+R+ +L  K+E  + +Y +++HLP+ N   LERLI HL +V  L + N+MSP ALAI++APCLLR  +++DPL S+  + K T CVE+LI+ Q++  K  + +I  L  AES A  +L  + Q          S   +G   K+                      + D  KEIL  +IQ++  E+E IT  +  + P
Sbjct: 1510 ELKYLDEFLLNKINDL------RSQKTPIESLFIEATEKFRSNIKTMYSVPNGKIH------VGYKDLMENYQIV---VSNLATERGQKDTNLV-LNLFQSLLDEFTRGYTKNDFEPVKQSKAQKKKRKQERAVQEHNGHVFASYQVSIPQSCEQCLSYIWLMDKALLCSVCKMTCHKKCVHKIQSHCSYTYGRKGEPGVEPGHFGVCVDSLTSDKASVPIVLEKLLEHVEMHGLYTEGLYRKSGAANRTRELRQAL-QTDPAAVKLENFPIHAITGVLKQWLRELPEPLMTFAQYGDFLRAVELPEKQEQLAAIYAVLEHLPEANHNSLERLIFHLVKVALLEDVNRMSPGALAIIFAPCLLRCPDNSDPLTSMKDVLKITTCVEMLIKEQMRKYKVKMEEISQLEAAESIAFRRLSLLRQNAPWPLKLGFSSPYEGVLNKSPKTRDIQEEELEVLLEEEAAGGDEDREKEILIERIQSIKEEKEDITYRLPELDP 1989

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00001379 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00001379 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
MYO9B	2.393e-61	44.08	Unconventional myosin-IXb OS=Homo sapiens GN=MYO9B...	[more]

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TCONS_00001379 (transcript) - C. hemisphaerica